genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11683542--11683652	30	3.8	30	75	11	104	29	4	3	62	1.32
11686471--11686544	30	2.5	29	82	4	76	50	4	2	43	1.35
11686518--11686554	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
11689902--11690106	101	2.0	101	94	0	356	25	18	17	38	1.92
11691365--11691461	29	3.4	29	72	13	101	38	11	17	32	1.85
11691352--11691462	57	1.9	57	94	0	195	38	9	18	33	1.83
11701991--11702117	51	2.5	50	87	5	184	35	20	8	35	1.83
11714161--11714225	17	3.8	18	80	15	66	44	13	9	32	1.76
11714846--11714906	18	3.4	18	69	0	59	42	18	9	29	1.82
11715176--11715206	15	2.0	16	93	6	55	54	6	0	38	1.26
11722925--11722981	22	2.6	22	97	0	105	14	28	29	28	1.95
11738731--11738886	43	3.6	42	84	4	161	32	26	16	25	1.96
11746792--11746832	19	2.2	19	86	8	57	46	9	19	24	1.80
11755066--11755520	4	113.8	4	99	0	865	49	24	0	25	1.56
11761353--11761399	19	2.5	19	80	16	53	17	19	38	25	1.92
11761625--11761723	27	3.7	27	87	0	135	41	19	11	28	1.85
11761625--11761730	54	2.0	54	86	0	149	39	19	12	28	1.88
11762306--11762403	22	4.5	22	77	10	94	14	18	22	44	1.85
11763511--11763569	23	2.6	22	74	12	57	33	1	23	40	1.65
11764139--11764192	16	3.4	16	82	10	65	46	1	24	27	1.63
11764126--11764192	32	2.1	32	86	5	91	44	2	26	25	1.68
11764359--11764613	62	4.3	60	77	16	259	51	3	1	42	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11764362--11764613	114	2.2	118	87	9	358	51	3	1	42	1.29
11766657--11766722	32	2.1	32	100	0	132	39	12	12	36	1.80
11768819--11768884	18	3.4	18	73	15	69	60	9	7	22	1.52
11768819--11768906	40	2.2	40	97	0	167	60	10	9	20	1.56
11774254--11774326	38	1.9	38	86	5	103	34	20	6	38	1.79
11775258--11775306	14	3.3	15	81	18	57	20	2	28	48	1.60
11775268--11775367	7	14.0	7	77	3	83	19	1	32	48	1.56
11775244--11775351	36	3.0	35	84	5	126	21	0	28	49	1.56
11776095--11776134	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
11777708--11777759	26	2.0	27	88	7	81	26	21	21	30	1.98
11782313--11782392	32	2.5	32	76	15	101	33	28	12	25	1.92
11788672--11788716	19	2.4	19	81	7	56	48	0	26	24	1.51
11793142--11793193	26	2.0	26	88	7	79	48	13	0	38	1.43
11797382--11797540	33	4.9	31	90	5	169	38	11	21	28	1.88
11797362--11797606	33	7.5	31	80	11	156	37	12	21	29	1.90
11797524--11797638	33	3.6	32	77	6	108	33	15	23	26	1.95
11797513--11797638	65	1.9	65	84	6	166	34	15	22	27	1.95
11801607--11801659	20	2.7	20	100	0	106	33	18	11	35	1.87
11801607--11801659	11	5.2	11	73	17	60	33	18	11	35	1.87
11801975--11802332	179	2.0	179	100	0	716	30	31	15	23	1.95
11804262--11804433	87	2.0	86	96	0	308	27	23	20	26	1.99
11809807--11809866	26	2.4	26	78	15	72	30	20	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11809820--11809881	26	2.4	26	83	5	81	33	19	22	24	1.97
11810024--11810071	25	1.9	25	86	0	69	31	14	22	31	1.94
11814997--11815022	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
11815473--11815520	21	2.2	22	82	14	64	45	0	18	35	1.50
11816209--11816339	33	4.0	33	92	2	219	39	9	19	30	1.85
11816193--11816342	66	2.3	66	90	0	237	39	10	20	30	1.86
11816185--11816466	33	8.6	33	78	3	183	36	13	22	27	1.91
11817449--11817507	30	1.9	31	82	3	75	18	35	28	16	1.93
11828420--11828458	18	2.2	18	100	0	78	20	5	5	69	1.28
11828981--11829013	6	5.7	6	85	7	50	18	3	0	78	0.87
11828973--11829013	12	3.5	12	86	3	57	17	7	0	75	1.02
11832091--11832138	20	2.4	20	86	6	62	16	29	33	20	1.95
11832101--11832139	20	2.0	20	94	0	69	12	23	41	23	1.88
11834426--11834519	44	2.1	45	92	4	163	53	11	2	32	1.49
11834436--11834510	25	3.2	25	63	27	65	54	9	2	33	1.46
11844192--11844216	11	2.3	11	100	0	50	20	0	28	52	1.47
11848490--11848541	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
11851268--11851415	41	3.7	40	88	4	199	19	26	17	36	1.94
11854202--11854286	29	2.9	28	87	6	125	40	15	27	17	1.89
11854352--11854450	29	3.4	29	91	4	146	43	12	28	16	1.83
11854141--11854507	149	2.5	147	86	2	500	37	13	27	21	1.91
11854202--11854538	178	1.9	178	79	4	385	37	13	26	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11854436--11854538	30	3.5	30	81	1	109	33	11	26	28	1.91
11855130--11855232	52	2.0	52	96	0	188	30	7	17	44	1.77
11859414--11859455	16	2.6	17	81	11	52	45	21	0	33	1.52
11860097--11860164	34	2.0	34	100	0	136	38	17	11	32	1.86
11860945--11861010	25	2.6	25	83	4	80	36	21	18	24	1.95
11862749--11862788	21	1.9	21	85	10	55	35	27	10	27	1.89
11868768--11868807	21	1.9	21	85	10	55	40	30	0	30	1.57
11870319--11870376	29	2.0	29	96	0	107	41	3	5	50	1.42
11871202--11871243	21	2.0	22	85	4	59	50	2	7	40	1.43
11871221--11871268	25	1.9	25	86	0	69	58	2	10	29	1.43
11877557--11877706	48	3.1	48	77	7	142	29	24	20	26	1.99
11881332--11881482	43	3.5	42	80	10	155	24	16	27	31	1.96
11886200--11886425	81	2.8	81	85	5	278	24	26	13	35	1.93
11886202--11886429	41	5.6	40	71	11	167	24	26	13	35	1.92
11898398--11898478	12	6.9	11	77	14	74	16	4	1	77	1.00
11898399--11898478	5	14.8	5	73	21	56	16	5	1	77	1.01
11898399--11898447	22	2.2	23	88	3	73	14	4	2	79	0.97
11898398--11898453	6	9.7	6	84	3	71	14	3	1	80	0.93
11898407--11898468	17	3.7	16	87	6	79	16	4	1	77	1.02
11916188--11916276	39	2.3	39	92	0	142	41	30	10	17	1.83
11922606--11922632	11	2.5	11	100	0	54	37	40	7	14	1.74
11922218--11923007	398	2.0	404	86	6	1129	30	22	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11923573--11923598	11	2.4	11	100	0	52	61	23	15	0	1.33
11925407--11925452	21	2.2	21	81	14	51	26	30	21	21	1.99
11925931--11925961	15	2.1	15	93	0	53	38	16	0	45	1.47
11930011--11930077	33	2.0	33	91	0	107	29	13	14	41	1.85
11934940--11934985	23	2.0	23	86	0	65	15	30	17	36	1.91
11938040--11938081	22	1.9	22	100	0	84	50	19	14	16	1.79
11939568--11939739	46	3.7	46	78	13	199	28	28	21	21	1.99
11939573--11939743	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
11940163--11940222	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
11947142--11947312	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
11947139--11947309	46	3.7	45	78	12	177	29	28	21	21	1.98
11950093--11950451	38	8.7	38	75	15	295	30	23	14	30	1.94
11950131--11950379	47	5.7	47	74	16	264	31	22	14	30	1.94
11950088--11950417	85	3.9	85	97	0	597	31	23	14	30	1.94
11959510--11959682	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
11959507--11959677	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
11959907--11959944	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
11977035--11977154	42	2.9	42	92	1	188	29	31	24	15	1.95
11982377--11982450	24	3.3	23	70	14	64	50	4	4	41	1.40
11982390--11982427	20	2.0	20	84	5	51	50	0	5	44	1.24
11986111--11986151	18	2.3	18	83	8	57	9	24	41	24	1.85
11986265--11986542	27	10.3	27	80	2	261	30	15	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11986265--11986542	54	5.1	54	82	1	288	30	15	14	39	1.88
11986267--11986517	81	3.1	81	82	1	297	31	15	13	38	1.87
11986812--11986848	18	2.1	18	94	0	65	18	21	13	45	1.84
11999835--12000046	39	5.4	39	84	0	271	44	22	3	29	1.68
11999880--11999948	19	3.6	19	69	18	61	46	23	0	30	1.53
12002018--12002042	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
12003886--12004041	39	4.0	39	92	3	244	20	21	26	31	1.98
12004174--12004209	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
12011367--12011449	45	1.9	41	81	18	98	62	2	10	24	1.39
12011678--12011742	34	1.9	34	84	12	89	50	0	49	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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