genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230707--230731	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
233677--233749	12	6.6	12	69	23	52	21	10	10	56	1.65
233677--233749	18	4.1	18	78	7	85	21	10	10	56	1.65
233760--233836	18	4.3	18	78	5	75	23	6	15	54	1.64
233790--233836	6	7.8	6	92	0	67	25	2	17	55	1.53
233888--234064	48	3.6	48	87	6	255	22	12	17	47	1.81
233893--234043	52	3.0	52	92	3	238	22	12	17	47	1.81
235645--235705	26	2.3	27	78	16	65	1	29	0	68	0.99
247300--247397	39	2.6	36	79	9	90	36	0	1	62	1.02
259373--259417	20	2.2	21	84	4	56	51	4	2	42	1.34
264747--264810	31	2.0	31	81	6	74	42	6	15	35	1.72
269044--269093	2	25.0	2	100	0	100	0	0	50	50	1.00
269093--269131	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
269350--269414	29	2.2	31	86	5	89	56	4	4	33	1.40
269365--269420	29	1.9	29	85	0	76	64	5	1	28	1.26
269645--269669	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
269649--269701	27	1.9	28	84	3	72	62	0	1	35	1.06
269658--269718	21	3.0	20	81	9	70	60	1	3	34	1.23
270820--270852	13	2.4	14	90	5	50	69	3	0	27	1.03
270848--270933	30	2.8	31	84	5	113	29	24	4	41	1.75
270860--270943	30	2.8	30	85	3	107	29	25	3	41	1.72
271327--271372	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271330--271358	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
271327--271372	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
271328--271384	25	2.2	24	84	9	69	68	0	31	0	0.90
271461--271514	19	2.8	20	70	13	58	72	18	9	0	1.11
271681--271723	22	2.0	22	86	8	63	34	13	9	41	1.77
271827--271895	36	1.9	35	88	2	102	28	14	11	44	1.80
271827--272179	17	19.9	17	67	13	178	30	14	10	44	1.78
281783--281820	19	2.0	20	89	5	60	15	0	5	78	0.91
282507--282546	21	1.9	21	84	0	53	17	7	35	40	1.78
283382--283440	31	1.9	31	85	0	82	35	6	10	47	1.64
286637--286680	15	3.3	13	82	14	54	36	6	2	54	1.40
291882--291919	20	1.9	19	89	5	58	71	2	15	10	1.25
296896--296955	29	2.1	29	90	0	93	50	6	1	41	1.39
304828--304870	22	2.0	22	82	13	54	65	0	0	34	0.93
306366--306409	19	2.2	20	84	15	56	63	9	2	25	1.35
306366--306410	20	2.2	21	84	11	58	64	8	2	24	1.34
307870--307939	21	3.3	21	71	28	67	48	1	0	50	1.09
312595--312635	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
317375--317415	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
322891--323176	3	92.3	3	67	18	88	28	9	3	58	1.45
323205--323283	20	3.4	23	69	16	65	30	5	1	63	1.24
323210--323257	23	2.0	23	88	8	69	29	6	0	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324039--324094	28	2.0	28	92	0	94	26	19	19	33	1.96
327430--327481	21	2.5	21	93	0	86	11	23	9	55	1.64
327856--327970	40	2.9	39	74	6	117	37	21	18	22	1.94
328025--328227	41	5.0	41	91	0	316	19	23	29	28	1.98
328663--328695	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
328914--328987	14	5.3	14	83	6	69	24	0	44	31	1.54
328914--328979	7	9.4	7	88	0	78	22	0	45	31	1.53
328927--328987	21	2.9	21	80	9	70	24	0	45	29	1.53
333407--333497	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
333772--334038	43	6.3	43	82	8	284	20	18	31	29	1.97
333792--334030	84	2.8	83	80	9	254	22	19	30	27	1.98
334130--334174	22	2.1	21	83	4	54	42	24	17	15	1.88
335114--335169	28	2.0	28	89	0	85	42	12	12	32	1.80
338963--338987	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
340840--340868	12	2.4	12	100	0	58	37	0	0	62	0.96
347893--347946	13	4.7	12	75	22	53	74	3	0	22	0.98
347892--347946	23	2.4	23	82	11	69	74	3	0	21	0.97
348213--348246	17	1.9	18	88	5	52	41	0	2	55	1.15
354875--354965	42	2.2	43	82	9	116	60	3	8	27	1.42
354873--354941	19	3.4	19	68	26	52	65	1	7	26	1.27
355152--355195	14	3.1	14	80	0	52	54	4	2	38	1.33
355024--355364	141	2.4	141	79	9	349	57	6	4	31	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355245--355285	17	2.5	17	81	14	50	60	0	7	31	1.24
356780--356827	24	2.0	24	83	0	60	14	10	2	72	1.19
358711--358762	27	1.9	27	92	0	86	28	17	17	36	1.92
360451--360600	77	1.9	78	87	4	223	40	5	6	48	1.52
364482--364546	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
364652--364741	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
364652--364766	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
365692--365799	54	2.0	53	98	1	207	32	16	27	22	1.95
365881--365914	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
379046--379108	26	2.3	28	76	15	69	39	11	4	44	1.61
387645--387683	19	2.1	19	95	0	69	28	15	35	20	1.93
392844--392974	65	2.0	65	96	0	244	29	6	6	56	1.52
393818--393920	44	2.3	45	84	3	127	29	23	13	33	1.93
408592--408626	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
408781--408845	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
408866--408997	25	5.6	25	72	15	93	56	3	4	35	1.35
409484--409613	30	4.3	30	90	1	190	20	5	48	26	1.70
409517--409572	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
409530--409628	30	3.3	30	92	4	155	20	5	50	24	1.68
410254--410569	88	3.6	86	78	8	257	34	20	15	29	1.93
410332--410568	87	2.7	86	80	7	239	34	19	16	29	1.94
410511--410949	77	5.8	77	93	2	687	30	21	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
411297--411560	75	3.6	73	85	4	325	31	22	16	29	1.96
411297--411565	147	1.8	146	84	4	369	31	22	16	29	1.96
418863--418906	9	5.2	9	77	22	51	25	0	0	75	0.81
418860--418907	5	8.8	5	86	13	60	25	0	0	75	0.81
419217--419308	46	2.0	45	95	2	166	30	16	23	28	1.96
419737--419767	6	5.2	6	92	0	53	48	16	19	16	1.81
419790--419814	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
426031--426065	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
426615--426713	30	3.3	30	89	0	162	19	6	49	25	1.71
427259--427315	27	2.1	27	93	0	96	29	35	5	29	1.79
429072--429153	40	2.0	40	95	0	146	36	9	6	47	1.61
429081--429149	23	3.3	23	63	23	60	42	10	5	42	1.62
434551--434791	43	5.6	43	85	1	268	29	29	15	24	1.96
447168--447198	14	2.2	14	94	0	53	67	0	3	29	1.06
455982--456037	29	1.9	29	85	0	76	33	14	16	35	1.88
461456--461563	44	2.4	44	84	3	135	31	23	12	33	1.91
463211--463259	21	2.3	21	78	0	53	20	36	26	16	1.93
466767--466870	51	2.0	51	98	0	199	38	13	15	32	1.86
468731--468876	71	2.0	72	97	1	276	39	18	18	23	1.92
472851--472900	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
493054--493094	21	2.0	21	100	0	82	39	4	51	4	1.45
496097--496134	19	2.0	19	94	0	67	21	10	7	60	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
497617--497703	42	2.1	42	100	0	174	29	8	16	45	1.75
505288--505385	49	2.0	49	100	0	196	32	22	18	26	1.97
506792--506932	63	2.2	63	81	5	151	33	30	8	27	1.87
508487--508601	43	2.6	44	81	9	137	26	18	25	30	1.98
519024--519076	20	2.6	20	77	19	56	62	5	1	30	1.29
519052--519108	21	2.7	21	75	17	55	68	1	1	28	1.09
519081--519152	24	3.0	24	82	11	85	62	0	0	37	0.95
519099--519136	17	2.2	18	85	4	51	55	0	0	44	0.99
522417--522471	28	1.9	29	85	3	76	12	27	21	38	1.90
522419--522495	29	2.7	29	79	2	75	14	25	22	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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