genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29175030--29175202	46	3.7	46	74	11	174	22	20	27	30	1.98
29175027--29175197	93	1.8	93	91	2	281	22	20	28	29	1.98
29175717--29175771	27	2.0	27	100	0	110	23	7	21	47	1.76
29180729--29180951	40	5.6	40	84	3	236	27	27	20	24	1.99
29185714--29185884	93	1.8	93	87	2	254	21	18	28	32	1.96
29189180--29190363	47	25.1	47	97	0	1996	32	8	29	29	1.87
29190482--29190560	37	2.1	37	88	4	115	26	18	29	25	1.98
29191971--29192010	20	2.0	20	100	0	80	20	10	20	50	1.76
29198548--29198589	21	2.0	21	85	0	57	21	14	42	21	1.88
29200424--29200482	29	2.0	30	86	3	84	30	25	5	38	1.77
29200558--29200583	12	2.2	12	100	0	52	38	34	0	26	1.57
29202415--29202519	25	4.2	25	74	6	97	33	20	25	20	1.97
29202478--29202533	24	2.3	24	81	6	60	33	21	26	17	1.96
29202586--29202654	26	2.7	26	86	2	95	39	24	18	17	1.92
29205271--29205377	20	5.8	18	70	18	60	50	4	2	42	1.37
29208778--29208829	24	2.2	24	89	0	77	17	15	5	61	1.52
29211865--29211907	18	2.3	19	84	15	54	30	6	2	60	1.35
29214227--29214286	9	6.6	9	76	16	61	16	1	8	73	1.16
29216240--29216424	40	4.7	40	83	6	225	25	27	23	23	2.00
29216242--29216424	79	2.3	80	82	7	221	25	27	23	24	2.00
29220341--29220373	13	2.5	13	95	0	57	21	24	45	9	1.80
29221854--29221983	71	1.9	70	82	7	167	33	16	30	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29223680--29223885	89	2.3	91	83	5	265	46	15	7	31	1.74
29227837--29227877	12	3.2	13	80	13	57	56	9	7	26	1.58
29230592--29230672	41	2.0	41	83	7	103	28	16	27	28	1.97
29235084--29235205	46	2.7	46	92	0	190	30	27	20	21	1.98
29237602--29237677	30	2.5	30	80	12	84	55	14	17	13	1.70
29237604--29237681	15	5.2	15	74	9	61	55	14	16	14	1.70
29240645--29241428	47	16.7	47	100	0	1568	27	29	19	23	1.98
29254830--29254994	42	3.9	41	73	4	123	29	25	15	29	1.96
29256847--29256872	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
29270005--29270157	42	3.7	41	75	11	141	29	25	16	28	1.97
29270088--29270168	42	1.9	42	87	5	119	29	28	17	24	1.97
29270932--29271028	46	2.1	46	100	0	194	34	13	27	24	1.93
29273880--29274015	45	3.0	44	76	10	123	22	26	20	30	1.98
29273891--29274060	92	1.8	93	86	5	245	21	26	21	30	1.98
29273891--29274058	48	3.6	47	78	12	161	22	26	21	30	1.99
29278275--29278353	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
29278335--29278480	43	3.4	43	96	0	274	28	34	15	21	1.94
29280334--29280412	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
29280531--29280674	47	3.1	47	83	2	182	27	31	9	31	1.89
29283767--29283843	38	2.0	38	97	0	145	32	19	19	28	1.96
29285928--29285970	16	2.7	16	88	0	68	51	18	20	9	1.74
29286181--29286295	29	4.0	29	85	2	135	29	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29286194--29286304	58	1.9	57	85	1	150	29	14	27	28	1.95
29286929--29286962	18	1.9	18	88	5	52	14	2	17	64	1.40
29290748--29290835	6	14.3	6	73	17	74	46	14	19	19	1.84
29290757--29290835	31	2.5	31	89	0	113	46	13	20	18	1.83
29290763--29290832	25	2.8	24	85	8	79	45	15	21	17	1.85
29290958--29291060	27	3.8	28	80	10	97	37	19	21	21	1.94
29291624--29291846	27	8.3	27	83	2	270	25	18	20	35	1.95
29291641--29291900	81	3.2	81	82	4	285	26	16	20	36	1.94
29291642--29291846	54	3.8	54	88	0	311	24	18	20	36	1.94
29291804--29291929	27	4.7	27	80	5	114	24	10	23	41	1.86
29291831--29291946	27	4.3	27	80	0	115	27	8	23	40	1.83
29291831--29291988	54	2.9	54	78	1	129	30	8	22	39	1.83
29291950--29292037	27	3.3	27	90	0	131	38	5	22	32	1.78
29291920--29292037	54	2.2	54	81	3	130	36	6	22	34	1.80
29292042--29292127	27	3.2	27	83	0	118	27	6	23	41	1.80
29293268--29293347	42	1.9	42	81	0	97	15	22	37	25	1.93
29299761--29300023	45	6.0	45	88	3	358	28	29	19	23	1.98
29304247--29304352	53	2.0	53	100	0	212	28	18	13	39	1.88
29307886--29307977	25	3.7	25	82	0	94	25	20	22	31	1.98
29326977--29327068	25	3.7	25	82	0	94	25	20	22	31	1.98
29338438--29338681	59	4.2	59	88	1	337	30	29	17	22	1.96
29338438--29338681	117	2.1	118	88	2	357	30	29	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29342562--29342587	12	2.2	12	100	0	52	50	7	7	34	1.60
29348198--29348236	14	2.8	13	88	3	51	79	2	2	15	0.95
29358526--29358565	7	5.7	7	96	0	71	32	0	52	15	1.43
29367666--29367730	34	1.9	34	93	3	114	24	24	23	27	2.00
29372674--29372714	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
29389214--29389247	17	1.9	18	94	5	61	52	5	5	35	1.50
29396444--29396484	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
29396618--29396712	41	2.3	41	90	0	154	17	42	23	16	1.89
29397674--29397796	46	2.7	44	81	7	131	25	27	17	29	1.98
29397719--29397849	46	2.8	47	80	4	131	22	28	19	29	1.98
29403638--29403688	20	2.5	19	78	12	57	27	1	1	68	1.11
29406183--29406370	93	2.0	93	97	0	358	38	14	11	35	1.82
29406647--29406685	18	2.2	18	90	0	60	41	20	0	38	1.53
29407430--29407506	27	2.9	26	86	3	100	38	20	23	16	1.92
29407665--29407728	22	2.9	22	75	9	67	31	20	25	23	1.98
29408145--29408442	27	11.1	27	84	2	375	22	20	18	37	1.94
29408148--29408442	81	3.7	80	88	2	430	23	20	18	37	1.94
29421636--29421686	22	2.3	22	93	0	84	17	31	31	19	1.95
29424900--29424941	20	2.1	20	86	0	57	61	9	0	28	1.27
29425435--29425460	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
29426260--29426289	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
29427573--29427616	22	2.1	21	91	8	72	59	18	13	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29427577--29427623	20	2.2	21	85	11	60	63	12	12	10	1.52
29429562--29429773	46	4.6	46	73	15	168	25	17	30	25	1.98
29439892--29439916	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
29446802--29446834	17	2.0	17	88	5	50	15	0	3	81	0.80
29446782--29446830	26	2.0	25	88	11	75	20	0	4	75	0.96
29448934--29449032	45	2.2	45	88	0	153	36	12	24	27	1.91
29459660--29459953	28	10.5	28	98	0	545	25	10	28	35	1.90
29462559--29462826	46	5.8	46	90	0	358	22	23	13	40	1.89
29465924--29465965	17	2.6	15	85	14	57	76	2	0	21	0.90
29466012--29466052	20	2.0	20	85	0	55	29	31	7	31	1.85
29467765--29467944	51	3.5	52	90	3	258	30	16	27	26	1.96
29470435--29470470	18	2.0	18	89	10	56	55	0	5	38	1.23
29474389--29474487	52	1.9	51	91	2	162	29	13	28	29	1.94
29474389--29474517	52	2.5	52	85	6	156	29	14	27	27	1.95
29478235--29478307	34	2.1	34	80	9	78	36	5	4	53	1.43
29478479--29478503	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
29488963--29489003	16	2.3	19	88	12	61	46	21	0	31	1.52
29490786--29490879	45	2.1	45	97	0	179	29	25	19	25	1.98
29494113--29494263	42	3.6	42	79	3	142	28	16	25	29	1.97
29497062--29497146	33	2.5	34	84	5	120	32	25	16	24	1.96
29505546--29505613	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
29505435--29505762	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29505715--29505793	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
29507542--29507606	34	1.9	34	90	0	103	35	26	10	27	1.90
29508167--29508220	20	2.7	20	85	2	63	14	37	24	24	1.93
29514265--29514345	42	1.9	42	85	9	112	28	17	24	29	1.97
29514275--29514363	42	2.1	42	81	4	99	30	15	22	31	1.95
29518604--29518775	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
29518551--29518773	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
29518631--29518808	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
29520711--29520854	39	3.7	39	91	0	234	27	26	22	22	1.99
29542270--29542719	225	2.0	225	98	0	875	37	8	16	37	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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