genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38788114--38788152	17	2.2	18	90	4	62	51	0	10	38	1.36
38789161--38789307	71	2.1	71	97	0	276	42	4	6	47	1.47
38789429--38789469	21	2.0	21	85	0	55	48	0	4	46	1.23
38790913--38791022	39	2.8	39	75	15	100	27	17	26	29	1.97
38802665--38802705	22	1.9	21	85	5	55	41	0	4	53	1.22
38803003--38803389	44	8.9	44	81	10	465	43	14	20	21	1.87
38803003--38803389	86	4.4	87	96	1	663	43	14	20	21	1.87
38806176--38806209	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
38807442--38807706	54	5.4	53	68	23	218	26	3	25	44	1.71
38807474--38807561	42	2.1	42	87	6	126	21	6	27	44	1.77
38807260--38807753	96	5.3	95	94	3	699	26	5	24	42	1.77
38807675--38807772	42	2.3	42	91	6	155	21	9	26	42	1.82
38809232--38809326	24	4.0	24	90	2	138	38	5	7	48	1.54
38818889--38818946	25	2.3	26	81	3	64	18	5	12	63	1.46
38824406--38824552	75	2.0	74	97	1	276	31	14	14	39	1.86
38825853--38825920	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
38826136--38826190	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
38826156--38826190	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
38826276--38826310	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
38826171--38826361	61	3.2	60	67	20	155	48	5	2	43	1.38
38826134--38826417	120	2.4	120	90	2	446	48	4	1	44	1.34
38828339--38828375	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38853256--38853402	71	2.1	71	92	2	242	15	13	27	43	1.84
38854503--38854546	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
38861047--38861102	23	2.6	22	72	13	55	42	25	7	25	1.80
38864232--38864273	13	3.2	13	77	12	50	30	23	19	26	1.98
38864433--38864547	45	2.6	45	81	4	133	39	21	18	20	1.93
38864475--38864563	45	2.0	45	81	0	106	40	19	15	24	1.90
38865164--38865641	28	17.0	28	78	6	342	55	6	16	21	1.63
38865199--38865641	57	7.9	55	77	6	363	55	6	15	22	1.63
38867451--38867488	16	2.4	17	82	8	53	60	0	0	39	0.97
38870405--38870457	18	2.8	20	88	5	74	33	0	28	37	1.58
38870409--38870457	20	2.6	19	87	6	64	32	0	28	38	1.57
38879203--38879880	176	3.8	176	86	1	878	29	16	23	29	1.96
38880100--38880148	22	2.2	24	79	17	61	77	12	0	10	0.99
38881557--38881606	18	2.8	18	76	11	57	30	4	8	58	1.45
38885327--38885358	12	2.7	12	100	0	64	6	40	25	28	1.79
38885384--38885417	13	2.6	13	100	0	68	17	38	29	14	1.90
38886273--38886642	130	2.8	132	77	5	374	34	17	17	30	1.93
38887832--38887863	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
38887833--38887863	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
38892702--38892985	148	1.9	149	81	5	342	52	3	10	34	1.53
38896757--38896796	20	2.0	20	100	0	80	25	30	20	25	1.99
38897641--38897680	19	2.2	18	90	4	62	57	5	0	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38901141--38901287	75	1.9	76	95	1	269	59	6	3	31	1.38
38915407--38915591	18	10.3	18	73	11	128	39	14	10	36	1.80
38915425--38915471	19	2.6	18	83	6	60	44	8	10	36	1.70
38915407--38915591	54	3.4	52	75	8	156	39	14	10	36	1.80
38915408--38915591	72	2.6	72	79	6	221	39	14	10	35	1.80
38915749--38915847	45	2.2	45	90	0	153	41	21	19	18	1.91
38916203--38916236	9	3.8	9	100	0	68	52	11	0	35	1.38
38916168--38916234	30	2.2	32	81	10	77	49	16	0	34	1.46
38916179--38916225	22	2.1	22	84	11	60	48	14	0	36	1.44
38921231--38921294	34	1.9	33	84	15	87	57	1	3	37	1.24
38921610--38921660	20	2.5	20	81	9	59	39	5	1	52	1.37
38921663--38921776	19	6.2	18	71	18	76	35	6	1	57	1.34
38931305--38931366	25	2.6	24	82	5	72	51	0	4	43	1.23
38936197--38936221	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
38936329--38936386	3	20.3	3	79	13	61	65	1	1	31	1.13
38937711--38937927	44	4.9	43	76	7	204	29	24	17	29	1.97
38949386--38950061	339	2.0	338	97	0	1289	40	14	14	30	1.86
38950465--38950499	15	2.5	14	86	13	54	54	2	0	42	1.15
38950472--38950500	15	1.9	15	100	0	58	55	3	0	41	1.17
38950473--38950506	15	2.3	15	89	0	50	58	2	0	38	1.13
38950606--38950664	3	20.3	3	78	13	61	66	1	1	30	1.12
38958055--38958109	27	2.1	25	83	12	67	12	10	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38960597--38960683	27	3.2	27	88	1	120	32	18	16	33	1.93
38971460--38971516	27	2.1	27	83	3	71	33	5	3	57	1.38
38973387--38973501	49	2.4	49	78	7	135	26	19	35	19	1.95
38974859--38974917	31	1.9	31	92	0	100	33	8	13	44	1.74
38976183--38976674	243	2.0	243	97	0	921	24	23	18	33	1.96
38980796--38980839	18	2.4	18	73	0	52	54	4	4	36	1.41
38981423--38981463	16	2.6	16	96	0	73	63	4	12	19	1.46
38982369--38982444	24	3.5	21	74	11	64	23	9	2	64	1.36
38982364--38982435	12	6.0	12	76	0	72	23	6	2	66	1.29
38982366--38982435	24	2.9	24	86	0	95	22	7	2	67	1.29
38983103--38983326	35	6.5	34	82	6	263	32	24	12	30	1.93
38983105--38983327	69	3.2	69	89	2	315	31	24	12	30	1.92
38983105--38983326	104	2.1	104	86	0	309	31	24	12	30	1.92
38986660--38987737	535	2.0	535	97	0	2052	30	17	10	41	1.82
38987410--38988700	645	2.0	645	100	0	2582	34	17	7	40	1.78
38989396--38989682	125	2.3	126	81	3	310	28	15	19	36	1.92
38997224--38997281	30	1.9	31	82	10	75	60	3	0	36	1.14
38997261--38997312	20	2.7	19	85	11	70	55	7	1	34	1.39
38997219--38997294	31	2.5	27	76	23	64	60	3	1	34	1.23
38997972--38998169	10	20.4	9	68	20	57	36	3	3	57	1.30
38997982--38998055	30	2.4	30	84	10	89	29	2	6	60	1.36
38997982--38998064	30	2.8	30	77	17	84	31	2	6	60	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38998042--38998165	19	6.4	18	69	22	65	41	2	1	54	1.23
38998075--38998166	48	1.9	48	80	12	109	41	2	1	55	1.19
39002090--39002149	24	2.6	23	75	19	61	43	0	11	45	1.40
39003928--39003959	16	2.0	16	93	0	55	46	6	3	43	1.44
39011564--39011641	39	2.0	39	92	0	129	34	19	12	33	1.90
39012035--39012075	21	1.9	22	85	5	57	43	4	7	43	1.53
39012074--39012222	69	2.2	69	81	3	185	40	6	18	35	1.75
39015340--39015536	70	2.9	68	81	8	227	39	6	20	34	1.77
39019014--39019047	11	3.2	11	83	8	52	64	0	8	26	1.22
39019200--39019232	16	2.1	16	94	0	57	54	3	0	42	1.15
39026333--39026364	6	5.3	6	100	0	64	34	31	34	0	1.58
39036349--39036449	43	2.3	43	77	14	100	27	27	21	22	1.99
39039626--39039751	43	2.9	43	89	0	180	24	16	26	32	1.96
39044467--39044580	43	2.7	40	80	9	111	32	24	17	25	1.97
39046309--39046437	34	3.8	33	78	9	134	42	15	0	41	1.47
39046452--39046552	34	3.0	33	85	8	150	43	24	0	30	1.61
39046452--39046554	33	3.1	33	84	9	147	42	26	0	30	1.62
39050783--39050827	22	2.0	22	83	8	56	53	8	0	37	1.32
39052949--39052975	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
39053873--39053902	9	3.3	9	95	0	51	6	10	0	83	0.81
39056209--39056672	230	2.0	230	94	0	802	31	18	18	31	1.95
39066603--39066654	24	2.2	24	89	0	77	34	7	9	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39068320--39068364	19	2.4	19	96	0	81	48	0	0	51	1.00
39068323--39068389	19	3.5	19	83	0	80	50	0	1	47	1.10
39069589--39069617	8	3.6	8	100	0	58	37	0	10	51	1.36
39073666--39073753	29	3.2	29	66	26	75	44	6	1	47	1.37
39074161--39074229	19	3.6	19	80	3	68	57	5	4	31	1.42
39074164--39074240	9	8.2	9	75	4	64	58	3	3	33	1.35
39075199--39075252	20	2.6	21	80	16	60	24	7	3	64	1.35
39075269--39075339	18	4.1	16	73	21	54	23	1	4	70	1.13
39085692--39085728	19	1.9	19	94	0	65	59	5	0	35	1.20
39095466--39095504	16	2.4	16	95	0	69	58	20	5	15	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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