genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18071027--18071327	150	2.0	150	100	0	602	26	10	22	40	1.87
18075298--18075560	40	6.6	40	88	3	334	26	27	20	25	1.99
18080295--18081193	451	2.0	451	96	0	1672	28	24	21	25	1.99
18083698--18083869	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
18083700--18083922	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
18083698--18083922	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
18083854--18083931	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
18086346--18086373	11	2.5	11	100	0	56	28	21	0	50	1.49
18098309--18098478	46	3.7	46	79	8	147	24	30	18	26	1.98
18098406--18098528	46	2.7	46	84	5	149	25	30	16	27	1.96
18105623--18105896	137	2.0	137	100	0	548	47	5	5	41	1.50
18109794--18109826	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
18110601--18110714	27	3.9	28	72	19	81	25	26	20	28	1.99
18111401--18111440	8	5.0	8	81	0	53	2	20	22	55	1.56
18111404--18111440	16	2.3	16	95	0	65	2	18	18	59	1.50
18113083--18113111	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
18131575--18131769	49	3.9	50	83	2	232	28	26	18	26	1.98
18131575--18131767	100	1.9	100	90	0	305	29	25	19	26	1.98
18131995--18132048	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
18134064--18135441	689	2.0	689	100	0	2756	41	20	11	27	1.86
18139179--18139245	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
18139296--18139368	23	3.1	23	90	3	110	30	17	19	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18139295--18139372	24	3.3	24	90	3	113	32	16	20	30	1.95
18141327--18141378	24	2.2	24	86	6	70	19	3	26	50	1.65
18144837--18144981	40	3.6	40	83	4	175	26	25	24	23	2.00
18146872--18146936	28	2.3	28	83	0	94	38	10	21	29	1.87
18147009--18147125	39	3.0	40	88	6	168	17	21	29	32	1.96
18147188--18147335	39	3.8	40	89	2	203	18	22	29	30	1.97
18147009--18147410	221	1.8	221	98	0	777	20	18	28	32	1.96
18153477--18153541	28	2.3	28	83	0	94	41	9	20	29	1.83
18153622--18153875	39	6.5	39	91	1	384	18	21	29	30	1.97
18156508--18156593	40	2.2	40	95	0	154	23	16	27	32	1.96
18158300--18158347	24	2.0	24	100	0	96	29	20	20	29	1.98
18158440--18158639	54	3.7	54	80	9	185	34	19	23	23	1.96
18174940--18175150	40	5.3	40	82	3	239	27	26	22	23	2.00
18177399--18177570	40	4.3	40	87	0	247	23	21	26	29	1.99
18177399--18177551	80	1.9	80	100	0	306	23	22	26	28	1.99
18184357--18184805	48	9.3	48	92	1	711	29	25	7	36	1.84
18189697--18189854	79	2.0	79	100	0	316	45	11	15	27	1.80
18192755--18192787	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
18197906--18198056	28	5.4	28	90	1	205	33	29	11	25	1.92
18205333--18205669	169	2.0	169	100	0	674	29	13	22	34	1.92
18208915--18208994	8	11.3	7	81	16	78	17	2	0	80	0.83
18208922--18208999	6	12.5	6	80	15	79	17	2	0	79	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18208915--18209026	30	3.5	30	76	17	86	19	3	0	76	0.93
18208923--18209027	6	19.8	5	78	18	74	20	2	0	77	0.90
18211936--18211968	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
18212505--18212593	44	2.0	44	97	0	169	41	7	15	34	1.76
18212695--18212817	60	2.0	60	95	0	219	34	4	26	34	1.78
18248482--18248654	46	3.7	46	71	14	158	29	25	20	24	1.99
18249072--18249131	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
18256068--18256238	93	1.8	93	89	2	272	28	27	21	22	1.99
18256063--18256235	46	3.7	46	72	14	167	29	26	20	23	1.99
18256658--18256717	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
18275797--18275941	43	3.4	42	81	9	159	31	24	16	27	1.96
18279133--18279284	27	5.6	27	92	3	232	31	28	13	26	1.94
18279133--18279284	55	2.8	55	93	0	250	31	28	13	26	1.94
18292304--18292343	21	2.0	21	85	5	55	25	30	35	10	1.88
18307318--18307353	13	2.8	13	100	0	72	0	41	30	27	1.56
18309010--18309180	93	1.8	93	94	0	306	29	28	21	21	1.98
18309005--18309177	46	3.7	46	77	13	201	30	27	20	21	1.98
18316059--18316228	93	1.8	93	94	0	304	28	28	20	22	1.99
18316053--18316225	46	3.7	46	76	15	194	29	27	20	22	1.99
18320391--18320447	29	2.0	28	86	3	78	21	19	24	35	1.96
18323385--18323454	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
18335959--18336065	29	3.8	27	79	10	117	24	33	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18335961--18336073	58	2.0	57	87	5	165	24	31	15	28	1.95
18337546--18337578	16	2.1	16	94	0	57	21	6	24	48	1.72
18338776--18338822	15	3.1	15	79	14	51	55	4	4	36	1.39
18338942--18339000	30	2.0	30	83	6	75	47	13	6	32	1.69
18340816--18340903	40	2.2	40	91	0	140	52	13	9	25	1.70
18345737--18345914	40	4.5	40	92	0	268	22	23	28	25	1.99
18354995--18355201	40	5.2	40	82	2	240	23	22	28	26	1.99
18361534--18361581	6	7.7	6	77	9	51	16	4	0	79	0.89
18362560--18362589	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
18364387--18364571	40	4.6	40	81	5	212	27	29	21	22	1.99
18371497--18371721	40	5.6	40	83	5	283	26	28	22	23	1.99
18371522--18371721	83	2.5	80	87	2	283	27	28	21	22	1.99
18374086--18374172	42	2.1	42	97	0	165	28	26	10	34	1.89
18376203--18376233	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
18376200--18376239	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
18376426--18376644	53	4.1	54	78	8	211	21	24	17	36	1.95
18379256--18379293	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
18384068--18384189	43	2.9	42	82	2	154	29	16	25	28	1.97
18384272--18384318	20	2.3	20	85	0	67	29	4	29	36	1.77
18388538--18388717	47	3.8	48	78	15	180	23	28	18	30	1.98
18389618--18389648	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
18389615--18389654	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18395646--18395705	28	2.1	28	87	6	86	18	40	20	21	1.92
18398230--18398338	47	2.4	45	83	7	130	28	28	9	33	1.88
18400894--18400934	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
18406658--18406832	46	3.8	46	76	13	196	29	29	20	21	1.98
18406666--18406837	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	20	1.98
18406663--18406852	46	4.1	45	69	11	125	29	28	20	21	1.98
18416881--18416991	10	11.8	9	75	10	71	68	3	0	27	1.06
18416893--18416962	18	3.9	18	79	11	63	67	2	0	30	1.05
18416900--18417012	19	6.1	18	72	16	70	65	2	0	31	1.06
18416900--18416989	28	3.2	28	75	9	85	66	2	0	31	1.04
18416954--18417046	19	5.0	18	71	16	64	62	2	0	35	1.07
18417738--18417787	23	2.2	23	85	7	66	34	0	2	64	1.05
18417746--18417793	23	2.0	24	92	4	80	25	0	2	72	0.95
18417771--18417891	18	6.3	18	72	15	64	32	3	3	61	1.29
18417817--18417890	20	3.6	20	77	12	78	33	1	0	64	1.02
18432487--18432782	150	2.0	150	100	0	592	27	8	27	36	1.86
18433736--18433813	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
18433766--18434267	174	2.9	174	97	0	932	29	13	24	31	1.94
18444890--18445117	48	4.9	48	78	8	263	28	25	20	25	1.99
18444890--18445117	91	2.4	93	85	7	286	28	25	20	25	1.99
18448422--18448492	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
18448422--18448515	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18449914--18450025	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
18449914--18450025	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
18456297--18456364	24	2.8	24	93	0	109	36	1	35	26	1.66
18459977--18460105	46	2.8	46	93	0	213	29	28	21	20	1.98
18462498--18462575	15	5.2	15	75	9	61	55	14	16	14	1.70
18465509--18465730	46	4.8	46	84	7	297	28	31	21	18	1.97
18465516--18465684	93	1.8	93	93	0	293	27	31	21	18	1.97
18469649--18469824	46	3.8	46	77	14	191	21	20	28	29	1.98
18469646--18469816	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.98
18478683--18478746	34	1.9	32	84	6	83	29	20	21	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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