genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9464359--9464531	95	1.8	95	94	0	310	26	15	23	34	1.94
9478942--9479035	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
9478942--9479022	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
9481395--9481483	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
9481395--9481463	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
9485626--9485652	14	1.9	14	100	0	54	51	7	11	29	1.64
9489254--9489293	13	2.8	15	85	14	66	35	0	0	65	0.93
9494268--9494293	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9498483--9498684	100	2.0	100	100	0	404	32	10	12	43	1.78
9503519--9503840	27	11.9	27	84	1	344	29	21	8	41	1.82
9503519--9503841	81	4.0	81	85	3	409	29	21	8	41	1.82
9503850--9504056	54	3.8	54	91	5	321	38	19	16	25	1.92
9503850--9504072	27	8.3	27	84	2	259	38	18	17	25	1.93
9504271--9504353	27	3.1	26	82	5	85	19	21	21	37	1.94
9504441--9504499	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
9504666--9504718	27	2.0	27	85	7	72	20	26	16	35	1.94
9504880--9505041	6	26.8	6	74	17	140	19	16	14	50	1.78
9504855--9505062	24	8.3	25	75	15	148	19	16	13	50	1.79
9504855--9505041	85	2.2	85	92	1	313	19	16	13	50	1.78
9504855--9505041	30	6.4	30	80	13	210	19	16	13	50	1.78
9505219--9505320	6	16.8	6	70	13	75	20	18	12	48	1.81
9505275--9505320	24	1.9	24	95	0	83	17	15	15	52	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9505219--9505320	30	3.4	30	81	1	132	20	18	12	48	1.81
9504944--9505463	279	1.9	279	96	0	961	22	16	20	40	1.91
9508066--9508366	27	11.2	27	85	3	356	28	21	9	40	1.85
9508068--9508361	81	3.6	81	84	0	392	28	21	9	40	1.84
9508371--9508566	27	7.3	27	86	0	239	35	19	19	25	1.95
9508371--9508566	54	3.6	54	87	2	268	35	19	19	25	1.95
9508765--9508847	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
9508935--9508993	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
9509158--9509231	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
9511917--9511949	16	2.0	17	88	5	50	39	15	3	42	1.62
9512063--9512368	55	5.6	54	81	1	344	21	23	18	36	1.95
9512063--9512360	109	2.7	109	94	0	499	21	23	19	35	1.95
9515475--9515585	54	2.0	55	89	1	170	22	23	16	37	1.93
9515564--9515685	47	2.6	47	90	2	183	25	22	13	38	1.90
9518405--9518443	20	2.0	20	85	10	53	46	17	0	35	1.49
9529120--9529164	20	2.2	20	84	7	56	37	13	2	46	1.55
9529618--9529651	17	2.0	17	88	0	50	23	17	11	47	1.81
9531038--9531100	25	2.5	25	76	0	72	28	23	19	28	1.98
9552668--9552777	28	4.0	28	79	8	127	40	11	23	23	1.88
9552671--9552775	56	1.9	55	84	5	140	40	12	22	24	1.89
9552732--9552791	28	2.1	28	84	0	75	40	15	25	20	1.90
9553956--9554009	18	3.1	17	73	7	54	48	1	11	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9557621--9557663	21	2.0	21	86	8	61	34	32	9	23	1.87
9562864--9563218	47	7.6	47	78	11	295	27	19	29	23	1.98
9567056--9567094	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
9573285--9573658	39	9.6	39	84	2	448	32	5	18	44	1.72
9573466--9573560	8	12.1	8	73	12	63	35	3	16	44	1.64
9577038--9577089	18	2.8	18	79	2	59	46	15	5	32	1.70
9577198--9577808	70	8.7	70	79	3	523	26	18	25	29	1.98
9577188--9577786	140	4.3	140	78	3	580	26	18	24	29	1.98
9577199--9577786	210	2.8	210	79	4	614	27	19	24	29	1.98
9581901--9581950	25	2.0	25	92	0	82	30	6	18	46	1.73
9589595--9589671	40	1.9	41	83	2	102	40	14	19	25	1.89
9591656--9591683	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
9592724--9592781	26	2.2	26	84	0	71	17	22	22	37	1.93
9601730--9601849	46	2.6	45	82	13	129	27	31	15	25	1.95
9601724--9601944	94	2.4	92	82	6	257	25	30	17	26	1.97
9603876--9603948	28	2.5	28	86	4	92	38	5	26	30	1.79
9603876--9604004	29	4.5	28	76	10	107	37	6	26	29	1.83
9604768--9604986	46	4.8	45	77	12	189	27	17	30	25	1.97
9614628--9614677	26	1.9	26	100	0	100	30	8	12	50	1.68
9615335--9615439	55	1.9	54	80	7	122	28	20	27	22	1.99
9620035--9620291	46	5.5	46	77	12	233	29	17	29	23	1.97
9625045--9625100	26	2.1	26	83	3	67	44	16	14	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9626957--9626985	7	4.1	7	100	0	58	27	0	55	17	1.42
9628730--9628765	7	5.0	7	86	6	54	58	11	0	30	1.33
9629302--9629332	7	4.4	7	91	0	53	70	0	3	25	1.02
9629398--9629442	18	2.5	19	85	7	58	53	2	2	42	1.25
9633082--9633213	65	2.0	65	97	0	246	38	12	21	26	1.90
9635183--9635226	12	3.7	12	90	0	70	9	0	43	47	1.35
9635183--9635225	6	7.2	6	86	0	59	9	0	41	48	1.35
9635185--9635225	18	2.3	18	95	0	73	7	0	41	51	1.30
9637099--9637133	17	2.0	17	88	5	52	14	40	28	17	1.88
9637852--9637971	58	2.1	58	98	0	231	52	20	12	14	1.73
9647032--9647093	29	2.1	29	82	5	72	32	4	32	30	1.79
9650955--9651763	329	2.5	329	100	0	1618	36	18	16	28	1.93
9659955--9660365	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
9660484--9660562	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
9663419--9663493	37	2.0	37	92	0	123	38	22	10	28	1.87
9666227--9666257	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
9666257--9666301	18	2.5	19	82	10	58	64	13	0	22	1.28
9666469--9666511	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
9667949--9667982	14	2.4	14	95	0	59	35	35	5	23	1.79
9675813--9675980	80	2.1	80	89	5	252	24	22	27	25	2.00
9675813--9675957	40	3.6	40	92	1	238	23	22	28	25	1.99
9683938--9684141	40	5.2	40	89	5	281	24	22	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9694711--9694887	27	6.5	27	77	3	95	28	30	15	25	1.96
9694737--9694887	27	5.6	27	75	7	126	27	29	15	26	1.96
9694740--9694887	54	2.7	55	80	4	165	28	29	15	26	1.96
9702784--9702960	27	6.5	27	77	3	95	28	30	15	25	1.96
9702810--9702960	27	5.6	27	75	7	126	27	29	15	26	1.96
9702813--9702960	54	2.7	55	80	4	165	28	29	15	26	1.96
9710700--9710963	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
9710700--9710996	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
9718074--9718170	48	2.0	48	97	0	185	24	20	28	25	1.99
9718122--9718245	40	3.1	40	85	5	164	25	20	26	28	1.99
9724445--9724479	18	1.9	18	94	0	61	54	11	11	22	1.68
9724495--9724539	24	1.9	24	86	4	65	26	51	4	17	1.65
9728068--9728145	39	2.0	39	97	0	147	38	14	15	32	1.87
9728299--9728340	20	2.0	20	82	13	50	47	21	7	23	1.75
9734180--9734275	40	2.4	40	92	0	156	21	16	31	30	1.96
9734243--9734300	26	2.2	26	84	0	71	20	18	32	27	1.97
9741624--9741808	79	2.3	82	81	9	222	25	27	22	24	2.00
9741624--9741808	40	4.6	41	81	9	222	25	27	22	24	2.00
9742886--9742910	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
9745765--9745854	40	2.2	40	98	0	171	21	20	31	27	1.98
9750715--9750752	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
9750692--9750752	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9750716--9750753	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
9752410--9752438	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
9760428--9760637	40	5.3	40	93	0	314	23	20	29	27	1.99
9760428--9760672	80	3.1	80	86	1	242	24	20	28	26	1.99
9767555--9767681	46	2.8	46	95	0	218	19	21	29	29	1.98
9772205--9772287	42	2.0	43	85	7	116	33	26	16	22	1.96
9776316--9776394	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
9776513--9777033	49	10.8	49	95	1	910	29	29	8	32	1.87
9779636--9779671	18	2.0	18	94	0	63	52	5	19	22	1.66
9781543--9781649	52	2.1	52	94	0	187	26	8	18	46	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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