genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75307527--75307574	24	2.0	24	87	0	69	39	8	18	33	1.81
75309654--75309706	20	2.5	21	75	6	54	58	13	1	26	1.45
75313808--75314046	72	3.3	72	91	4	385	55	15	5	23	1.61
75314148--75315335	594	2.0	594	99	0	2367	29	19	15	36	1.92
75317395--75317429	17	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
75321083--75321159	24	3.2	24	77	3	75	38	3	42	14	1.64
75321608--75321650	20	2.2	19	84	12	52	58	4	2	34	1.32
75323566--75323597	17	1.9	17	93	6	57	68	3	9	18	1.30
75324107--75324144	12	3.2	12	85	7	51	73	0	0	26	0.83
75333817--75333860	21	2.1	21	91	0	70	29	20	29	20	1.98
75342018--75342068	23	2.4	20	81	18	59	60	1	11	25	1.41
75342584--75342614	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
75343987--75344252	127	2.1	127	80	1	282	25	20	23	30	1.98
75344006--75344283	44	6.5	43	70	9	201	23	23	21	32	1.98
75346974--75349669	44	61.4	44	91	1	4179	24	27	19	28	1.98
75349889--75353159	44	75.8	43	67	10	827	28	21	18	30	1.97
75349894--75350254	175	2.1	175	91	1	589	29	23	17	29	1.97
75349744--75351811	385	5.3	383	82	5	2406	28	22	19	30	1.98
75349984--75350261	85	3.2	85	73	8	281	28	23	17	30	1.97
75350194--75350340	79	1.9	79	82	5	190	24	24	19	31	1.98
75350069--75350464	210	1.9	210	91	1	650	28	23	18	29	1.98
75350279--75350877	175	3.4	175	89	2	855	27	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75350629--75351260	210	2.9	217	87	5	924	28	22	20	29	1.98
75350469--75353156	131	20.8	129	67	13	674	28	21	19	30	1.97
75351058--75351701	175	3.7	175	87	2	854	28	21	18	30	1.97
75349745--75351811	778	2.7	778	89	2	3108	28	22	19	30	1.98
75351665--75352372	166	4.2	166	89	3	963	28	20	18	32	1.96
75350068--75352039	778	2.5	769	87	4	2327	28	21	19	30	1.97
75351926--75352372	79	5.5	77	67	17	274	28	20	18	33	1.96
75352141--75352404	79	3.3	75	70	15	186	26	23	20	30	1.98
75352343--75352986	175	3.7	175	87	3	890	29	22	18	29	1.97
75352172--75353175	393	2.6	393	83	3	1185	28	22	18	30	1.97
75353562--75354007	222	2.0	222	97	0	838	29	22	10	37	1.88
75355550--75355626	12	6.4	12	73	10	50	11	7	7	72	1.27
75355575--75355641	21	3.4	18	68	20	53	7	5	7	79	1.07
75375393--75375453	32	2.0	29	90	9	95	49	3	14	32	1.60
75375404--75375456	19	3.1	19	67	30	55	43	3	18	33	1.68
75375674--75375718	22	2.0	22	83	8	56	62	0	0	37	0.96
75391200--75391242	21	2.0	21	81	9	50	60	0	13	25	1.34
75397734--75397764	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
75405064--75405096	7	4.9	7	92	7	59	72	0	12	15	1.12
75405064--75405096	13	2.4	14	95	5	59	72	0	12	15	1.12
75406354--75407233	44	20.0	44	74	11	549	30	19	22	27	1.98
75406409--75407232	87	9.4	85	74	8	582	29	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75406350--75406792	175	2.5	177	78	8	447	30	18	22	27	1.98
75406454--75407187	134	5.6	133	77	8	605	29	20	22	27	1.98
75406371--75407233	218	3.9	217	79	7	820	30	19	22	27	1.98
75406540--75407226	262	2.6	260	81	5	652	29	20	22	27	1.98
75406672--75407308	218	2.9	213	78	11	654	30	20	21	26	1.98
75407233--75407791	134	4.2	134	99	0	1109	34	22	18	23	1.96
75409446--75409499	23	2.4	22	76	11	56	31	5	0	62	1.18
75409446--75409503	25	2.4	24	77	8	64	32	5	0	62	1.18
75409751--75409791	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
75419547--75419772	116	1.9	116	87	1	328	34	17	16	32	1.92
75426001--75426052	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
75427938--75427998	28	2.1	29	81	3	70	26	4	3	65	1.28
75438108--75438201	48	2.0	48	87	8	138	42	27	10	19	1.84
75442638--75442731	48	2.0	48	85	8	129	40	26	12	20	1.88
75451512--75451575	32	2.0	32	93	0	110	34	15	12	37	1.85
75452154--75452227	33	2.3	33	88	2	105	33	5	16	44	1.70
75457079--75457171	10	9.3	10	72	12	66	68	1	4	25	1.14
75457090--75457171	19	4.2	19	73	6	67	69	1	2	26	1.08
75457090--75457180	29	3.1	28	76	12	94	67	1	2	29	1.10
75457425--75457492	9	7.3	10	71	14	56	23	1	1	73	1.00
75457425--75457493	28	2.5	28	85	2	86	24	1	1	72	1.01
75457424--75457510	37	2.3	38	79	11	92	29	1	1	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75457451--75457505	27	2.0	28	85	3	76	32	0	0	67	0.91
75457562--75457751	90	2.2	87	79	4	202	34	10	17	37	1.84
75457804--75457852	21	2.3	22	82	13	66	59	0	2	38	1.09
75457807--75457846	20	1.9	22	90	10	66	60	0	2	37	1.11
75457794--75457847	20	2.7	20	81	16	58	57	0	1	40	1.09
75462906--75462973	32	2.1	33	81	8	77	63	1	0	35	1.04
75463809--75463849	20	2.0	21	85	4	57	43	17	7	31	1.76
75464684--75464735	24	2.1	25	82	10	63	26	3	9	59	1.46
75475215--75475246	16	2.1	16	94	5	57	50	0	6	43	1.27
75475748--75475797	13	3.8	13	78	2	55	48	0	2	50	1.12
75476445--75476494	13	3.8	13	78	2	55	48	0	2	50	1.12
75477137--75477186	26	2.0	26	84	4	66	50	0	4	46	1.20
75475444--75477743	691	3.3	696	96	0	4252	34	11	14	38	1.83
75484216--75484251	18	2.0	18	88	0	54	16	5	13	63	1.47
75500378--75500427	26	1.9	26	100	0	100	38	12	26	24	1.90
75503141--75503325	81	2.3	81	99	0	361	44	10	11	32	1.75
75506204--75506399	40	4.8	40	75	14	191	24	20	22	32	1.98
75506144--75506485	126	2.7	126	95	0	603	23	19	22	34	1.97
75506456--75507532	132	8.2	131	92	3	1336	28	23	18	29	1.98
75506204--75506922	44	16.6	44	67	11	254	25	22	20	31	1.98
75506334--75507302	44	22.2	44	65	11	247	28	22	18	30	1.97
75507771--75508031	44	6.0	43	74	2	207	30	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75507760--75508034	131	2.1	131	90	2	435	30	26	14	29	1.95
75508518--75508713	108	1.8	108	90	0	320	46	10	16	26	1.79
75509540--75509578	15	2.4	17	87	8	55	0	5	12	82	0.83
75511001--75511055	26	2.1	26	96	0	101	49	18	10	21	1.78
75513862--75513901	21	1.9	21	94	0	71	62	0	2	35	1.09
75513863--75513991	12	12.4	11	68	23	75	60	0	2	37	1.10
75513875--75514008	39	3.3	39	89	7	214	62	0	2	35	1.08
75513894--75513927	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
75517029--75517071	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
75545726--75545774	21	2.2	21	80	16	55	48	0	6	44	1.27
75550091--75550147	30	1.9	30	82	7	71	26	8	21	43	1.81
75552094--75552138	12	3.9	12	80	16	51	55	0	8	35	1.31
75552093--75552149	11	4.8	12	81	16	57	57	0	7	35	1.26
75553710--75554585	44	20.2	44	75	11	412	24	23	21	30	1.99
75553732--75554580	175	4.9	175	92	2	1288	24	24	20	30	1.99
75554776--75555110	44	7.5	45	67	12	172	27	23	19	29	1.98
75554743--75555110	90	4.1	91	68	13	271	28	22	19	29	1.98
75554736--75555110	134	2.8	134	98	1	718	28	22	19	29	1.98
75555828--75555871	23	1.9	23	95	0	79	54	2	13	29	1.51
75556498--75556551	7	8.0	7	81	8	67	14	16	0	68	1.21
75556498--75556551	20	2.7	20	85	0	81	14	16	0	68	1.21
75558250--75558305	25	2.1	28	78	18	66	55	7	14	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75561765--75561807	12	3.8	11	84	12	52	55	0	9	34	1.32
75561776--75561818	11	3.8	12	85	11	56	58	0	4	37	1.19
75564781--75564824	18	2.5	18	88	3	63	72	6	4	15	1.22
75565075--75565119	24	1.9	23	86	4	63	57	2	8	31	1.41
75565081--75565129	20	2.6	18	75	12	53	55	2	10	32	1.45
75565188--75565214	14	1.9	14	100	0	54	66	3	0	29	1.09
75565818--75565853	6	5.7	6	93	6	54	86	0	0	13	0.58
75565817--75565853	7	5.6	7	93	6	60	86	0	0	13	0.57
75565817--75565853	20	1.9	20	94	5	67	86	0	0	13	0.57
75565817--75565853	13	2.8	13	84	15	58	86	0	0	13	0.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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