genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  24  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7436146--7436241	25	3.9	24	81	9	95	27	23	23	25	2.00
7442907--7442931	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
7451461--7451638	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
7451482--7451637	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7458143--7458320	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
7458164--7458319	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7462208--7462246	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
7462208--7462247	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
7464024--7464066	22	2.0	22	95	0	77	39	13	20	25	1.90
7470078--7470111	10	3.3	10	92	8	59	29	17	20	32	1.96
7487713--7487890	27	6.6	27	79	3	151	28	29	16	25	1.97
7487713--7487890	54	3.3	55	81	3	173	28	29	16	25	1.97
7498865--7498972	44	2.5	42	82	5	110	24	18	27	29	1.98
7503062--7503185	45	2.8	44	85	4	162	31	23	16	29	1.96
7503656--7503724	29	2.3	29	73	14	70	27	24	1	46	1.61
7506109--7506230	43	2.9	42	76	2	127	30	22	17	29	1.97
7515844--7516039	40	4.9	40	91	1	297	22	22	27	27	1.99
7522214--7522297	26	3.4	25	88	8	118	27	22	22	27	1.99
7529833--7529916	26	3.4	25	85	8	100	27	21	22	28	1.99
7530125--7530187	31	2.0	31	87	0	90	36	15	23	23	1.94
7533157--7533181	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
7535264--7535306	23	1.9	23	85	4	61	44	25	4	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7536090--7536172	43	2.0	43	88	7	125	36	25	14	24	1.93
7538568--7538606	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
7539070--7539149	27	2.9	27	86	5	106	31	21	25	22	1.98
7539537--7539568	16	2.1	15	94	5	55	9	18	21	50	1.75
7539952--7540032	40	2.0	40	97	0	153	32	20	18	28	1.97
7540394--7540426	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
7550608--7550712	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
7550568--7550731	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
7550568--7550718	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
7556529--7556567	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
7557006--7557120	55	2.1	56	82	8	137	34	20	24	20	1.96
7557031--7557120	28	3.2	27	84	7	110	32	22	24	21	1.98
7557031--7557120	27	3.2	27	82	7	101	32	22	24	21	1.98
7558316--7558348	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
7559514--7559832	27	11.9	27	77	9	242	41	16	15	26	1.88
7559518--7559832	81	3.9	81	83	5	404	41	16	15	26	1.88
7563361--7563465	27	3.9	27	87	3	131	41	20	13	23	1.88
7570964--7571095	44	3.0	42	81	9	142	37	26	15	20	1.92
7574348--7574453	27	3.9	27	81	0	113	39	20	9	30	1.84
7574432--7574696	27	9.8	27	86	4	275	30	24	6	39	1.79
7574594--7574723	54	2.4	54	85	0	170	30	19	9	40	1.83
7574689--7574927	27	8.8	27	78	3	203	38	19	10	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7574966--7575042	27	2.9	27	94	3	129	28	23	27	20	1.99
7575852--7575949	26	3.8	26	89	4	146	28	21	22	27	1.99
7576094--7576185	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
7576213--7576287	31	2.4	31	86	0	105	30	17	24	28	1.97
7588933--7589080	33	4.5	33	100	0	296	30	0	27	41	1.56
7592549--7592668	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
7593779--7594189	47	8.7	47	96	0	741	31	8	30	29	1.86
7593898--7593973	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
7594308--7594378	37	1.9	37	88	0	106	21	21	30	26	1.98
7596254--7596596	40	8.6	40	84	2	345	24	22	27	25	2.00
7596772--7596823	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
7597953--7599100	47	24.5	47	97	0	2041	30	10	31	27	1.90
7599231--7599310	37	2.2	37	88	0	115	26	18	31	23	1.98
7600776--7600905	48	2.7	48	83	2	154	23	29	18	29	1.98
7602844--7602961	43	2.7	43	89	1	182	24	25	18	31	1.98
7605030--7605195	43	3.7	44	78	11	169	30	24	14	30	1.94
7608892--7608948	27	2.4	22	72	25	60	36	17	17	28	1.93
7609590--7609634	17	2.6	17	92	0	72	46	11	8	33	1.70
7615456--7615961	48	10.6	48	87	0	645	26	29	16	26	1.97
7620389--7620500	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
7620389--7620500	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
7622244--7622340	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7626945--7627041	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
7634650--7634761	27	4.1	27	81	10	122	38	23	21	16	1.93
7634650--7634761	54	2.1	54	86	3	154	38	23	21	16	1.93
7634860--7634911	25	2.1	25	82	7	61	26	15	23	34	1.94
7636179--7636249	24	3.0	24	93	0	115	26	36	1	35	1.66
7637864--7637985	48	2.5	48	88	2	165	24	27	19	28	1.99
7639335--7639512	27	6.6	27	79	3	160	29	26	15	28	1.96
7647115--7647209	28	3.4	29	78	11	90	26	30	13	29	1.94
7653220--7653283	33	1.9	33	93	0	110	35	18	17	28	1.93
7661907--7661992	25	3.5	24	81	7	102	26	23	20	29	1.99
7668442--7668553	29	3.9	29	86	5	140	27	32	13	26	1.94
7669981--7670016	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
7671268--7671364	24	4.0	24	86	0	113	23	12	27	36	1.91
7671268--7671401	72	1.9	72	83	0	178	26	11	26	35	1.91
7676162--7676259	29	3.4	28	87	4	126	29	32	12	25	1.92
7676149--7676259	58	1.9	57	82	12	138	28	31	12	27	1.93
7676481--7676546	24	2.8	24	83	4	80	10	22	18	48	1.78
7676480--7676546	16	4.2	16	71	17	50	10	22	17	49	1.77
7678111--7678234	27	4.6	27	75	10	94	40	22	9	27	1.85
7678162--7678250	27	3.3	26	79	6	97	40	17	8	32	1.81
7678190--7678306	27	4.3	27	77	10	89	40	19	9	30	1.83
7678105--7678279	54	3.3	54	75	10	160	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7678257--7678855	27	22.2	27	84	1	644	29	20	8	41	1.81
7679092--7679143	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
7679184--7679243	27	2.3	27	82	2	68	21	23	18	36	1.95
7679361--7679430	31	2.3	31	87	0	104	18	17	15	48	1.81
7679361--7679430	6	11.3	6	71	17	54	18	17	15	48	1.81
7679389--7679436	25	1.9	25	82	0	60	18	16	16	47	1.82
7682343--7682454	25	4.5	25	82	2	136	27	24	19	28	1.99
7686449--7686489	13	3.2	13	80	13	57	39	2	4	53	1.35
7686874--7687033	79	2.0	79	100	0	320	30	23	8	37	1.85
7692242--7692311	35	2.0	35	97	0	131	35	20	4	40	1.72
7695952--7696058	40	2.7	40	78	7	108	24	16	26	32	1.96
7699457--7699549	38	2.4	38	81	0	105	23	21	25	29	1.99
7699486--7699560	38	2.0	38	86	5	107	22	21	25	30	1.99
7699553--7699634	43	1.9	43	92	0	137	12	25	34	28	1.92
7702935--7703049	54	2.1	54	82	3	133	30	21	22	25	1.99
7702958--7703088	54	2.4	54	87	0	172	26	19	25	28	1.98
7705690--7706118	131	3.3	131	90	1	637	31	18	12	37	1.88
7706981--7707031	14	3.6	14	76	10	50	3	15	5	74	1.16
7710189--7711341	48	24.0	48	98	0	2119	38	6	24	31	1.80
7717941--7717983	22	2.0	22	95	0	77	30	27	13	27	1.95
7718595--7718633	14	2.8	14	85	11	53	2	15	0	82	0.79
7722483--7722576	43	2.2	43	92	0	152	29	34	23	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7722581--7722631	26	2.0	26	96	0	93	31	49	17	1	1.58
7724134--7724201	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
7724023--7724350	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	30	1.94
7724303--7724381	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
7732837--7733075	43	5.6	43	98	0	460	30	34	23	11	1.90
7734961--7735170	40	5.2	40	90	2	280	24	22	26	26	2.00
7736525--7737453	43	21.6	43	99	0	1795	30	36	23	9	1.87
7737446--7737529	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
7746049--7746080	16	2.0	16	100	0	64	56	6	18	18	1.62
7747191--7747227	19	2.0	20	89	10	60	48	5	0	45	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235