genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17702612--17702874	119	2.2	119	87	5	363	26	22	26	25	2.00
17707524--17707751	53	4.2	53	79	3	215	37	20	22	19	1.94
17719528--17719789	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
17726771--17726808	14	2.7	14	95	0	67	84	0	15	0	0.63
17731258--17731945	344	2.0	344	94	0	1207	26	23	15	33	1.95
17736629--17737029	198	2.0	199	95	1	725	27	8	16	47	1.75
17738941--17738990	6	7.8	6	95	4	73	68	0	16	16	1.22
17738941--17738987	7	7.1	7	97	2	73	70	0	14	14	1.18
17738941--17738990	13	3.8	13	92	7	84	68	0	16	16	1.22
17740763--17740890	46	2.8	45	79	7	132	23	31	19	25	1.98
17742804--17742863	29	2.1	29	90	0	93	30	23	13	33	1.93
17744418--17744541	43	3.0	41	77	10	117	25	17	26	30	1.97
17748938--17749136	99	2.0	99	99	0	389	33	12	20	34	1.90
17749162--17749209	23	2.1	23	100	0	96	39	14	16	29	1.88
17752085--17752256	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
17752087--17752309	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
17752085--17752309	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
17752241--17752318	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17766340--17766477	27	5.1	27	89	2	181	35	21	23	18	1.96
17769871--17769979	27	4.1	27	85	5	141	38	22	22	15	1.92
17769873--17769978	54	2.0	53	88	1	158	38	23	21	16	1.92
17770498--17770540	17	2.5	17	80	3	50	39	32	0	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17770379--17770699	160	2.0	160	96	0	588	28	27	14	29	1.95
17770753--17770944	92	2.1	92	97	0	357	25	29	14	31	1.95
17771662--17771730	24	2.9	24	86	0	102	26	37	4	31	1.76
17783152--17783223	25	2.9	24	85	4	81	26	19	22	31	1.97
17783179--17783247	25	2.8	25	86	2	95	24	21	24	28	1.99
17783876--17783939	27	2.4	27	78	2	76	18	26	18	35	1.94
17783997--17784194	27	7.3	27	77	7	150	33	9	19	36	1.85
17783990--17784153	56	3.0	54	78	7	163	32	9	17	39	1.83
17783970--17784153	27	6.8	27	78	6	158	32	9	19	39	1.84
17784145--17784275	27	4.9	27	80	3	147	41	8	21	29	1.82
17786555--17786668	31	3.7	31	91	1	185	28	26	17	27	1.98
17790258--17790322	27	2.4	27	86	0	94	18	24	20	36	1.94
17790376--17790675	27	11.1	26	75	11	178	30	9	20	40	1.83
17790356--17790675	53	5.9	54	75	7	247	29	9	20	40	1.83
17790329--17790670	80	4.2	80	73	11	275	28	10	20	40	1.85
17790681--17790783	27	3.8	27	88	0	143	37	6	25	30	1.82
17795121--17795383	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
17795160--17795418	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
17803108--17803330	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
17803184--17803365	79	2.3	80	83	1	224	25	20	28	25	1.99
17807076--17807208	47	2.8	47	84	5	162	25	15	29	30	1.95
17807087--17807210	48	2.6	47	83	6	153	26	14	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17810926--17811005	39	2.1	39	97	0	151	28	21	11	38	1.88
17830475--17830514	13	2.8	15	82	17	50	27	2	0	70	1.01
17840434--17840598	43	3.8	44	75	10	153	30	26	18	24	1.98
17843101--17843161	22	2.7	23	73	19	65	24	19	19	36	1.95
17843338--17843377	20	2.0	20	90	0	62	30	0	25	45	1.54
17860960--17861008	10	4.8	10	85	11	64	61	2	0	36	1.08
17879147--17879408	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
17901216--17901244	8	3.6	8	100	0	58	20	27	41	10	1.85
17902655--17902781	43	3.0	43	68	5	114	34	25	12	27	1.92
17921775--17921856	29	2.9	29	83	8	114	23	14	32	29	1.94
17939121--17939252	53	2.5	53	77	2	129	37	19	21	20	1.94
17939161--17939265	53	2.0	53	80	0	120	38	17	23	20	1.93
17949869--17949970	40	2.6	40	89	4	145	21	28	23	26	1.99
17954705--17954852	48	3.1	48	90	0	224	30	24	8	37	1.84
17958338--17958500	77	2.1	77	96	0	299	34	10	15	39	1.82
17959380--17959530	40	3.8	40	83	5	164	22	24	29	23	1.99
17965609--17965638	16	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
17967178--17967212	13	2.7	13	90	0	52	31	8	20	40	1.82
17972778--17972851	30	2.5	30	93	0	130	35	12	21	31	1.90
17976289--17976436	48	3.1	48	89	0	215	37	7	24	31	1.83
17980615--17980879	40	6.6	40	88	5	383	21	24	28	25	1.99
17980615--17980879	123	2.2	120	87	5	383	21	24	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17988267--17988491	40	5.6	40	88	6	321	23	23	28	24	1.99
17988267--17988491	83	2.8	81	88	6	341	23	23	28	24	1.99
17994638--17994811	46	3.8	45	81	9	199	27	18	29	24	1.98
17994830--17994952	47	2.5	49	89	6	180	26	18	32	21	1.97
17996868--17997178	154	2.0	154	97	0	586	31	21	20	27	1.98
17997954--17997987	17	2.1	17	88	5	52	38	2	0	58	1.13
17998060--17998117	27	2.1	27	87	0	80	20	24	27	27	1.99
18002428--18002532	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
18007231--18007348	33	3.6	33	79	6	123	24	12	45	16	1.83
18009396--18009427	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
18009427--18010004	116	5.3	109	83	11	564	52	15	0	30	1.49
18009475--18009932	227	2.0	224	88	6	692	52	15	0	31	1.49
18009475--18009931	116	4.0	112	90	6	667	52	15	0	31	1.49
18010189--18010229	3	13.3	3	89	5	64	0	36	0	63	0.95
18010191--18010228	19	2.0	19	94	0	67	0	39	0	60	0.97
18010189--18010233	22	2.1	22	91	4	74	0	37	0	62	0.96
18011004--18011075	24	3.0	24	79	2	72	55	0	0	44	0.99
18018173--18018237	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
18026282--18026320	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
18027813--18027930	29	4.1	29	75	6	116	30	14	28	26	1.95
18035124--18035406	46	6.0	50	73	15	201	24	30	17	27	1.97
18035131--18035444	46	6.7	45	74	11	199	24	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18035190--18035444	140	1.8	141	84	5	356	24	30	16	27	1.97
18036826--18036866	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
18037512--18037642	39	3.4	39	89	1	192	25	22	28	23	2.00
18037512--18037668	78	2.0	78	83	2	199	23	24	28	24	2.00
18039603--18039635	11	3.0	11	95	0	57	45	24	0	30	1.53
18039703--18039775	18	4.0	18	70	16	69	16	2	56	24	1.54
18039717--18039791	37	2.0	37	92	0	123	16	4	52	28	1.61
18039757--18039820	29	2.2	29	80	5	76	17	3	48	31	1.62
18040080--18040474	133	3.0	133	95	0	682	27	22	20	29	1.98
18040169--18040380	43	4.8	44	66	15	134	27	23	19	29	1.98
18041418--18041490	24	3.0	24	74	9	60	0	26	2	71	1.00
18041452--18041493	12	3.4	12	80	6	57	0	23	0	76	0.79
18041431--18041494	13	4.8	13	75	11	58	0	21	1	76	0.87
18042669--18042734	14	4.5	14	73	14	53	0	25	1	72	0.93
18042660--18042742	13	6.2	13	68	12	53	0	24	1	74	0.89
18042663--18042742	40	2.0	41	80	7	92	0	25	1	73	0.90
18045253--18045323	27	2.7	26	77	16	74	76	1	22	0	0.87
18045268--18045335	16	4.5	15	75	17	61	75	1	23	0	0.89
18045253--18045337	5	16.6	5	73	13	50	76	1	22	0	0.85
18046584--18047081	268	1.9	268	90	0	791	30	20	21	27	1.98
18046582--18047081	135	3.7	134	90	2	754	30	20	22	27	1.98
18047310--18047385	29	2.6	28	87	4	107	30	47	0	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18047346--18047412	19	3.5	19	66	20	50	28	50	1	19	1.56
18047729--18047868	63	2.2	62	79	10	144	26	5	5	62	1.38
18047849--18047879	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
18048076--18048137	21	2.9	21	78	4	61	30	8	6	54	1.55
18048341--18048584	126	1.9	126	94	0	425	29	17	15	37	1.90
18060170--18060642	176	2.7	176	94	0	838	28	19	22	29	1.98
18060480--18060718	131	1.8	132	84	2	320	25	20	22	30	1.98
18061986--18062020	15	2.2	16	95	5	63	31	0	5	62	1.18
18062593--18062664	37	1.9	37	91	0	117	27	51	1	19	1.55
18062749--18062792	11	4.0	11	87	0	52	27	0	31	40	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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