genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22549147--22549304	26	6.1	26	100	0	316	68	0	7	23	1.14
22563136--22563197	24	2.6	25	80	14	78	54	1	1	41	1.19
22563719--22563779	22	2.7	22	80	16	72	37	0	1	60	1.07
22563723--22563791	35	1.9	37	85	5	97	42	0	2	55	1.15
22564125--22564154	11	2.7	11	100	0	60	43	0	16	40	1.48
22569635--22569688	28	1.9	28	92	0	90	12	16	20	50	1.78
22569774--22569827	27	2.0	27	100	0	108	22	7	25	44	1.79
22569777--22569834	27	2.1	27	93	0	98	27	6	25	39	1.81
22571899--22571942	20	2.1	20	83	8	52	52	22	13	11	1.72
22575028--22575063	17	2.1	17	90	10	56	38	11	0	50	1.38
22575543--22575584	21	2.0	21	95	0	75	28	7	19	45	1.76
22586239--22586281	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
22588538--22588581	22	2.0	22	90	0	70	27	36	2	34	1.70
22595839--22596008	40	4.3	40	87	0	216	27	28	20	23	1.99
22605324--22605407	42	2.0	42	92	0	141	30	20	17	30	1.96
22608419--22608892	47	10.1	47	89	0	714	32	9	29	27	1.89
22608419--22608841	94	4.5	94	99	0	837	32	9	28	28	1.88
22632404--22632445	21	2.0	21	95	0	75	50	9	7	33	1.62
22636269--22636346	26	3.1	26	77	3	88	21	19	17	41	1.91
22636378--22636434	26	2.2	27	81	12	75	15	15	21	47	1.82
22639990--22640027	19	2.0	19	94	0	67	52	23	5	18	1.65
22641752--22641966	45	4.9	44	77	11	210	31	27	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22642325--22642354	13	2.2	14	94	5	53	26	0	6	66	1.16
22645851--22646631	388	2.0	388	99	0	1544	40	11	14	32	1.83
22647006--22647170	76	2.2	76	87	2	242	50	15	4	29	1.62
22661320--22661398	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
22664751--22664797	12	3.6	13	80	8	51	23	0	2	74	0.93
22665905--22665955	25	2.0	26	85	14	70	66	3	15	13	1.39
22665924--22665967	19	2.3	20	81	18	58	68	6	15	9	1.38
22665925--22665966	20	2.2	19	83	12	50	71	4	14	9	1.28
22669971--22670028	29	2.0	29	96	0	107	29	17	13	39	1.88
22676008--22676092	44	1.9	44	85	0	116	29	29	18	22	1.98
22676061--22676175	45	2.6	45	80	5	144	33	29	15	21	1.95
22676369--22676407	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
22676408--22676446	20	2.0	20	84	0	51	23	15	7	53	1.67
22682106--22682213	40	2.7	40	86	5	155	24	14	25	35	1.94
22690791--22690975	79	2.3	80	81	8	207	27	27	21	24	1.99
22690772--22690975	40	5.1	40	76	10	195	26	26	21	25	1.99
22698838--22699018	79	2.3	79	80	8	188	27	28	19	24	1.99
22698836--22699020	40	4.6	39	76	9	169	28	28	20	23	1.99
22708034--22708105	36	2.0	36	97	0	135	22	19	26	31	1.97
22715654--22715752	42	2.4	42	91	0	171	47	12	16	24	1.80
22715654--22715752	22	4.7	21	73	8	94	47	12	16	24	1.80
22718336--22718455	60	2.0	60	98	0	231	30	8	14	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22718540--22718641	54	1.9	53	97	2	177	36	4	20	38	1.74
22718855--22718933	28	2.8	28	84	0	104	32	10	26	30	1.89
22719106--22719253	40	3.6	42	73	7	126	28	18	29	23	1.98
22724443--22724578	40	3.4	40	90	5	197	24	29	21	25	1.99
22724469--22724584	40	2.9	40	96	2	207	25	28	19	25	1.99
22727366--22727453	44	2.0	44	97	0	167	35	6	22	35	1.81
22728167--22728254	45	2.0	45	95	0	158	42	9	13	35	1.76
22728671--22728749	28	2.8	28	82	0	95	34	10	25	30	1.89
22728700--22729074	199	1.9	199	98	0	723	35	9	22	32	1.86
22729108--22729188	43	1.9	42	84	2	108	29	20	28	20	1.98
22731437--22731785	47	7.4	47	91	1	554	28	30	8	32	1.86
22731437--22731780	143	2.4	143	93	0	584	28	29	8	33	1.87
22734551--22734878	182	1.8	182	97	0	629	25	16	24	33	1.96
22737716--22737893	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22737737--22737892	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22741297--22741480	79	2.3	81	82	10	220	25	27	22	25	2.00
22741297--22741480	40	4.7	40	82	9	202	25	27	22	25	2.00
22749244--22749427	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
22749244--22749427	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
22752393--22752615	40	5.6	40	81	5	229	24	26	22	26	2.00
22752385--22752615	120	1.9	120	82	5	288	24	25	22	26	2.00
22752921--22752999	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22754892--22754970	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22755089--22755279	47	4.1	47	87	1	267	27	31	9	31	1.88
22755089--22755279	93	2.0	94	86	1	267	27	31	9	31	1.88
22757639--22757695	30	1.9	30	85	0	78	42	10	12	35	1.77
22764731--22764958	114	2.0	114	91	0	366	32	17	21	28	1.96
22774287--22774338	26	2.0	26	92	0	86	42	11	11	34	1.77
22787317--22787349	4	8.0	4	93	6	57	51	0	0	48	1.00
22788130--22788210	30	2.9	27	79	12	83	34	19	4	40	1.73
22817870--22818046	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
22843281--22843368	34	2.6	34	88	0	122	26	23	25	25	2.00
22845645--22845797	27	5.7	27	87	0	207	32	20	5	40	1.77
22845645--22845798	54	2.9	54	88	1	229	32	20	5	40	1.76
22845624--22845794	81	2.1	81	82	4	202	34	21	5	39	1.76
22845750--22845942	81	2.4	81	81	4	219	39	20	6	32	1.79
22845601--22845942	27	12.7	27	78	5	181	37	20	6	34	1.79
22845934--22846174	27	8.9	27	85	2	299	36	18	20	24	1.95
22845818--22845996	80	2.2	80	82	10	206	41	19	10	27	1.84
22845930--22846158	54	4.2	54	89	3	336	35	20	19	24	1.95
22849623--22849932	40	7.8	40	94	0	516	23	21	27	27	1.99
22862206--22862756	274	2.0	273	96	0	1012	45	10	9	34	1.72
22863975--22864001	12	2.2	12	100	0	54	48	14	18	18	1.82
22864955--22865152	43	4.6	43	85	0	216	24	15	29	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22873025--22873107	30	2.7	31	90	3	134	21	26	20	31	1.98
22877828--22878276	224	2.0	223	92	1	747	28	26	18	27	1.98
22881150--22881202	25	2.2	25	83	10	65	26	18	16	37	1.93
22882312--22882677	183	2.0	183	97	0	687	33	12	33	20	1.90
22887437--22887478	17	2.5	17	96	0	75	33	16	11	38	1.86
22890648--22890773	61	2.1	61	98	0	243	32	23	4	38	1.76
22890895--22890997	43	2.4	42	82	9	118	32	24	16	27	1.96
22890895--22891049	44	3.6	43	77	11	120	32	25	16	25	1.96
22903550--22903698	67	2.2	66	82	9	167	32	18	28	20	1.96
22926957--22927046	45	2.0	45	97	0	171	25	26	18	28	1.98
22926977--22927047	20	3.3	20	65	24	54	26	29	18	25	1.98
22927009--22927083	29	2.6	29	86	0	96	25	28	20	26	1.99
22927307--22927358	8	6.5	8	76	8	52	7	21	19	51	1.71
22927307--22927358	24	2.2	24	86	6	70	7	21	19	51	1.71
22927331--22927373	16	2.7	16	85	0	59	9	20	16	53	1.70
22928582--22928615	16	2.1	16	94	0	59	17	8	29	44	1.79
22938752--22938869	57	2.1	56	82	4	139	33	26	11	28	1.90
22938752--22938869	29	4.2	29	82	3	134	33	26	11	28	1.90
22939081--22939123	8	5.4	8	82	0	50	9	23	16	51	1.73
22953461--22953613	76	2.0	76	96	0	279	34	18	9	37	1.82
22964010--22964187	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22964011--22964166	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22964007--22964187	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22972073--22972250	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22972074--22972229	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22972070--22972250	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22974547--22974616	33	2.1	33	91	0	113	31	7	14	47	1.71
22975918--22976125	104	2.0	104	100	0	416	37	5	24	32	1.79
22976399--22976616	117	1.9	116	88	0	328	34	12	23	28	1.92
22981380--22981419	20	2.0	20	100	0	80	40	5	15	40	1.68
22992752--22992974	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
22992752--22992974	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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