genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8176791--8176834	20	2.3	18	84	7	52	13	20	40	25	1.89
8177063--8177140	27	2.9	27	82	0	84	35	17	16	29	1.93
8191184--8191507	50	6.5	49	77	10	259	25	18	27	28	1.98
8191281--8191521	98	2.4	98	81	6	265	25	20	26	27	1.99
8191177--8191515	148	2.3	149	94	2	590	25	19	27	27	1.99
8198260--8198369	15	7.4	14	86	9	148	13	0	39	47	1.43
8198260--8198369	7	14.9	7	88	7	148	13	0	39	47	1.43
8198260--8198364	23	4.7	23	90	6	162	13	0	38	48	1.42
8201799--8201911	58	2.0	57	91	1	181	26	13	29	30	1.94
8201794--8201918	29	4.3	29	84	1	162	26	12	28	32	1.93
8203802--8203977	46	3.8	46	76	14	200	23	20	26	29	1.99
8203799--8203969	93	1.8	93	93	2	299	23	21	26	28	1.99
8208614--8208709	29	3.3	29	78	7	106	23	14	29	32	1.94
8215465--8215562	50	2.0	50	97	0	187	31	20	16	31	1.95
8215678--8215801	62	2.0	62	96	0	230	42	9	20	26	1.83
8217935--8217973	20	2.0	20	94	0	69	25	35	25	12	1.92
8219049--8219124	40	1.9	40	86	5	109	28	15	26	28	1.96
8223269--8223299	15	2.1	15	93	0	53	58	9	0	32	1.31
8225617--8225655	20	2.0	20	100	0	78	43	0	5	51	1.24
8226645--8226683	18	2.2	18	86	9	53	48	2	7	41	1.45
8228828--8228999	61	2.8	60	78	13	192	54	4	0	40	1.24
8232461--8232585	66	1.9	66	80	9	148	29	17	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8238897--8239058	42	3.9	42	86	5	229	21	20	20	37	1.94
8244849--8244987	25	5.5	25	77	7	138	37	2	16	43	1.63
8244864--8245008	25	5.8	24	74	17	109	37	2	16	43	1.60
8244976--8245058	16	5.6	16	70	20	65	39	6	14	39	1.71
8244957--8245043	41	2.2	40	93	2	147	40	3	14	41	1.63
8244973--8245083	57	1.9	57	89	3	170	41	5	14	38	1.69
8244974--8245058	15	5.8	15	70	23	65	41	5	14	38	1.70
8245117--8245178	16	3.6	16	74	21	63	37	4	16	41	1.69
8245100--8245185	36	2.4	36	90	3	131	36	4	17	41	1.70
8245034--8245614	120	4.8	120	95	1	1011	35	4	18	41	1.69
8245237--8245298	16	3.6	16	74	21	63	37	4	16	41	1.69
8245340--8245425	36	2.4	36	88	7	124	34	4	17	43	1.70
8245358--8245418	19	3.6	16	74	22	61	36	4	16	42	1.70
8245598--8245682	25	3.3	25	67	15	73	41	3	15	40	1.64
8246911--8246989	39	2.0	39	87	4	115	51	21	10	16	1.73
8248313--8248339	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8248869--8248931	13	4.5	13	75	13	54	41	50	3	4	1.39
8249217--8249977	114	6.7	114	79	3	762	28	21	16	32	1.95
8249217--8249906	228	3.0	227	89	2	1010	28	21	16	33	1.95
8249217--8249977	342	2.2	340	81	4	847	28	21	16	32	1.95
8260315--8260411	40	2.5	40	86	5	126	25	20	26	26	1.99
8260437--8260563	64	2.0	63	96	1	236	30	20	26	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8266337--8266398	31	2.0	31	100	0	124	32	9	25	32	1.88
8274066--8274186	27	4.5	27	87	4	154	26	19	9	44	1.80
8274039--8274167	54	2.4	54	81	2	134	30	21	9	38	1.85
8274093--8274223	54	2.4	54	81	0	154	31	19	8	41	1.81
8274174--8274443	27	10.0	27	81	6	219	41	18	8	32	1.80
8274188--8274452	137	2.0	134	80	10	299	41	18	8	31	1.81
8274474--8274525	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
8275706--8275753	25	1.9	25	91	0	78	37	22	12	27	1.90
8275790--8275856	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
8275907--8276047	23	6.1	23	91	3	230	24	20	24	30	1.99
8275907--8276047	45	3.1	46	92	3	230	24	20	24	30	1.99
8275907--8276047	68	2.0	70	91	2	232	24	20	24	30	1.99
8276262--8276325	31	2.1	31	87	0	92	40	15	21	21	1.91
8280771--8280834	31	2.1	31	96	0	119	34	6	23	35	1.80
8296668--8296838	93	1.8	92	90	3	272	28	28	21	22	1.99
8296661--8296834	46	3.8	46	76	14	178	28	28	20	21	1.98
8300142--8301190	46	22.8	46	96	2	1921	30	28	19	21	1.98
8308607--8309463	46	18.6	46	98	0	1610	30	28	21	19	1.98
8309890--8309949	30	2.0	30	86	0	84	31	25	5	38	1.77
8311073--8311182	27	4.1	27	85	2	125	47	20	12	19	1.82
8311136--8311236	27	3.8	27	88	3	125	41	19	15	22	1.90
8311162--8311240	27	2.9	27	92	0	131	39	18	16	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8314477--8314592	27	4.3	27	84	4	121	38	18	19	22	1.93
8314477--8314592	54	2.1	54	82	6	146	38	18	19	22	1.93
8319921--8320103	39	4.7	39	84	1	233	25	24	18	31	1.97
8319924--8320103	78	2.3	78	88	0	261	26	24	17	31	1.97
8326556--8326729	87	2.0	87	100	0	348	28	26	17	27	1.97
8326704--8326886	79	2.3	80	83	7	221	24	27	22	24	2.00
8326702--8326886	40	4.7	40	82	7	225	24	28	22	24	2.00
8337429--8337496	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
8337318--8337647	174	1.9	174	92	0	561	31	25	14	29	1.95
8353448--8353691	44	5.6	44	77	8	223	24	18	25	31	1.98
8353573--8353677	43	2.4	43	81	10	117	24	18	22	34	1.96
8356940--8357099	80	2.0	80	90	0	248	38	19	25	17	1.93
8360986--8361117	55	2.4	55	76	0	147	33	31	21	12	1.92
8372171--8372324	43	3.6	42	76	12	145	24	18	25	31	1.98
8382613--8382760	67	2.2	69	78	10	162	32	16	28	22	1.96
8382637--8382820	67	2.8	64	75	8	167	29	17	29	22	1.97
8385202--8385261	29	2.1	29	96	0	111	16	25	15	43	1.86
8391272--8391303	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
8391869--8391908	20	2.0	21	90	5	64	35	7	12	45	1.70
8405493--8405670	40	4.5	40	88	3	245	23	27	24	24	2.00
8406522--8406650	65	2.0	65	98	0	249	37	20	10	31	1.86
8413833--8414047	40	5.4	40	91	2	310	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8416032--8416122	28	3.2	27	86	7	119	20	25	23	30	1.98
8433118--8433199	25	3.3	25	85	0	110	26	17	23	32	1.96
8433129--8433202	25	3.0	25	87	0	112	27	16	24	32	1.96
8435298--8435406	43	2.5	43	90	0	164	22	30	22	24	1.99
8439021--8439244	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
8439025--8439244	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
8439623--8439821	100	2.0	100	95	0	362	27	18	18	35	1.94
8447357--8447540	40	4.6	40	83	8	214	23	22	26	26	2.00
8452235--8452342	27	4.0	26	77	12	94	17	23	21	37	1.94
8453905--8454003	23	4.3	23	78	8	103	38	18	21	22	1.93
8454648--8454691	21	2.2	20	91	4	70	40	18	0	40	1.50
8458593--8458771	38	4.7	38	84	2	207	32	25	21	21	1.98
8458593--8458758	76	2.2	78	86	2	228	33	25	19	21	1.97
8462907--8463023	57	2.0	59	85	3	157	29	27	17	25	1.98
8463183--8463307	43	2.9	43	91	0	205	32	33	23	11	1.90
8464866--8465059	38	5.0	37	77	8	174	32	24	20	22	1.98
8466748--8466988	120	2.0	120	98	0	464	32	17	8	41	1.80
8470800--8470911	47	2.4	47	86	0	143	32	24	13	30	1.93
8471363--8471465	52	2.0	52	98	0	197	25	16	6	51	1.69
8476570--8476700	50	2.6	50	80	2	147	29	18	29	22	1.97
8476703--8476815	43	2.6	43	76	5	129	28	13	26	31	1.94
8480149--8480268	46	2.6	46	94	0	213	20	22	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8482462--8482580	47	2.5	47	84	0	157	31	24	15	29	1.95
8484068--8484697	208	3.0	208	98	0	1210	30	23	13	32	1.93
8487008--8487099	22	4.1	22	82	8	107	33	19	23	22	1.97
8487008--8487099	45	2.1	44	82	10	107	33	19	23	22	1.97
8490904--8491108	65	3.2	65	100	0	410	34	17	18	29	1.94
8496453--8496630	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
8504564--8504741	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
8504585--8504740	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
8505225--8505250	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
8506624--8506675	27	1.9	27	84	0	68	32	17	15	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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