genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74955372--74955614	51	4.8	51	77	4	249	29	25	14	29	1.95
74955372--74955614	102	2.4	101	88	2	353	29	25	14	29	1.95
74956082--74956140	30	1.9	31	86	10	86	27	20	8	44	1.80
74958502--74958562	23	2.7	23	100	0	122	34	27	21	16	1.95
74966970--74967042	34	2.1	36	84	5	96	63	1	2	32	1.17
74968470--74968701	50	4.6	50	80	1	259	21	22	23	32	1.98
74968519--74968756	100	2.4	99	89	1	305	22	23	23	30	1.99
74968458--74968751	150	2.0	150	80	2	331	21	24	23	30	1.99
74970273--74970305	15	2.2	15	94	0	57	0	21	0	78	0.75
74970771--74970837	8	7.2	9	73	17	57	1	13	2	82	0.86
74970774--74970838	10	6.5	10	72	12	53	1	12	3	83	0.84
74973468--74973502	16	2.2	16	89	0	52	42	20	14	22	1.88
74975103--74975175	34	2.1	36	84	5	96	63	1	2	32	1.17
74988573--74988608	12	3.0	12	91	0	54	33	5	2	58	1.36
74988815--74988853	17	2.2	18	90	4	62	28	0	0	71	0.86
74989441--74989485	22	2.0	22	83	8	56	53	15	0	31	1.43
74994122--74994299	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74994143--74994298	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74998668--74999392	45	16.1	45	87	0	993	27	16	26	30	1.96
75002260--75002578	101	3.2	101	87	6	490	31	14	24	30	1.94
75002554--75002579	7	3.7	7	100	0	52	42	11	30	15	1.82
75003044--75003081	13	2.8	14	84	4	51	44	0	13	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75003222--75003988	44	17.2	44	72	10	389	31	18	20	28	1.97
75003245--75003683	181	2.4	182	77	6	396	30	18	22	29	1.97
75003772--75004055	134	2.1	134	88	3	437	33	20	17	28	1.95
75003739--75003991	90	2.9	85	74	10	224	30	20	19	28	1.97
75004304--75004524	44	4.9	44	73	9	176	29	19	23	28	1.98
75006025--75006060	12	3.0	12	91	0	54	33	5	2	58	1.36
75008538--75008659	65	1.9	63	85	6	165	26	4	14	54	1.61
75009989--75010023	12	3.0	11	91	8	52	77	0	22	0	0.78
75011184--75011330	21	6.5	23	71	20	107	20	19	20	39	1.93
75011269--75011325	23	2.6	21	81	10	69	19	24	19	36	1.94
75011184--75011355	92	1.9	92	86	0	245	21	19	19	39	1.93
75017913--75017964	23	2.2	24	77	19	56	42	1	3	51	1.31
75024832--75024955	58	2.1	58	85	2	160	45	1	4	48	1.31
75025135--75025186	16	3.2	16	80	0	59	30	19	3	46	1.68
75029308--75029383	23	3.3	23	81	0	89	26	21	23	28	1.99
75040338--75040799	28	16.5	28	97	0	775	34	27	11	26	1.91
75042623--75042829	99	2.1	99	99	0	405	29	13	21	35	1.91
75050587--75050759	75	2.3	75	85	0	229	24	24	27	23	2.00
75055218--75055257	21	1.9	21	84	0	53	47	22	15	15	1.82
75055253--75055321	21	3.3	21	64	9	52	46	17	20	15	1.84
75055215--75055335	42	2.9	41	85	4	152	46	19	20	14	1.84
75057049--75057105	30	1.9	30	85	7	80	26	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75063816--75063857	19	2.2	20	95	4	77	7	14	0	78	0.95
75073076--75073254	88	2.0	86	91	3	250	39	8	15	36	1.79
75073957--75073995	20	1.9	21	85	15	55	41	5	12	41	1.65
75075814--75075959	65	2.2	65	98	0	283	17	10	28	43	1.83
75078678--75078717	15	2.8	15	92	7	66	55	5	5	35	1.44
75089658--75089700	22	2.0	22	86	4	61	62	18	6	11	1.50
75100184--75100301	60	2.0	60	87	0	173	16	29	12	40	1.86
75105721--75105792	35	2.0	36	91	2	119	30	11	31	26	1.91
75107351--75107385	18	2.0	18	88	5	54	62	2	0	34	1.10
75113201--75113347	50	3.0	50	95	3	255	36	18	10	34	1.86
75113371--75113457	26	3.2	26	65	15	68	35	8	11	44	1.70
75113349--75113457	55	2.0	55	92	0	182	32	11	11	45	1.74
75119130--75119166	18	2.0	18	89	5	56	62	0	0	37	0.96
75129133--75129277	32	4.5	32	84	1	157	34	22	13	29	1.93
75129133--75129277	64	2.3	64	83	4	177	34	22	13	29	1.93
75129911--75129945	18	1.9	18	94	0	61	37	11	20	31	1.88
75129923--75129970	25	1.9	25	91	0	78	39	14	18	27	1.90
75129907--75130005	43	2.3	43	91	0	153	36	15	20	28	1.92
75131893--75131927	8	4.5	8	89	3	54	22	2	0	74	0.95
75133786--75134056	28	9.6	28	90	1	400	25	14	26	33	1.94
75142259--75142336	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
75142289--75142616	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75145579--75145758	96	1.9	97	83	3	238	36	13	16	33	1.88
75151816--75151884	20	3.5	20	75	11	79	37	18	10	33	1.85
75151804--75151882	39	2.0	39	95	0	140	35	15	10	39	1.81
75163074--75163131	10	5.8	10	89	0	89	37	0	0	62	0.96
75165659--75165860	105	1.9	105	85	2	280	32	14	24	27	1.95
75165651--75165878	105	2.2	104	82	4	278	37	14	22	25	1.92
75169255--75169290	16	2.2	16	100	0	72	41	5	22	30	1.76
75179016--75179043	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
75188321--75188364	19	2.3	19	88	7	63	59	27	2	11	1.44
75196142--75196185	23	1.9	23	86	9	63	40	0	2	56	1.11
75196279--75196623	180	1.9	180	84	5	457	30	10	9	49	1.69
75197001--75197060	21	3.0	21	83	11	65	36	0	5	58	1.20
75198188--75198299	54	2.1	54	82	0	134	22	25	16	35	1.95
75198188--75198299	27	4.1	27	83	0	116	22	25	16	35	1.95
75203275--75203320	24	1.9	24	95	0	83	39	17	8	34	1.80
75211630--75211688	24	2.4	24	82	2	73	42	1	37	18	1.61
75217428--75217586	64	2.4	66	82	9	182	33	7	16	42	1.76
75217625--75217741	41	2.8	42	75	10	116	23	19	24	32	1.98
75219564--75219635	33	2.1	35	89	5	112	44	20	6	27	1.77
75230911--75230957	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
75236044--75236079	19	1.9	19	88	5	56	22	0	22	55	1.44
75241340--75241406	19	3.6	18	69	13	55	43	1	1	53	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75241369--75241414	19	2.3	20	82	14	60	52	2	2	43	1.25
75243450--75243498	12	4.2	12	76	5	55	40	8	0	51	1.32
75243887--75243934	22	2.1	23	88	3	71	37	0	2	60	1.09
75251521--75251588	34	2.0	34	82	5	84	32	22	26	19	1.97
75257502--75257558	24	2.3	24	81	3	69	56	5	8	29	1.52
75257614--75257658	25	1.9	23	82	13	56	66	2	8	22	1.30
75263867--75263973	51	2.1	52	85	1	144	32	19	7	40	1.80
75266077--75266108	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
75272587--75272638	20	2.6	19	73	14	52	25	38	13	23	1.91
75275354--75275421	18	3.1	22	68	22	54	50	1	4	44	1.31
75275343--75275432	42	2.1	43	86	8	123	48	2	4	44	1.35
75278920--75279020	38	2.7	38	85	0	139	35	20	11	31	1.89
75279959--75280002	19	2.3	19	80	15	54	38	0	0	61	0.96
75280944--75281045	22	4.3	25	83	6	99	16	25	20	37	1.93
75280947--75281005	25	2.4	24	91	0	73	18	23	20	37	1.94
75281137--75281195	31	1.9	31	92	0	100	52	1	22	23	1.56
75282267--75282319	23	2.2	24	87	9	74	58	0	0	41	0.98
75282341--75282385	23	2.0	23	90	0	72	48	8	11	31	1.69
75286766--75286798	16	1.9	18	88	11	52	66	0	9	24	1.20
75287038--75287091	22	2.4	23	72	6	58	48	0	1	50	1.11
75289324--75289368	14	2.9	15	84	12	56	28	2	0	68	1.01
75289340--75289403	26	2.5	25	76	14	67	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75290864--75290967	9	12.0	9	86	10	94	0	25	0	74	0.83
75290899--75290967	3	23.0	3	93	0	120	0	30	0	69	0.89
75295927--75295974	8	6.4	7	84	13	51	2	10	0	87	0.62
75295927--75295970	14	3.4	13	81	9	54	2	9	0	88	0.59
75295927--75295974	15	3.2	15	81	16	55	2	10	0	87	0.62
75295927--75295973	25	2.0	24	87	8	69	2	10	0	87	0.63
75296155--75296219	33	1.9	34	87	9	98	3	15	13	67	1.35
75296642--75296685	5	8.4	5	90	5	61	84	15	0	0	0.63
75302937--75302991	21	2.5	21	82	5	65	29	16	18	36	1.92
75302953--75303249	91	3.3	90	81	2	364	31	21	15	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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