genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71547332--71547528	47	4.1	47	88	3	234	27	27	9	35	1.88
71550170--71550265	47	2.0	47	94	4	167	40	16	2	40	1.60
71555478--71555629	40	3.8	41	85	3	193	24	30	22	23	1.99
71558434--71558475	22	1.9	22	95	0	75	42	11	9	35	1.74
71565665--71565716	26	2.0	26	100	0	104	19	11	30	38	1.87
71565920--71565963	20	2.1	22	91	8	74	18	4	22	54	1.61
71570464--71570568	54	1.9	54	96	0	192	27	12	32	27	1.93
71573803--71573933	51	2.6	51	83	2	156	24	16	27	32	1.96
71581494--71581732	40	6.0	40	86	0	316	15	31	17	35	1.91
71581494--71581718	20	11.2	20	67	9	118	14	32	17	35	1.91
71582287--71582315	12	2.4	12	100	0	58	27	41	24	6	1.80
71583277--71583320	21	2.0	21	86	8	61	40	15	9	34	1.79
71583538--71583630	42	2.2	42	92	0	150	36	13	16	33	1.88
71588510--71588687	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
71588531--71588686	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
71605659--71605761	51	2.0	51	96	0	188	35	5	22	35	1.78
71607312--71607497	40	4.7	39	95	1	300	25	27	23	23	2.00
71617296--71617399	51	2.0	51	98	0	199	26	20	8	44	1.80
71621553--71621661	28	3.9	28	88	1	155	23	14	35	25	1.93
71621959--71622032	37	2.0	37	89	5	114	47	16	5	31	1.69
71621997--71622123	27	4.7	28	77	10	129	38	20	11	29	1.88
71622102--71622190	27	3.3	27	83	0	97	38	15	16	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71621997--71622150	81	1.9	81	80	5	177	38	20	11	29	1.88
71622651--71622676	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
71625016--71625072	28	2.0	28	86	0	78	21	14	36	28	1.92
71625389--71625621	27	8.7	27	80	8	194	40	19	9	30	1.83
71625389--71625621	54	4.3	55	81	7	255	40	19	9	30	1.83
71625519--71625653	27	5.0	27	84	3	121	37	20	13	28	1.91
71625409--71625640	80	2.9	80	81	6	193	39	18	11	31	1.85
71632077--71632161	29	3.0	28	72	11	84	30	20	12	36	1.90
71635538--71635693	43	3.7	42	74	11	131	23	17	30	28	1.97
71639077--71639177	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
71652947--71652983	15	2.5	15	91	8	58	72	0	0	27	0.84
71656054--71656105	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
71658626--71658737	22	5.0	22	81	4	118	17	25	19	37	1.94
71659848--71660896	528	2.0	530	93	0	1796	29	25	19	25	1.98
71661998--71662074	29	2.7	29	87	0	109	35	29	15	19	1.93
71662692--71662730	21	1.9	20	84	5	51	41	20	7	30	1.80
71663474--71663546	9	7.9	9	74	15	51	72	1	23	2	1.05
71663520--71663545	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
71665694--71665814	43	2.9	42	77	2	134	33	15	23	27	1.95
71672173--71672233	30	2.1	29	93	3	104	37	22	14	24	1.92
71677848--71677947	42	2.4	42	89	0	155	30	15	25	30	1.95
71679271--71679343	35	2.1	35	97	0	137	30	8	17	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71680034--71680073	18	2.2	18	86	0	53	40	0	22	37	1.54
71683339--71683883	92	5.9	92	98	0	1009	18	24	15	41	1.89
71683334--71683873	46	11.7	46	89	0	801	18	24	15	41	1.89
71688147--71688232	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
71688174--71688234	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
71689570--71689604	6	5.8	6	93	0	61	20	17	17	45	1.85
71691450--71691488	20	2.0	19	90	5	60	0	25	0	74	0.82
71694750--71694863	49	2.3	49	84	1	149	35	23	14	27	1.93
71694825--71694948	24	5.0	25	72	14	105	33	24	18	23	1.97
71694825--71694931	24	4.4	24	78	15	112	34	23	18	23	1.96
71694825--71694948	49	2.5	50	78	13	148	33	24	18	23	1.97
71696438--71696542	42	2.5	43	80	7	117	27	19	23	29	1.98
71701225--71701302	41	1.9	41	94	0	138	30	30	24	14	1.94
71701555--71701649	40	2.4	40	89	3	140	36	35	14	12	1.85
71706572--71707067	249	2.0	248	88	2	746	32	26	19	21	1.97
71709758--71709838	40	2.0	42	90	9	132	35	33	16	14	1.89
71714172--71714488	46	6.9	46	95	0	537	36	15	25	22	1.93
71714749--71714795	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
71724472--71724498	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
71724482--71724520	18	2.2	18	86	9	53	58	10	5	25	1.51
71725078--71725128	21	2.4	21	90	6	77	23	7	11	56	1.61
71725151--71725194	21	2.1	21	91	0	70	22	11	11	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71725652--71725716	24	2.7	24	90	0	94	21	32	16	29	1.96
71731946--71732009	29	2.2	29	88	0	92	21	12	14	51	1.75
71741978--71742038	29	2.1	29	96	0	113	36	8	8	47	1.63
71743430--71743459	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
71744380--71744415	18	2.0	18	100	0	72	33	5	16	44	1.71
71746864--71746895	15	2.1	15	94	0	55	81	0	9	9	0.88
71751042--71751174	47	2.9	43	76	13	117	28	28	20	22	1.98
71761343--71761471	66	2.0	66	88	0	195	27	17	16	37	1.91
71768195--71768227	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
71778646--71778787	71	2.0	71	98	0	275	20	8	35	35	1.83
71778950--71779008	31	1.9	30	86	3	82	37	16	5	40	1.71
71779575--71779614	21	1.9	21	90	10	64	30	17	22	30	1.97
71780886--71780944	21	2.8	21	94	0	100	30	28	15	25	1.96
71786175--71786990	177	4.7	177	86	4	1100	26	22	18	31	1.97
71786175--71786990	341	2.3	345	87	3	1111	26	22	18	31	1.97
71792424--71792495	25	2.9	24	83	4	72	25	20	23	30	1.99
71795426--71795641	27	8.0	27	85	0	272	25	20	17	35	1.95
71795633--71795810	27	6.6	27	81	9	188	30	8	19	41	1.81
71795660--71795810	81	1.9	81	90	2	241	30	7	19	41	1.80
71795644--71795810	54	3.1	54	88	3	248	31	8	19	40	1.81
71795803--71795889	27	3.2	27	90	0	129	39	6	24	29	1.81
71795669--71795835	54	3.1	54	86	3	167	32	7	20	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71799624--71799678	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
71811255--71811280	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
71811411--71811443	17	1.9	17	88	11	50	54	3	9	33	1.47
71811669--71811702	16	2.2	16	89	5	52	29	11	8	50	1.69
71812240--71812291	16	3.5	14	86	5	68	17	5	13	63	1.48
71812239--71812293	15	3.6	15	88	11	85	16	5	14	63	1.48
71812865--71813597	72	10.1	72	80	7	748	33	18	16	31	1.93
71812865--71813597	144	5.0	144	82	11	859	33	18	16	31	1.93
71813246--71813360	57	2.0	57	94	0	203	29	20	16	33	1.95
71818268--71818296	14	2.1	14	93	6	51	13	10	13	62	1.55
71818293--71818335	21	2.2	21	84	12	56	23	2	2	72	1.08
71818292--71818337	19	2.3	21	85	14	62	23	2	2	71	1.08
71818292--71818329	21	1.9	20	89	10	60	23	0	2	73	0.95
71820165--71820192	9	3.1	9	100	0	56	35	10	32	21	1.88
71820715--71820905	47	4.1	47	88	1	240	35	9	28	26	1.87
71820879--71821015	46	3.0	46	90	0	211	34	8	30	26	1.87
71830430--71830510	24	3.3	24	77	8	83	38	20	24	16	1.92
71833188--71833243	22	2.5	22	91	2	94	30	3	12	53	1.55
71833751--71833775	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
71834616--71834675	29	2.1	29	81	6	68	31	5	13	50	1.63
71835959--71835998	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
71835982--71836021	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71835967--71836033	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
71835961--71836037	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
71836359--71836417	26	2.3	26	93	0	100	42	10	13	33	1.78
71838497--71838595	27	3.6	27	70	20	96	51	21	14	13	1.75
71839006--71839036	14	2.2	14	94	0	53	32	19	9	38	1.84
71841408--71841474	22	3.0	22	82	8	91	38	16	26	17	1.91
71845209--71845306	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
71845216--71845304	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
71846629--71846703	26	2.9	26	100	0	150	32	21	4	42	1.71
71852005--71852038	15	2.4	14	90	5	50	20	11	5	61	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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