genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19632098--19632213	46	2.6	44	82	5	126	27	20	15	36	1.93
19634903--19635020	60	2.0	60	96	0	218	38	11	17	32	1.86
19635279--19635390	55	2.0	55	81	6	129	30	29	26	13	1.94
19638005--19638050	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
19640752--19640929	27	6.6	27	82	5	180	29	28	15	26	1.96
19640773--19640928	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19644473--19644615	72	2.0	72	83	2	180	30	13	11	44	1.80
19646362--19646393	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
19647644--19647685	20	2.0	21	90	4	68	28	0	14	57	1.38
19650150--19650188	18	2.2	18	100	0	78	25	28	5	41	1.77
19650455--19650774	28	11.4	28	80	5	317	35	22	16	25	1.95
19666240--19666328	38	2.3	39	81	13	103	31	20	23	24	1.98
19669005--19669093	38	2.3	39	81	13	103	31	20	23	24	1.98
19671949--19672001	27	2.0	27	96	0	97	33	22	15	28	1.94
19673439--19673479	21	2.0	21	90	4	66	14	24	34	26	1.94
19673445--19673487	20	2.1	21	83	12	54	23	20	32	23	1.98
19673894--19673946	15	3.4	16	82	7	65	30	13	15	41	1.85
19674086--19674125	18	2.2	19	86	4	55	30	15	2	52	1.55
19676364--19676432	34	2.0	34	97	0	129	40	17	17	24	1.90
19692686--19692722	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
19693594--19693655	22	2.8	22	69	13	56	12	3	46	37	1.58
19695280--19695376	35	2.8	35	80	0	113	40	14	17	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19699415--19699481	31	2.1	32	81	13	77	26	11	29	31	1.92
19701497--19701808	40	7.7	40	92	2	480	21	26	20	31	1.98
19701497--19701809	164	1.9	160	92	2	527	21	26	20	31	1.98
19710123--19710390	40	6.7	40	95	0	455	21	26	20	30	1.98
19718547--19718679	50	2.7	51	81	9	159	23	27	21	28	1.99
19718695--19718816	46	2.7	46	86	0	181	22	25	20	31	1.98
19719521--19719545	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
19729238--19729327	47	1.9	47	88	0	135	37	25	21	15	1.92
19730121--19730166	5	8.6	5	81	13	56	19	4	0	76	0.96
19736908--19737036	46	2.8	46	90	2	197	31	29	20	18	1.97
19738629--19738764	70	1.9	70	98	0	263	27	17	12	42	1.85
19748750--19748780	16	2.0	15	93	6	53	58	9	0	32	1.31
19749968--19750087	32	3.8	32	80	1	143	32	20	12	35	1.90
19750220--19750340	55	2.2	55	80	2	136	33	21	19	25	1.96
19750301--19750350	15	3.5	15	73	15	52	32	18	22	28	1.97
19750249--19750353	55	1.9	55	88	0	156	31	21	20	26	1.98
19759496--19759641	42	3.4	42	78	11	145	24	19	24	31	1.98
19759854--19759893	22	2.0	21	85	14	57	22	7	15	55	1.65
19768723--19768776	27	2.0	27	96	0	99	40	12	18	27	1.87
19771470--19771545	29	2.6	29	87	0	107	26	26	18	28	1.98
19782184--19782298	27	4.3	26	82	6	131	40	20	13	26	1.89
19782184--19782298	54	2.1	54	85	3	151	40	20	13	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19787484--19787516	16	2.1	16	88	11	50	12	12	9	66	1.44
19787518--19787566	17	3.0	16	80	11	55	10	4	16	69	1.32
19792257--19792293	5	7.6	5	88	11	51	0	13	2	83	0.74
19792257--19792296	14	2.8	13	85	14	53	0	12	2	85	0.71
19795614--19795647	17	2.0	17	88	0	50	26	2	20	50	1.63
19799763--19799804	20	2.0	20	86	4	57	35	2	16	45	1.61
19802279--19802447	85	2.0	85	97	0	320	27	15	13	42	1.85
19813672--19813820	74	2.0	74	93	1	255	24	16	26	32	1.96
19816715--19816756	21	2.0	21	90	0	66	42	30	16	9	1.80
19819492--19819700	26	8.2	26	88	1	309	28	21	22	28	1.99
19819911--19819989	31	2.5	31	85	0	122	31	16	24	27	1.96
19823204--19823659	47	9.6	47	93	1	750	29	29	8	33	1.86
19823204--19823659	96	4.8	94	93	1	750	29	29	8	33	1.86
19827027--19827232	27	7.6	27	86	1	144	33	22	8	34	1.85
19827011--19827124	54	2.1	54	83	0	138	30	22	8	37	1.85
19827038--19827169	54	2.4	54	91	0	201	28	21	9	40	1.83
19827065--19827195	54	2.4	54	83	0	163	30	22	9	38	1.85
19826993--19827209	81	2.7	81	75	0	200	33	22	8	35	1.85
19827146--19827422	81	3.4	81	80	4	292	38	20	9	30	1.85
19827160--19827505	27	12.8	27	77	3	257	39	19	9	31	1.84
19827536--19827627	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
19828428--19828652	26	8.7	26	88	0	328	27	22	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19828428--19828652	52	4.4	52	96	3	402	27	22	23	27	1.99
19828873--19828951	31	2.5	31	84	8	115	31	17	24	26	1.97
19832841--19832913	37	2.0	37	89	7	114	31	23	17	27	1.97
19845893--19845931	19	1.9	19	90	10	60	20	2	0	76	0.90
19867348--19867408	30	2.0	30	84	6	79	32	22	6	37	1.80
19872639--19872680	21	2.0	21	90	0	66	19	19	42	19	1.89
19882571--19882614	23	1.9	23	85	0	61	36	6	13	43	1.71
19888777--19888842	32	2.1	32	100	0	132	27	24	18	30	1.98
19898852--19898889	15	2.5	15	100	0	76	55	7	18	18	1.66
19904644--19904703	29	2.1	29	81	6	68	50	11	10	28	1.71
19907740--19907917	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19907761--19907916	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19917055--19917232	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19917076--19917231	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19930863--19930909	19	2.4	19	82	13	60	70	0	2	27	0.99
19943665--19943743	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19945647--19945749	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
19945731--19945804	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
19946117--19946308	40	4.8	40	80	5	167	27	23	25	23	2.00
19946117--19946313	80	2.5	82	80	9	210	27	23	25	23	2.00
19950189--19950267	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19952404--19952448	23	2.0	23	90	0	72	26	17	13	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19955349--19955449	41	2.5	41	91	3	159	14	15	28	40	1.87
19964040--19964107	34	2.0	35	94	2	120	26	14	8	50	1.72
19964451--19964484	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
19964725--19964765	22	2.0	20	90	9	64	7	9	12	70	1.33
19964977--19965018	16	2.7	16	78	14	52	57	0	0	42	0.99
19964974--19965023	25	2.0	26	84	11	68	58	0	0	42	0.98
19965176--19965228	17	2.9	19	75	13	67	54	0	0	45	0.99
19965176--19965224	19	2.8	17	81	9	55	59	0	0	40	0.98
19974836--19974894	23	2.7	21	84	5	64	35	25	20	18	1.95
19975353--19975386	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
19976111--19976151	22	2.0	20	90	9	64	4	9	12	73	1.24
19978581--19978648	25	2.8	24	73	8	57	17	26	22	33	1.96
19978693--19978744	25	2.1	24	85	3	68	23	26	17	32	1.96
19979408--19979459	26	2.0	26	82	10	63	34	1	9	53	1.45
19983504--19983603	49	2.0	49	96	0	182	26	18	22	34	1.96
19997389--19997510	43	2.8	43	86	4	174	23	18	26	31	1.98
20008331--20008372	22	1.9	22	95	0	75	45	16	11	26	1.82
20010284--20010395	40	2.8	40	86	4	154	33	23	16	27	1.95
20011942--20011989	21	2.4	20	80	10	53	20	8	2	68	1.26
20021665--20021764	50	2.0	50	96	0	182	26	24	16	34	1.95
20028279--20028306	10	2.8	10	100	0	56	39	10	10	39	1.75
20036221--20036800	290	2.0	290	100	0	1160	47	8	10	33	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20042614--20042836	111	2.0	111	100	0	446	44	19	15	20	1.87
20044129--20044186	28	2.1	28	100	0	116	10	18	3	67	1.35
20045339--20045424	39	2.2	39	93	0	145	27	29	20	22	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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