genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26152227--26152263	19	1.9	19	88	0	56	37	0	13	48	1.43
26156205--26156513	46	6.5	47	74	9	186	26	19	30	24	1.98
26156340--26156515	99	1.8	96	82	6	228	26	18	30	25	1.98
26162039--26162104	32	2.1	32	100	0	132	18	12	34	34	1.88
26163945--26164110	46	3.6	46	83	6	178	25	18	31	24	1.97
26165326--26165377	21	2.5	21	93	0	86	17	38	25	19	1.93
26167395--26167784	40	9.8	40	91	1	604	24	27	23	25	2.00
26172097--26172124	14	2.0	14	100	0	56	28	0	28	42	1.56
26173047--26173091	14	2.9	16	74	12	58	44	6	22	26	1.77
26173529--26173698	46	3.7	46	70	14	143	22	18	27	31	1.98
26179305--26179410	44	2.4	44	84	6	126	32	16	19	32	1.94
26183334--26183403	35	2.0	35	100	0	140	37	25	5	31	1.80
26185705--26185790	31	2.8	31	94	1	156	24	26	17	31	1.97
26186012--26186078	26	2.6	25	90	4	107	25	22	26	25	2.00
26185995--26186079	25	3.4	24	83	12	100	25	23	23	27	2.00
26186121--26186158	20	2.0	19	90	10	60	36	21	10	31	1.87
26189421--26189461	15	2.7	15	96	0	73	12	24	24	39	1.89
26190161--26190221	11	5.3	11	90	6	86	16	6	8	68	1.35
26190161--26190221	22	2.7	23	89	7	97	16	6	8	68	1.35
26190201--26190238	17	2.3	17	86	13	53	13	15	5	65	1.43
26197436--26197773	50	6.7	50	78	2	345	24	16	26	31	1.96
26197448--26197773	101	3.2	101	85	2	397	25	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26197437--26197794	151	2.4	151	80	3	396	24	17	26	31	1.97
26208577--26208701	47	2.7	47	86	5	164	29	16	24	30	1.96
26213795--26213852	28	2.1	28	100	0	116	27	17	36	18	1.94
26220123--26220769	40	16.2	40	97	0	1190	25	24	27	22	2.00
26226752--26226936	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
26226753--26226936	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
26226805--26226969	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
26229568--26229637	35	2.0	35	100	0	140	22	25	11	40	1.88
26231824--26231872	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
26239243--26239341	51	1.9	51	93	0	171	39	13	5	42	1.66
26242925--26243082	40	4.0	40	92	1	255	24	18	27	29	1.98
26242925--26243105	80	2.3	80	86	4	251	25	18	26	28	1.98
26243285--26243526	30	8.1	30	100	0	484	36	0	33	30	1.58
26251080--26251264	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
26251081--26251264	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
26251133--26251287	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
26251467--26251528	30	2.1	30	100	0	124	35	0	33	30	1.58
26254943--26255044	51	2.0	51	96	0	186	25	11	34	28	1.91
26255328--26255393	28	2.3	28	89	7	98	33	24	21	21	1.97
26255500--26255557	28	2.1	28	90	0	89	32	8	27	31	1.87
26260101--26260172	38	1.9	37	94	2	126	34	29	11	25	1.90
26260712--26260812	24	4.2	24	90	0	139	33	2	39	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26262218--26262322	27	3.9	26	83	7	129	17	23	21	37	1.94
26262219--26262322	54	1.9	54	88	3	156	17	23	22	37	1.94
26265532--26265579	24	2.0	24	84	8	62	43	18	2	35	1.62
26269982--26270055	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
26270372--26270669	40	7.5	40	81	5	243	25	22	27	25	2.00
26274399--26275885	47	31.6	47	98	0	2857	32	8	29	29	1.87
26276004--26276082	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
26286963--26287047	44	1.9	44	92	0	143	30	28	18	22	1.97
26287491--26287547	28	2.0	28	100	0	114	50	14	14	21	1.76
26288383--26288554	46	3.7	47	78	7	181	29	20	26	23	1.99
26293324--26293459	37	3.7	37	90	3	211	25	30	17	25	1.97
26293633--26294615	48	20.5	48	99	0	1912	29	29	9	31	1.89
26295020--26295059	20	2.0	20	85	0	53	45	7	2	45	1.45
26296212--26296237	9	2.9	9	100	0	52	42	23	0	34	1.54
26306801--26306908	56	1.9	56	84	3	146	37	23	9	30	1.86
26313849--26313929	38	2.1	38	81	4	92	39	19	6	34	1.77
26313861--26313931	18	3.9	17	70	14	52	38	21	7	33	1.80
26315653--26315834	28	6.5	28	91	1	276	27	11	26	34	1.91
26317438--26317488	26	2.0	26	81	11	61	25	21	19	33	1.97
26317478--26317541	23	2.7	22	79	11	65	35	20	21	21	1.96
26321776--26321858	43	1.9	43	82	0	103	31	21	18	28	1.97
26324041--26324135	47	2.0	47	97	0	181	31	36	7	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26328464--26328505	21	2.0	21	95	0	75	64	2	0	33	1.07
26328458--26328533	21	3.5	20	77	18	73	63	1	0	35	1.03
26333063--26333208	68	2.1	68	94	0	256	23	30	14	31	1.94
26333063--26333234	68	2.5	67	87	7	215	23	28	14	33	1.94
26337202--26337351	67	2.2	66	81	8	169	31	17	30	21	1.96
26337226--26337397	67	2.7	64	77	7	195	27	17	30	23	1.97
26341175--26341324	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
26341147--26341324	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
26341148--26341303	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
26349177--26349326	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
26349149--26349326	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
26349150--26349305	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
26356350--26356660	40	7.8	40	90	1	437	25	23	27	23	2.00
26362698--26362840	47	3.0	49	87	8	204	25	21	23	29	1.99
26362698--26362839	71	2.0	72	87	9	211	26	21	23	28	1.99
26362698--26362841	24	6.0	24	88	9	197	25	21	23	29	1.99
26362893--26362955	20	3.2	20	93	0	108	31	20	12	34	1.90
26371616--26371677	31	2.0	31	93	0	106	32	22	6	38	1.80
26372963--26373047	27	3.2	26	75	8	80	35	22	22	20	1.96
26373191--26373293	27	3.8	26	75	13	93	22	19	21	36	1.95
26373423--26373629	27	7.7	26	84	4	200	26	9	23	40	1.85
26373396--26373629	27	8.7	27	81	7	192	26	10	22	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26373448--26373653	27	7.7	27	84	2	177	28	9	23	39	1.85
26373648--26373718	27	2.6	27	93	0	115	26	23	19	29	1.98
26377803--26377859	24	2.4	24	79	5	62	38	1	3	56	1.27
26377850--26377878	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
26383085--26383183	42	2.3	42	82	1	117	31	26	17	25	1.97
26383066--26383235	43	4.0	43	77	7	157	31	26	17	24	1.97
26390782--26390871	42	2.1	43	83	4	110	38	22	12	26	1.89
26390794--26390895	42	2.4	44	83	6	120	36	24	13	25	1.92
26410730--26410994	46	5.7	46	86	8	369	22	20	27	29	1.99
26410727--26410989	139	1.9	139	95	1	474	22	20	28	28	1.99
26413610--26413688	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26413866--26414905	51	20.8	51	96	1	1728	30	26	8	34	1.87
26418380--26418538	40	4.0	40	82	3	185	25	28	22	23	1.99
26418841--26418919	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26418901--26419003	43	2.4	43	96	0	188	27	34	14	23	1.94
26419194--26419281	43	2.0	43	100	0	176	32	28	2	36	1.70
26429204--26429321	43	2.7	43	92	3	193	28	13	22	35	1.92
26443417--26443652	40	5.9	40	76	4	192	24	27	23	25	2.00
26443958--26444036	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
26444018--26444120	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
26445972--26446050	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
26446169--26446488	47	7.1	47	77	9	317	27	31	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26446220--26446453	129	1.8	128	89	0	369	29	31	8	30	1.87
26454154--26454178	13	1.9	13	100	0	50	36	32	24	8	1.84
26454605--26454668	29	2.2	30	81	13	80	31	9	0	59	1.29
26454624--26454670	19	2.5	20	80	16	55	27	10	0	61	1.29
26456187--26456270	26	3.4	25	73	18	70	20	10	2	66	1.33
26466844--26466912	34	2.0	34	100	0	138	26	5	11	56	1.57
26477418--26477484	6	11.5	6	82	6	68	16	4	1	77	1.00
26477415--26477504	17	5.6	16	72	19	64	17	5	1	75	1.05
26477427--26477504	5	14.6	5	77	16	61	17	5	1	75	1.05
26477424--26477504	23	3.8	20	75	15	65	18	4	1	75	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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