genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  28  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8874221--8874272	21	2.5	22	84	6	63	46	7	1	44	1.43
8874893--8874977	36	2.3	36	84	8	109	25	1	17	55	1.49
8874891--8874971	9	8.9	9	80	12	85	25	1	17	55	1.49
8874891--8875079	13	13.6	14	67	21	71	22	1	19	56	1.50
8878444--8878787	27	12.8	27	73	13	230	38	18	9	33	1.83
8878444--8878786	54	6.4	54	81	6	317	39	17	9	33	1.83
8878444--8878652	81	2.6	81	85	5	280	38	18	9	33	1.83
8878466--8878785	81	4.0	80	77	10	287	39	17	10	33	1.83
8878582--8878801	107	2.0	107	79	9	234	40	17	10	31	1.83
8879192--8879258	27	2.5	28	76	14	68	23	19	13	43	1.86
8879507--8879574	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
8882646--8882937	54	5.4	54	82	2	311	41	19	6	32	1.78
8882646--8882939	81	3.6	80	79	7	299	41	19	6	32	1.78
8882646--8882940	27	11.0	26	80	7	261	41	19	6	32	1.78
8883264--8883334	22	3.5	19	92	7	81	26	28	16	28	1.97
8883277--8883334	22	2.6	22	100	0	116	29	25	15	29	1.96
8883372--8883447	27	2.8	27	81	0	80	21	15	19	43	1.88
8892247--8892276	15	2.0	15	93	0	51	80	0	3	16	0.85
8897869--8897930	30	2.1	30	96	0	115	29	9	20	40	1.84
8899690--8899742	27	2.0	27	96	0	97	30	22	32	15	1.94
8903379--8903459	40	2.0	40	95	0	144	27	35	7	29	1.84
8908912--8908982	8	9.1	8	83	6	92	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8909282--8909320	21	1.9	20	84	5	51	30	12	0	56	1.37
8913081--8913122	21	2.0	21	86	9	59	38	0	19	42	1.51
8913579--8913646	26	2.7	26	80	11	70	19	22	22	36	1.95
8913629--8913683	24	2.2	25	78	18	62	20	20	21	38	1.94
8913614--8913769	74	2.1	73	81	7	181	19	23	21	36	1.95
8913614--8913708	25	3.9	22	69	21	57	22	20	20	37	1.94
8913689--8913795	24	4.3	24	75	12	67	16	25	22	35	1.95
8913714--8913797	24	3.4	23	79	9	78	17	26	21	34	1.96
8915796--8915853	30	2.0	29	83	6	73	41	27	0	31	1.56
8916603--8916656	23	2.3	24	84	15	69	64	0	3	31	1.11
8918067--8918115	15	3.3	15	85	0	53	20	30	22	26	1.98
8918246--8918295	17	2.8	18	71	17	50	30	22	18	30	1.97
8918246--8918324	36	2.2	35	84	6	97	30	22	17	29	1.97
8918663--8918722	31	1.9	31	90	6	95	23	13	36	26	1.92
8926137--8926172	18	2.0	18	94	0	63	25	16	16	41	1.89
8940412--8940465	27	2.0	27	96	0	99	24	18	24	33	1.97
8944212--8944282	37	1.9	37	91	0	115	38	25	11	25	1.89
8955393--8955425	12	2.6	13	95	4	59	9	0	15	75	1.03
8957051--8957144	24	4.0	23	82	9	102	21	22	20	36	1.95
8957069--8957159	23	4.0	23	81	9	105	20	20	20	37	1.95
8960517--8960710	29	6.7	29	86	3	248	41	12	25	20	1.88
8960529--8960698	88	1.9	88	90	2	270	40	11	27	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8963134--8963287	42	3.6	42	78	3	166	31	15	23	29	1.95
8972295--8972330	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
8984187--8984235	20	2.5	20	87	12	66	57	8	0	34	1.29
8985676--8985719	15	2.9	15	83	13	54	52	0	9	38	1.33
8990748--8990773	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
8991301--8991453	3	51.0	3	75	10	98	62	3	6	27	1.38
8995125--8995187	31	2.0	32	84	9	85	58	4	6	30	1.43
8996443--8996489	24	2.0	24	95	0	85	25	44	4	25	1.72
8996579--8996631	24	2.1	26	86	6	74	58	9	18	13	1.61
9002726--9002797	25	2.9	25	85	0	81	43	22	20	13	1.87
9004623--9004670	24	2.0	25	87	4	71	37	16	22	22	1.94
9006413--9006553	75	1.9	75	83	2	185	30	14	10	44	1.79
9013389--9013420	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
9013675--9014557	50	17.7	50	100	0	1766	35	28	10	25	1.88
9015011--9015057	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
9018401--9018435	17	2.1	16	89	5	52	34	0	0	65	0.93
9018399--9018440	6	7.2	6	86	5	50	33	0	0	66	0.92
9018405--9018470	28	2.3	29	79	12	73	36	3	0	60	1.12
9018418--9018471	20	2.7	20	75	8	56	35	3	0	61	1.14
9018468--9018555	42	2.1	42	82	4	106	23	1	11	63	1.34
9019641--9019671	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
9031857--9031953	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9034184--9034268	30	2.8	30	80	7	109	12	21	1	64	1.34
9034244--9034268	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
9034271--9034301	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
9034352--9034411	5	11.4	5	77	19	52	5	16	1	76	1.04
9034353--9034411	31	1.9	30	83	13	75	5	16	1	76	1.05
9034367--9034422	20	2.8	21	76	13	55	3	17	1	76	1.01
9035823--9035935	32	3.5	33	78	8	115	35	8	11	44	1.72
9046967--9047244	49	5.6	49	87	1	385	23	16	29	30	1.96
9046967--9047244	99	2.8	99	91	0	432	23	16	29	30	1.96
9046967--9047244	148	1.9	149	93	2	488	23	16	29	30	1.96
9049947--9050014	5	11.7	6	71	22	56	51	2	1	44	1.25
9049947--9050072	20	6.9	18	69	21	68	52	3	2	42	1.30
9049998--9050073	37	2.1	36	83	11	93	53	2	2	40	1.28
9052099--9052132	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
9052096--9052139	18	2.4	18	77	7	54	20	43	25	11	1.85
9059575--9059698	23	5.5	22	73	10	108	25	21	18	34	1.96
9059549--9059700	45	3.4	44	81	8	164	26	21	17	34	1.96
9065357--9065393	18	2.1	18	100	0	74	45	10	10	32	1.74
9065501--9065525	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
9068314--9068387	27	2.7	27	83	6	87	25	10	25	37	1.88
9073654--9073880	40	5.7	40	94	0	400	29	20	27	22	1.99
9080763--9080841	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9080959--9081369	47	8.7	47	97	0	768	29	29	9	31	1.88
9081231--9081309	25	3.3	25	64	10	74	32	27	6	32	1.82
9083746--9083814	35	2.0	35	97	0	129	14	36	15	33	1.89
9084935--9085275	40	8.5	40	83	3	366	24	27	22	24	2.00
9085583--9085661	29	2.7	29	82	5	97	26	32	16	24	1.96
9096648--9096712	29	2.2	29	91	0	112	26	15	27	30	1.96
9112408--9112464	29	2.0	29	96	0	105	26	15	29	28	1.96
9114612--9114642	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
9122692--9122731	20	2.0	20	85	9	55	37	17	7	37	1.78
9123238--9123264	10	2.7	10	100	0	54	33	0	37	29	1.58
9127635--9127701	27	2.5	27	97	0	125	25	22	16	35	1.94
9127718--9127818	27	3.7	27	89	2	150	34	15	17	31	1.92
9127924--9127972	18	2.8	18	96	3	91	16	42	22	18	1.88
9134855--9135039	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
9134822--9135039	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
9149166--9149711	274	2.0	274	99	0	1083	29	22	25	23	1.99
9157165--9157321	28	5.5	28	75	6	145	30	29	18	21	1.97
9157192--9157293	29	3.6	29	80	7	118	29	31	16	22	1.96
9157165--9157325	57	2.8	57	91	0	241	30	29	18	21	1.97
9157353--9158284	40	23.3	40	98	0	1747	23	31	22	22	1.98
9162458--9162486	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
9167972--9168156	40	4.7	40	79	7	191	25	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9168025--9168179	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	24	2.00
9176889--9177334	222	2.0	222	99	0	883	40	19	7	32	1.80
9177634--9177788	41	3.6	43	78	5	134	28	29	17	25	1.97
9178017--9178046	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
9188510--9188676	47	3.6	47	75	13	182	22	16	29	31	1.96
9188514--9188722	93	2.2	93	93	0	355	20	17	30	31	1.96
9188555--9188730	46	3.8	46	76	12	189	19	18	30	31	1.96
9197870--9198002	66	2.0	66	94	0	230	36	9	21	31	1.86
9208847--9209262	47	8.8	47	98	1	760	31	8	30	29	1.87
9211277--9211413	37	3.7	37	95	0	238	24	32	18	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235