genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74038375--74038640	116	2.3	114	87	4	367	36	12	16	33	1.87
74038922--74039128	108	1.9	111	90	6	339	28	18	14	38	1.90
74038759--74039196	214	2.1	209	90	3	671	25	16	13	43	1.85
74041296--74041468	44	4.1	40	66	19	102	33	24	19	22	1.97
74041239--74041519	40	6.6	43	74	11	222	33	23	20	22	1.97
74041239--74041571	128	2.6	127	94	2	589	34	23	19	22	1.97
74043153--74043195	20	2.2	20	88	8	63	44	16	0	39	1.48
74043676--74043904	110	2.1	106	79	11	255	34	17	15	33	1.91
74051214--74051258	18	2.5	19	85	10	67	73	0	0	26	0.84
74052100--74052145	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
74052735--74052890	61	2.8	54	76	15	165	23	17	17	40	1.91
74056123--74056164	11	3.7	11	83	3	57	54	2	11	30	1.49
74056151--74056190	17	2.4	17	95	0	71	57	0	5	37	1.21
74056151--74056197	17	2.7	17	90	3	58	61	0	6	31	1.21
74056344--74056465	38	3.3	38	71	16	130	63	3	10	22	1.41
74056381--74056495	33	3.3	33	67	17	90	66	4	11	18	1.40
74056344--74056505	71	2.3	70	94	1	279	63	4	10	21	1.43
74056466--74056529	26	2.7	23	82	7	65	64	4	10	20	1.43
74056344--74056518	33	5.0	33	66	18	86	64	4	10	21	1.41
74056579--74056612	17	2.0	17	94	0	59	55	5	14	23	1.61
74056428--74056844	124	3.4	120	79	12	395	59	4	11	24	1.48
74056756--74056791	19	1.9	19	88	5	56	66	0	2	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74056879--74056921	20	2.2	20	83	8	52	67	2	11	18	1.32
74058172--74058415	88	2.7	88	86	4	294	57	10	5	25	1.54
74058685--74058757	28	2.7	27	76	2	74	43	28	2	24	1.68
74058913--74059073	53	3.1	51	70	8	146	40	17	16	25	1.90
74067576--74067636	20	3.0	20	97	0	113	42	24	27	4	1.75
74074371--74074411	18	2.2	18	86	4	55	14	12	4	68	1.36
74082802--74082858	25	2.3	25	84	3	80	42	14	10	33	1.79
74085701--74085746	20	2.3	20	84	0	56	56	2	2	39	1.24
74085716--74085757	20	2.1	20	86	8	59	50	2	2	45	1.27
74087258--74087303	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
74088948--74088982	18	2.0	17	88	5	52	60	0	5	34	1.21
74088971--74089072	39	2.6	38	81	7	116	57	1	6	33	1.36
74089012--74089070	29	2.0	30	86	3	84	59	3	3	33	1.31
74089698--74089730	12	2.7	13	86	13	52	33	0	0	66	0.92
74090210--74090350	9	14.8	9	68	16	52	35	6	2	55	1.40
74090204--74090253	19	2.7	18	84	12	66	40	0	0	60	0.97
74090204--74090251	18	2.6	17	87	9	60	39	0	0	60	0.97
74090275--74090350	9	7.9	9	74	12	53	32	6	2	57	1.38
74090272--74090311	19	2.1	19	85	4	53	37	10	0	52	1.35
74090275--74090350	29	2.6	30	77	4	84	32	6	2	57	1.38
74090334--74090410	31	2.5	30	74	13	77	40	1	2	55	1.22
74090341--74090389	20	2.4	21	78	18	59	44	0	2	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74096914--74097445	43	12.4	43	85	1	620	38	22	18	20	1.93
74103601--74103657	25	2.3	24	78	3	69	24	26	21	28	1.99
74111349--74111402	25	2.2	25	83	3	65	25	25	14	33	1.95
74111357--74111471	25	4.6	25	75	10	94	23	23	22	30	1.99
74121743--74121834	45	2.0	45	87	0	130	28	13	16	42	1.85
74122647--74122700	25	2.2	25	83	12	67	48	1	3	46	1.30
74144663--74144701	20	2.0	20	94	0	69	43	0	2	53	1.14
74146713--74146853	73	1.9	73	89	2	221	26	18	7	46	1.76
74150224--74150257	11	3.0	11	83	8	50	41	2	8	47	1.50
74155863--74155905	19	2.3	19	80	15	54	48	4	0	46	1.22
74159199--74159245	21	2.3	20	78	7	51	63	4	2	29	1.25
74159254--74159326	35	2.1	34	82	7	85	64	1	5	28	1.24
74159470--74159561	40	2.4	39	81	13	102	67	3	3	26	1.21
74159809--74159837	10	2.9	10	100	0	58	41	0	0	58	0.98
74159892--74160082	10	20.6	9	68	18	90	34	2	0	62	1.13
74159901--74160010	39	2.8	40	78	11	122	29	1	0	68	1.06
74159918--74159960	21	2.0	22	86	4	61	25	4	0	69	1.07
74159893--74160038	66	2.2	66	80	9	165	33	1	0	64	1.07
74159813--74160082	9	28.7	9	69	17	97	32	2	1	62	1.21
74160220--74160294	38	2.0	38	100	0	150	36	5	21	37	1.76
74170330--74170389	25	2.5	24	79	12	70	36	11	3	48	1.56
74175550--74175606	29	2.0	29	82	0	69	17	40	29	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74177671--74177846	47	3.7	47	78	4	176	27	21	15	35	1.94
74177666--74177836	94	1.8	94	84	2	236	26	22	15	35	1.94
74179180--74179222	21	2.0	21	83	16	54	16	9	2	72	1.21
74179237--74179261	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
74181881--74181934	27	2.0	25	86	10	72	14	14	5	64	1.45
74182461--74182497	16	2.2	18	90	9	60	35	0	2	62	1.10
74182779--74182826	22	2.2	22	81	11	62	43	6	0	50	1.27
74182782--74182826	21	2.1	21	87	4	63	44	6	0	48	1.29
74189146--74189196	14	3.7	14	79	10	52	74	3	7	13	1.18
74189146--74189224	13	5.8	14	72	20	60	73	3	10	12	1.22
74191485--74191538	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
74199200--74199377	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74199221--74199376	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74207687--74207794	53	2.0	53	87	3	155	35	28	12	24	1.91
74214642--74215536	130	6.9	130	89	1	1337	27	21	21	30	1.98
74224542--74224603	25	2.5	25	89	0	88	27	29	16	27	1.97
74231964--74232074	50	2.2	50	80	0	123	21	27	18	31	1.97
74232038--74232093	25	2.2	25	90	6	87	19	28	21	30	1.98
74241564--74241640	23	3.3	24	80	5	77	57	3	3	35	1.36
74241575--74241655	24	3.5	24	77	11	71	55	3	4	35	1.39
74254746--74255802	44	23.8	43	72	10	490	28	23	18	30	1.98
74254919--74255702	178	4.4	178	82	4	883	26	23	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74255105--74255802	222	3.1	221	83	5	815	27	22	18	30	1.98
74254900--74255674	355	2.2	352	83	4	1002	27	23	18	30	1.98
74256060--74256106	24	2.0	24	91	0	76	27	25	12	34	1.92
74262593--74262643	24	2.1	25	85	3	68	47	3	5	43	1.46
74262770--74262821	23	2.4	21	79	14	61	59	5	3	30	1.39
74262770--74262864	24	4.2	23	77	9	81	56	5	5	32	1.44
74272759--74272799	5	8.4	5	94	5	75	19	0	0	80	0.71
74272936--74272969	15	2.3	15	90	10	52	23	0	5	70	1.09
74273190--74273454	107	2.5	108	94	1	453	34	14	16	33	1.90
74274966--74275003	13	2.9	13	96	0	67	31	26	15	26	1.96
74282744--74282975	128	1.8	129	93	0	403	31	24	19	24	1.98
74282714--74283405	132	5.3	129	84	5	473	30	20	24	24	1.99
74282789--74283383	44	13.6	44	64	15	155	29	21	24	24	1.99
74282960--74283405	132	3.4	132	92	2	693	28	19	26	25	1.99
74285758--74285791	15	2.3	15	90	10	52	23	0	5	70	1.09
74286012--74286453	107	4.1	107	88	4	647	32	16	16	34	1.92
74286012--74286453	220	2.0	213	88	4	645	32	16	16	34	1.92
74287435--74287579	21	7.0	21	69	0	94	43	20	23	13	1.86
74287416--74287599	42	4.4	42	84	2	219	41	18	24	15	1.89
74287686--74287733	24	2.0	24	91	0	78	20	29	10	39	1.86
74294342--74294387	21	2.2	21	84	0	56	56	4	15	23	1.57
74303401--74303430	15	1.9	16	93	6	53	80	0	13	6	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74304739--74304808	3	24.3	3	80	8	65	1	31	1	65	1.10
74304739--74304808	17	4.2	17	78	7	72	1	31	1	65	1.10
74304753--74304816	26	2.6	24	85	7	85	3	23	1	71	1.08
74304907--74306208	324	4.0	327	97	1	2417	40	7	13	38	1.74
74310511--74310596	42	2.0	42	90	0	136	50	2	24	23	1.61
74310526--74310597	18	3.7	18	70	25	65	51	0	26	22	1.48
74311101--74311145	23	1.9	22	86	13	63	22	11	28	37	1.88
74317372--74317540	45	3.8	45	83	4	198	38	18	17	25	1.92
74317371--74317540	90	1.9	90	85	2	234	38	18	18	25	1.93
74317374--74317562	90	2.1	90	80	3	211	40	17	16	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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