genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16259012--16259042	13	2.5	12	94	5	53	83	0	3	12	0.75
16259916--16259977	5	12.0	5	76	19	56	75	1	19	3	1.02
16259906--16259975	36	1.9	37	86	13	101	75	1	18	4	1.04
16260025--16260055	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
16260048--16260114	30	2.2	32	76	12	79	61	1	20	16	1.42
16263894--16263931	15	2.5	15	86	0	58	81	2	7	7	0.96
16265003--16265072	35	2.0	35	100	0	140	28	22	17	31	1.96
16266778--16266841	32	2.0	32	100	0	128	31	18	31	18	1.95
16271914--16271978	20	3.0	21	80	15	62	15	21	3	60	1.49
16271914--16271965	23	2.3	23	81	15	65	17	25	1	55	1.52
16273182--16273239	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
16273182--16273242	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
16274031--16274116	12	6.7	13	75	12	72	75	4	8	11	1.17
16274080--16274131	17	3.4	16	80	19	58	73	5	15	5	1.22
16274080--16274153	29	2.6	29	78	6	87	70	5	14	9	1.32
16277112--16277169	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
16277112--16277172	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
16287646--16287687	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
16290702--16290754	20	2.7	19	79	5	52	9	15	1	73	1.17
16293604--16293654	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
16294331--16294428	26	3.8	26	93	1	162	26	24	22	26	2.00
16294574--16294661	42	2.1	42	84	0	113	32	12	17	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16294692--16294767	31	2.5	31	97	0	143	26	19	27	26	1.99
16296175--16296241	32	2.1	32	100	0	134	38	17	23	19	1.93
16296631--16296694	20	3.2	20	93	0	110	28	34	26	10	1.90
16296639--16296702	20	3.2	19	86	4	83	28	29	28	14	1.95
16308044--16308163	59	2.0	59	96	0	222	44	10	20	25	1.82
16308594--16308677	26	3.4	25	75	8	82	20	20	20	39	1.93
16321236--16321301	33	2.0	33	100	0	132	48	6	24	21	1.72
16326523--16326642	59	2.0	59	96	0	222	44	10	20	25	1.82
16327073--16327156	26	3.4	25	75	8	82	20	20	20	39	1.93
16342924--16343017	33	2.8	34	77	9	84	31	14	26	26	1.95
16346284--16346368	33	2.5	33	77	7	82	37	37	9	15	1.80
16348493--16348557	29	2.2	29	94	0	112	26	29	13	30	1.94
16363816--16363862	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
16366473--16366578	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
16368249--16368295	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
16371707--16371738	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
16371949--16372226	50	5.5	50	75	6	292	29	24	19	26	1.98
16371944--16372231	101	2.9	101	90	1	488	29	24	19	25	1.98
16374363--16374425	27	2.4	27	83	2	65	22	3	19	55	1.57
16374374--16374427	27	2.0	27	92	0	90	20	1	22	55	1.53
16374744--16374794	25	2.0	26	84	3	68	49	3	3	43	1.39
16376600--16376789	40	4.8	40	96	0	335	32	20	26	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16377772--16377913	71	2.0	71	92	0	239	41	14	15	28	1.87
16385864--16385902	19	2.1	19	100	0	78	58	10	5	25	1.51
16386992--16387026	18	1.9	18	88	0	52	80	0	11	8	0.92
16397031--16397077	11	4.0	11	79	15	58	40	0	2	57	1.11
16397026--16397076	25	2.0	25	100	0	102	43	0	3	52	1.19
16397026--16397065	14	3.1	14	72	20	50	45	0	5	50	1.23
16408930--16409112	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
16408931--16409114	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
16408983--16409147	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
16417133--16417278	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
16417133--16417311	80	2.2	80	81	6	195	25	21	26	25	2.00
16417932--16418333	200	2.0	200	99	0	795	38	9	20	31	1.84
16451279--16451460	49	3.7	49	75	12	151	24	26	20	29	1.99
16451282--16451655	48	7.9	49	70	11	172	25	27	18	28	1.98
16457665--16457840	46	3.8	45	78	10	185	20	20	29	29	1.98
16457661--16457832	93	1.8	93	91	0	281	20	20	30	28	1.98
16467359--16467510	40	3.8	40	90	1	216	23	24	28	23	1.99
16469440--16469633	99	2.0	99	93	2	336	28	15	24	30	1.96
16474716--16474867	40	3.8	39	87	6	198	23	23	28	23	1.99
16474716--16474867	80	1.9	80	86	5	218	23	23	28	23	1.99
16475039--16475488	226	2.0	226	98	0	864	27	14	18	39	1.89
16478390--16478591	46	4.3	46	75	14	168	23	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16478415--16478588	94	1.9	93	88	1	267	23	29	18	27	1.98
16485653--16485757	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
16486808--16486897	45	2.0	45	95	2	164	11	28	13	46	1.77
16488332--16488437	53	2.0	53	98	0	203	31	26	14	28	1.95
16490476--16490628	40	3.8	40	89	3	236	24	29	25	20	1.99
16490476--16490628	80	1.9	80	93	0	261	24	29	25	20	1.99
16490669--16490760	38	2.4	38	81	0	103	26	23	20	29	1.99
16492691--16492793	47	2.2	47	94	0	179	28	31	7	33	1.85
16498251--16498382	49	2.7	49	77	5	142	24	31	19	25	1.98
16498353--16498525	46	3.8	46	77	14	171	22	31	20	25	1.98
16505013--16505072	26	2.3	26	85	0	84	38	21	23	16	1.93
16509700--16509851	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
16509700--16509851	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
16524347--16524462	59	2.0	57	96	1	205	25	42	6	25	1.79
16525760--16525878	62	2.0	60	88	8	179	24	35	8	31	1.85
16528613--16528768	9	16.4	9	69	18	68	64	0	4	30	1.18
16528634--16528701	21	3.1	22	83	10	70	61	0	2	35	1.11
16528733--16528757	8	3.1	8	100	0	50	64	0	12	24	1.27
16529041--16529162	9	12.8	9	66	20	52	29	2	2	65	1.18
16528995--16529075	19	4.3	19	75	9	76	25	6	3	64	1.34
16533915--16533946	13	2.5	13	94	0	55	37	21	0	40	1.54
16534212--16534265	22	2.5	21	84	3	63	20	37	29	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16536321--16536369	24	2.0	24	100	0	98	40	12	0	46	1.41
16545952--16546016	34	1.9	33	81	9	78	43	27	4	24	1.74
16549669--16549727	29	2.0	31	93	6	104	35	16	15	32	1.90
16550210--16550242	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
16550365--16550428	30	2.1	31	85	8	87	56	9	4	29	1.51
16550458--16550500	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
16550466--16550505	11	3.6	11	79	0	53	57	7	15	20	1.61
16550772--16550837	29	2.5	25	73	21	62	51	12	4	30	1.59
16552482--16552525	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
16552542--16552580	19	2.1	19	90	0	60	46	0	0	53	1.00
16559801--16559829	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
16564160--16564209	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
16564210--16564393	72	2.6	72	99	0	359	28	6	23	41	1.79
16569662--16569763	42	2.5	40	81	12	116	30	30	14	24	1.95
16569662--16569763	43	2.5	40	82	9	125	30	30	14	24	1.95
16569767--16569819	20	2.6	21	77	13	58	37	1	1	58	1.20
16570022--16570098	6	12.5	6	72	10	57	71	1	3	23	1.10
16570015--16570056	20	2.1	20	86	8	59	73	2	2	21	1.06
16570027--16570069	19	2.2	20	83	4	52	76	2	2	18	1.00
16589935--16590329	45	9.1	44	63	16	162	31	14	27	26	1.95
16590013--16590165	77	2.0	77	92	0	252	35	15	24	24	1.94
16589941--16590254	167	1.9	167	88	0	475	32	14	26	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16590090--16590329	90	2.7	90	86	0	336	31	13	28	26	1.94
16591846--16591890	12	4.0	11	88	11	65	33	2	0	64	1.06
16591839--16591927	21	4.3	21	70	24	66	35	2	1	60	1.16
16591840--16591928	13	6.1	14	70	23	51	34	2	1	61	1.15
16591900--16591936	19	1.9	19	88	0	56	35	2	2	59	1.26
16596811--16596979	43	4.0	42	78	10	182	24	18	27	29	1.98
16597148--16597185	18	2.1	19	90	5	60	50	0	15	34	1.45
16599357--16599432	31	2.6	28	77	6	80	28	11	27	31	1.92
16603863--16603910	24	2.0	24	84	15	64	50	8	14	27	1.71
16606178--16606273	29	3.2	29	80	5	95	53	7	2	37	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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