genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25826657--25826918	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
25833955--25834132	89	2.0	89	98	0	347	53	8	16	20	1.69
25834952--25835096	42	3.4	42	74	13	116	26	20	25	27	1.99
25835785--25836046	54	4.9	54	78	5	251	36	16	24	22	1.94
25835823--25835908	27	3.2	27	63	28	65	38	12	23	25	1.90
25838897--25839005	31	3.0	39	67	25	119	45	19	8	26	1.78
25838864--25839005	70	2.0	70	98	0	275	47	19	7	26	1.75
25838873--25838978	31	3.2	31	69	23	97	45	19	6	28	1.75
25839428--25839487	17	3.5	17	72	0	57	45	18	10	26	1.81
25844801--25844842	21	2.0	21	86	9	59	23	23	38	14	1.92
25846062--25846475	48	8.6	48	86	1	508	25	27	17	29	1.98
25855197--25855555	46	7.7	46	69	18	208	29	28	19	22	1.98
25855251--25855509	47	5.6	47	72	12	228	28	28	19	22	1.98
25855204--25855562	93	3.9	93	89	0	540	28	28	19	22	1.98
25860300--25860448	75	2.0	74	88	2	210	18	22	18	40	1.91
25871016--25871247	99	2.3	98	83	5	279	25	18	26	29	1.98
25871069--25871247	49	3.6	49	93	0	277	24	17	27	29	1.98
25874259--25874312	15	3.6	14	80	5	54	12	14	12	59	1.62
25874255--25874323	30	2.3	30	82	7	88	10	14	17	57	1.63
25876454--25876602	49	3.0	51	79	3	176	26	19	25	28	1.99
25878749--25878774	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
25882072--25882444	185	2.0	185	98	0	719	30	24	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25882601--25882908	152	2.0	152	99	0	607	30	25	13	31	1.93
25884618--25885111	246	2.0	246	97	0	934	32	26	11	29	1.92
25895575--25895694	62	1.9	62	98	0	231	27	16	20	35	1.94
25896878--25896914	11	3.1	13	77	22	53	54	0	0	45	1.00
25896870--25896913	23	1.9	23	90	9	72	52	0	2	45	1.13
25896900--25896958	29	2.0	29	86	0	82	49	8	0	42	1.33
25902175--25902214	16	2.5	16	87	0	53	57	5	5	32	1.42
25904733--25904766	16	2.1	16	89	10	52	64	0	2	32	1.08
25909796--25909843	18	2.7	17	78	9	51	75	6	4	14	1.16
25911582--25911621	21	2.0	20	90	5	62	40	10	0	50	1.36
25911648--25911678	14	2.2	14	100	0	62	38	12	6	41	1.69
25912531--25912778	130	1.9	131	88	0	372	29	18	16	35	1.93
25912531--25912873	130	2.6	129	80	5	368	28	18	17	35	1.94
25924505--25924701	87	2.3	87	100	0	394	29	20	21	27	1.98
25924509--25924644	43	3.1	43	61	10	105	30	22	20	26	1.98
25924592--25924965	132	2.8	132	90	0	615	29	18	23	28	1.98
25927106--25927145	21	2.0	20	90	5	62	40	10	0	50	1.36
25927808--25927838	15	2.1	15	93	0	53	19	16	6	58	1.59
25928179--25928516	132	2.6	133	81	4	371	28	19	18	32	1.96
25933623--25933798	35	5.0	35	100	0	352	28	19	22	28	1.98
25936513--25937743	176	7.0	175	89	3	1608	22	22	20	34	1.97
25936648--25937743	88	12.5	88	92	2	1608	22	22	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25936513--25937743	264	4.7	263	87	4	1650	22	22	20	34	1.97
25937870--25937914	22	2.0	24	83	16	60	37	8	20	33	1.83
25937811--25937996	64	2.9	64	94	0	309	37	12	17	32	1.88
25938250--25938280	4	7.8	4	100	0	62	25	0	0	74	0.82
25943410--25943480	35	2.0	35	100	0	142	29	19	22	28	1.98
25946847--25946885	17	2.3	17	86	8	53	30	0	20	48	1.50
25947071--25947153	21	4.0	21	79	0	103	14	26	19	39	1.90
25948097--25948185	45	2.0	45	95	0	160	21	20	23	34	1.96
25948584--25948946	120	3.0	120	100	0	726	35	9	16	37	1.82
25948617--25948927	60	5.2	59	63	22	173	35	10	17	37	1.84
25949849--25950210	120	3.0	120	100	0	724	35	9	16	37	1.82
25949882--25950192	60	5.2	59	63	22	173	35	10	17	37	1.84
25959225--25959263	3	13.0	3	94	0	69	33	35	0	30	1.58
25966441--25966499	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
25966470--25966519	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
25971944--25971983	20	1.9	20	85	10	53	45	5	12	37	1.64
25977454--25977597	49	2.9	48	84	4	198	25	20	27	26	1.99
25979531--25979589	31	1.9	31	96	0	109	30	11	3	54	1.53
25982121--25982296	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
25982118--25982289	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
25997451--25997712	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
25998199--25998299	51	2.0	51	98	0	193	28	13	18	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26002648--26002672	13	1.9	13	100	0	50	24	40	32	4	1.73
26009087--26009302	46	4.7	45	71	14	138	27	18	29	24	1.98
26011629--26011671	18	2.3	18	84	4	50	53	2	0	44	1.13
26011637--26011672	18	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
26011681--26011717	18	2.1	18	90	10	58	64	5	2	27	1.28
26011700--26011756	25	2.3	24	82	8	62	57	3	5	33	1.38
26017570--26017622	25	2.1	25	89	0	79	32	26	16	24	1.97
26025576--26025636	26	2.3	26	83	5	79	34	14	11	39	1.82
26027926--26028053	49	2.6	49	84	0	157	29	21	25	23	1.99
26038671--26038783	55	2.1	55	86	0	154	29	25	28	16	1.97
26044070--26044140	28	2.5	28	83	0	97	39	9	21	29	1.85
26044213--26044435	39	5.7	39	89	1	322	17	23	29	29	1.97
26052666--26052774	37	3.0	36	86	4	148	41	29	11	17	1.85
26055355--26055438	27	3.3	26	66	19	68	33	1	22	42	1.61
26055345--26055446	50	2.0	50	96	0	186	38	1	19	40	1.63
26056471--26056509	20	2.0	20	100	0	78	20	5	30	43	1.73
26057477--26057501	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
26059700--26059764	25	2.5	25	82	7	67	35	24	23	16	1.95
26063387--26063435	16	3.1	15	80	11	53	24	2	2	71	1.07
26064851--26064973	46	2.6	48	86	7	155	23	27	18	30	1.98
26071267--26071370	27	3.8	27	79	9	113	37	20	24	18	1.94
26071262--26071368	54	2.0	54	87	3	153	38	18	24	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26072069--26072104	19	1.9	19	94	5	65	38	13	0	47	1.44
26073235--26073365	47	2.8	46	79	7	131	23	29	19	28	1.98
26079499--26079524	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
26082155--26082214	30	2.0	30	96	0	111	16	21	23	38	1.93
26086506--26086537	14	2.3	14	100	0	64	34	43	6	15	1.72
26088243--26088458	46	4.6	47	80	11	223	23	29	18	29	1.98
26098198--26098248	21	2.4	21	80	3	57	15	29	27	27	1.96
26104214--26104302	44	2.0	44	93	0	151	51	15	8	23	1.72
26106641--26106739	49	2.0	50	84	5	130	41	18	15	25	1.89
26106850--26106948	35	2.8	35	82	0	117	38	16	18	27	1.91
26108629--26108659	14	2.2	14	94	0	53	25	22	29	22	1.99
26110925--26110981	21	2.8	22	70	21	52	36	0	14	49	1.43
26112448--26112773	161	2.0	162	93	1	557	30	17	19	32	1.94
26114800--26114834	17	2.0	18	88	5	54	25	22	25	25	2.00
26115117--26115149	17	1.9	17	88	11	50	36	6	33	24	1.80
26118871--26118915	22	2.0	22	82	0	54	68	2	13	15	1.30
26120139--26120208	29	2.4	30	86	6	101	47	14	17	21	1.82
26121216--26121367	53	2.9	54	83	5	193	33	12	29	24	1.92
26123874--26123922	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
26126728--26126896	55	3.1	55	99	0	329	31	22	10	34	1.88
26127261--26127320	30	2.0	30	83	6	77	26	25	6	41	1.80
26136483--26136705	40	5.6	39	82	7	218	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26136481--26136705	80	2.8	79	82	7	249	25	27	21	25	1.99
26138950--26139862	49	18.7	49	99	0	1785	30	8	30	30	1.87
26139980--26140058	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
26141577--26141633	30	1.9	30	85	0	78	28	21	7	43	1.78
26142448--26142548	39	2.6	39	83	0	130	23	18	27	29	1.98
26144079--26144109	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
26149331--26149457	42	3.0	42	85	6	161	29	27	14	29	1.95
26149417--26149539	47	2.7	46	85	2	156	30	26	16	26	1.97
26149564--26149712	31	4.8	31	89	6	230	27	28	18	25	1.98
26149688--26149816	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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