genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691991--2692163	93	1.9	93	91	0	283	27	29	20	21	1.98
2692035--2692178	46	3.1	45	74	11	148	29	27	19	22	1.98
2695136--2695227	48	1.9	48	88	0	139	29	22	16	31	1.96
2696844--2696873	10	2.9	10	95	5	51	66	3	0	30	1.07
2701548--2701643	49	2.0	49	91	0	156	40	12	17	29	1.86
2708125--2708182	27	2.1	27	80	0	62	22	22	13	41	1.89
2715254--2715393	48	2.9	50	86	4	180	26	23	22	27	2.00
2720184--2720499	44	6.9	44	74	11	195	32	15	20	32	1.93
2720273--2720459	51	3.8	50	76	11	190	31	15	21	32	1.94
2720227--2720509	95	3.0	95	85	1	352	32	15	20	31	1.94
2723524--2723568	23	2.0	23	86	4	65	24	2	11	62	1.40
2724352--2724393	22	1.9	22	85	9	59	21	7	4	66	1.35
2735582--2735641	31	1.9	31	83	6	77	43	11	11	33	1.77
2735589--2735656	31	2.2	31	81	0	82	45	8	10	35	1.69
2746097--2746219	62	2.0	61	91	3	194	41	9	26	21	1.84
2748172--2748246	19	3.8	19	73	18	64	66	1	9	22	1.28
2748205--2748238	16	2.1	16	88	0	50	67	2	8	20	1.31
2758062--2758144	43	1.9	43	95	0	148	34	24	8	32	1.85
2763503--2763548	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
2763510--2763554	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
2771125--2771170	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
2771132--2771176	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773440--2773614	88	2.0	87	91	0	278	23	23	9	42	1.83
2787097--2787135	18	2.2	18	100	0	78	25	0	15	58	1.37
2787323--2787401	11	6.2	12	71	23	56	1	18	2	77	0.96
2787340--2787400	9	6.8	9	78	17	65	1	19	1	77	0.95
2787323--2787422	31	3.2	31	84	9	123	2	17	3	78	0.98
2787309--2787431	10	13.0	9	73	12	77	2	17	3	76	1.03
2787311--2787431	13	9.1	13	72	16	54	2	17	3	76	1.03
2787309--2787420	9	12.1	8	75	23	64	2	18	2	75	1.03
2789430--2789548	41	3.0	40	75	3	107	15	18	28	37	1.91
2789474--2789570	41	2.4	41	80	0	104	16	22	25	35	1.95
2792367--2792434	31	2.2	31	81	0	82	54	7	4	33	1.48
2794857--2794896	16	2.3	18	87	8	57	32	2	5	60	1.32
2797396--2797458	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
2799377--2799479	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
2799620--2800003	48	8.0	48	79	10	351	32	26	5	35	1.81
2799697--2799811	23	4.9	23	71	23	105	33	24	7	34	1.84
2799649--2799859	71	3.0	71	97	0	395	33	26	6	34	1.82
2799620--2799956	119	2.8	118	76	10	398	32	26	5	35	1.81
2800853--2800880	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
2805210--2805304	26	3.4	25	71	24	75	53	1	1	44	1.14
2805259--2805305	24	2.0	24	83	8	60	57	0	0	42	0.98
2805318--2805376	26	2.3	26	85	2	84	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810504--2810642	72	2.0	70	83	5	174	42	1	5	50	1.35
2811460--2811511	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
2813484--2813528	22	2.0	22	95	0	81	26	24	13	35	1.92
2815836--2815882	23	2.0	23	91	0	76	38	2	14	44	1.58
2825775--2825822	23	2.1	23	100	0	96	52	8	0	39	1.32
2825780--2825830	23	2.2	23	92	0	84	52	9	0	37	1.34
2832181--2832210	15	2.1	15	93	6	53	76	3	0	20	0.92
2832783--2832819	14	2.6	15	83	12	51	40	0	2	56	1.13
2845336--2845407	36	2.0	36	94	0	126	18	26	12	43	1.85
2846020--2846050	14	2.2	14	94	0	53	22	9	0	67	1.19
2845957--2846469	87	5.9	87	76	11	439	26	17	17	37	1.93
2846365--2846398	14	2.4	14	95	0	59	17	17	5	58	1.57
2845960--2846469	89	5.9	90	78	9	492	26	18	18	37	1.93
2846288--2846757	163	2.9	162	92	2	764	26	17	18	36	1.93
2846379--2846547	74	2.3	75	82	4	198	26	17	18	37	1.93
2846454--2846625	89	1.9	88	84	3	229	26	17	18	38	1.92
2846688--2846722	14	2.5	14	90	0	52	25	14	0	60	1.35
2846613--2846842	87	2.7	86	85	4	295	29	18	17	34	1.94
2847930--2847959	15	2.1	15	93	6	53	76	3	0	20	0.92
2860388--2860799	46	9.0	46	97	0	727	38	14	24	23	1.92
2867512--2867559	22	2.2	22	81	7	53	20	6	6	66	1.36
2869923--2870122	67	3.0	67	95	1	348	30	31	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2876156--2876199	23	1.9	23	90	0	70	61	4	0	34	1.16
2876575--2876606	3	10.7	3	93	0	55	34	28	0	37	1.57
2881468--2881517	25	2.0	25	84	4	64	58	0	2	40	1.10
2889414--2889491	5	14.8	5	75	18	52	7	10	2	79	1.02
2889413--2889498	31	2.8	31	84	7	104	8	9	2	80	0.99
2889517--2889585	17	4.1	16	73	15	52	10	4	4	81	0.97
2889750--2889776	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2889634--2889776	37	4.0	35	75	8	137	39	1	2	56	1.22
2889735--2889776	21	1.9	23	85	9	61	45	0	0	54	0.99
2889828--2889874	20	2.4	19	86	13	60	23	6	0	70	1.10
2891638--2891681	22	2.1	21	84	16	56	61	0	2	36	1.09
2891740--2891798	26	2.2	27	87	3	84	44	1	5	49	1.34
2891904--2891942	16	2.5	16	87	4	53	82	7	2	7	0.94
2892094--2892127	13	2.6	13	86	13	52	70	0	2	26	1.01
2892161--2892245	24	3.5	24	72	27	72	55	5	0	38	1.24
2892184--2892308	33	3.7	33	76	15	114	59	3	1	36	1.23
2892184--2892322	33	4.1	32	74	18	97	58	2	1	36	1.22
2892339--2892413	18	4.1	17	77	13	69	72	1	4	22	1.10
2892533--2892575	21	2.0	22	86	13	63	65	0	6	27	1.18
2892627--2892653	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2892627--2892768	37	4.0	36	76	9	141	56	2	1	40	1.20
2892823--2892883	19	2.7	24	72	23	60	78	4	4	11	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2892814--2892885	10	6.8	10	73	14	56	79	4	4	12	1.02
2892847--2892892	19	2.4	18	83	16	58	80	2	6	10	0.98
2892919--2892978	17	3.8	17	78	14	74	76	1	11	10	1.09
2892906--2892990	31	2.8	30	87	7	118	77	1	10	10	1.04
2896663--2896778	22	5.2	24	73	18	81	35	18	22	23	1.96
2896674--2896782	45	2.4	46	83	6	143	35	17	22	23	1.95
2902813--2903292	242	2.0	241	93	0	825	40	20	8	30	1.83
2904477--2904605	22	5.8	22	77	9	109	34	14	26	24	1.94
2904465--2904583	45	2.7	43	77	11	123	31	15	26	26	1.96
2904481--2904580	44	2.2	45	85	1	130	34	12	27	27	1.92
2906051--2906180	40	3.3	38	76	13	113	30	24	18	26	1.98
2906051--2906182	41	3.4	38	75	17	119	30	24	18	26	1.98
2908783--2908815	17	2.0	16	94	5	57	39	0	18	42	1.50
2912261--2912436	46	3.8	46	80	12	216	20	21	29	28	1.98
2912258--2912428	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
2922939--2922984	23	2.0	23	100	0	92	21	26	13	39	1.90
2927084--2927120	18	2.0	19	89	5	58	29	2	10	56	1.47
2932976--2933032	29	2.1	27	80	9	62	52	12	14	21	1.73
2935243--2935272	15	2.0	15	93	0	51	43	0	36	20	1.52
2937839--2937887	19	2.5	19	90	3	71	71	8	12	8	1.31
2938161--2938487	151	2.2	149	83	3	406	28	7	7	57	1.52
2938992--2939042	20	2.5	21	90	3	77	7	11	7	72	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2943245--2943275	13	2.5	13	94	5	55	61	0	0	38	0.96
2946265--2946359	18	5.4	18	78	10	92	57	10	27	4	1.50
2946279--2946377	36	2.8	36	86	4	141	58	10	26	5	1.51
2946280--2946406	33	3.8	32	75	12	85	58	9	26	5	1.52
2946280--2946407	18	7.4	18	67	15	65	58	9	26	5	1.51
2948527--2948582	22	2.5	22	80	8	60	35	7	12	44	1.70
2952937--2953057	29	4.2	28	75	13	93	19	2	28	49	1.61
2953971--2954033	24	2.7	23	87	7	92	28	0	41	30	1.56
2954022--2954103	24	3.4	23	70	12	67	21	3	46	28	1.68
2954005--2954101	48	2.0	48	86	4	133	25	3	43	27	1.70

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