genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13745179--13745266	43	2.0	43	91	0	140	30	26	17	26	1.97
13747929--13747967	20	2.0	20	85	10	53	20	12	28	38	1.89
13757719--13757766	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
13757805--13757861	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
13757803--13757865	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
13757920--13758017	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
13757919--13758038	24	5.0	24	88	10	174	30	20	21	27	1.98
13758231--13758294	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
13762931--13762982	25	2.0	25	85	3	68	42	9	9	38	1.70
13769118--13769169	24	2.2	23	90	6	86	28	26	13	30	1.94
13773299--13773387	32	2.8	32	74	5	90	25	2	21	50	1.60
13777361--13777425	13	4.7	14	76	10	55	27	7	1	63	1.31
13781452--13781526	33	2.3	33	90	2	125	54	5	13	26	1.60
13781811--13781874	18	3.5	19	70	18	55	62	6	1	29	1.29
13783644--13784448	210	3.8	210	92	1	1362	29	21	19	30	1.97
13790833--13790889	28	2.0	28	96	0	105	21	22	15	40	1.91
13792045--13792092	23	2.3	20	78	21	62	31	16	6	45	1.72
13792051--13792095	23	2.0	23	100	0	90	31	13	6	48	1.68
13792132--13792165	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
13794208--13794252	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
13794342--13794563	55	4.2	54	75	12	201	22	24	17	35	1.95
13805713--13805737	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13811131--13811316	100	1.9	100	91	0	309	27	20	23	28	1.99
13811131--13811316	49	3.8	49	82	2	228	27	20	23	28	1.99
13820520--13820708	37	5.1	37	88	0	270	25	32	19	22	1.97
13820871--13821150	47	6.0	47	88	0	407	26	30	11	31	1.91
13820863--13821151	141	2.0	140	93	1	488	27	30	11	31	1.91
13828469--13829371	101	9.0	101	97	0	1666	26	18	26	28	1.98
13832453--13832485	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
13834940--13835118	40	4.6	40	90	4	267	25	28	22	23	1.99
13834940--13835118	79	2.3	79	89	4	274	25	28	22	23	1.99
13838454--13839371	99	9.3	99	95	1	1610	27	17	25	29	1.98
13869318--13869342	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
13875048--13875117	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
13893337--13893402	33	2.0	33	96	0	123	36	13	15	34	1.87
13901088--13901244	43	3.7	43	75	10	151	24	17	25	32	1.97
13901550--13901614	32	2.0	32	96	0	121	24	12	20	43	1.86
13902458--13902488	15	2.1	15	100	0	62	45	12	6	35	1.68
13904151--13904271	55	2.2	55	83	2	154	13	27	31	28	1.94
13904574--13904677	53	2.0	53	94	0	181	25	16	17	41	1.89
13911624--13911744	44	2.8	43	87	2	188	26	18	28	27	1.98
13911624--13911788	87	1.9	86	82	3	206	26	20	25	28	1.99
13912167--13912214	21	2.3	20	80	16	53	2	47	20	29	1.61
13912178--13912274	21	4.6	21	80	10	90	1	47	19	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13912689--13912717	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
13912884--13912922	17	2.4	16	86	4	51	51	0	12	35	1.40
13916506--13916581	36	2.1	36	90	0	116	34	2	17	46	1.62
13916539--13916715	43	3.9	43	83	12	219	33	0	16	49	1.46
13916544--13916715	95	1.8	95	94	0	308	34	0	16	49	1.46
13916583--13916698	52	2.2	52	89	0	178	32	0	17	50	1.46
13919991--13920029	19	2.0	20	90	5	62	51	5	5	38	1.46
13920107--13920291	24	8.0	24	67	11	125	33	20	11	34	1.89
13920083--13920317	69	3.4	69	100	0	470	33	19	11	35	1.88
13921438--13921474	18	2.0	19	89	5	58	29	0	35	35	1.58
13921841--13921877	13	2.7	14	91	8	67	51	5	0	43	1.24
13922128--13922206	14	5.6	14	68	11	54	45	32	0	21	1.52
13923364--13923393	12	2.5	12	88	0	51	50	26	13	10	1.73
13926292--13926335	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
13928629--13928674	20	2.3	20	75	17	51	28	19	23	28	1.98
13928667--13928803	60	2.3	59	83	8	161	28	21	24	25	1.99
13930450--13930714	132	2.0	130	83	2	334	26	18	18	36	1.94
13931662--13932049	194	2.0	194	100	0	776	32	20	9	36	1.86
13932686--13932745	28	2.2	26	77	11	66	26	25	11	36	1.90
13932700--13932771	28	2.6	28	86	0	90	29	26	12	31	1.93
13936913--13937032	38	3.1	38	87	4	161	29	24	23	23	1.99
13941881--13942063	28	6.5	28	77	2	186	28	32	20	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13941851--13942035	57	3.2	57	90	1	289	28	34	18	18	1.95
13941868--13942007	29	4.9	29	71	15	112	30	33	17	18	1.94
13943562--13943651	39	2.3	38	92	5	153	37	23	13	25	1.91
13944055--13944114	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
13944069--13944140	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
13949613--13949679	31	2.2	30	82	15	75	62	5	2	28	1.33
13950903--13950944	5	8.6	5	85	15	61	78	0	0	21	0.75
13951546--13951783	44	5.4	44	67	14	157	27	21	20	29	1.98
13951367--13951885	177	2.9	177	88	1	743	27	20	20	31	1.98
13957944--13957987	21	2.1	21	86	0	61	47	6	13	31	1.69
13966712--13966753	16	2.6	16	82	14	59	80	2	0	16	0.81
13972900--13973314	207	2.0	207	99	0	812	31	11	19	37	1.87
13975513--13975660	41	3.7	40	88	2	215	33	27	23	15	1.95
13975789--13975838	25	2.0	25	100	0	100	44	4	8	44	1.52
13975855--13975935	21	3.6	22	76	14	94	29	1	25	43	1.63
13975861--13975951	46	2.0	46	93	4	157	30	2	25	41	1.67
13975991--13976039	22	2.3	22	85	3	64	22	0	42	34	1.54
13978574--13978614	20	2.0	20	100	0	82	24	9	14	51	1.72
13979902--13979935	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
13980249--13980397	43	3.5	43	82	1	192	24	18	26	30	1.97
13986393--13986493	51	2.0	51	98	0	193	38	14	28	17	1.90
13990804--13991040	66	3.6	66	100	0	474	40	11	17	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14008342--14008941	96	6.3	96	97	1	1102	34	8	28	28	1.86
14017025--14017185	45	3.6	45	91	0	250	24	20	27	27	1.99
14020293--14020352	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
14027782--14027873	45	2.0	46	95	4	168	25	17	21	35	1.95
14027848--14028068	45	5.0	45	91	2	340	23	20	28	27	1.99
14029357--14029390	17	2.0	17	88	11	52	5	5	29	58	1.45
14036174--14036351	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14036175--14036330	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14036171--14036351	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14039480--14039942	232	2.0	232	99	0	917	27	16	28	27	1.97
14042787--14042893	53	2.0	53	98	0	205	32	16	21	28	1.95
14043230--14043371	71	2.0	72	97	2	270	41	18	16	23	1.90
14044573--14044728	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
14044573--14044728	27	5.7	27	81	4	161	25	16	29	28	1.97
14044572--14044749	27	6.6	27	79	3	151	25	16	29	28	1.97
14044565--14044749	82	2.3	81	77	2	201	25	16	29	29	1.96
14047147--14047198	21	2.5	21	73	14	54	38	1	19	40	1.63
14047764--14047808	24	1.9	23	81	4	54	17	24	17	40	1.91
14050588--14050653	28	2.4	28	87	2	98	36	24	22	16	1.94
14052917--14052968	11	4.8	11	80	2	52	5	11	1	80	0.96
14053890--14053934	23	2.0	22	83	12	56	40	11	13	35	1.80
14058734--14058906	43	4.0	43	73	5	134	25	16	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14065815--14065858	20	2.2	20	100	0	88	20	38	31	9	1.84
14067031--14067195	83	2.0	83	98	0	321	37	9	26	26	1.87
14068765--14068942	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14068740--14068942	54	3.7	55	81	6	216	26	14	28	30	1.95
14068740--14068942	82	2.5	81	80	4	237	26	14	28	30	1.95
14079513--14079592	39	2.1	39	100	0	160	32	10	28	28	1.89
14080317--14080359	15	2.9	15	85	0	59	18	11	13	55	1.68
14089482--14089607	42	3.0	41	74	13	103	23	15	26	34	1.94
14089512--14089615	42	2.4	43	83	12	124	22	14	26	36	1.92
14089535--14089638	43	2.5	42	82	4	120	25	17	25	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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