genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28018986--28019155	40	4.3	40	89	0	207	23	21	28	27	1.99
28018933--28019157	80	2.8	79	82	3	245	24	20	28	27	1.99
28019011--28019190	79	2.3	80	82	3	213	25	20	28	26	1.99
28021302--28021368	34	2.0	34	93	0	116	17	13	35	32	1.89
28026279--28026355	25	3.1	24	85	5	91	24	19	23	32	1.97
28026561--28026721	27	6.0	27	91	0	232	26	21	17	34	1.95
28026766--28026918	81	1.9	81	87	2	227	29	7	20	42	1.79
28026725--28026918	27	7.2	27	83	2	201	31	8	19	40	1.82
28026725--28027107	27	14.2	27	83	3	191	35	8	20	35	1.84
28026793--28027037	81	3.0	81	78	2	215	35	7	21	35	1.82
28026911--28027094	54	3.4	54	92	0	305	40	8	22	28	1.83
28026911--28027094	81	2.3	81	92	0	305	40	8	22	28	1.83
28026911--28027132	81	2.7	81	87	0	282	38	9	21	31	1.84
28029321--28029397	25	3.1	25	86	1	102	28	19	20	31	1.97
28029605--28029740	27	5.0	27	91	0	209	25	22	19	32	1.97
28029730--28029791	27	2.4	26	74	15	65	32	11	19	37	1.87
28029781--28029857	27	2.9	27	96	0	136	31	10	19	38	1.85
28029874--28029986	27	4.2	27	93	0	199	41	9	22	26	1.84
28035106--28035193	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
28052407--28052643	40	5.9	40	83	4	246	16	16	24	42	1.88
28052407--28052623	120	1.8	120	84	4	303	17	16	24	41	1.89
28053307--28053362	20	2.8	20	86	0	67	50	0	28	21	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28070199--28070349	75	2.0	75	92	0	248	29	20	13	36	1.91
28076413--28076464	23	2.2	23	86	6	68	25	26	9	38	1.86
28080210--28080386	40	4.4	40	92	1	275	22	24	27	24	2.00
28080210--28080410	40	5.0	40	87	4	255	22	23	27	25	2.00
28088312--28088486	40	4.4	40	82	7	180	21	22	29	26	1.99
28094308--28094414	56	1.9	56	88	0	160	43	14	14	28	1.83
28094445--28094551	56	1.9	57	94	1	189	51	14	9	24	1.72
28106476--28106508	15	2.1	17	88	11	52	48	18	15	18	1.81
28108754--28108907	42	3.7	42	76	1	148	29	13	25	31	1.94
28110959--28111032	37	2.0	37	84	5	96	33	25	8	32	1.85
28118775--28118924	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
28118747--28118924	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
28118748--28118903	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
28121532--28121623	43	2.1	43	93	0	157	68	4	21	5	1.28
28123700--28123802	28	3.7	28	77	5	109	29	33	12	25	1.92
28129012--28129123	27	4.1	27	75	7	102	39	21	21	17	1.93
28129536--28129568	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
28132414--28132474	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
28133602--28133673	36	2.0	36	86	0	99	23	27	12	36	1.91
28135889--28135949	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
28138870--28139019	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28138894--28139077	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28142545--28142605	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
28143036--28143153	59	2.0	59	94	0	209	33	7	16	41	1.77
28144037--28144207	86	2.0	86	92	0	288	30	9	19	40	1.84
28151462--28151518	28	2.1	27	87	6	80	38	24	22	14	1.91
28151474--28151566	48	1.9	49	82	6	118	33	22	23	20	1.97
28151982--28152013	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
28163299--28163369	22	3.1	22	67	11	61	45	18	8	28	1.78
28163924--28164032	37	2.9	37	93	0	173	26	31	19	22	1.98
28164377--28164562	47	4.0	47	89	0	273	26	29	10	32	1.90
28164462--28164533	22	3.1	22	66	24	58	25	29	12	33	1.92
28167683--28167707	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
28177924--28178235	40	7.8	40	90	0	489	25	26	21	26	2.00
28179470--28179614	37	3.9	37	92	0	227	24	32	20	22	1.98
28179744--28181060	47	28.0	47	97	0	2418	31	27	8	32	1.87
28195930--28195967	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
28202436--28202731	29	10.2	29	76	6	215	21	25	13	38	1.91
28202448--28202663	116	1.9	117	87	2	319	21	26	11	39	1.88
28202450--28202727	116	2.4	116	82	3	317	21	26	12	38	1.89
28208444--28208654	48	4.4	48	80	5	230	26	25	18	29	1.98
28217963--28218050	29	3.0	29	83	3	104	21	22	14	40	1.90
28248549--28249063	49	10.6	49	95	1	914	33	8	28	29	1.86
28249182--28249260	37	2.1	37	86	4	106	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28260812--28261074	47	5.6	46	75	12	200	28	18	29	23	1.98
28260813--28261075	140	1.9	141	84	4	361	28	18	29	23	1.98
28268586--28268847	46	5.6	46	77	11	205	22	29	18	29	1.97
28268584--28268851	94	2.9	91	73	13	231	23	29	18	29	1.97
28268586--28268847	140	1.9	140	81	7	325	22	29	18	29	1.97
28270250--28270303	22	2.5	22	87	3	74	18	37	31	12	1.89
28273256--28273443	96	2.0	96	86	0	268	31	19	14	34	1.92
28274445--28274481	17	2.3	17	90	9	60	2	10	2	83	0.84
28274444--28274481	15	2.3	18	82	17	55	2	10	2	84	0.83
28278931--28278964	16	2.1	16	88	5	50	64	5	23	5	1.38
28280589--28280685	49	2.0	49	83	0	122	27	13	30	27	1.94
28281534--28281633	47	2.2	46	83	8	123	32	9	12	47	1.72
28284548--28284824	138	2.0	138	97	0	527	34	10	19	36	1.85
28284784--28284870	42	2.1	42	93	0	147	26	10	28	34	1.89
28285767--28285795	8	3.8	8	90	9	51	51	13	0	34	1.42
28285767--28285797	15	2.1	15	100	0	62	54	12	0	32	1.38
28294024--28294048	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
28294906--28294955	25	2.0	25	100	0	100	20	8	20	52	1.71
28297605--28297646	21	2.0	21	95	0	75	42	4	16	35	1.69
28298380--28298489	42	2.6	42	82	2	123	28	12	20	38	1.90
28300315--28300412	24	4.0	24	89	1	142	37	5	37	19	1.74
28302030--28302122	32	2.8	32	77	6	89	26	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28308257--28308354	24	4.0	24	85	1	133	35	5	37	21	1.76
28315935--28316196	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
28323151--28323179	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
28327786--28328818	40	25.8	40	97	0	1854	22	22	29	25	1.99
28330635--28330695	19	3.1	20	72	13	54	36	18	8	37	1.80
28330648--28330755	20	5.5	19	84	6	69	37	17	9	36	1.82
28330685--28330755	20	3.5	20	90	3	108	38	16	9	35	1.82
28330639--28330755	40	3.0	40	78	13	109	37	17	9	35	1.82
28333560--28333627	25	2.7	25	81	0	82	30	17	17	33	1.94
28334395--28334538	48	3.0	47	85	4	180	35	25	17	21	1.95
28344914--28345061	43	3.4	43	74	7	113	32	24	18	25	1.97
28344960--28345061	42	2.4	43	78	3	107	32	24	18	24	1.97
28345506--28345647	73	1.9	73	98	0	275	38	26	4	31	1.75
28351634--28351791	43	3.7	43	80	9	162	31	26	17	25	1.97
28355887--28356071	40	4.6	40	78	2	192	25	27	22	24	2.00
28364321--28364465	44	3.4	45	78	12	144	26	22	17	32	1.97
28369169--28369202	17	1.9	17	88	5	50	44	5	11	38	1.65
28381657--28381708	10	5.1	10	90	2	77	21	5	0	73	1.04
28384980--28385080	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
28399997--28400098	42	2.4	43	80	6	109	31	25	15	27	1.96
28401596--28401763	46	3.6	45	78	10	169	22	27	20	29	1.98
28401596--28401766	94	1.8	92	85	7	238	22	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28407999--28408038	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
28419411--28419580	92	1.8	93	86	5	245	23	28	20	27	1.99
28429559--28429602	23	2.0	22	100	0	79	22	34	13	27	1.92
28430513--28430607	40	2.4	39	84	3	120	14	11	36	36	1.83
28436577--28436603	13	2.1	13	100	0	54	14	37	40	7	1.74
28447397--28447461	5	12.6	5	85	12	87	38	0	0	61	0.96
28447397--28447461	8	8.4	8	76	19	66	38	0	0	61	0.96
28449365--28449578	106	2.0	106	98	0	410	17	17	16	47	1.83
28470641--28470757	59	2.0	59	94	0	207	20	23	28	27	1.99
28474498--28474555	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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