genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20064637--20064715	29	2.7	30	78	13	101	29	29	15	26	1.96
20069884--20069930	15	3.3	14	82	11	60	21	2	0	76	0.89
20071565--20071626	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
20075575--20075657	6	13.0	6	70	16	51	3	20	2	73	1.10
20075584--20075648	21	3.2	20	76	6	58	3	23	1	72	1.07
20075630--20075673	21	2.2	20	84	12	54	9	11	2	77	1.08
20075714--20075758	18	2.4	19	85	3	65	40	0	6	53	1.27
20077063--20077117	11	5.0	11	84	8	76	29	32	0	38	1.58
20078282--20078327	7	6.6	7	94	0	83	30	0	10	58	1.32
20079437--20079523	38	2.3	38	80	7	97	43	6	5	43	1.55
20083382--20084260	50	17.6	50	98	0	1672	30	31	14	24	1.94
20085806--20086106	126	2.4	126	91	0	478	28	17	15	38	1.90
20088409--20088602	31	5.6	32	77	22	205	50	4	0	45	1.21
20088409--20088615	36	5.9	36	76	23	210	49	5	0	44	1.24
20088399--20088615	72	3.0	72	99	0	427	48	5	0	45	1.25
20092824--20092950	42	3.0	42	85	0	173	46	16	18	18	1.84
20102469--20102512	19	2.4	18	80	3	52	29	6	4	59	1.44
20104101--20104143	17	2.4	19	92	7	72	27	4	2	65	1.25
20104459--20104527	27	2.7	27	82	6	72	28	2	4	63	1.28
20104491--20104531	20	2.0	20	90	9	64	39	2	0	58	1.11
20109885--20110015	42	3.1	43	77	12	128	26	20	26	25	1.99
20114544--20114613	22	3.2	22	97	2	133	27	14	8	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20114767--20115607	434	1.9	433	89	0	1297	34	14	26	24	1.94
20119688--20119874	44	4.2	44	64	10	103	31	18	22	27	1.97
20119956--20120167	89	2.4	89	78	5	205	33	17	23	25	1.96
20119895--20120434	134	4.0	134	81	2	568	31	17	24	26	1.97
20119780--20120480	45	15.7	44	70	12	297	31	17	23	26	1.97
20120226--20120435	89	2.3	89	77	10	214	29	20	25	25	1.99
20122690--20122747	27	2.1	27	87	0	80	25	3	6	63	1.35
20122697--20122753	27	2.1	27	83	3	71	29	1	7	61	1.32
20127891--20127921	14	2.3	14	94	5	55	25	0	0	74	0.82
20129887--20129921	17	2.1	17	88	0	52	42	2	0	54	1.15
20135315--20135356	20	2.1	20	91	8	68	42	4	33	19	1.72
20137737--20138236	168	3.0	166	86	3	662	39	16	20	23	1.92
20140616--20140657	21	2.0	21	100	0	84	38	28	9	23	1.86
20141668--20141710	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
20143946--20144090	63	2.3	63	88	4	213	24	24	22	28	1.99
20149174--20149326	43	3.6	43	78	9	170	32	27	16	24	1.96
20172229--20172290	23	2.7	23	87	2	90	17	20	22	38	1.93
20172275--20172333	23	2.6	22	92	5	100	23	18	22	35	1.96
20177202--20177253	20	2.6	20	100	0	104	23	32	32	11	1.90
20178021--20178077	30	1.9	30	86	13	82	47	0	17	35	1.48
20179644--20179697	25	2.2	25	82	0	63	29	22	25	22	1.99
20182085--20182117	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20184548--20184702	27	5.8	26	84	4	168	36	15	12	35	1.86
20184548--20184756	54	3.9	53	79	6	199	39	17	12	31	1.86
20184548--20184729	54	3.4	54	83	3	206	37	16	12	32	1.86
20184548--20184729	80	2.3	80	83	2	231	37	16	12	32	1.86
20184692--20184846	27	5.7	27	93	0	202	42	22	16	18	1.89
20184548--20184756	107	2.0	107	80	3	242	39	17	12	31	1.86
20184688--20184864	54	3.3	54	80	4	196	41	20	17	20	1.90
20184688--20184864	81	2.2	81	80	2	203	41	20	17	20	1.90
20191592--20191750	43	3.7	43	82	1	176	27	13	25	33	1.94
20193371--20193427	24	2.3	24	85	8	71	71	0	3	24	1.01
20196842--20196909	15	4.4	15	70	17	50	13	17	14	54	1.71
20203746--20203795	26	1.9	26	100	0	100	40	12	26	22	1.88
20204857--20205065	40	5.2	40	78	4	208	29	20	22	27	1.98
20204858--20205063	80	2.6	81	81	5	231	29	20	22	27	1.98
20205123--20205210	40	2.2	40	81	0	104	29	20	21	28	1.98
20205123--20205225	40	2.6	39	76	10	100	31	18	20	30	1.96
20204975--20205342	154	2.4	150	84	4	445	28	19	20	31	1.97
20205702--20205838	22	6.3	22	69	12	59	24	0	29	45	1.53
20205702--20205817	29	4.0	29	68	8	74	24	0	30	45	1.53
20205646--20205835	7	26.4	7	67	6	58	25	0	27	46	1.53
20205787--20205835	22	2.3	22	89	3	73	24	0	28	46	1.53
20205971--20206006	15	2.4	15	90	9	56	33	2	36	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20206304--20206367	22	2.9	22	80	2	83	32	0	1	65	1.02
20206873--20206902	6	5.0	6	91	0	51	16	63	0	20	1.31
20210108--20210162	19	2.9	19	72	17	53	25	1	3	69	1.15
20210418--20210638	43	5.2	43	86	4	304	23	16	30	30	1.96
20210404--20210638	85	2.7	86	86	6	316	24	15	29	31	1.95
20210668--20210720	15	3.6	15	76	2	54	9	18	30	41	1.82
20210806--20210848	22	2.0	22	81	9	52	13	27	30	27	1.95
20217303--20217375	16	4.4	17	79	10	64	2	13	2	80	0.93
20217283--20217377	17	5.0	18	73	15	59	4	14	2	78	0.99
20217303--20217387	17	5.2	16	80	9	82	2	15	2	80	0.93
20217311--20217383	21	3.5	20	73	17	67	2	13	2	80	0.93
20217283--20217383	32	3.1	31	75	14	89	3	15	1	78	0.99
20224439--20224527	44	2.0	44	93	0	151	35	22	13	28	1.92
20224439--20224506	22	3.0	24	66	12	63	36	23	11	27	1.90
20226758--20226796	21	1.9	20	89	5	60	38	17	0	43	1.50
20226937--20226980	20	2.2	20	84	4	54	34	9	2	54	1.44
20236525--20236621	50	1.9	50	93	0	167	32	12	24	29	1.92
20244458--20244533	40	2.0	40	89	5	120	22	21	23	32	1.98
20251949--20252101	38	4.0	38	92	1	225	24	19	22	33	1.97
20256459--20256512	28	1.9	28	100	0	108	29	22	14	33	1.94
20267261--20267390	40	3.2	40	90	0	197	16	30	20	32	1.95
20267261--20267323	20	3.2	20	66	8	56	19	31	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20269511--20269574	31	2.1	31	100	0	128	40	23	0	35	1.55
20271736--20271801	30	2.2	30	86	0	87	25	31	27	15	1.95
20278102--20278126	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
20278546--20278576	4	7.5	4	92	7	53	70	0	0	29	0.87
20289884--20289913	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
20290340--20290379	20	2.0	20	95	0	71	30	22	0	47	1.52
20299645--20299886	25	9.7	25	78	1	189	38	26	15	19	1.91
20299646--20299811	50	3.3	50	93	0	278	40	27	12	18	1.87
20299646--20299858	100	2.1	100	84	5	279	39	27	15	18	1.90
20300138--20300195	26	2.2	26	93	3	98	27	20	15	36	1.93
20303341--20303582	25	9.7	25	77	1	180	37	26	16	19	1.93
20303350--20303507	50	3.2	50	92	3	273	39	27	14	18	1.90
20303350--20303554	50	4.1	49	86	7	247	38	26	16	18	1.92
20303350--20303582	100	2.3	99	83	7	276	37	26	16	19	1.92
20303812--20303870	25	2.3	27	85	8	86	25	15	16	42	1.88
20321099--20321230	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
20321215--20321292	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
20327952--20328315	40	9.1	40	95	0	602	22	27	19	30	1.98
20333044--20333096	22	2.5	21	82	11	56	22	43	0	33	1.54
20337385--20337436	27	2.0	26	85	7	70	23	19	15	42	1.89
20337475--20337530	24	2.3	24	87	6	78	14	21	23	41	1.89
20351176--20351284	43	2.6	41	80	8	130	29	13	23	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20351224--20351327	40	2.6	39	83	4	109	27	14	24	33	1.94
20351314--20351367	28	1.9	28	84	0	72	24	11	31	33	1.90
20356308--20356341	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
20356291--20356350	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
20357469--20357513	22	2.2	20	84	8	54	33	4	15	46	1.66
20357847--20357879	11	3.0	11	95	0	57	39	6	0	54	1.25
20358793--20358825	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
20360306--20360417	29	3.9	29	82	5	129	29	16	30	24	1.96
20362373--20362484	29	3.9	29	82	5	129	29	16	30	24	1.96
20364951--20364978	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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