genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72838298--72838346	21	2.3	21	85	0	62	28	22	46	2	1.63
72838306--72838358	21	2.5	21	90	0	79	30	20	49	0	1.50
72838688--72839166	43	11.1	42	75	11	147	21	20	27	30	1.98
72838684--72839171	86	5.7	84	73	10	301	21	20	27	30	1.98
72844618--72844709	24	3.8	24	89	4	141	35	5	36	21	1.77
72864039--72864136	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
72864067--72864149	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
72864039--72864150	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
72886044--72886155	39	2.9	38	78	5	125	26	16	25	32	1.96
72889459--72889683	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
72889459--72889719	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
72889459--72889719	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
72894652--72894676	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
72894977--72895095	47	2.5	47	88	0	175	36	15	22	25	1.93
72895074--72895270	55	3.6	54	83	6	222	37	17	23	21	1.94
72895074--72895287	53	4.0	53	81	6	216	38	16	23	21	1.93
72904119--72904148	12	2.5	12	94	0	51	26	13	20	40	1.89
72907779--72907848	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
72907779--72907873	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
72913286--72913355	28	2.5	28	86	4	97	28	12	27	31	1.93
72917086--72917404	101	3.0	109	88	7	510	36	7	16	40	1.77
72917769--72917838	28	2.5	28	88	4	97	28	12	25	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72920787--72920830	13	3.4	13	93	0	70	13	34	31	20	1.92
72924430--72924535	56	1.9	56	90	3	169	37	16	15	31	1.89
72929753--72929790	17	2.2	17	86	9	51	31	0	0	68	0.90
72936350--72936403	1	54.0	1	100	0	108	0	0	0	100	0.00
72941077--72941250	93	1.9	93	91	2	287	29	25	17	27	1.97
72944247--72944271	8	3.1	8	100	0	50	0	64	0	36	0.94
72947460--72947824	186	2.0	185	95	1	651	46	6	8	39	1.58
72954539--72954600	32	1.9	32	100	0	124	29	6	27	37	1.82
72964050--72964088	14	2.7	14	84	4	51	56	2	0	41	1.13
72975180--72975219	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
72992104--72992187	27	3.1	28	83	8	120	27	21	9	41	1.84
72992192--72992386	27	7.2	27	85	2	248	35	17	20	26	1.95
72992586--72992661	27	2.8	26	88	4	98	19	22	22	35	1.96
72992941--72993100	6	26.3	6	73	16	125	18	16	14	51	1.77
72992936--72993040	31	3.7	30	81	12	123	20	14	14	50	1.77
72992948--72993097	79	1.9	79	94	0	264	18	15	14	51	1.77
72992956--72993137	79	2.3	79	86	0	238	18	15	13	51	1.76
73002131--73002165	17	2.1	17	94	0	61	42	8	17	31	1.79
73004766--73004943	46	3.8	46	79	8	209	22	19	27	30	1.98
73004764--73004935	93	1.8	93	92	2	292	22	19	27	30	1.98
73007562--73007604	21	2.0	21	100	0	86	37	9	9	44	1.69
73010929--73010974	20	2.5	17	86	10	56	50	0	8	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73012761--73012853	26	3.6	25	79	16	86	15	22	21	40	1.90
73016612--73016699	43	2.0	43	93	0	149	38	28	13	19	1.90
73018204--73018259	26	2.2	25	93	3	94	25	21	17	35	1.95
73026808--73026838	15	2.1	15	100	0	62	25	6	48	19	1.72
73035046--73035081	17	2.1	18	89	5	56	22	36	22	19	1.95
73041817--73041904	13	6.7	13	74	1	77	43	2	18	36	1.63
73045379--73045418	14	2.9	14	88	3	55	20	30	32	17	1.95
73047635--73049062	710	2.0	710	99	0	2829	36	21	8	34	1.83
73050105--73050269	42	3.9	42	71	15	140	31	24	20	23	1.98
73050100--73050269	43	4.0	43	75	8	148	32	24	19	23	1.98
73053951--73054095	27	5.4	27	75	6	116	20	20	18	40	1.91
73053939--73054073	52	2.5	54	80	7	159	17	22	20	39	1.93
73056569--73056603	18	1.9	18	94	0	61	57	5	14	22	1.59
73057670--73057908	27	8.9	27	84	0	273	30	21	6	40	1.79
73057886--73058014	27	4.8	27	85	1	170	38	18	9	33	1.83
73057886--73057997	54	2.1	53	93	1	188	39	20	8	32	1.82
73057899--73058078	82	2.2	81	83	3	209	40	19	9	31	1.83
73057899--73058134	27	8.7	27	77	4	154	38	19	8	32	1.83
73058116--73058231	27	4.3	27	85	5	146	34	19	21	24	1.96
73058658--73058722	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
73058881--73058954	27	2.8	27	86	10	91	17	24	20	37	1.93
73059102--73059159	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73059091--73059210	6	19.3	6	71	19	86	19	17	15	48	1.81
73059091--73059226	31	4.4	31	86	3	168	19	16	14	49	1.80
73059855--73059889	15	2.3	15	85	0	52	2	14	0	82	0.77
73064378--73064477	27	3.7	27	82	0	101	31	14	19	36	1.91
73064432--73064489	27	2.1	27	81	6	64	25	22	18	32	1.97
73067784--73067829	23	2.0	23	100	0	92	26	13	13	47	1.78
73071661--73071685	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
73096279--73096342	30	2.1	30	88	0	92	25	39	6	29	1.80
73102065--73102096	14	2.3	14	100	0	64	28	28	9	34	1.88
73102177--73102267	47	1.9	47	100	0	182	37	14	16	31	1.89
73123585--73123657	32	2.5	29	79	16	80	52	21	2	23	1.60
73130636--73130685	13	3.7	13	76	10	55	70	2	2	26	1.09
73139997--73140110	59	1.9	60	85	1	158	53	10	10	25	1.67
73142668--73142744	5	15.4	5	97	0	136	57	0	2	40	1.13
73143404--73143450	3	15.7	3	81	0	58	72	0	27	0	0.85
73145152--73145207	27	2.1	27	100	0	112	37	14	14	33	1.86
73152777--73153159	96	4.0	96	83	4	450	27	18	29	25	1.98
73152792--73153156	144	2.5	144	78	6	373	27	18	29	24	1.98
73152789--73153158	48	7.7	48	76	6	320	27	18	29	24	1.98
73155274--73155326	26	2.1	25	82	10	63	22	13	30	33	1.92
73163183--73163219	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
73163233--73163288	18	2.9	19	73	26	55	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73166135--73166249	45	2.6	45	84	2	144	33	23	24	19	1.97
73166150--73166262	45	2.5	45	85	0	145	36	23	22	18	1.95
73171600--73171648	25	2.0	25	84	8	64	46	2	12	38	1.53
73176591--73177131	44	12.0	44	75	8	385	30	18	17	34	1.94
73176591--73177025	132	3.3	131	84	2	498	31	17	16	34	1.92
73176945--73177126	50	3.8	50	80	8	184	28	19	19	31	1.97
73185167--73185202	19	1.9	19	88	5	56	55	11	0	33	1.35
73189643--73189729	45	1.9	45	84	9	115	57	3	8	31	1.44
73189637--73189738	12	8.4	12	70	18	61	57	2	8	30	1.44
73190067--73190132	22	2.7	24	79	15	64	57	1	1	39	1.17
73190236--73190290	21	2.8	20	72	10	51	65	0	3	30	1.10
73191026--73191068	21	2.0	21	100	0	86	18	13	9	58	1.62
73191744--73192788	522	2.0	522	95	0	1896	37	19	15	27	1.91
73195730--73195770	19	2.2	19	100	0	82	36	9	19	34	1.85
73196602--73196725	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
73196612--73196719	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
73199975--73200244	72	3.8	72	84	5	366	30	18	17	34	1.94
73199975--73200244	144	1.9	144	88	1	407	30	18	17	34	1.94
73208062--73208154	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
73245241--73245269	14	2.1	14	93	6	51	34	0	3	62	1.12
73248461--73248494	6	5.7	6	96	0	50	23	0	5	70	1.09
73248458--73248494	12	3.1	12	92	0	56	24	0	8	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73251614--73252297	193	3.5	193	91	0	1073	33	16	21	28	1.95
73255482--73256121	192	3.3	193	90	0	1023	34	15	20	28	1.93
73259951--73259988	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
73263344--73263759	208	2.0	208	100	0	832	32	19	5	43	1.73
73263866--73263921	13	4.3	13	72	6	51	35	32	1	30	1.68
73264051--73264370	46	7.0	46	94	1	489	23	25	10	40	1.86
73268826--73268854	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
73278483--73278533	26	1.9	27	88	4	77	19	9	13	56	1.65
73278683--73278711	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
73283333--73283357	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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