genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73749221--73749564	112	3.1	112	87	1	467	37	11	21	29	1.89
73751887--73751931	22	2.0	22	82	0	54	51	4	2	42	1.34
73758737--73758789	20	2.7	20	81	0	70	64	5	16	13	1.47
73759039--73759258	20	10.9	20	63	10	61	58	8	14	19	1.61
73759564--73759678	20	5.8	20	78	1	106	51	12	18	18	1.76
73759564--73759691	40	3.2	41	76	7	113	50	13	16	20	1.78
73759917--73759985	20	3.4	21	75	11	65	55	11	10	23	1.66
73760305--73760352	9	5.4	9	97	2	89	35	20	10	33	1.87
73760375--73760438	20	3.3	20	65	12	62	43	15	6	34	1.72
73760398--73760492	17	5.2	17	66	14	64	50	14	3	31	1.59
73760402--73760501	20	5.3	19	67	13	73	49	15	4	32	1.63
73760348--73760519	37	4.6	37	89	1	247	49	13	4	32	1.61
73763730--73763773	21	2.1	21	87	8	63	54	4	13	27	1.58
73764125--73764149	13	1.9	13	100	0	50	16	0	44	40	1.47
73770595--73770707	60	1.9	60	84	0	154	23	15	13	47	1.81
73771087--73771261	62	2.9	62	83	5	198	47	12	17	22	1.81
73771112--73771215	33	3.2	33	67	20	85	50	14	14	20	1.77
73771087--73771261	60	2.9	61	83	6	196	47	12	17	22	1.81
73771956--73771980	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
73781227--73781273	19	2.4	20	78	7	60	68	4	0	27	1.08
73783298--73783357	29	2.1	29	93	6	104	53	1	5	40	1.33
73785742--73785781	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73785727--73785793	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
73785870--73785922	18	2.8	20	75	16	58	35	3	1	58	1.27
73787687--73787736	9	5.6	9	79	15	59	44	0	2	54	1.11
73788051--73788093	19	2.3	19	87	0	68	69	2	16	11	1.28
73788810--73788859	3	16.7	3	91	0	82	36	0	2	62	1.07
73788992--73789056	27	2.6	27	80	11	75	40	0	26	33	1.56
73789200--73789295	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
73791628--73791718	44	2.1	44	91	0	146	48	10	10	29	1.73
73793913--73793956	19	2.2	20	84	11	56	4	15	6	72	1.22
73794368--73794477	52	2.1	51	86	5	150	27	10	10	51	1.68
73794616--73794655	16	2.6	15	88	7	62	55	5	0	40	1.22
73794934--73795099	39	4.3	39	89	5	241	54	6	10	29	1.58
73795180--73795298	60	2.0	60	94	0	211	53	11	0	34	1.37
73795194--73795336	60	2.4	60	83	4	146	57	11	0	30	1.40
73795389--73795499	50	2.2	51	86	3	161	46	9	15	27	1.77
73797965--73798177	113	1.9	113	93	2	367	32	15	16	34	1.91
73798177--73798462	111	2.6	108	88	6	421	27	15	15	41	1.87
73798911--73798953	17	2.5	17	88	0	68	60	0	0	39	0.97
73798914--73798953	8	4.7	9	84	12	57	60	0	0	40	0.97
73812147--73812186	20	2.0	20	85	9	55	10	22	15	52	1.71
73816004--73816047	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
73816211--73816407	51	3.9	52	79	5	206	28	28	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73816219--73816403	101	1.8	101	87	3	273	29	28	18	23	1.98
73816214--73816441	101	2.2	101	79	3	262	29	27	17	25	1.97
73820437--73820519	39	2.1	39	100	0	166	60	4	14	20	1.52
73829523--73829576	28	1.9	28	100	0	108	38	20	14	25	1.91
73836245--73836304	29	2.1	29	100	0	120	45	16	3	35	1.64
73838314--73838345	13	2.4	14	94	5	57	34	6	18	40	1.76
73847131--73847337	104	2.0	105	91	0	335	28	17	25	28	1.97
73850735--73850796	33	1.9	32	90	6	99	45	8	20	25	1.79
73860784--73860831	23	2.3	19	77	19	51	52	10	8	29	1.65
73861015--73861296	22	12.8	22	70	8	171	37	18	25	18	1.93
73861083--73861287	88	2.3	88	80	1	214	38	18	24	19	1.93
73862619--73862781	30	5.3	30	73	16	120	53	14	4	27	1.61
73862771--73862819	25	2.0	25	87	0	71	51	14	2	32	1.54
73869801--73869838	18	2.1	18	95	0	67	47	23	5	23	1.72
73870067--73870101	14	2.5	14	90	0	52	42	40	0	17	1.49
73871462--73871486	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
73872207--73872249	19	2.2	20	87	4	61	27	2	16	53	1.55
73872646--73872675	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
73879075--73879257	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
73879073--73879257	40	4.7	40	82	6	216	24	28	22	24	2.00
73885372--73885429	22	2.6	22	94	0	98	17	20	29	32	1.95
73886513--73886546	13	2.6	13	86	13	52	41	2	0	55	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73889129--73889264	41	3.3	40	79	7	132	31	28	23	16	1.96
73889329--73889424	40	2.4	40	87	0	129	17	20	27	34	1.95
73889728--73889901	88	2.0	88	90	0	276	27	20	19	32	1.97
73891568--73891619	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
73896704--73896750	17	2.6	18	78	21	62	27	6	0	65	1.16
73899383--73899483	45	2.2	45	83	0	121	17	21	21	38	1.93
73900981--73901187	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
73900981--73901187	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
73905565--73905616	24	2.3	23	83	6	61	21	9	7	61	1.51
73905679--73905717	10	3.8	10	96	3	69	35	0	2	61	1.10
73918377--73918409	16	2.2	16	89	10	52	18	12	3	66	1.36
73922425--73922466	14	2.9	15	78	7	50	14	7	2	76	1.10
73932936--73932974	2	19.5	2	89	0	60	53	0	43	2	1.14
73941510--73941605	48	2.0	48	81	0	111	36	21	6	35	1.79
73941853--73941978	49	2.6	49	83	0	162	26	31	15	26	1.95
73948751--73948936	51	3.6	51	86	2	250	24	19	25	30	1.98
73952421--73952452	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
73955751--73955816	23	2.9	23	79	4	71	39	24	15	21	1.91
73963960--73964034	36	2.1	36	95	5	134	40	8	9	42	1.66
73968359--73968410	11	4.6	11	90	7	70	57	9	1	30	1.42
73977420--73977494	29	2.5	30	82	8	91	41	25	16	17	1.89
73978798--73978843	24	2.0	23	86	4	65	36	21	17	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73978266--73979237	324	3.0	324	92	0	1615	30	19	21	29	1.97
73980136--73980173	18	2.1	18	90	0	58	26	5	44	23	1.74
73980145--73980179	18	1.9	18	94	0	61	25	8	40	25	1.84
73980571--73980669	5	18.6	5	70	24	53	73	2	5	19	1.11
73993542--73993588	23	2.0	23	100	0	94	29	21	4	44	1.71
73993794--73993878	41	2.1	41	100	0	170	28	32	2	36	1.70
74000355--74000468	39	2.9	39	84	5	115	30	14	20	35	1.92
74000411--74000814	36	11.0	36	82	5	481	29	14	20	35	1.92
74000411--74000814	73	5.5	73	82	4	485	29	14	20	35	1.92
74000411--74000814	109	3.7	109	86	3	560	29	14	20	35	1.92
74008724--74008770	25	2.0	23	87	8	67	25	0	17	57	1.40
74008922--74008955	17	2.0	17	88	0	50	35	11	8	44	1.72
74009308--74009344	14	2.5	15	86	8	58	24	0	8	67	1.17
74019901--74020097	43	4.6	43	79	6	184	29	28	15	26	1.96
74025138--74025190	21	2.5	21	71	0	52	52	28	0	18	1.46
74025174--74025283	7	15.4	7	71	11	53	47	28	1	22	1.62
74025776--74025820	22	2.0	22	86	0	63	40	35	0	24	1.56
74025801--74025848	14	3.4	14	91	0	78	29	50	0	20	1.49
74025801--74025848	21	2.3	21	88	0	69	29	50	0	20	1.49
74026136--74026313	7	24.9	7	66	11	56	45	33	1	19	1.61
74026137--74026313	14	11.9	14	68	18	90	45	32	1	19	1.61
74026137--74026313	29	5.9	29	66	22	82	45	32	1	19	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74026208--74026313	21	5.0	21	68	13	63	47	30	1	20	1.61
74026868--74026912	22	2.0	22	86	0	63	40	35	0	24	1.56
74026893--74026940	14	3.4	14	91	0	78	29	50	0	20	1.49
74026893--74026940	21	2.3	21	88	0	69	29	50	0	20	1.49
74027228--74027405	7	24.9	7	66	11	56	45	33	1	19	1.61
74027229--74027405	14	11.9	14	68	18	90	45	32	1	19	1.61
74027229--74027405	29	5.9	29	66	22	82	45	32	1	19	1.61
74027300--74027405	21	5.0	21	68	13	63	47	30	1	20	1.61
74027637--74027784	41	3.6	41	88	2	219	27	31	20	20	1.97
74027722--74027853	68	1.9	69	92	1	221	25	32	20	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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