genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77829440--77829469	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
77829340--77829755	120	3.5	120	92	1	676	41	2	5	50	1.39
77829413--77829718	59	5.1	60	64	21	167	41	2	6	49	1.41
77829461--77829495	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77829594--77829640	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
77829590--77829640	15	3.5	15	82	12	54	47	0	1	50	1.12
77829969--77830004	16	2.2	16	95	0	63	38	33	0	27	1.57
77841754--77841794	21	2.0	21	85	0	55	34	2	19	43	1.64
77842265--77842328	24	2.6	25	80	7	87	20	26	17	35	1.94
77845338--77845430	31	3.0	31	88	3	134	27	31	19	21	1.97
77845525--77845861	35	9.6	35	88	0	413	29	25	14	30	1.95
77848379--77848419	12	3.5	11	81	12	55	21	4	0	73	1.02
77848372--77848419	24	2.0	23	96	4	87	22	4	0	72	1.01
77849690--77849875	91	2.0	91	97	0	354	37	4	5	52	1.46
77855017--77855096	26	3.1	27	74	15	87	51	3	0	45	1.19
77866468--77866517	23	2.3	20	83	10	55	44	2	4	50	1.32
77866674--77866698	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
77871255--77871283	14	2.1	14	100	0	58	6	44	0	48	1.29
77873372--77873425	8	7.0	8	77	12	51	70	1	0	27	0.98
77877576--77877832	47	5.4	47	87	3	304	24	15	28	31	1.96
77895327--77895384	16	3.6	16	78	21	52	53	1	0	44	1.10
77895350--77895384	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77895231--77895552	156	2.0	160	92	4	544	43	3	4	48	1.40
77895506--77895540	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
77895677--77895885	92	2.3	91	84	6	217	46	4	3	44	1.42
77903529--77903568	13	2.8	15	85	14	66	35	0	0	65	0.93
77906335--77906363	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
77910827--77910861	15	2.2	16	90	5	54	42	0	0	57	0.99
77914199--77914285	21	4.1	21	75	7	86	35	24	21	18	1.95
77914475--77914569	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
77914489--77914572	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
77919247--77919612	46	8.0	46	96	0	644	23	24	14	37	1.92
77921681--77921925	123	2.0	123	96	0	454	33	17	15	33	1.91
77922381--77922455	12	6.8	11	72	17	50	58	6	0	34	1.24
77922378--77922416	18	2.2	18	90	9	62	56	5	0	38	1.22
77922190--77922585	129	3.1	131	89	6	637	61	5	2	30	1.33
77922346--77922588	10	24.6	10	64	24	56	61	4	2	31	1.29
77924025--77924135	45	2.5	45	79	7	111	27	22	22	27	1.99
77924168--77924229	26	2.4	26	91	0	97	40	14	25	19	1.90
77924596--77924893	77	3.9	77	82	4	379	31	20	16	30	1.95
77927039--77927115	39	2.0	39	100	0	154	31	12	19	36	1.90
77932947--77933022	38	2.0	38	100	0	152	23	31	13	31	1.93
77938451--77938499	21	2.3	21	79	10	55	20	8	0	71	1.11
77939550--77939582	17	2.1	17	88	11	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77939781--77939836	25	2.2	26	84	12	80	44	3	3	48	1.37
77939780--77939846	25	2.7	25	80	13	77	43	2	2	50	1.32
77943268--77943311	19	2.2	20	92	4	72	50	0	0	50	1.00
77947680--77947705	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
77953168--77953210	22	1.9	23	85	4	61	51	0	0	48	1.00
77953351--77953397	24	2.0	25	83	8	62	57	17	6	19	1.60
77954388--77954422	17	2.1	17	88	0	52	40	0	0	60	0.97
77956746--77956786	12	3.5	12	78	15	50	26	0	4	68	1.10
77956779--77957008	87	2.6	87	86	4	318	23	15	20	40	1.91
77959823--77959880	6	9.5	6	90	1	89	20	13	31	34	1.92
77960137--77960167	15	2.1	15	93	0	53	51	0	3	45	1.17
77960557--77960607	20	2.4	22	87	9	70	56	0	9	33	1.32
77969789--77969946	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
77971459--77971529	29	2.3	30	81	11	83	38	7	9	45	1.65
77983980--77984326	46	7.6	46	83	4	353	43	13	21	20	1.86
77983980--77984326	91	3.8	92	81	6	364	43	13	21	20	1.86
77983990--77984343	137	2.6	138	82	5	398	43	14	21	20	1.88
77984442--77984489	24	2.0	25	88	12	73	52	37	0	10	1.36
77985139--77985167	11	2.6	11	100	0	58	17	27	44	10	1.81
77985686--77985718	14	2.3	15	89	5	50	33	3	0	63	1.10
77986721--77986789	31	2.3	31	97	2	131	36	11	5	46	1.64
77987404--77987439	19	1.9	18	88	5	54	47	8	2	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77987840--77987872	17	2.0	16	94	5	57	54	0	15	30	1.41
77991810--77991857	23	2.0	25	84	8	64	18	6	18	56	1.62
77997604--77997629	11	2.4	11	100	0	52	30	15	19	34	1.93
77997949--77998020	36	2.0	36	100	0	144	38	13	11	36	1.81
77999120--77999171	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
78001090--78001141	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
78003060--78003111	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
78005030--78005081	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
78008090--78008138	24	2.0	24	96	0	89	18	14	4	63	1.46
78017304--78017333	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
78019004--78019057	19	2.9	19	84	12	69	64	1	0	33	1.04
78021909--78021954	20	2.3	20	88	0	65	39	17	28	15	1.90
78024556--78024655	50	2.0	50	92	3	166	34	12	20	34	1.89
78026294--78026387	46	2.0	46	91	0	152	35	21	26	17	1.95
78026473--78026514	22	1.9	22	85	0	57	71	9	2	16	1.23
78026924--78026956	11	3.0	11	95	0	57	57	9	24	9	1.58
78038403--78038738	168	2.0	168	100	0	672	32	14	18	35	1.91
78045449--78045481	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
78045712--78045970	46	5.6	46	90	0	358	20	24	13	41	1.88
78045712--78045974	92	2.9	92	90	0	400	21	24	13	41	1.89
78052514--78052570	26	2.1	28	87	6	82	50	1	0	47	1.11
78053096--78053125	6	5.2	6	92	8	53	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78053096--78053125	11	2.6	12	94	5	53	16	0	0	83	0.65
78059188--78059239	22	2.5	20	81	9	59	67	7	0	25	1.17
78059187--78059232	16	2.7	18	83	12	53	67	10	0	21	1.21
78059749--78059830	41	2.0	41	92	0	137	26	0	28	45	1.54
78059877--78059939	34	1.9	32	90	6	99	36	0	17	46	1.49
78060025--78060548	126	4.1	126	87	1	701	37	17	16	27	1.92
78062041--78062072	14	2.3	14	100	0	64	46	9	15	28	1.77
78068009--78068070	28	2.1	28	91	5	97	41	1	6	50	1.38
78076788--78076832	20	2.2	20	80	7	56	35	4	13	46	1.63
78090737--78090829	18	5.2	18	85	0	132	32	20	13	33	1.92
78090733--78090829	36	2.7	36	93	0	158	31	20	14	32	1.93
78115359--78115388	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
78139316--78139375	26	2.4	25	78	13	70	26	10	3	60	1.45
78139587--78139623	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
78139722--78139766	23	2.0	20	84	16	54	22	0	4	73	1.01
78139728--78139775	23	2.0	25	84	15	66	22	0	6	70	1.09
78140285--78140318	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
78140382--78140408	14	1.9	14	100	0	54	29	22	7	40	1.81
78150587--78150666	40	2.0	40	97	0	151	36	20	26	17	1.94
78150598--78150663	20	3.3	20	66	8	62	36	16	28	18	1.93
78151460--78151615	83	1.9	83	84	0	213	30	17	21	30	1.96
78151419--78151821	202	2.0	202	91	0	646	32	18	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78151663--78151847	83	2.2	83	94	1	318	33	19	18	28	1.96
78153471--78153530	26	2.4	25	75	22	63	26	11	3	58	1.49
78153744--78153780	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
78154439--78154472	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
78156628--78156667	20	2.0	20	100	0	80	25	35	5	35	1.78
78160482--78160563	43	1.9	43	89	0	128	52	0	23	24	1.47
78160484--78160548	15	4.4	16	66	25	52	53	0	24	21	1.46
78161452--78161490	17	2.3	17	95	0	69	25	28	30	15	1.96
78170780--78170837	28	2.1	28	83	6	73	39	6	13	39	1.72
78172078--78172142	30	2.2	30	83	10	80	43	4	7	44	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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