genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69137311--69137433	25	5.2	25	62	18	82	30	8	34	27	1.86
69137324--69137445	22	5.3	22	63	18	68	29	9	33	27	1.89
69137686--69137765	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
69144078--69144255	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
69144099--69144254	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
69147079--69147168	46	2.0	46	84	4	119	27	21	27	23	1.99
69147270--69147393	47	2.6	47	94	0	221	28	17	28	25	1.98
69160140--69160196	25	2.3	25	82	8	64	28	1	17	52	1.54
69160345--69160460	43	2.7	42	86	1	142	17	18	33	31	1.94
69174828--69174973	68	2.1	68	86	2	195	26	13	17	42	1.87
69175174--69175364	69	2.8	69	83	1	240	28	11	16	43	1.82
69177882--69178073	104	1.8	105	93	1	332	25	22	29	22	1.99
69181347--69181421	36	2.1	36	89	0	114	34	17	12	36	1.87
69181740--69181801	6	10.2	6	75	3	61	8	17	0	74	1.06
69181760--69181813	12	4.8	12	72	21	53	11	18	0	70	1.16
69184150--69184179	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
69185973--69186137	43	3.9	43	85	4	192	24	21	30	23	1.99
69186071--69186217	40	3.6	41	76	5	109	28	19	27	23	1.99
69186016--69186217	43	4.9	41	79	7	185	26	20	29	23	1.99
69190941--69190984	19	2.2	20	88	4	63	29	2	2	65	1.16
69197947--69197986	11	3.5	11	86	3	53	40	5	7	47	1.54
69199480--69199519	20	2.0	20	85	9	55	15	7	5	72	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69201867--69201965	30	3.3	30	91	0	162	27	48	6	18	1.71
69201907--69201960	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
69205926--69205997	36	2.0	35	94	2	126	37	16	29	15	1.89
69209533--69209568	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
69209565--69209950	75	4.9	75	77	14	343	31	16	20	32	1.94
69209466--69210507	175	6.3	159	78	13	741	28	16	20	35	1.94
69210028--69210062	14	2.5	14	95	0	61	20	20	2	57	1.54
69209803--69211763	146	11.7	168	74	18	887	28	16	19	35	1.94
69209803--69210287	84	5.7	83	87	7	643	29	17	19	34	1.94
69209783--69210268	259	1.9	258	90	2	787	28	16	18	35	1.93
69210382--69210580	73	2.7	73	97	0	371	31	14	21	33	1.93
69210601--69210645	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
69210532--69210901	100	3.8	101	81	9	423	25	17	18	38	1.92
69210834--69211351	73	7.0	72	84	7	580	30	16	20	32	1.95
69210834--69211340	147	3.4	146	88	4	691	30	16	21	31	1.96
69211288--69211764	91	5.3	88	79	10	395	27	16	18	37	1.92
69211422--69211454	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
69211288--69211763	183	2.7	176	80	10	450	27	16	18	37	1.92
69211366--69211848	91	5.4	87	77	11	365	28	15	18	37	1.92
69212503--69212571	30	2.3	30	94	0	120	28	49	5	15	1.68
69214762--69214799	14	2.6	15	79	8	51	39	10	7	42	1.69
69217446--69217530	40	2.1	40	95	0	152	23	20	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69222462--69222997	269	2.0	270	93	0	921	26	18	22	32	1.97
69231370--69231666	164	1.8	164	94	1	533	31	14	18	35	1.91
69232236--69232821	294	2.0	294	98	0	1145	22	19	30	27	1.98
69239503--69239680	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
69239500--69239680	82	2.2	81	85	2	238	27	15	27	29	1.96
69241814--69241846	16	2.1	16	94	0	57	21	21	24	33	1.97
69253669--69253846	40	4.5	40	86	3	227	24	28	23	23	1.99
69258733--69258778	5	9.0	5	78	21	51	60	0	2	36	1.09
69272054--69272177	23	5.3	23	75	14	103	33	18	24	23	1.97
69272064--69272200	44	3.0	45	82	9	136	35	18	22	23	1.96
69274173--69274243	19	3.9	17	69	18	54	64	0	1	33	1.02
69274540--69274608	11	5.8	12	69	14	54	60	1	2	34	1.20
69274583--69274628	17	2.8	17	75	15	51	63	6	0	30	1.20
69274495--69274626	58	2.2	60	80	12	150	59	2	4	33	1.30
69274638--69274743	14	7.0	15	72	11	67	58	0	6	33	1.30
69276075--69276112	4	9.5	4	86	11	51	21	0	2	76	0.91
69276315--69276868	205	2.7	206	89	2	846	29	21	18	31	1.96
69289075--69289139	19	3.5	18	78	12	62	61	1	3	33	1.21
69289068--69289187	61	2.0	60	82	14	149	60	1	3	35	1.23
69289113--69289183	13	5.8	12	69	14	56	60	1	2	35	1.20
69289146--69289334	23	7.8	24	69	16	81	60	2	4	33	1.28
69289149--69289201	22	2.5	21	82	11	56	58	3	1	35	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69289110--69289330	25	9.6	22	68	23	95	60	1	4	33	1.26
69289224--69289274	20	2.5	21	72	18	54	60	0	5	33	1.21
69289112--69289327	16	14.6	15	65	20	73	59	1	4	34	1.27
69292478--69292611	47	3.0	47	80	8	147	36	25	14	23	1.93
69292525--69292627	40	2.6	39	84	3	143	34	26	15	23	1.94
69292867--69292898	16	1.9	17	93	6	57	43	9	9	37	1.69
69294549--69294618	26	2.7	26	90	0	104	18	25	28	27	1.98
69294668--69294734	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86
69294668--69294723	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
69294668--69294740	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
69295229--69295256	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
69302645--69302711	26	2.6	26	95	0	116	25	23	23	26	2.00
69302761--69302807	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
69311537--69312085	27	20.6	27	81	5	539	31	10	19	38	1.86
69311537--69312086	53	10.3	54	83	4	573	31	10	19	38	1.86
69311537--69312085	80	6.9	81	80	5	555	31	10	19	38	1.86
69315377--69315504	56	2.3	55	93	1	211	26	15	25	32	1.96
69316328--69316829	49	10.3	49	97	0	902	29	29	8	32	1.87
69328141--69328318	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
69328162--69328317	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
69336874--69336936	27	2.3	27	89	5	92	36	25	20	17	1.94
69337161--69337537	108	3.5	108	91	2	562	26	19	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69337161--69337571	27	15.2	27	81	6	399	27	18	16	37	1.92
69337188--69338421	54	23.0	54	76	10	424	30	12	18	39	1.87
69337528--69338484	27	35.7	27	80	8	983	31	9	19	39	1.84
69337528--69338484	107	8.9	107	82	7	1000	31	9	19	39	1.84
69337540--69338484	161	5.9	159	82	6	998	31	9	19	39	1.84
69337528--69338484	188	5.1	187	85	5	1116	31	9	19	39	1.84
69338689--69338796	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
69354993--69355132	40	3.5	40	84	3	147	25	17	25	32	1.96
69355020--69355145	40	3.0	41	79	8	132	26	15	25	32	1.96
69362198--69362347	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
69362222--69362405	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
69367820--69367865	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
69367858--69367992	60	2.2	60	83	6	157	27	20	25	26	1.99
69372429--69372454	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
69376882--69377059	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
69376903--69377058	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
69384945--69385122	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
69384966--69385121	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
69388733--69388821	45	2.0	45	93	0	151	22	19	29	29	1.98
69388799--69388843	22	2.0	22	91	0	72	31	15	33	20	1.93
69388754--69388879	67	1.9	67	90	3	200	25	19	29	26	1.98
69388821--69388915	45	2.2	43	86	7	129	26	22	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69398649--69398674	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
69402580--69402869	41	7.1	41	77	2	161	38	20	20	21	1.94
69402877--69402955	16	5.2	16	70	21	62	50	35	0	13	1.42
69402876--69403000	45	2.7	45	81	7	153	50	32	0	17	1.47
69402908--69402969	22	2.8	22	73	7	63	50	32	0	17	1.47
69403768--69404365	114	5.2	115	76	8	479	25	15	23	35	1.94
69404434--69404562	59	2.2	59	87	1	179	20	37	3	37	1.69
69406452--69406540	37	2.5	38	77	20	102	37	10	2	50	1.49
69406800--69406873	21	3.2	24	66	23	59	39	14	6	39	1.73
69406949--69406979	9	3.4	9	90	0	53	51	19	0	29	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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