genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28476356--28476431	39	2.0	38	89	2	116	25	11	22	40	1.88
28479310--28479334	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
28479584--28479611	12	2.3	12	100	0	56	42	0	7	50	1.30
28487609--28487647	18	2.3	18	86	8	55	5	15	7	71	1.26
28492758--28493043	144	2.0	144	91	1	466	32	15	23	28	1.95
28494549--28494581	16	1.9	18	88	11	52	24	3	3	69	1.16
28495793--28495837	8	5.9	8	92	5	67	86	0	0	13	0.57
28495802--28495836	7	4.9	7	96	3	61	88	0	0	11	0.51
28495793--28495837	15	2.9	15	84	15	65	86	0	0	13	0.57
28495835--28496046	73	2.9	72	82	3	246	34	24	16	24	1.95
28495933--28496988	251	4.2	247	77	11	762	33	19	16	29	1.94
28496300--28496333	13	2.6	13	80	0	50	58	5	11	23	1.55
28496265--28496768	90	5.6	90	92	2	761	33	19	17	30	1.95
28496655--28496688	14	2.4	14	95	0	59	50	0	14	35	1.44
28496683--28496893	72	2.8	75	80	8	216	27	22	17	32	1.96
28497804--28497882	40	1.9	41	87	5	115	13	21	15	49	1.79
28503318--28503476	78	2.0	78	98	0	309	31	23	13	30	1.94
28509565--28509658	26	3.6	25	75	11	82	59	5	3	31	1.35
28509711--28509748	16	2.3	17	86	4	51	63	7	0	28	1.23
28509678--28509750	15	4.5	17	70	19	66	58	5	0	35	1.21
28509932--28509996	33	2.0	33	81	6	78	66	0	6	27	1.15
28510057--28510084	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28510523--28510561	9	4.6	8	84	9	51	15	2	0	82	0.79
28510524--28510561	17	2.3	16	83	16	51	15	2	0	81	0.80
28510614--28510642	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
28513715--28514526	26	31.2	26	99	0	1606	38	26	3	31	1.75
28519040--28519076	11	3.3	11	88	3	56	43	0	0	56	0.99
28520058--28520156	50	2.0	51	95	2	182	34	12	28	25	1.92
28520936--28520975	18	2.3	18	86	4	55	62	0	2	35	1.09
28522047--28522081	9	3.9	9	88	0	52	20	0	11	68	1.20
28525094--28525132	16	2.4	17	91	4	62	58	0	0	41	0.98
28525084--28525131	18	2.5	17	83	16	51	54	0	0	45	0.99
28525127--28525173	20	2.6	18	86	10	60	57	0	0	42	0.98
28526619--28526712	19	5.2	19	81	15	110	39	7	17	36	1.77
28531928--28531962	6	6.0	6	93	3	54	82	0	17	0	0.66
28533447--28533494	15	2.9	16	85	11	62	87	0	6	6	0.67
28533446--28533495	18	2.9	17	91	5	75	88	0	6	6	0.65
28534538--28535346	205	4.0	204	92	2	1315	31	18	21	28	1.97
28535182--28535696	261	2.0	256	86	3	710	32	17	23	27	1.96
28535986--28536019	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
28536010--28536035	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
28548123--28548675	206	2.7	207	91	0	885	32	18	21	27	1.96
28548638--28548720	43	1.9	44	85	2	114	31	16	27	24	1.97
28552542--28552571	16	1.9	15	93	6	51	13	26	0	60	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28553327--28553388	30	2.1	30	90	0	97	59	12	1	25	1.43
28555379--28555433	6	9.3	6	88	4	85	80	0	1	18	0.81
28566948--28567119	86	2.0	86	87	6	251	23	22	5	48	1.71
28567745--28567865	3	40.3	3	100	0	242	33	0	0	66	0.92
28570274--28570502	72	3.2	70	70	17	209	33	15	19	31	1.93
28576506--28576597	32	2.9	31	77	15	116	57	5	8	28	1.51
28578916--28579061	53	2.8	50	77	8	150	14	26	18	41	1.89
28583717--28583776	24	2.5	24	84	10	77	3	8	33	55	1.47
28585325--28585794	131	3.6	131	78	5	454	35	18	17	28	1.94
28588795--28589100	133	2.3	133	86	2	418	26	25	20	26	1.99
28598691--28598744	20	2.6	22	83	13	62	40	1	1	55	1.21
28598700--28598744	21	2.1	22	84	12	58	40	2	2	55	1.24
28600030--28600094	34	1.9	34	87	6	96	50	9	12	27	1.70
28603224--28603264	10	4.0	10	87	3	55	34	0	19	46	1.50
28606058--28606090	10	3.3	10	95	0	57	18	3	15	63	1.43
28611591--28611735	73	2.0	73	97	0	272	33	17	24	24	1.96
28612584--28612614	15	2.1	15	100	0	62	19	12	0	67	1.22
28612648--28612758	56	2.0	56	98	0	213	26	21	27	25	2.00
28613251--28613401	74	2.0	76	94	2	270	46	6	6	40	1.56
28615412--28615553	71	2.0	71	98	0	275	21	21	33	23	1.97
28621017--28621078	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
28628533--28628706	93	1.9	93	86	8	255	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28632424--28632524	24	4.2	24	96	0	184	33	3	41	20	1.71
28633928--28634030	27	3.8	27	91	5	147	19	25	21	33	1.97
28640290--28640390	24	4.2	24	90	0	157	34	3	40	20	1.71
28641817--28641930	27	4.3	26	88	4	138	18	24	18	38	1.93
28648960--28649058	33	3.0	33	98	0	189	56	12	16	15	1.67
28651972--28651999	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
28653414--28653524	40	2.8	40	97	0	204	21	22	26	29	1.99
28668505--28668786	50	5.6	49	76	8	248	29	24	18	26	1.98
28668505--28668737	101	2.3	99	83	3	279	27	25	19	27	1.99
28670346--28670406	12	4.7	12	74	18	50	47	0	3	49	1.18
28678104--28678149	23	2.0	23	91	0	74	34	17	30	17	1.93
28682555--28682992	44	9.9	44	72	9	300	28	15	26	29	1.96
28682496--28682827	176	1.9	176	93	0	574	27	15	26	29	1.96
28704354--28704452	39	2.5	39	88	4	128	30	24	23	22	1.99
28704366--28704540	39	4.4	40	83	3	149	28	25	22	23	1.99
28723687--28723740	25	2.2	25	80	6	65	35	7	0	57	1.27
28724488--28724576	33	2.6	33	77	5	81	28	25	17	28	1.98
28726548--28726659	27	4.1	27	80	12	95	37	23	24	15	1.93
28734429--28734535	27	3.9	28	83	9	132	38	22	23	15	1.93
28743704--28743809	27	4.0	26	79	9	97	38	21	23	16	1.92
28744226--28744257	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
28745227--28745292	24	2.8	24	95	0	114	21	37	6	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28748896--28749067	46	3.7	46	76	13	190	23	19	26	30	1.98
28748889--28749059	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	29	1.99
28754237--28754421	40	4.6	40	85	2	246	25	23	25	25	2.00
28757673--28757784	27	4.2	26	86	5	143	38	21	24	16	1.93
28759191--28759292	24	4.2	24	94	0	177	20	39	3	36	1.71
28771737--28771812	40	1.9	40	88	0	116	22	17	30	30	1.96
28775425--28775556	40	3.3	40	86	2	176	27	28	20	24	1.99
28775425--28775609	40	4.7	40	81	5	151	27	27	20	24	1.99
28775541--28775618	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
28778871--28778999	60	2.2	60	91	0	204	28	18	24	28	1.98
28783810--28783981	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
28783812--28784034	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
28783810--28784034	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
28783966--28784043	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28784994--28785032	19	2.1	19	100	0	78	41	20	33	5	1.74
28785171--28785203	16	2.1	16	100	0	66	30	18	12	39	1.87
28787489--28787548	30	2.0	30	86	0	84	26	26	25	21	2.00
28787654--28787777	52	2.4	52	88	0	185	39	23	20	16	1.92
28787654--28787769	26	4.5	26	83	0	151	39	23	19	17	1.92
28787953--28788389	27	16.2	27	82	7	391	17	18	18	45	1.85
28787952--28788389	54	8.1	53	81	8	451	17	18	18	45	1.85
28787953--28788389	81	5.4	80	83	6	490	17	18	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28790529--28790621	19	5.1	19	72	12	86	30	10	12	46	1.76
28790508--28790624	54	2.2	54	93	1	200	31	11	12	44	1.78
28790818--28790855	20	1.9	20	94	0	67	44	10	21	23	1.83
28793383--28793423	18	2.3	18	91	0	64	4	21	0	73	1.02
28796720--28796754	14	2.5	14	90	0	61	25	22	20	31	1.98
28798779--28798817	16	2.4	16	91	4	60	64	0	25	10	1.25
28798783--28798817	16	2.2	16	95	5	63	62	0	25	11	1.28
28798798--28798861	33	2.0	33	84	6	87	57	0	25	17	1.39
28807431--28807471	21	2.0	21	85	0	55	24	7	19	48	1.74
28810695--28810725	16	2.0	16	93	6	55	64	0	32	3	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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