genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12539339--12539649	156	2.0	156	100	0	622	24	14	20	39	1.90
12558776--12558860	39	2.2	39	95	0	152	44	14	18	22	1.85
12561796--12561837	21	2.0	21	95	0	75	28	11	9	50	1.70
12572962--12573035	36	2.1	36	100	0	148	44	5	24	25	1.75
12575316--12575542	40	5.7	40	93	0	373	17	22	29	31	1.96
12576380--12576623	122	2.0	121	97	0	461	22	17	25	35	1.95
12583064--12583210	40	3.7	40	88	0	213	19	21	27	31	1.97
12587075--12587100	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
12597392--12597418	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
12599152--12599195	3	14.7	3	80	0	52	27	0	6	65	1.17
12600886--12600915	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
12602695--12602770	27	2.8	27	79	0	80	34	25	7	32	1.85
12602720--12602809	27	3.4	27	80	6	112	28	24	7	38	1.83
12602813--12602967	27	5.7	27	82	4	125	40	21	10	27	1.86
12602813--12602991	54	3.3	53	81	3	196	41	21	8	27	1.83
12602808--12602991	81	2.3	81	81	5	203	40	21	9	28	1.85
12602841--12602991	27	5.6	27	85	3	178	42	22	7	27	1.80
12603003--12603054	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
12603086--12603150	27	2.4	27	82	5	78	35	16	24	23	1.95
12604650--12604743	42	2.2	42	98	0	179	30	14	20	34	1.93
12604756--12604817	31	2.0	30	84	6	79	29	17	24	29	1.97
12606439--12606486	25	1.9	25	82	0	60	10	20	20	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12606505--12606538	16	2.1	16	100	0	68	17	23	20	38	1.93
12608371--12608430	18	3.3	18	80	2	66	75	1	10	13	1.13
12608382--12608459	6	12.8	6	80	2	66	71	5	6	16	1.25
12610379--12610441	31	2.0	31	90	0	99	33	23	14	28	1.94
12611411--12611720	27	11.4	27	78	8	184	31	9	18	40	1.83
12611502--12611705	80	2.5	80	82	7	218	29	9	19	41	1.83
12611471--12611706	81	2.9	82	80	8	245	29	9	19	41	1.83
12611391--12611720	54	6.1	53	75	8	220	30	9	19	40	1.84
12611697--12611800	27	3.9	27	85	0	145	39	6	22	31	1.80
12611670--12611800	54	2.4	54	80	0	154	37	6	22	33	1.81
12613051--12613096	21	2.2	20	88	3	65	71	0	13	15	1.14
12620521--12620594	38	1.9	38	97	0	139	37	12	14	35	1.84
12631828--12631943	29	4.1	29	80	4	121	25	32	14	26	1.95
12632167--12632213	16	3.0	16	87	3	69	8	19	21	51	1.73
12633927--12633959	14	2.4	14	100	0	66	18	39	18	24	1.92
12636310--12636397	29	3.0	29	81	0	95	27	32	13	26	1.94
12640262--12640337	29	2.7	27	86	8	91	22	34	15	27	1.95
12640290--12640379	29	3.1	29	85	1	101	27	28	14	28	1.95
12640590--12640633	16	2.8	16	85	0	61	13	20	13	52	1.74
12640901--12641212	156	2.0	156	100	0	624	37	25	16	21	1.93
12644046--12644099	17	3.1	18	84	7	58	74	1	9	14	1.15
12644219--12644292	30	2.5	31	88	4	100	44	10	22	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12644992--12645025	17	2.1	17	88	5	52	26	14	11	47	1.79
12648703--12648749	20	2.3	21	78	10	53	55	4	8	31	1.49
12650270--12650308	17	2.3	17	95	0	69	28	5	20	46	1.72
12650916--12651023	25	4.3	25	81	9	114	25	26	17	30	1.97
12659139--12659242	25	4.2	25	77	1	84	21	25	18	34	1.96
12660019--12660056	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
12660544--12660584	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
12663171--12663257	26	3.3	27	74	18	83	18	20	25	35	1.95
12663145--12663257	53	2.1	54	88	4	167	19	20	24	35	1.96
12663145--12663275	53	2.4	52	79	10	140	20	21	22	35	1.96
12663980--12664010	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
12669837--12669874	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
12670361--12670401	18	2.3	18	87	8	57	29	19	0	51	1.47
12670504--12670638	39	3.4	39	74	11	116	27	27	20	24	1.99
12671530--12671572	6	7.0	6	81	2	50	2	20	0	76	0.89
12674923--12675014	33	2.8	32	93	3	157	19	19	2	58	1.49
12676020--12676045	12	2.2	12	100	0	52	23	7	7	61	1.49
12676043--12676078	17	2.1	18	94	5	65	30	5	11	52	1.59
12679261--12679996	394	1.9	394	85	2	1028	29	27	12	30	1.93
12682234--12682305	30	2.4	30	95	2	128	33	19	0	47	1.50
12688098--12688142	23	2.0	22	82	4	54	46	0	0	53	1.00
12698481--12698520	20	2.0	20	90	4	64	45	17	10	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12698504--12698541	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
12698508--12698552	14	3.1	14	87	3	54	40	17	8	33	1.81
12699858--12699924	21	3.2	21	62	21	50	32	31	16	19	1.94
12699857--12699949	42	2.2	42	98	1	177	31	32	17	19	1.95
12699867--12699934	21	3.2	21	66	22	61	27	25	22	25	1.99
12709699--12709851	75	2.0	75	92	0	252	33	22	19	23	1.97
12710717--12710759	21	2.0	21	95	0	77	20	32	0	46	1.51
12716161--12716291	68	1.9	68	98	0	253	43	7	10	38	1.68
12719891--12719929	12	3.2	12	92	0	60	64	10	0	25	1.25
12720169--12720205	11	3.3	11	88	3	56	35	5	18	40	1.74
12721478--12721619	43	3.3	43	81	3	135	32	17	21	28	1.96
12724146--12724190	22	2.0	22	100	0	90	44	6	0	48	1.29
12725744--12725803	15	4.0	15	84	0	84	25	6	25	43	1.78
12725734--12725803	30	2.3	30	82	4	88	22	7	25	44	1.78
12727772--12727870	45	2.2	45	88	0	153	41	18	18	22	1.90
12727848--12727872	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
12728082--12728162	40	2.0	40	82	0	99	39	16	8	35	1.79
12728941--12728981	13	3.4	13	80	16	52	60	0	2	36	1.10
12728941--12728981	18	2.3	18	87	8	57	60	0	2	36	1.10
12735044--12735141	45	2.2	45	83	3	126	44	19	15	20	1.86
12736200--12736246	8	6.0	8	85	14	55	61	0	0	38	0.96
12736205--12736248	5	9.6	5	81	18	60	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12736200--12736248	13	3.8	13	94	5	82	61	0	0	38	0.96
12736200--12736248	18	2.7	18	93	6	82	61	0	0	38	0.96
12736197--12736287	23	4.0	22	70	24	73	57	2	0	40	1.11
12738820--12738910	43	2.1	43	95	2	166	32	32	1	32	1.65
12741258--12741315	24	2.5	22	77	20	73	25	20	13	39	1.90
12744251--12744281	14	2.3	14	94	5	55	29	0	6	64	1.18
12747683--12747735	21	2.5	21	84	0	70	37	35	11	15	1.83
12756783--12756809	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
12761777--12761962	29	6.4	29	79	2	185	33	10	25	29	1.90
12761805--12761987	87	2.1	87	83	2	224	34	11	25	28	1.91
12761777--12761962	58	3.2	57	80	3	210	33	10	25	29	1.90
12761944--12762049	29	3.6	29	77	5	106	37	12	27	22	1.90
12761828--12762026	87	2.3	87	80	2	211	33	10	27	29	1.90
12761951--12762064	59	1.9	59	80	3	131	35	14	28	21	1.92
12766459--12766492	11	3.1	11	95	0	59	0	11	0	88	0.52
12773886--12773966	41	2.0	41	92	4	137	33	7	11	48	1.67
12781117--12781166	18	2.8	18	81	3	66	56	40	0	4	1.18
12781531--12781579	17	2.8	18	78	3	55	8	32	53	6	1.55
12788345--12788470	44	2.9	42	81	5	144	27	26	18	26	1.98
12793723--12793827	52	2.0	52	94	3	185	21	13	13	51	1.75
12794455--12794505	15	3.5	15	72	5	50	47	27	0	25	1.53
12794757--12794904	41	3.6	41	87	0	199	25	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12802182--12802278	35	2.8	34	87	9	135	20	42	4	32	1.71
12807108--12807230	43	2.9	43	78	9	117	29	27	17	25	1.98
12813823--12814283	230	2.0	230	98	0	886	27	29	15	27	1.96
12829450--12829515	34	1.9	34	84	9	89	37	3	3	56	1.30
12829437--12829509	28	2.7	26	75	8	67	32	2	4	60	1.30
12829450--12829518	35	2.0	35	83	11	88	37	2	2	56	1.29
12829671--12829811	43	3.3	43	79	4	151	29	14	28	27	1.96
12829797--12829829	15	2.2	15	94	0	57	33	9	36	21	1.85
12831609--12831668	19	3.2	19	79	11	54	15	6	3	75	1.15
12831627--12831668	17	2.4	17	80	11	50	14	4	2	78	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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