genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28816335--28816365	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
28817873--28817933	27	2.3	27	88	0	95	16	18	19	45	1.85
28822175--28822217	9	4.8	9	97	0	77	32	11	2	53	1.50
28825699--28825737	19	2.1	19	95	0	69	51	12	10	25	1.71
28830355--28830491	41	3.3	40	79	7	123	22	18	27	32	1.97
28830355--28830469	41	2.8	41	81	4	124	20	19	27	32	1.97
28840254--28840289	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
28841748--28841794	18	2.6	19	78	18	55	70	2	4	23	1.16
28841964--28842023	27	2.2	27	88	5	86	30	1	8	60	1.36
28842606--28842648	23	2.0	21	90	9	68	62	0	0	37	0.95
28847587--28847633	17	2.8	16	83	6	58	10	29	6	53	1.60
28847595--28847633	18	2.4	16	84	16	53	12	30	7	48	1.69
28847645--28847687	18	2.4	18	88	7	61	9	20	2	67	1.30
28849913--28850084	50	3.4	51	81	7	192	40	12	15	31	1.84
28851314--28851395	19	4.3	19	65	11	60	45	4	2	47	1.37
28851287--28851401	57	2.0	57	98	0	221	45	6	2	45	1.44
28851314--28851406	29	3.2	28	71	13	91	46	5	2	46	1.37
28853195--28853393	50	3.9	50	81	5	195	28	21	28	22	1.99
28857446--28857623	40	4.5	39	82	8	130	27	27	20	24	1.99
28857491--28857676	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
28857493--28857676	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
28865704--28865759	18	3.4	18	64	31	52	58	8	8	23	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28865703--28865775	31	2.4	31	97	2	139	56	8	9	26	1.59
28865765--28865801	17	2.3	16	90	9	58	56	0	16	27	1.40
28867167--28867204	17	2.4	16	91	8	60	55	2	10	31	1.48
28870884--28870937	20	2.7	20	91	0	81	7	31	22	38	1.82
28874891--28874917	12	2.2	12	100	0	54	33	11	55	0	1.35
28875233--28875473	50	4.7	50	83	6	252	25	21	28	24	1.99
28882415--28882657	50	4.7	50	87	3	297	25	22	28	23	1.99
28882906--28882944	4	9.8	4	82	0	51	48	5	25	20	1.70
28882906--28882944	12	3.2	12	92	0	60	48	5	25	20	1.70
28888929--28888962	17	2.1	17	88	5	52	47	11	11	29	1.76
28890204--28890244	17	2.3	18	87	4	57	80	0	4	14	0.87
28893935--28893973	17	2.3	17	90	0	60	5	28	20	46	1.72
28894714--28895399	44	15.6	44	69	18	344	28	21	19	31	1.97
28894741--28895153	142	2.9	142	94	1	738	27	20	18	32	1.97
28895027--28895399	124	3.0	124	97	0	701	28	21	19	30	1.98
28895121--28895313	36	4.9	36	67	21	102	29	20	20	30	1.98
28895324--28895424	44	2.3	44	85	0	139	24	26	18	29	1.98
28903991--28904036	19	2.4	19	82	10	58	39	10	23	26	1.88
28916330--28916358	14	2.1	14	93	6	51	72	0	3	24	1.00
28918086--28918146	31	2.1	30	87	9	90	47	19	3	29	1.65
28921095--28921137	21	2.0	21	82	8	52	62	13	11	11	1.54
28921338--28921378	20	2.0	20	100	0	82	34	9	12	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28922732--28922800	35	1.9	36	97	2	131	52	18	2	26	1.60
28924741--28924822	37	2.3	36	93	4	139	51	4	6	37	1.48
28925696--28925721	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
28929232--28929361	41	3.2	40	92	2	215	20	21	26	30	1.98
28929361--28929423	33	1.9	33	90	3	101	47	6	1	44	1.38
28932468--28932504	18	2.1	18	100	0	74	40	5	16	37	1.71
28933418--28933706	43	6.7	43	87	1	341	22	16	32	27	1.96
28933418--28933706	128	2.2	129	82	4	343	22	16	32	27	1.96
28935456--28935507	15	3.5	15	79	10	61	61	0	7	30	1.24
28936420--28936449	15	2.0	15	93	0	51	23	6	36	33	1.81
28937212--28937266	26	2.1	26	93	0	92	43	32	9	14	1.77
28940744--28940930	49	3.8	50	80	3	191	28	21	28	21	1.98
28948257--28948318	30	2.1	30	87	0	88	48	9	8	33	1.65
28951521--28951665	23	6.3	23	86	2	175	29	26	20	23	1.98
28951521--28951660	69	2.0	69	88	0	208	30	27	20	22	1.98
28951891--28951929	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
28960763--28960794	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
28967760--28967789	15	2.0	15	93	0	51	20	10	26	43	1.83
28975570--28975605	17	2.2	17	95	5	65	66	5	11	16	1.40
28975577--28975633	16	3.5	16	79	15	64	61	1	12	24	1.40
28975709--28976089	3	125.7	3	70	12	172	58	3	6	30	1.42
28977522--28977557	17	2.2	17	95	5	65	66	5	11	16	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28977529--28977585	16	3.5	16	79	15	64	61	1	12	24	1.40
28977661--28978041	3	125.7	3	70	12	172	58	3	6	30	1.42
28987287--28987340	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
28987991--28988927	469	2.0	470	98	0	1813	36	24	7	31	1.83
29009166--29009287	55	2.2	56	97	1	228	21	3	32	42	1.69
29018685--29019004	46	7.1	46	66	11	196	26	20	22	30	1.99
29018648--29019091	134	3.3	134	92	1	689	26	20	23	29	1.99
29018999--29019178	44	4.1	44	68	5	114	26	22	25	25	2.00
29019053--29019244	43	4.4	43	67	7	120	28	19	26	25	1.99
29018751--29019245	130	3.8	130	91	2	571	28	20	24	27	1.99
29022005--29022122	42	2.8	43	77	2	132	30	25	16	27	1.96
29026398--29026547	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29026422--29026601	67	2.8	64	77	9	186	30	17	29	23	1.97
29028908--29028948	20	2.0	20	90	0	64	43	9	24	21	1.83
29029440--29029517	40	2.0	39	92	2	129	43	11	14	30	1.80
29029503--29029659	47	3.3	47	88	0	224	51	12	8	27	1.68
29032617--29032747	49	2.7	49	86	0	172	27	19	26	26	1.99
29042667--29042752	43	2.0	43	84	8	113	26	26	19	26	1.99
29051019--29051064	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
29051016--29051064	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
29051289--29051317	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
29062745--29062920	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29062742--29062913	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
29071639--29071736	40	2.5	39	81	5	115	27	30	17	24	1.97
29073587--29073715	46	2.8	46	83	5	163	25	20	30	24	1.98
29074460--29074500	22	1.9	21	85	5	55	36	7	12	43	1.70
29075101--29075140	21	2.0	20	90	5	62	10	37	27	25	1.88
29076666--29076723	23	2.6	22	79	12	66	31	24	12	32	1.91
29082325--29082377	27	2.0	27	88	0	79	26	15	20	37	1.92
29085924--29085949	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
29091072--29091132	27	2.3	27	82	5	70	27	18	16	37	1.92
29097490--29097547	24	2.4	24	88	2	89	15	20	22	41	1.90
29099711--29099809	44	2.3	42	80	10	110	27	17	23	32	1.96
29099718--29099865	42	3.4	44	75	10	117	25	16	26	31	1.97
29107328--29107482	43	3.6	44	78	11	169	25	18	26	29	1.98
29107321--29107465	42	3.4	41	81	11	150	26	18	23	31	1.98
29109216--29109389	46	3.7	46	77	10	158	28	19	28	23	1.98
29109219--29109434	46	4.7	45	71	15	120	28	18	28	24	1.98
29112381--29112558	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29112402--29112557	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29120570--29120747	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29120591--29120746	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29151214--29151303	44	2.0	44	82	0	108	35	17	20	26	1.95
29151220--29151760	94	5.8	94	80	2	541	33	18	18	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29151315--29151572	44	5.6	43	70	18	103	32	19	18	28	1.96
29151133--29151386	138	1.8	138	83	3	341	31	18	22	28	1.97
29151220--29151762	188	2.9	189	83	3	619	33	18	18	29	1.95
29151464--29151635	50	3.6	50	72	16	182	30	18	20	30	1.96
29151220--29151756	282	1.9	282	79	3	605	33	18	18	29	1.95
29154142--29154360	40	5.5	40	92	2	345	22	22	28	26	1.99
29158723--29158749	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
29158722--29158756	14	2.4	14	85	4	52	54	5	0	40	1.24
29165734--29165829	48	2.0	48	97	0	183	8	2	40	48	1.45
29167951--29167986	14	2.6	14	100	0	72	50	16	5	27	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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