genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73286397--73286553	79	2.0	79	94	2	280	35	7	8	48	1.63
73289717--73289763	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
73298763--73298818	27	2.1	27	100	0	112	53	7	10	28	1.62
73304941--73304982	21	2.0	22	85	4	59	38	4	9	47	1.57
73310587--73310626	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
73311179--73311212	16	2.1	16	88	0	50	29	0	5	64	1.17
73312665--73312739	18	4.2	18	84	0	96	29	18	14	37	1.91
73325279--73325329	3	17.3	3	75	4	50	33	1	3	60	1.26
73339786--73340385	44	13.6	45	76	5	553	28	16	25	30	1.97
73339784--73340394	132	4.6	132	94	0	1024	28	16	25	29	1.96
73346904--73346966	31	2.0	31	100	0	126	38	6	20	34	1.78
73348561--73348594	15	2.3	15	90	5	52	35	8	0	55	1.31
73354108--73354256	77	1.9	77	84	1	199	45	5	20	28	1.73
73354108--73354256	39	3.9	38	88	2	190	45	5	20	28	1.73
73366206--73366253	24	2.0	24	100	0	96	41	16	25	16	1.89
73367713--73367752	20	2.0	20	85	5	53	42	2	0	55	1.13
73374933--73374970	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
73376548--73376838	44	6.8	42	70	14	123	27	21	21	29	1.99
73391508--73391548	17	2.3	18	83	4	57	48	0	0	51	1.00
73397615--73397648	17	2.0	17	88	0	50	41	11	17	29	1.85
73400674--73400731	9	6.0	9	73	15	53	55	0	1	43	1.10
73402790--73402832	19	2.2	20	80	12	54	44	9	0	46	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73403894--73403940	18	2.7	18	77	9	53	44	2	0	53	1.12
73408021--73408081	29	2.1	29	84	0	77	68	0	1	29	0.99
73409351--73409394	21	2.0	23	86	8	65	40	4	0	54	1.21
73409862--73409987	60	2.1	60	96	0	234	30	15	5	47	1.69
73410170--73410215	18	2.6	18	82	6	58	43	0	0	56	0.99
73414292--73414335	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
73417614--73417674	29	2.1	29	87	3	86	42	16	9	31	1.81
73435325--73435364	13	3.1	13	79	13	55	40	7	17	35	1.78
73438562--73438687	63	2.0	63	98	0	243	53	13	14	18	1.72
73439137--73439167	14	2.2	14	94	0	53	38	0	6	54	1.26
73443256--73443319	28	2.3	26	78	19	67	53	3	6	37	1.42
73444166--73444218	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
73445488--73445635	48	3.1	48	88	0	224	38	7	24	29	1.83
73447472--73447535	30	2.1	32	85	8	89	57	12	0	29	1.35
73456045--73456069	11	2.3	11	100	0	50	36	32	0	32	1.58
73459595--73459640	19	2.3	20	81	3	58	58	2	10	28	1.43
73460496--73460530	17	2.1	17	88	0	52	31	2	0	65	1.07
73465868--73466053	95	2.0	95	100	0	372	37	8	9	44	1.68
73473214--73473246	16	2.1	16	88	5	50	45	6	21	27	1.75
73475017--73475076	29	2.1	29	100	0	120	50	6	25	18	1.71
73485149--73485179	15	2.1	15	100	0	62	35	19	25	19	1.95
73486065--73486226	26	6.2	26	97	0	297	32	6	25	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73488337--73488446	35	3.2	34	75	6	96	24	9	13	52	1.69
73488332--73488474	70	2.1	68	85	2	187	23	8	15	52	1.70
73488560--73488613	26	2.1	26	82	3	65	51	5	3	38	1.43
73490435--73490485	22	2.3	23	75	18	56	49	3	0	47	1.20
73494011--73494074	32	2.1	31	85	11	87	62	12	3	21	1.43
73496558--73496591	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
73499235--73499275	21	2.0	21	90	0	64	29	14	29	26	1.95
73500123--73500411	156	1.9	155	97	0	542	34	13	25	26	1.93
73504430--73504502	35	2.1	35	97	0	137	53	8	0	38	1.31
73504582--73504606	11	2.3	11	100	0	50	64	0	8	28	1.22
73506823--73506854	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
73506824--73506854	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
73512410--73512629	46	4.8	46	92	0	332	21	24	14	39	1.91
73512653--73512783	54	2.4	54	100	0	262	31	22	19	26	1.98
73515957--73516014	28	2.1	28	93	0	98	41	15	25	17	1.89
73519665--73519702	19	2.0	19	100	0	76	36	15	10	36	1.82
73519669--73519710	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
73523096--73523141	9	5.1	9	94	0	74	41	23	21	13	1.88
73535111--73535167	18	3.2	18	94	0	105	31	15	24	28	1.96
73537128--73537159	15	2.1	15	100	0	64	37	12	6	43	1.68
73539221--73539250	13	2.3	13	94	0	51	73	10	6	10	1.25
73539967--73540006	3	13.0	3	94	5	71	65	0	0	35	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73551501--73551541	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
73562851--73562883	8	3.7	9	88	12	50	78	0	0	21	0.75
73563401--73563473	31	2.3	31	79	11	78	47	6	9	35	1.63
73576023--73576074	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
73602603--73602672	21	3.3	21	70	18	72	41	7	32	18	1.78
73602598--73602684	43	2.0	43	100	0	174	39	9	31	20	1.84
73603906--73603960	26	2.1	26	93	0	92	40	30	9	20	1.83
73609019--73609137	45	2.6	45	95	1	211	23	1	35	39	1.65
73609938--73609987	15	3.5	15	76	18	61	30	10	0	60	1.30
73617897--73617958	20	3.0	20	88	6	81	58	12	1	27	1.44
73617897--73617940	7	6.4	7	94	5	81	59	11	0	29	1.32
73624694--73624721	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
73625955--73625995	13	2.9	15	79	17	52	53	0	2	43	1.13
73626036--73626075	19	2.1	19	100	0	80	35	5	15	45	1.68
73626298--73626330	17	1.9	17	100	0	66	48	9	6	36	1.60
73634069--73634112	18	2.4	18	85	7	54	29	25	22	22	1.99
73637942--73637982	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
73643389--73643438	15	3.5	15	80	20	54	28	2	4	66	1.21
73650652--73650701	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
73650672--73650730	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
73653397--73653493	28	3.6	27	79	5	97	34	18	25	21	1.96
73654698--73654748	18	2.8	18	76	8	59	62	0	33	3	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73655366--73655395	15	2.0	15	93	0	51	70	3	0	26	1.03
73658402--73658513	39	2.9	39	94	0	197	25	29	23	22	1.99
73663243--73663311	20	3.4	19	74	20	68	17	4	0	78	0.91
73663242--73663312	30	2.3	30	85	2	97	18	5	0	76	0.98
73663420--73663524	42	2.5	42	82	3	113	29	31	11	27	1.91
73670729--73670913	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
73670729--73670913	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
73677747--73677773	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
73679326--73679351	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
73679980--73680019	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
73680571--73680622	27	1.9	27	96	0	95	42	36	1	19	1.62
73680569--73681259	22	31.8	22	82	4	805	45	27	0	26	1.59
73680592--73681259	43	15.5	43	84	3	806	45	27	0	26	1.59
73684456--73684997	126	4.3	125	85	4	689	30	23	14	31	1.95
73684447--73684997	252	2.2	250	86	3	768	30	23	15	31	1.95
73685114--73685151	9	4.2	9	87	12	60	57	21	0	21	1.40
73686527--73686557	15	2.1	15	100	0	62	32	12	16	38	1.86
73691090--73691129	19	2.1	19	90	0	62	32	0	12	55	1.38
73723261--73723311	24	2.1	24	96	0	93	11	23	19	45	1.83
73725866--73725906	12	3.3	12	93	3	64	70	14	2	12	1.26
73725866--73725906	18	2.2	19	91	4	66	70	14	2	12	1.26
73725876--73725912	18	2.1	18	89	0	56	70	13	2	13	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73730483--73730633	53	3.1	52	62	31	116	45	9	11	33	1.73
73730467--73730652	92	2.0	92	96	0	345	45	9	11	33	1.73
73731379--73731416	6	6.3	6	100	0	76	0	31	0	68	0.90
73740140--73740193	22	2.5	22	96	0	99	31	22	20	25	1.98
73740557--73740582	13	2.0	13	100	0	52	7	23	46	23	1.78
73741115--73741152	18	2.1	18	100	0	76	44	21	0	34	1.52
73744894--73744949	19	2.9	19	89	2	85	33	7	7	51	1.56
73747116--73747141	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
73749116--73749145	15	2.0	15	93	0	51	36	20	26	16	1.93
73749221--73749537	56	5.7	56	83	1	366	37	12	21	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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