genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17360498--17360673	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
17366372--17366413	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
17374070--17374376	47	6.5	46	75	11	225	25	28	18	27	1.98
17374070--17374381	94	3.3	94	74	12	291	25	29	18	26	1.98
17375098--17375122	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
17378349--17378522	48	3.5	48	89	4	233	25	18	27	28	1.98
17383074--17383103	9	3.3	9	100	0	60	10	0	76	13	1.01
17385959--17385984	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
17387428--17387524	44	2.3	43	85	7	126	30	25	19	23	1.98
17389070--17389156	27	3.2	27	80	15	108	37	24	19	18	1.94
17393576--17393662	27	3.2	27	80	15	108	37	24	19	18	1.94
17394056--17394292	118	2.0	118	98	1	458	22	22	22	31	1.98
17398468--17398526	21	2.8	22	80	14	63	40	0	3	55	1.16
17398492--17398656	58	2.9	57	85	5	190	44	1	1	52	1.19
17399733--17399759	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
17402449--17402491	20	2.1	21	83	12	54	37	6	9	46	1.63
17404485--17404527	20	2.2	20	91	0	68	32	6	23	37	1.82
17404655--17404692	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
17408176--17408263	45	2.0	45	93	0	149	39	25	12	22	1.89
17408192--17408267	21	3.5	21	65	16	55	39	25	13	22	1.90
17413326--17413358	14	2.3	15	89	5	50	15	9	15	60	1.58
17425744--17425914	43	4.0	43	71	11	134	23	17	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17426075--17426163	42	2.1	43	95	2	162	39	5	23	31	1.78
17426099--17426167	20	3.3	20	72	21	70	39	4	24	31	1.75
17430483--17430603	35	3.5	35	78	4	145	27	10	19	42	1.84
17430590--17430691	50	2.0	50	80	0	114	32	9	17	40	1.83
17431862--17431904	20	2.3	18	81	14	52	41	0	20	37	1.53
17435955--17436068	48	2.4	48	87	0	165	30	21	26	21	1.98
17436088--17436267	97	1.9	97	80	4	211	25	20	30	24	1.98
17462608--17462647	18	2.2	18	86	8	55	12	27	47	12	1.77
17462751--17462875	27	4.6	27	87	0	178	34	15	13	36	1.86
17462871--17462943	27	2.7	27	78	4	76	39	17	19	23	1.92
17484051--17484266	109	2.0	109	97	0	405	28	20	11	39	1.87
17506684--17506726	20	2.3	18	81	14	52	44	0	18	37	1.50
17507376--17507639	46	5.6	48	75	11	206	29	18	29	22	1.98
17507376--17507744	48	7.7	48	74	11	233	28	19	28	23	1.98
17507519--17507740	49	4.6	50	78	6	199	27	18	28	24	1.98
17507376--17507737	94	3.8	95	81	6	315	28	18	29	23	1.98
17511176--17511222	24	2.0	24	86	0	67	44	4	36	14	1.65
17517900--17517938	21	1.9	19	85	10	51	33	12	2	51	1.54
17518461--17518840	48	7.9	48	77	0	373	26	27	18	27	1.98
17518464--17518840	96	3.9	96	85	0	520	26	27	18	27	1.98
17518461--17518837	144	2.6	145	79	0	416	26	27	18	27	1.98
17524056--17524114	29	2.0	29	96	0	109	35	15	15	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17527922--17528032	51	2.2	51	98	0	213	26	9	29	34	1.89
17528666--17528997	48	6.9	48	81	2	355	29	17	25	27	1.97
17531727--17531971	49	4.9	49	78	4	249	29	25	17	27	1.97
17536894--17537132	49	4.8	49	85	4	309	29	25	18	25	1.98
17536895--17537132	101	2.4	98	85	3	307	29	26	18	25	1.98
17540818--17540877	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
17540918--17540969	27	2.0	26	84	3	68	38	21	23	17	1.93
17548382--17548432	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
17555612--17555706	43	2.2	43	83	7	113	34	21	16	27	1.95
17555611--17555751	43	3.3	42	78	11	110	33	21	17	28	1.95
17561115--17561275	35	4.6	35	76	6	137	27	9	21	41	1.84
17561115--17561279	70	2.4	69	79	8	156	26	9	21	42	1.83
17565690--17565852	85	1.9	85	82	5	204	26	25	21	26	1.99
17567114--17567143	15	2.0	15	93	0	51	36	20	16	26	1.93
17571673--17572005	48	6.9	48	81	3	393	28	18	26	26	1.98
17571673--17571996	96	3.4	96	87	2	438	28	18	26	26	1.98
17571669--17572005	144	2.3	144	89	1	496	28	18	26	27	1.98
17575739--17575778	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
17576837--17576950	43	2.7	43	79	6	151	24	19	25	30	1.98
17577691--17577847	43	3.7	43	74	12	135	22	15	26	35	1.94
17582536--17582660	47	2.7	45	80	7	133	29	20	28	22	1.98
17586334--17586410	38	2.0	38	94	0	136	28	27	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17586341--17586557	95	2.4	85	81	14	299	30	25	14	29	1.95
17586355--17586547	95	2.0	95	95	0	350	31	26	13	27	1.94
17586374--17586602	48	4.8	48	77	7	243	31	24	14	30	1.94
17590190--17590217	12	2.3	12	100	0	56	32	42	17	7	1.77
17591073--17591165	24	3.8	24	77	11	82	22	24	22	30	1.99
17591083--17591141	23	2.5	24	84	10	77	20	22	23	33	1.97
17593574--17593630	27	2.1	29	87	9	84	54	12	12	21	1.69
17596935--17596959	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
17597507--17597684	27	6.6	27	80	7	173	27	15	27	29	1.96
17597508--17597658	82	1.9	81	87	4	223	27	16	27	27	1.97
17597589--17597695	27	3.9	27	82	1	79	26	15	27	30	1.96
17598253--17598356	55	1.9	55	95	0	190	27	7	23	41	1.81
17599172--17599293	60	2.0	60	93	0	208	26	7	24	41	1.81
17604258--17604282	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
17604831--17605008	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17604832--17604987	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17604828--17605008	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17607978--17608002	12	2.1	12	100	0	50	0	44	32	24	1.54
17608795--17608947	42	3.7	40	74	11	130	29	24	14	31	1.95
17613173--17613343	93	1.8	93	91	0	279	30	28	18	22	1.97
17613168--17613340	46	3.7	46	75	13	174	31	27	18	22	1.97
17613218--17613359	46	3.1	45	71	18	114	29	28	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17616284--17616337	26	2.1	26	82	0	63	31	22	20	25	1.98
17616321--17616478	27	5.9	27	78	7	142	38	20	8	31	1.84
17616467--17616849	27	14.2	26	83	4	388	31	21	6	41	1.78
17616440--17616849	81	5.1	80	84	1	442	31	21	6	40	1.79
17617354--17617497	6	23.8	6	77	14	127	22	16	12	48	1.79
17617379--17617486	42	2.6	42	91	2	164	23	15	12	49	1.78
17619109--17619251	54	2.6	53	79	6	153	41	20	6	30	1.79
17619109--17619251	27	5.3	27	80	6	137	41	20	6	30	1.79
17619255--17620393	27	42.2	27	94	1	1901	30	21	6	40	1.79
17620627--17620678	27	2.0	26	88	3	77	17	30	21	30	1.96
17620654--17620787	40	3.6	40	66	21	110	22	30	19	27	1.98
17620608--17620836	71	3.3	71	90	2	349	21	30	20	27	1.98
17620939--17621094	6	25.8	6	76	18	155	20	16	14	49	1.79
17620964--17621094	54	2.4	54	92	7	230	20	15	13	50	1.78
17621263--17621360	49	2.0	49	97	0	187	25	25	12	36	1.91
17638416--17638469	27	2.0	28	85	10	76	50	16	14	18	1.79
17640712--17640750	20	2.0	20	89	0	60	7	28	20	43	1.79
17641269--17641461	101	1.9	100	87	3	280	22	8	22	45	1.80
17645625--17645736	46	2.4	47	86	3	163	33	30	15	21	1.94
17648595--17648675	40	2.0	40	100	0	162	39	9	29	20	1.85
17669742--17669969	40	5.7	40	90	3	343	27	27	20	25	1.99
17682263--17682367	43	2.4	43	79	3	113	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17690761--17690797	19	1.9	19	94	0	65	27	18	37	16	1.92
17691589--17691710	46	2.7	46	84	2	138	28	21	17	32	1.96
17691611--17691710	23	4.3	23	76	8	96	30	22	16	32	1.95
17691589--17691725	23	5.9	24	75	6	88	27	21	16	34	1.95
17694107--17694188	40	2.0	40	88	9	123	23	24	29	23	1.99
17695528--17695665	69	2.0	69	98	0	267	21	15	30	32	1.94
17695628--17696219	297	2.0	297	99	0	1166	25	20	25	29	1.99
17696052--17696359	170	1.8	170	94	0	544	26	24	26	22	2.00
17702612--17702839	40	5.7	40	90	3	361	25	22	26	25	2.00
17702612--17702878	80	3.4	80	87	3	353	25	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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