genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20815313--20815361	15	3.1	15	82	5	53	34	2	32	30	1.69
20815479--20815557	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
20820054--20820177	47	2.7	45	83	3	169	27	31	17	23	1.97
20822449--20822520	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
20823469--20823585	31	3.8	31	84	5	157	25	25	16	32	1.96
20823809--20823873	25	2.6	25	90	0	94	24	23	24	27	2.00
20824088--20824123	18	2.0	18	94	0	63	25	27	25	22	2.00
20824112--20824169	27	2.1	27	90	0	89	22	20	24	32	1.98
20826031--20826149	31	3.8	30	76	11	123	31	16	26	26	1.97
20826249--20826354	49	2.2	48	89	3	158	28	12	29	30	1.93
20826310--20826423	42	2.7	42	82	2	140	32	13	26	28	1.93
20827228--20827323	27	3.6	27	91	1	158	21	16	22	38	1.93
20827312--20827411	27	3.8	27	83	7	98	29	10	21	40	1.85
20827367--20827470	27	3.9	27	81	0	91	33	7	21	37	1.82
20827403--20827668	81	3.3	80	81	5	284	40	8	21	30	1.82
20827403--20827668	54	4.9	54	84	0	300	40	8	21	30	1.82
20827432--20827668	27	8.8	27	85	1	305	40	8	21	29	1.82
20827452--20827695	81	3.0	81	84	0	218	40	8	21	29	1.83
20829335--20829431	47	2.1	47	92	3	160	26	20	22	29	1.99
20829314--20829432	24	5.0	24	86	9	163	26	21	22	29	1.99
20829489--20829564	9	7.9	9	70	18	55	34	21	9	35	1.85
20829485--20829566	20	4.2	20	95	3	148	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20829485--20829555	9	7.1	11	67	20	57	30	19	12	36	1.89
20829485--20829566	39	2.1	40	95	2	148	31	19	12	36	1.89
20829603--20829650	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
20836281--20836332	24	2.1	24	86	10	70	23	17	23	36	1.95
20836385--20836527	20	7.2	20	99	0	277	33	19	10	36	1.86
20837550--20839089	764	2.0	768	97	1	2881	34	24	15	25	1.94
20840632--20840748	31	3.8	31	90	1	173	24	27	16	31	1.96
20840960--20841011	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
20840967--20841036	25	2.8	25	88	0	95	25	24	24	25	2.00
20841243--20841368	27	4.7	27	84	4	157	25	21	19	33	1.97
20841238--20841368	54	2.4	54	89	5	194	25	20	20	33	1.97
20844113--20844184	27	2.7	27	95	0	126	25	18	22	34	1.96
20844169--20844269	27	3.8	27	83	6	107	28	8	20	41	1.83
20844225--20844328	27	3.9	27	80	0	91	31	6	22	39	1.80
20844289--20844580	27	10.8	27	89	0	368	39	7	22	30	1.81
20849464--20849530	32	2.1	32	85	0	89	28	13	28	29	1.94
20850380--20850413	16	2.1	16	94	0	59	38	8	23	29	1.85
20854214--20854302	32	2.8	32	84	0	106	26	16	28	28	1.97
20854224--20854306	32	2.6	32	88	0	112	25	18	28	27	1.98
20856017--20856067	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
20860563--20860829	46	5.7	48	78	10	220	27	19	28	25	1.99
20860563--20860828	140	1.9	141	81	6	326	27	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20865146--20865271	38	3.3	38	88	0	162	24	18	23	34	1.96
20869594--20869776	40	4.6	39	82	4	188	26	27	21	25	1.99
20869708--20869785	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
20873765--20873794	14	2.1	14	100	0	60	26	6	13	53	1.64
20878061--20878246	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
20878063--20878246	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
20885835--20886005	93	1.8	93	87	2	254	22	20	27	29	1.98
20891321--20891351	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
20893595--20893621	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
20895021--20895214	92	2.1	92	88	5	286	44	4	4	46	1.41
20895246--20895279	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
20895251--20895298	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
20895343--20895394	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
20901262--20901359	48	2.0	48	94	0	169	32	12	15	39	1.84
20901609--20902513	46	19.7	46	99	0	1756	21	21	28	28	1.99
20904212--20904401	41	4.7	41	85	1	240	25	14	26	33	1.95
20904209--20904401	81	2.4	82	84	1	246	25	15	25	33	1.95
20906456--20906534	37	2.1	37	88	0	113	25	32	17	24	1.97
20906652--20907077	47	9.2	48	75	14	335	28	31	8	30	1.88
20906652--20907077	132	3.1	136	83	10	524	28	31	8	30	1.88
20906852--20907077	96	2.4	95	95	1	400	29	30	8	30	1.88
20907776--20907853	35	2.3	35	93	2	131	17	34	10	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20907784--20907839	18	3.2	18	67	23	55	16	33	7	42	1.75
20910468--20910679	40	5.3	41	78	10	149	25	28	19	26	1.99
20910971--20911044	29	2.6	29	89	4	105	25	32	16	25	1.96
20911026--20911128	43	2.4	43	95	0	179	24	34	17	23	1.96
20911321--20911384	32	2.0	32	96	0	119	28	29	3	39	1.72
20912702--20912740	19	2.0	20	90	5	62	43	0	12	43	1.42
20917473--20917655	79	2.3	81	82	9	216	24	21	28	25	1.99
20917473--20917657	40	4.7	40	82	6	216	23	21	28	25	1.99
20930146--20930590	39	11.4	39	86	1	559	28	28	22	20	1.99
20937126--20937204	31	2.5	31	85	0	122	29	22	16	31	1.96
20937228--20937319	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
20937464--20937690	26	8.8	26	92	0	368	26	23	23	26	2.00
20937464--20937690	52	4.4	52	98	1	440	26	23	23	26	2.00
20938492--20938584	27	3.4	27	88	2	116	19	25	19	35	1.95
20938514--20938592	27	2.9	27	88	3	106	18	24	22	34	1.97
20938614--20939000	27	14.3	27	75	5	181	32	8	20	39	1.83
20938727--20938957	81	2.9	80	84	1	264	30	7	20	41	1.81
20938925--20939056	27	4.9	27	80	3	115	41	6	18	32	1.77
20938925--20939080	54	2.9	53	82	4	154	40	7	19	32	1.80
20942609--20942650	17	2.5	17	100	0	84	9	28	42	19	1.82
20952364--20952535	46	3.7	46	80	14	192	28	19	29	23	1.98
20953749--20953788	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20955660--20955697	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
20957508--20957574	34	2.0	34	93	0	116	34	10	25	29	1.89
20964783--20964955	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
20964780--20964950	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
20967014--20967323	49	6.6	49	71	9	166	24	30	18	26	1.98
20967200--20967326	46	2.8	44	82	8	148	22	30	19	26	1.98
20989882--20990059	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
20989903--20990058	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
20997399--20997465	34	2.0	34	85	5	91	23	22	19	34	1.97
20998920--20999323	50	8.0	50	76	5	357	27	15	24	31	1.96
20998924--20999319	151	2.6	151	81	5	424	27	15	24	32	1.96
21002836--21002895	15	4.0	15	86	0	75	13	18	13	55	1.70
21005889--21006216	50	6.5	50	85	0	377	26	14	26	31	1.95
21005838--21006227	151	2.6	150	82	2	449	26	15	25	32	1.95
21006427--21006458	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
21008270--21008296	11	2.5	11	100	0	54	44	29	0	25	1.54
21015092--21015205	55	2.1	55	94	0	201	37	21	7	32	1.83
21017374--21017400	13	2.1	13	100	0	54	18	22	14	44	1.86
21018071--21018097	13	2.1	13	100	0	54	18	22	14	44	1.86
21039294--21039333	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
21039379--21039448	25	2.8	25	91	0	104	25	25	22	25	2.00
21039669--21039752	31	2.7	30	87	1	114	34	19	22	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21041701--21041850	75	2.0	74	94	1	264	17	23	40	18	1.91
21042087--21042165	27	2.9	27	80	10	81	39	21	11	27	1.88
21042090--21042174	27	3.1	28	75	21	74	43	21	9	25	1.82
21042157--21042379	27	8.2	27	85	2	277	30	22	6	39	1.80
21042567--21042636	31	2.3	31	82	5	88	21	15	12	50	1.78
21045873--21045984	46	2.4	46	83	5	145	35	15	20	28	1.93
21047431--21047495	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
21047932--21048245	27	11.6	27	89	1	468	24	20	20	35	1.96
21048238--21048365	27	4.7	28	80	6	140	39	9	21	29	1.85
21048238--21048365	54	2.4	54	82	5	161	39	9	21	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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