genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14091931--14092067	61	2.2	61	87	2	195	25	9	14	50	1.73
14092579--14092610	16	2.1	15	94	5	55	37	3	0	59	1.13
14098090--14098157	10	6.9	10	79	17	72	60	1	1	36	1.15
14100307--14100343	19	1.9	19	88	0	56	35	5	2	56	1.36
14102074--14102150	27	2.9	27	78	5	93	24	3	28	42	1.72
14102417--14102647	88	2.6	89	88	2	338	24	4	13	58	1.54
14103581--14103696	17	6.5	17	84	6	133	37	12	11	37	1.80
14103581--14103696	35	3.2	35	91	3	178	37	12	11	37	1.80
14103823--14103860	20	2.0	20	84	5	51	10	2	15	71	1.25
14104098--14104811	207	3.5	207	94	0	1223	29	23	17	29	1.97
14104628--14104933	131	2.5	118	79	8	342	26	24	19	29	1.98
14104940--14105144	87	2.4	86	88	6	310	20	22	25	30	1.98
14104991--14105133	43	3.3	42	70	21	125	22	20	24	32	1.98
14104936--14105152	43	5.1	43	64	16	112	21	21	24	32	1.98
14106073--14106127	16	3.7	15	79	15	60	1	16	0	81	0.77
14106086--14106144	22	2.7	22	80	15	68	3	13	1	81	0.90
14106073--14106147	21	3.5	21	84	15	84	2	14	1	81	0.87
14111896--14112019	17	6.8	18	87	5	171	37	14	11	37	1.82
14111896--14112011	35	3.2	35	95	3	196	37	13	12	37	1.82
14114054--14114106	18	2.9	18	86	10	65	28	5	5	60	1.42
14114040--14114106	18	3.7	18	78	7	64	31	5	4	58	1.42
14114037--14114336	116	2.6	112	78	11	288	24	9	4	61	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14114223--14114409	73	2.6	73	97	0	347	21	10	3	64	1.41
14114395--14114428	17	2.0	17	94	0	59	29	14	5	50	1.67
14114794--14114863	6	12.7	6	76	13	53	25	12	1	60	1.41
14114794--14114863	22	3.2	22	86	8	90	25	12	1	60	1.41
14114792--14114862	16	4.2	17	80	7	74	26	11	1	60	1.39
14114989--14115037	23	2.2	22	92	3	80	24	14	0	61	1.33
14116696--14116779	44	1.9	44	85	4	116	30	10	20	38	1.87
14124560--14124586	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14126664--14126717	25	2.2	25	83	9	67	1	31	1	64	1.14
14127455--14127659	35	5.8	35	80	5	214	23	21	15	39	1.92
14127468--14127664	108	1.8	108	83	4	263	25	20	15	39	1.91
14128927--14128986	31	1.9	31	100	0	120	46	10	3	40	1.54
14130119--14130214	27	3.5	27	75	12	88	40	33	4	21	1.73
14130589--14130615	13	2.1	13	100	0	54	22	37	7	33	1.82
14130728--14130761	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
14131388--14131432	3	14.7	3	86	4	63	66	4	0	28	1.11
14137227--14137467	18	13.9	18	72	13	112	39	0	17	42	1.53
14137235--14137365	9	14.6	9	81	0	145	43	0	16	39	1.53
14137246--14137411	27	6.1	27	78	5	156	40	0	16	42	1.52
14137253--14137467	63	3.4	63	86	1	261	39	0	17	42	1.53
14137379--14137467	9	9.9	9	74	4	81	33	0	21	44	1.52
14139669--14140107	240	1.8	238	82	5	566	25	17	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14140418--14140473	14	4.0	14	73	0	58	44	32	1	21	1.63
14140669--14140714	22	2.2	20	85	11	65	54	21	0	23	1.45
14140671--14140716	21	2.1	22	92	4	76	56	21	0	21	1.42
14140723--14140773	7	7.1	7	84	4	57	49	31	1	17	1.58
14140723--14140800	21	3.6	22	78	11	81	50	28	1	20	1.56
14140727--14140801	14	5.2	15	70	13	59	52	26	1	20	1.55
14140823--14140974	41	3.7	41	84	3	191	19	22	19	38	1.94
14140823--14140974	81	1.9	81	87	0	223	19	22	19	38	1.94
14145383--14145437	21	2.6	21	83	11	76	29	18	23	29	1.98
14146575--14146628	5	11.0	5	76	11	58	74	1	22	1	1.02
14147594--14147634	18	2.3	19	83	8	50	56	0	0	43	0.99
14150483--14150668	40	4.7	40	86	5	218	25	22	26	25	2.00
14150536--14150701	80	2.1	79	82	7	194	28	20	25	25	1.99
14152665--14152698	8	4.1	8	96	3	59	14	0	23	61	1.33
14159052--14159093	21	2.0	21	81	9	50	61	0	19	19	1.34
14161755--14161792	18	2.1	19	90	5	60	39	13	26	21	1.89
14170395--14170439	24	1.9	24	86	4	65	51	6	0	42	1.28
14171310--14171389	33	2.4	33	80	0	79	58	2	2	36	1.25
14183370--14183411	20	2.0	22	86	9	61	59	0	0	40	0.97
14183712--14183745	17	2.0	17	88	0	50	47	29	0	23	1.52
14193293--14193330	18	2.1	18	95	0	67	15	26	15	42	1.87
14193425--14193473	25	2.0	25	88	8	73	26	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14193492--14193657	81	2.0	82	95	1	298	24	18	19	37	1.94
14196737--14196934	49	4.0	49	74	7	175	29	25	17	27	1.98
14206590--14206834	64	3.8	64	97	0	454	33	18	11	37	1.87
14206939--14207567	88	7.1	88	88	1	891	31	20	24	23	1.98
14206912--14207567	266	2.5	265	89	1	1017	31	20	24	23	1.98
14206969--14207549	44	13.1	44	62	15	169	31	20	24	23	1.98
14206912--14207808	177	5.2	177	82	6	1007	31	20	24	23	1.98
14223544--14223800	129	2.0	129	88	3	383	38	15	15	29	1.89
14228780--14228812	15	2.2	15	94	0	57	36	21	6	36	1.78
14230789--14231758	486	2.0	486	84	2	1288	31	13	22	31	1.93
14236827--14236946	62	1.9	62	81	6	145	43	12	18	25	1.85
14237586--14237662	39	2.0	39	94	0	136	44	3	24	27	1.71
14239501--14239590	24	3.7	24	78	13	94	15	22	22	40	1.91
14249036--14249065	15	1.9	16	93	6	53	80	16	3	0	0.85
14257431--14257477	24	2.0	24	95	0	85	31	42	21	4	1.72
14260439--14260468	9	3.3	9	95	0	51	13	70	0	16	1.18
14264527--14264768	50	4.8	50	79	3	245	29	25	18	26	1.98
14264539--14264768	101	2.3	99	84	4	275	29	26	18	26	1.98
14268153--14268198	20	2.3	20	92	0	74	47	2	23	26	1.63
14280464--14280502	19	2.1	19	100	0	78	23	30	20	25	1.98
14287159--14287278	56	2.1	56	95	0	213	43	9	24	23	1.82
14290962--14291385	40	10.6	40	87	3	207	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14291088--14291503	40	10.4	40	91	0	627	24	21	28	25	1.99
14294394--14295106	47	14.7	47	89	5	792	33	9	29	27	1.89
14295225--14295304	37	2.2	37	86	4	108	25	17	30	27	1.97
14301432--14301640	41	5.2	40	86	3	116	25	26	23	23	2.00
14301455--14301640	41	4.6	41	88	3	252	24	25	24	25	2.00
14301485--14301638	81	1.9	82	90	4	249	25	25	24	24	2.00
14330096--14330251	27	5.8	28	76	8	119	17	28	19	35	1.94
14330211--14330274	27	2.4	27	81	5	76	17	25	20	37	1.93
14330357--14330442	45	1.9	45	85	0	118	25	20	10	43	1.84
14333319--14333466	43	3.4	43	79	13	155	28	18	22	30	1.97
14341994--14342051	30	1.9	30	89	0	89	29	22	8	39	1.84
14347124--14347240	43	2.8	42	79	7	137	24	19	25	29	1.98
14350735--14350921	27	6.9	27	87	2	223	32	22	5	39	1.77
14350738--14350921	54	3.4	54	86	0	260	32	23	4	39	1.76
14350738--14350921	81	2.3	81	89	3	273	32	23	4	39	1.76
14350953--14351157	27	7.6	27	87	4	281	40	21	8	28	1.82
14351123--14351216	27	3.4	27	79	5	98	41	17	8	32	1.79
14350953--14351216	54	4.8	55	84	3	207	40	19	8	31	1.82
14352148--14352215	24	2.8	25	93	2	111	22	29	25	23	1.99
14352363--14352454	42	2.2	42	96	0	166	31	14	20	33	1.92
14352478--14352561	31	2.7	31	92	1	143	28	17	25	28	1.98
14352540--14352807	134	2.0	134	100	0	536	23	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14355768--14355799	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
14355883--14355916	14	2.6	14	90	9	54	26	20	14	38	1.91
14360095--14360339	47	5.2	47	89	0	364	33	9	30	26	1.88
14362234--14362346	27	4.2	26	84	8	136	17	23	22	36	1.95
14362234--14362346	55	2.1	54	86	5	156	17	23	22	36	1.95
14366683--14367018	48	7.0	48	74	6	252	25	27	19	26	1.99
14366686--14367016	96	3.4	98	78	6	284	26	27	19	27	1.99
14367607--14367655	21	2.3	21	96	0	89	38	20	14	26	1.91
14369723--14369817	43	2.2	43	81	7	113	33	15	23	27	1.95
14369745--14369827	43	1.9	43	82	4	105	34	14	22	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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