genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59082863--59082956	43	2.2	43	80	3	118	27	17	26	28	1.97
59085515--59085613	36	2.8	36	73	19	93	44	16	5	34	1.69
59087154--59087299	43	3.4	42	73	12	111	23	19	23	33	1.97
59090043--59090208	47	3.6	47	74	14	162	31	28	17	22	1.97
59095588--59095753	46	3.6	46	67	11	131	32	28	16	22	1.96
59095597--59095806	93	2.3	93	88	0	312	30	27	17	23	1.97
59095649--59095804	47	3.3	47	71	15	151	30	28	18	22	1.97
59098676--59098829	42	3.6	42	87	3	202	33	16	22	27	1.96
59116872--59116896	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
59117640--59117736	51	1.9	51	82	0	122	32	25	14	26	1.94
59117744--59117875	50	2.6	51	84	4	169	33	28	13	25	1.93
59119317--59119354	20	1.9	20	100	0	76	50	21	0	28	1.49
59119482--59119583	47	2.2	47	83	0	123	38	17	21	22	1.93
59119482--59119571	24	3.8	23	76	4	72	37	18	21	22	1.94
59119529--59119583	24	2.3	24	90	3	85	40	18	21	20	1.92
59129701--59129758	22	2.6	21	73	10	53	60	0	8	31	1.27
59129777--59129892	3	39.0	3	70	22	59	61	0	3	35	1.13
59129777--59129905	30	4.2	31	75	12	108	61	0	3	34	1.15
59129718--59129861	50	2.8	50	80	11	127	61	1	5	31	1.27
59129775--59129905	14	8.9	14	69	20	63	61	0	3	35	1.14
59129673--59129895	20	11.8	19	67	23	73	60	0	4	33	1.24
59131020--59131054	15	2.3	15	100	0	70	28	28	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59131634--59132216	205	2.8	205	92	1	963	28	21	18	30	1.97
59148455--59148688	49	4.7	49	84	2	279	29	26	17	25	1.98
59148456--59148696	101	2.4	99	84	3	315	29	27	18	24	1.98
59156669--59157580	40	22.8	40	98	0	1707	27	20	27	24	1.99
59160106--59160147	21	2.0	22	86	13	61	35	2	26	35	1.70
59162833--59163056	40	5.6	40	85	6	292	26	26	22	24	2.00
59162833--59163056	83	2.8	80	86	4	299	26	26	22	24	2.00
59165747--59165805	28	2.1	28	96	0	109	30	11	22	35	1.90
59166191--59166507	47	6.7	47	97	0	571	29	30	7	32	1.86
59183883--59184057	46	3.8	46	76	14	180	29	29	20	21	1.98
59183890--59184061	93	1.8	93	90	2	274	29	29	20	21	1.98
59203649--59203997	85	4.1	85	98	0	671	38	8	26	26	1.85
59206177--59206273	47	2.1	47	92	0	158	35	10	28	25	1.89
59206247--59206337	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
59207788--59207915	40	3.2	40	92	1	204	28	27	21	23	1.99
59212168--59212223	28	2.0	28	100	0	112	35	25	10	28	1.89
59215859--59216743	40	22.1	40	96	0	1628	28	27	21	22	1.99
59220204--59220330	47	2.8	45	82	8	159	26	19	28	25	1.99
59229236--59229319	33	2.5	33	84	3	107	21	17	11	48	1.79
59232794--59232882	28	3.2	27	82	7	99	35	23	20	20	1.95
59232810--59232883	27	2.7	26	81	6	76	32	22	24	20	1.98
59232989--59233052	27	2.3	28	91	2	103	31	7	26	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59240461--59240575	55	2.1	56	82	8	137	35	21	23	19	1.96
59240486--59240575	28	3.2	27	84	7	110	33	23	23	20	1.97
59240486--59240575	27	3.2	27	82	7	101	33	23	23	20	1.97
59240681--59240745	28	2.3	28	91	0	103	30	7	26	35	1.84
59246808--59247028	40	5.6	40	82	2	241	25	26	23	25	2.00
59249616--59249808	57	3.4	56	82	5	228	35	19	18	26	1.94
59251421--59251451	15	2.1	15	93	0	53	41	0	29	29	1.56
59252776--59252969	96	2.0	96	91	0	316	35	18	34	12	1.88
59258093--59258314	9	25.6	9	73	13	121	33	0	16	49	1.50
59258039--59258175	54	2.6	52	89	4	211	35	0	18	46	1.49
59258048--59258314	18	15.3	18	69	14	141	34	0	16	48	1.50
59258111--59258241	34	3.5	34	79	18	145	35	0	14	49	1.44
59258111--59258302	43	4.5	43	83	7	255	34	0	14	50	1.47
59258041--59258262	34	6.4	34	74	12	141	35	0	16	48	1.47
59258197--59258321	52	2.4	52	93	0	214	33	1	15	49	1.54
59259681--59259763	42	2.0	42	97	0	157	44	8	14	32	1.75
59260767--59260810	19	2.4	19	88	3	63	43	9	40	6	1.63
59260880--59261015	70	1.9	71	89	3	211	39	4	35	20	1.73
59261158--59261605	115	3.9	116	78	6	371	34	17	17	30	1.93
59261158--59261606	116	3.9	114	77	8	335	34	17	17	30	1.93
59261934--59261987	7	7.6	7	76	12	56	27	0	25	46	1.53
59261934--59261994	14	4.3	13	76	15	59	27	0	26	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59261926--59261994	22	3.2	22	84	10	88	28	0	24	46	1.53
59261935--59261994	21	2.8	22	82	12	79	28	0	26	45	1.54
59261947--59262018	28	2.5	28	88	4	99	25	1	30	43	1.63
59262027--59262062	14	2.6	14	86	0	54	19	0	41	38	1.52
59264162--59264244	27	3.1	26	84	3	103	38	24	10	26	1.88
59264162--59264268	54	2.0	54	83	7	137	39	20	12	28	1.88
59264224--59264285	27	2.3	27	94	0	106	40	14	16	29	1.88
59264712--59264874	32	5.2	31	88	2	209	21	17	22	38	1.93
59264887--59264939	26	2.0	26	88	0	79	16	18	20	43	1.88
59265009--59265035	10	2.7	10	100	0	54	18	0	48	33	1.49
59267901--59268120	46	4.7	46	82	4	248	21	29	20	28	1.98
59267867--59268120	94	2.7	93	78	7	282	21	28	20	29	1.98
59267851--59268144	94	3.1	93	73	12	233	21	29	20	27	1.98
59274621--59274789	74	2.3	74	87	0	257	25	22	22	29	1.99
59280445--59280536	27	3.4	27	90	0	139	26	23	9	40	1.86
59280563--59280691	27	4.8	27	81	3	145	41	20	9	28	1.83
59280535--59280690	81	1.9	81	83	10	203	41	18	10	30	1.84
59280568--59280774	54	3.8	54	78	5	200	40	19	9	30	1.83
59280657--59280754	27	3.6	27	77	13	92	39	17	9	33	1.81
59281680--59281762	25	3.3	24	81	9	78	31	20	20	27	1.97
59288843--59288908	33	2.0	33	96	0	123	30	13	31	24	1.94
59290506--59290552	23	2.0	24	84	12	62	31	8	6	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59291033--59291126	48	2.0	48	85	10	131	23	13	25	37	1.92
59291492--59291524	9	3.7	9	84	15	50	21	0	15	63	1.30
59295108--59295140	10	3.2	10	95	4	57	30	27	18	24	1.98
59304460--59304547	43	2.0	44	82	10	110	30	25	14	29	1.95
59313232--59313271	19	2.1	19	85	4	53	57	10	20	12	1.63
59320789--59320908	60	2.0	60	96	0	222	22	15	25	37	1.93
59328220--59328397	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
59328241--59328396	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
59331088--59331349	39	6.7	40	86	7	319	25	22	26	24	2.00
59331117--59331382	78	3.4	79	81	9	233	28	21	25	24	1.99
59333906--59334007	52	2.0	52	92	0	168	31	25	11	31	1.92
59335162--59335339	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
59335188--59335338	82	1.9	81	88	4	232	28	28	16	26	1.97
59335883--59335907	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
59340961--59341001	10	4.2	10	84	6	57	41	0	9	48	1.36
59340938--59340999	19	3.3	19	78	14	74	40	1	12	45	1.52
59341755--59341787	12	3.0	11	91	8	50	36	0	30	33	1.58
59344798--59345072	48	5.7	48	80	6	290	28	30	17	24	1.97
59352100--59352224	63	2.0	63	93	0	214	40	19	9	31	1.83
59352398--59352995	48	12.6	48	93	3	676	28	30	16	24	1.96
59353245--59353558	48	6.6	48	89	2	429	29	31	16	22	1.96
59356561--59356672	42	2.7	42	73	2	109	30	24	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59357174--59357224	26	2.0	25	85	14	68	31	29	3	35	1.76
59363778--59363961	101	1.8	99	84	4	253	29	28	16	25	1.97
59366091--59366156	15	4.4	15	75	19	66	63	13	13	9	1.51
59369135--59369328	49	3.9	49	77	6	185	28	27	18	25	1.98
59375073--59375230	40	4.0	40	93	0	262	23	19	28	28	1.98
59375088--59375256	80	2.1	80	85	0	221	23	21	28	27	1.99
59377273--59377332	21	2.9	21	92	2	95	20	28	40	11	1.87
59378519--59378646	46	2.7	46	83	4	150	21	30	18	28	1.97
59378563--59378690	47	2.8	45	80	9	141	23	28	17	31	1.97
59380202--59380240	20	2.0	20	89	0	60	38	12	12	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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