genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19284326--19284515	9	20.9	9	85	4	229	43	25	1	30	1.62
19284781--19284929	72	2.1	72	98	0	289	32	16	15	35	1.90
19285465--19285506	12	3.5	12	75	12	50	40	0	35	23	1.55
19285450--19285504	24	2.2	24	96	3	101	43	0	30	25	1.55
19289568--19289610	14	3.2	13	86	3	59	37	2	9	51	1.47
19290319--19290520	43	4.7	43	84	0	278	25	18	26	29	1.98
19293360--19293393	16	2.1	16	88	0	50	32	29	11	26	1.92
19296049--19296112	20	3.2	20	70	0	65	14	21	23	40	1.90
19295981--19296119	40	3.5	40	82	0	152	17	23	18	39	1.92
19298659--19298686	12	2.3	12	100	0	56	7	14	42	35	1.73
19299798--19299928	30	4.4	30	73	11	124	21	26	11	40	1.87
19301897--19301958	24	2.6	23	82	7	79	37	22	24	16	1.94
19302045--19302109	26	2.5	26	76	14	71	41	24	20	13	1.88
19302167--19302214	25	2.0	25	83	4	62	37	16	29	16	1.91
19310362--19310494	67	2.0	67	98	0	257	34	24	13	27	1.93
19319164--19319188	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
19319688--19319741	19	2.9	18	78	8	63	16	22	31	29	1.96
19324021--19324201	40	4.6	40	93	2	287	22	27	23	25	2.00
19334642--19334732	46	2.0	46	100	0	182	32	10	24	31	1.90
19343155--19343221	34	1.9	35	90	3	109	34	10	11	43	1.76
19344566--19344635	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
19348955--19348985	6	5.2	6	92	0	53	70	16	12	0	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19356082--19356640	281	2.0	281	82	4	673	25	20	21	32	1.97
19359732--19360069	143	2.4	144	82	2	376	27	23	18	30	1.97
19360000--19360103	40	2.6	40	82	0	109	25	33	19	22	1.97
19360178--19360441	103	2.6	103	82	0	312	29	17	19	33	1.95
19366535--19366583	24	2.1	23	84	3	62	59	2	2	36	1.21
19372825--19372872	17	2.6	17	84	12	60	6	18	0	75	1.01
19375720--19375762	19	2.3	19	84	8	52	55	25	2	16	1.53
19378411--19378600	91	2.1	91	94	1	328	47	8	12	30	1.72
19378899--19378941	17	2.5	17	92	3	68	34	13	2	48	1.56
19381156--19381276	42	2.9	42	86	4	147	41	16	24	17	1.89
19381133--19381284	21	7.2	21	68	5	92	43	17	23	15	1.87
19384969--19385020	21	2.4	21	79	20	63	67	3	1	26	1.18
19385773--19385803	16	1.9	16	93	0	53	22	0	22	54	1.44
19388661--19388738	40	2.0	40	97	0	147	26	11	25	35	1.90
19391054--19391086	17	1.9	17	88	11	50	27	0	9	63	1.24
19392172--19392226	16	3.4	16	73	16	51	65	1	1	30	1.13
19396576--19396600	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
19401646--19401673	6	4.7	6	100	0	56	32	0	67	0	0.91
19407021--19407144	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
19407021--19407255	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
19407106--19407282	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
19414720--19414843	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19414720--19414917	37	4.8	45	84	10	207	26	21	16	35	1.94
19414806--19414944	37	3.8	37	95	0	233	25	21	13	38	1.90
19421010--19421069	30	2.0	30	93	0	102	28	25	6	40	1.80
19422018--19422074	14	4.1	14	78	13	64	15	7	35	42	1.75
19424786--19424822	18	2.1	18	100	0	74	48	21	5	24	1.71
19427330--19427425	48	2.0	48	97	0	183	22	36	18	21	1.95
19428967--19429010	21	2.0	22	83	12	56	6	6	18	68	1.35
19431167--19431656	100	4.9	100	99	0	953	26	19	26	27	1.99
19434663--19434727	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
19434659--19434727	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
19437192--19437581	100	3.9	100	97	0	726	26	18	25	29	1.98
19437201--19437586	49	7.8	49	83	3	475	26	17	25	29	1.98
19441421--19441592	48	3.6	47	81	5	184	26	20	27	24	1.99
19445033--19445168	56	2.4	56	92	0	227	32	25	13	28	1.94
19445705--19445756	28	1.9	26	84	7	68	28	17	3	50	1.64
19446319--19446351	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
19450999--19451057	31	1.9	30	83	10	75	28	22	1	47	1.61
19462517--19462563	23	2.0	23	100	0	94	27	25	12	34	1.92
19471434--19471473	2	20.0	2	100	0	80	50	50	0	0	1.00
19477152--19477276	43	2.9	43	89	0	196	13	24	32	29	1.93
19479494--19479718	42	5.2	42	74	8	193	30	27	16	25	1.96
19479594--19479691	48	2.0	48	88	3	144	33	25	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19479690--19479762	36	2.0	37	84	12	98	28	30	16	24	1.96
19483991--19484024	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
19484033--19484108	40	1.9	40	86	0	107	35	31	15	17	1.91
19488420--19488521	44	2.3	44	94	0	177	29	18	21	30	1.97
19489854--19490076	46	4.8	46	77	9	195	26	19	30	24	1.98
19495603--19495687	42	2.0	42	93	0	143	27	12	31	28	1.93
19501945--19502071	43	3.0	43	76	13	118	32	26	19	21	1.97
19512080--19512127	21	2.2	22	92	7	89	35	25	0	39	1.56
19516007--19516289	48	5.9	48	74	3	201	26	20	27	25	1.99
19516004--19516289	144	2.0	144	82	1	349	26	19	27	25	1.99
19527929--19528033	43	2.5	43	78	10	110	25	18	28	27	1.98
19528391--19528434	21	2.1	21	100	0	88	9	20	18	52	1.72
19528876--19528935	26	2.3	26	76	0	75	10	21	41	26	1.85
19534612--19534669	23	2.4	25	77	16	68	24	6	17	51	1.69
19538194--19538286	42	2.2	42	81	9	109	27	16	23	32	1.96
19549564--19549638	39	1.9	39	97	0	141	34	22	16	26	1.95
19551322--19551393	30	2.5	29	81	4	83	58	0	13	27	1.36
19551637--19551684	23	2.1	23	100	0	96	25	16	20	37	1.93
19561699--19561778	40	2.0	40	100	0	160	27	27	17	27	1.98
19563916--19564106	100	1.9	100	88	1	285	26	17	26	29	1.97
19563922--19564106	50	3.7	50	84	3	239	25	16	27	30	1.97
19568202--19568300	51	1.9	52	95	2	182	32	22	30	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19571429--19571613	50	3.7	49	82	4	237	26	15	26	31	1.96
19571423--19571613	100	1.9	100	89	1	294	26	16	26	30	1.96
19573525--19573639	29	4.0	29	84	6	146	29	30	13	26	1.94
19573516--19573631	57	2.0	57	85	3	153	28	31	14	25	1.95
19576035--19576067	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
19576648--19576837	43	4.4	43	91	0	317	25	28	21	24	1.99
19580974--19581006	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
19581571--19581822	43	5.9	43	89	0	380	25	28	20	26	1.99
19585442--19585549	29	3.8	29	78	6	103	27	28	15	27	1.96
19585773--19585823	24	2.1	24	88	0	75	7	19	19	52	1.70
19588234--19588288	28	2.0	28	100	0	110	50	3	9	36	1.51
19588678--19588765	21	4.0	23	79	8	78	36	26	20	17	1.94
19604411--19604584	46	3.7	46	85	4	215	22	28	21	27	1.99
19604323--19604587	94	2.8	91	80	8	277	24	29	19	27	1.98
19604216--19604581	140	2.6	143	79	10	394	25	28	19	26	1.98
19607387--19607543	43	3.7	43	78	4	147	26	17	24	31	1.97
19607422--19607525	42	2.4	42	83	3	127	27	17	22	32	1.96
19608589--19608880	50	5.8	50	79	4	295	32	26	16	25	1.96
19608589--19608831	101	2.4	101	83	2	283	32	25	16	25	1.96
19608592--19608876	151	1.9	151	87	3	421	33	26	15	24	1.95
19608645--19608876	101	2.3	99	80	5	250	33	26	15	24	1.95
19609648--19609704	30	1.9	30	85	0	78	26	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19610961--19611043	43	1.9	43	97	0	157	32	6	25	36	1.80
19612068--19612132	23	3.0	22	73	15	71	36	24	18	20	1.94
19613066--19613119	27	2.0	26	86	13	74	51	0	1	46	1.11
19613242--19613275	15	2.3	15	94	0	59	55	8	0	35	1.31
19613571--19613644	3	24.7	3	70	10	53	59	1	2	36	1.20
19621546--19621578	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
19622956--19623113	86	1.8	86	81	6	196	25	15	25	33	1.95
19626388--19626454	28	2.4	28	97	0	125	14	43	20	20	1.88
19627531--19627703	46	3.8	46	77	9	172	23	27	20	28	1.99
19632098--19632213	44	2.6	46	81	2	128	27	20	15	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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