genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9211557--9211732	48	3.7	48	99	0	343	30	30	6	32	1.83
9211720--9211745	13	2.0	13	100	0	52	15	38	23	23	1.92
9211672--9211801	69	2.0	63	86	11	183	28	30	9	31	1.88
9211755--9211867	48	2.4	48	95	0	199	32	27	5	34	1.79
9211638--9211849	117	1.8	117	98	0	415	30	29	7	32	1.84
9218989--9219087	29	3.4	29	85	1	128	29	30	15	25	1.95
9219159--9219204	19	2.6	18	82	6	58	19	36	21	21	1.95
9219311--9219345	16	2.2	16	89	0	52	8	20	20	51	1.73
9219311--9219361	24	2.1	24	92	0	84	7	19	21	50	1.72
9223536--9223648	29	4.0	29	80	6	124	29	29	14	27	1.95
9223859--9223905	16	2.9	16	81	6	51	8	19	23	48	1.75
9225151--9225182	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
9232316--9232419	43	2.5	42	81	7	113	28	21	22	27	1.99
9242570--9242740	39	4.3	40	86	4	204	25	27	21	25	1.99
9242570--9242740	79	2.2	79	81	4	202	25	27	21	25	1.99
9242725--9242802	40	1.9	41	82	10	97	28	28	19	24	1.98
9250517--9250688	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
9250519--9250741	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
9250517--9250741	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
9250673--9250750	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
9251113--9251212	47	2.1	47	100	0	200	30	27	11	32	1.91
9253169--9253246	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9253377--9253516	54	2.6	54	84	0	190	32	7	20	39	1.81
9253267--9253465	110	1.8	108	82	4	256	32	9	19	39	1.84
9253292--9253570	27	10.3	27	80	6	172	35	8	18	37	1.82
9253264--9253516	81	3.1	80	72	11	217	32	9	19	38	1.83
9253494--9253753	27	9.6	27	83	3	281	41	8	21	28	1.82
9253495--9253753	81	3.2	81	83	0	329	41	8	21	28	1.82
9258124--9258167	20	2.2	20	84	8	54	34	6	20	38	1.79
9258118--9258158	20	2.0	20	100	0	82	34	9	21	34	1.87
9259402--9259527	40	3.0	41	78	11	107	34	13	23	27	1.93
9263305--9263336	9	3.7	9	91	8	57	9	9	0	81	0.88
9263306--9263338	8	4.0	8	92	7	57	12	12	0	75	1.04
9263305--9263338	17	2.0	17	100	0	68	11	11	0	76	1.02
9263307--9263344	17	2.2	17	90	0	58	10	15	0	73	1.09
9265819--9265885	28	2.4	27	78	9	73	19	17	23	38	1.93
9266839--9266877	14	2.8	14	92	7	62	38	5	20	35	1.75
9267336--9267387	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
9267467--9267522	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
9272980--9273105	28	4.5	28	89	2	173	31	29	12	26	1.93
9278784--9278843	29	2.1	29	90	6	95	45	11	8	35	1.71
9287673--9287725	25	2.1	25	85	0	70	32	22	24	20	1.98
9289221--9289252	17	1.9	16	93	6	55	50	12	0	37	1.41
9292446--9293402	27	35.4	27	97	0	1725	30	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9293422--9293561	27	5.2	26	87	5	192	17	18	21	42	1.90
9293395--9293561	54	3.1	51	82	6	190	20	17	20	40	1.91
9293423--9293561	53	2.6	53	87	5	192	17	18	20	42	1.89
9293762--9293865	27	3.9	27	83	2	129	17	17	22	43	1.88
9293762--9293866	54	1.9	54	86	3	149	17	17	21	43	1.87
9293455--9294072	308	2.0	307	97	0	1164	23	23	21	32	1.98
9303068--9303308	24	10.0	24	93	3	405	29	20	20	28	1.98
9303502--9303565	31	2.1	30	91	2	101	39	15	21	23	1.92
9311183--9311249	20	3.3	20	85	0	98	34	10	22	32	1.88
9311298--9311514	24	9.0	24	94	3	375	29	20	21	28	1.98
9311708--9311771	31	2.1	31	87	0	92	39	15	20	25	1.92
9315693--9315877	54	3.4	53	78	3	154	40	20	9	30	1.84
9315726--9315852	27	4.7	27	87	3	175	40	21	7	29	1.81
9315980--9316057	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
9316864--9316932	25	2.8	25	79	0	75	31	24	20	23	1.98
9317166--9317228	32	2.0	32	96	0	117	28	15	25	30	1.96
9319575--9319662	27	3.3	27	88	0	122	30	26	4	38	1.76
9319548--9319676	54	2.4	53	79	8	143	32	24	7	35	1.84
9319658--9319848	27	7.1	26	77	9	136	39	21	9	28	1.85
9319665--9319848	54	3.4	51	77	8	154	40	20	9	29	1.83
9319698--9319847	81	1.9	81	86	8	216	42	21	6	29	1.78
9319698--9319905	54	3.8	54	79	5	170	42	19	6	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9319698--9319911	27	7.9	27	77	8	110	41	19	7	32	1.78
9319965--9320041	27	2.9	28	81	11	90	33	18	23	24	1.96
9320836--9320907	25	2.9	25	85	6	101	27	23	22	26	1.99
9320863--9320934	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
9320836--9320932	50	1.9	50	81	8	117	28	22	22	25	1.99
9321055--9321132	31	2.5	31	87	2	113	30	15	26	26	1.96
9330775--9330852	24	3.2	24	81	5	68	35	14	21	28	1.92
9332657--9332726	36	1.9	36	94	0	122	30	10	20	40	1.85
9334952--9335034	40	2.1	40	88	0	121	21	13	30	34	1.92
9338661--9338837	27	6.5	27	82	3	176	29	27	15	27	1.96
9342652--9343077	98	4.4	98	75	9	248	25	27	19	27	1.99
9342652--9342977	48	6.7	48	72	4	224	25	27	19	27	1.98
9344839--9344897	26	2.2	27	90	3	93	49	11	11	27	1.74
9346689--9346777	43	2.1	43	97	0	169	22	16	24	35	1.95
9348328--9348362	18	1.9	18	88	11	54	22	20	40	17	1.92
9348442--9348518	29	2.7	29	87	0	109	24	16	31	27	1.97
9348429--9348532	29	3.7	29	77	7	97	26	14	30	27	1.95
9361935--9361978	16	2.8	16	85	0	61	61	20	11	6	1.52
9363671--9363792	62	2.0	62	98	0	235	37	20	14	27	1.92
9364307--9364463	28	5.5	28	75	6	136	32	28	17	21	1.96
9364307--9364433	29	4.5	28	78	12	116	33	29	15	22	1.95
9364279--9364467	57	3.3	57	83	2	220	31	29	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9364495--9364786	40	7.3	40	95	0	512	27	28	20	24	1.99
9364899--9364984	43	2.0	43	97	0	163	40	25	5	27	1.78
9373377--9373525	40	3.7	40	98	0	271	30	20	28	19	1.97
9376717--9376745	10	2.7	11	94	5	51	6	3	6	82	0.93
9392558--9392655	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
9392586--9392668	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
9392558--9392669	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
9395674--9395721	17	2.8	17	87	3	69	12	22	41	22	1.88
9402674--9402747	35	2.1	35	90	5	114	24	8	18	48	1.75
9405375--9405508	35	3.6	39	75	10	115	33	21	11	33	1.89
9411582--9411625	21	2.1	21	91	0	70	34	20	22	22	1.97
9418961--9419005	19	2.4	19	84	0	54	15	33	37	13	1.86
9421364--9421423	24	2.5	24	83	0	66	55	13	16	15	1.70
9426244--9426412	42	3.9	42	72	6	115	31	13	24	30	1.94
9434672--9434719	23	2.1	23	96	0	87	31	8	16	43	1.78
9438223--9438282	20	3.0	20	71	9	59	31	6	16	45	1.74
9438511--9438572	28	2.2	28	82	5	81	40	3	16	40	1.64
9438444--9438572	48	2.7	47	80	5	143	41	7	14	36	1.75
9438720--9438811	20	4.6	20	74	17	84	35	8	13	42	1.75
9438700--9438811	40	2.8	40	84	9	156	35	8	14	41	1.77
9438850--9438914	20	3.2	20	76	10	62	43	10	12	33	1.77
9438860--9438920	20	3.0	21	71	11	63	42	9	13	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9438906--9438972	33	2.1	32	88	2	98	28	11	14	44	1.81
9448547--9448677	49	2.7	49	81	1	156	28	32	16	23	1.96
9454174--9454297	47	2.6	47	78	5	124	25	30	18	25	1.98
9454243--9454572	90	3.6	91	74	10	307	25	28	15	30	1.96
9456029--9456070	20	2.2	20	91	4	68	42	4	14	38	1.66
9456120--9456243	20	6.2	20	68	10	74	39	8	8	42	1.67
9456116--9456243	40	3.2	39	76	8	123	39	8	9	42	1.68
9456116--9456243	60	2.1	61	80	8	138	39	8	9	42	1.68
9456848--9456881	16	2.1	16	88	0	50	44	2	0	52	1.16
9456917--9456959	21	2.0	21	86	0	59	39	2	4	53	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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