Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  180  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61157508--61157542
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1.9
18
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0
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0
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1.9
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2.0
35
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30
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27
1.96
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206
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19
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52
0
0
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1.00
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3
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3.7
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69
20
136
46
4
2
46
1.37
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28
2.2
28
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3
0
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2.3
91
93
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3.2
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16
119
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2
46
1.31
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3.0
47
68
17
137
49
4
2
43
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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7
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27
4.1
27
83
7
120
17
24
22
35
1.95
61246188--61246299
54
2.1
54
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3
154
17
24
22
35
1.95
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21
1.9
19
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10
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12
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17
25
1.85
61253751--61253924
43
4.1
42
82
4
188
29
14
26
29
1.96
61253776--61253924
43
3.5
43
85
1
192
30
15
25
28
1.96
61253777--61253966
85
2.2
85
77
7
199
31
14
23
31
1.94
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2.0
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1413
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20
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20
1.14
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6
10.8
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73
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2
19
1.14
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2.0
20
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62
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5
5
20
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19
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1.17
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22
2.4
22
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22
1.12
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61284122--61284181
26
2.3
25
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26
6
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65
1.27
61284770--61284839
11
6.4
11
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70
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31
7
4
1.45
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20
2.3
20
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1.59
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2.0
27
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20
22
22
1.96
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4
167
26
15
18
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2.9
54
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0
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19
17
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1.94
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4.7
27
78
6
107
26
11
22
39
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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69
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0
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1.97
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27
5.4
27
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19
19
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1.96
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27
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27
85
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198
26
16
20
36
1.94
61298108--61298262
54
2.9
54
91
0
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27
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19
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20
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33
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1.73
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33
1.85
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5.3
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2.1
197
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0
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26
12
31
1.93
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4.7
47
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28
29
7
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1.84
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16
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50
16
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1.68
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16
2.9
16
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0
21
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1.08
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20
1.67
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12
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2
6
17
1.12
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1.17
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1
6
20
1.15
61371067--61371104
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0
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2
15
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26
17
26
1.97
61377610--61377684
36
2.1
36
94
0
132
54
4
18
22
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61378105--61378341
119
2.0
119
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0
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13
12
27
1.79
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2.0
38
86
2
107
33
0
40
26
1.57
61388431--61388693
40
6.6
40
87
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309
26
28
20
23
1.99
61397507--61397769
40
6.6
40
88
3
325
26
27
20
25
1.99
61397701--61397778
40
1.9
41
82
10
97
26
28
21
23
1.99
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43
2.5
43
87
3
155
35
21
13
29
1.92
61412365--61412480
43
2.7
43
78
5
119
23
15
29
31
1.95
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30
2.0
30
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0
77
31
22
8
37
1.84
61438330--61438410
43
1.9
41
85
5
108
24
22
2
50
1.61
61439723--61439772
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19
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26
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18
1.93
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2.5
12
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0
51
20
50
0
30
1.49
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19
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26
38
18
18
1.93
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28
2.1
28
96
0
111
28
16
23
31
1.96
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12
2.5
12
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0
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20
50
0
30
1.49
61452753--61453446
277
2.5
275
88
2
1041
44
7
8
39
1.63
61452753--61453446
138
5.0
137
89
2
1023
44
7
8
39
1.63
61453422--61453571
75
2.0
75
92
2
248
32
14
8
45
1.74
61457154--61457208
28
2.0
28
85
0
74
32
25
14
27
1.95
61457740--61457774
17
2.1
17
100
0
70
22
5
11
60
1.52
61457574--61458020
228
2.0
229
95
0
815
25
14
18
41
1.88
61457968--61458002
17
2.1
17
100
0
70
22
5
11
60
1.52
61464237--61464293
16
3.6
16
95
0
87
29
0
36
33
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61464539--61464573
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
61464498--61464741
79
3.1
79
65
17
220
47
3
2
46
1.33
61464673--61464714
15
2.7
16
82
14
52
52
2
0
45
1.13
61464426--61464739
154
2.0
156
96
1
578
44
3
5
47
1.41
61464682--61464723
15
2.9
15
82
10
52
52
0
0
47
1.00
61464768--61464814
17
2.9
16
78
18
53
46
2
6
44
1.40
61464787--61464820
17
2.0
17
94
0
59
50
0
5
44
1.26
61464853--61465047
93
2.1
92
88
4
286
47
4
4
44
1.41
61470301--61470405
40
2.6
40
98
1
201
26
28
25
19
1.98
61477364--61477445
34
2.4
34
87
2
112
28
25
23
23
2.00
61493190--61493251
15
4.0
15
83
8
79
53
16
16
14
1.74
61501817--61501878
15
4.0
15
75
8
52
50
17
17
14
1.79
61512343--61512419
37
2.1
36
90
2
118
33
9
42
14
1.77
61518896--61519082
38
4.8
38
81
9
191
29
26
21
22
1.99
61518896--61519082
76
2.4
78
82
7
229
29
26
21
22
1.99
61530349--61530390
20
2.0
21
86
4
59
78
0
0
21
0.75
61530322--61530390
11
6.7
11
72
21
53
69
1
0
28
0.97
61530347--61530390
9
4.7
9
78
10
52
77
0
0
22
0.77
61536632--61536672
21
2.0
21
85
9
57
29
12
7
51
1.66
61538451--61538490
19
2.0
21
85
9
57
50
5
2
42
1.37
61538538--61538574
9
4.0
9
89
3
56
83
0
0
16
0.64
61538514--61538568
18
3.0
18
86
7
67
74
0
0
25
0.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61538514--61538568
19
2.9
19
86
7
69
74
0
0
25
0.82
61538521--61538574
17
3.1
17
81
5
63
77
0
0
22
0.76
61538869--61538908
21
1.9
21
89
0
62
52
15
12
20
1.74
61540699--61540724
3
8.7
3
100
0
52
69
0
0
30
0.89
61547436--61547588
78
2.0
78
92
0
252
28
22
30
17
1.97
61553950--61554049
52
1.9
53
87
2
148
36
11
20
33
1.87
61558108--61558186
40
2.0
40
84
0
104
34
31
16
17
1.93
61564925--61565007
25
3.4
25
86
1
87
24
20
22
32
1.98
61565211--61565396
27
6.9
27
93
0
282
25
22
19
32
1.97
61565436--61565811
27
13.9
28
77
10
132
30
9
21
39
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235