genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68138172--68138213	15	2.7	16	82	14	52	47	7	4	40	1.52
68139140--68139251	42	2.7	42	87	4	154	27	25	16	31	1.96
68139225--68139348	47	2.7	46	86	2	167	29	25	16	28	1.97
68139373--68139552	31	5.8	31	87	2	245	26	26	18	28	1.98
68139528--68139656	50	2.5	51	87	5	181	24	21	16	37	1.93
68141836--68141877	22	1.9	22	85	9	59	47	7	4	40	1.52
68142568--68142625	22	2.6	22	88	0	89	27	55	5	12	1.58
68143226--68143268	15	2.9	15	78	21	54	30	4	0	65	1.13
68143233--68143283	21	2.4	21	87	12	70	29	7	0	62	1.23
68143916--68144096	91	2.0	91	98	0	353	29	13	18	38	1.89
68149242--68149267	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
68160594--68160809	78	2.9	73	77	9	204	31	14	24	29	1.94
68161084--68161319	74	3.2	73	82	4	280	24	15	21	38	1.92
68162058--68162115	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
68163225--68163289	26	2.5	27	76	16	73	38	0	1	60	1.07
68163242--68163333	3	31.3	3	69	16	50	30	4	3	61	1.31
68163409--68163459	21	2.4	21	87	12	70	29	7	0	62	1.23
68164522--68164547	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
68165063--68165096	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
68165145--68165188	22	2.0	22	86	8	63	45	4	0	50	1.22
68166552--68166591	20	2.0	21	85	14	57	62	7	7	22	1.47
68167107--68167137	16	1.9	16	100	0	62	74	0	19	6	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68169427--68169479	25	2.0	26	82	7	63	56	1	9	32	1.42
68171716--68171776	13	4.7	13	81	0	77	39	27	8	24	1.84
68184989--68185054	32	2.1	32	100	0	132	42	28	9	19	1.82
68190542--68190645	7	14.3	7	72	16	63	26	3	1	67	1.18
68190589--68190644	17	3.3	17	79	16	71	25	1	3	69	1.14
68192203--68192234	7	4.6	7	96	0	55	71	9	15	3	1.24
68201232--68201264	15	2.1	17	88	11	52	21	15	0	63	1.30
68201508--68201549	19	2.3	18	91	4	66	23	0	2	73	0.94
68201518--68201555	19	2.0	19	89	0	58	26	0	5	68	1.11
68208169--68208201	10	3.4	10	87	4	50	21	3	0	75	0.93
68208682--68208729	11	4.2	11	81	7	60	81	0	10	8	0.88
68212000--68212041	5	8.0	5	86	5	57	19	0	4	76	0.96
68211998--68212042	22	2.1	21	91	4	72	22	0	4	73	1.01
68212396--68212437	5	8.0	5	86	5	57	19	0	4	76	0.96
68212394--68212438	22	2.1	21	91	4	72	22	0	4	73	1.01
68216047--68216118	33	2.1	35	89	5	112	45	20	6	26	1.76
68216341--68216394	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
68217754--68217816	4	15.8	4	100	0	126	50	23	0	25	1.49
68219666--68219725	31	2.0	30	93	3	102	43	13	13	30	1.82
68220429--68220477	26	2.0	24	84	15	64	42	4	0	53	1.20
68220755--68220801	21	2.2	22	85	11	62	74	0	25	0	0.82
68220973--68221174	92	2.2	92	100	0	404	28	1	15	53	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68221190--68221577	103	3.8	100	79	11	358	30	1	14	53	1.50
68221299--68221616	105	3.0	104	86	5	428	30	0	14	54	1.47
68221368--68221645	105	2.7	104	87	5	296	30	0	14	55	1.43
68224520--68224699	31	5.8	31	92	2	290	26	20	27	25	1.99
68224718--68224930	47	4.6	46	84	6	200	28	15	26	29	1.96
68224721--68224930	49	4.5	48	84	11	219	28	15	26	29	1.96
68224811--68224974	42	3.7	43	86	8	199	29	14	26	28	1.95
68226710--68226817	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
68232179--68232233	19	3.0	19	73	5	51	60	16	0	23	1.36
68235067--68235131	21	3.2	20	82	8	78	13	26	13	46	1.81
68235831--68235863	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
68235831--68235864	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
68236160--68236230	19	3.8	19	90	7	101	35	14	11	39	1.81
68236161--68236238	36	2.2	36	81	9	88	35	12	12	38	1.82
68236170--68236238	19	3.8	19	88	7	74	36	14	11	37	1.83
68238472--68238506	17	2.0	18	88	5	54	37	5	0	57	1.23
68238585--68238622	19	2.0	19	89	0	58	28	7	28	34	1.85
68239467--68239539	31	2.3	32	85	2	103	53	8	10	27	1.64
68239798--68239822	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
68242159--68242211	15	3.3	15	87	12	79	26	7	0	66	1.18
68242572--68243011	125	3.4	125	82	5	468	27	15	19	37	1.92
68248346--68248472	64	2.0	64	93	0	218	29	19	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68248583--68249102	45	11.7	45	70	12	224	27	18	22	31	1.97
68248572--68248929	134	2.7	134	90	2	535	27	18	22	31	1.97
68248719--68249107	178	2.2	179	91	2	622	26	18	22	31	1.97
68248898--68249461	133	4.2	133	87	0	779	27	18	21	32	1.97
68249607--68249706	43	2.3	44	82	5	123	35	25	17	23	1.95
68249626--68249708	44	1.9	43	90	2	130	36	22	19	21	1.95
68250752--68250837	44	2.0	44	84	13	115	26	8	0	65	1.21
68250779--68250831	15	3.3	15	80	12	61	26	7	0	66	1.18
68250798--68250864	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
68251198--68251637	125	3.4	125	83	5	486	26	15	19	38	1.92
68259709--68259751	4	10.8	4	94	0	77	48	23	0	27	1.51
68264483--68264513	5	6.0	5	92	7	53	41	0	0	58	0.98
68264474--68264513	15	2.6	16	84	11	57	45	0	2	52	1.14
68267882--68267947	33	2.0	34	82	5	82	65	4	15	15	1.43
68274575--68274641	25	2.7	25	76	17	77	1	32	0	65	1.02
68278965--68278999	18	1.9	18	88	0	52	40	14	20	25	1.90
68280544--68280568	12	2.1	12	100	0	50	36	16	32	16	1.90
68282306--68282371	34	1.9	35	84	9	91	48	1	6	43	1.36
68283224--68283274	26	2.0	26	88	7	77	49	0	11	39	1.40
68303597--68303674	38	2.1	38	100	0	156	11	17	15	55	1.69
68304179--68304249	35	2.0	35	86	2	97	35	9	11	43	1.74
68307932--68307958	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68312237--68312295	29	2.0	29	100	0	118	27	6	10	55	1.58
68312700--68312741	4	10.5	4	85	10	59	26	2	23	47	1.64
68315343--68315385	20	2.2	20	91	0	68	30	13	2	53	1.53
68321733--68321758	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
68329307--68329475	90	1.9	90	81	7	209	34	16	16	31	1.92
68332026--68332191	90	1.9	89	86	6	239	35	10	7	46	1.67
68332009--68332204	90	2.2	86	81	8	232	36	12	7	43	1.70
68332255--68332310	28	2.0	29	82	3	69	55	1	0	42	1.10
68332314--68332361	17	2.7	18	78	15	55	68	4	2	25	1.18
68332298--68332369	27	2.7	27	84	0	90	66	2	2	27	1.19
68332622--68332699	20	3.9	20	72	11	79	38	1	0	60	1.05
68332622--68332700	19	4.1	18	70	14	59	39	1	0	59	1.06
68332660--68332711	19	2.8	18	80	13	61	38	0	0	61	0.96
68332623--68332731	10	10.5	10	69	13	60	35	0	0	63	1.01
68332748--68332937	86	2.2	87	81	5	208	42	7	9	40	1.65
68336373--68336409	19	1.9	19	88	0	56	40	5	5	48	1.49
68336851--68336964	51	2.2	52	83	7	135	41	14	5	39	1.68
68339833--68339893	26	2.2	28	77	13	65	49	0	3	47	1.18
68342748--68342809	19	3.2	19	93	4	97	37	17	8	37	1.80
68343147--68343249	53	1.9	53	84	0	134	26	16	23	33	1.95
68347405--68347464	28	2.1	28	84	0	75	35	30	6	28	1.83
68349776--68350796	509	2.0	510	96	0	1882	29	20	17	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68353317--68353376	28	2.1	28	90	0	93	31	30	6	31	1.83
68353481--68353557	39	2.0	38	97	0	136	42	18	5	32	1.72
68355780--68355809	15	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
68376073--68376282	104	2.0	105	97	1	395	58	4	11	25	1.51
68377513--68377658	74	2.0	73	97	1	274	15	15	13	54	1.71
68377738--68377869	66	2.0	66	96	0	246	15	17	38	28	1.91
68379818--68379849	16	1.9	17	93	6	57	53	0	9	37	1.34
68396421--68396489	21	3.2	21	78	15	63	23	23	36	17	1.95
68396428--68396469	22	1.9	22	90	9	68	28	23	35	11	1.91
68396452--68396502	21	2.4	21	83	6	59	25	25	33	15	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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