genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  199  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67857601--67857644	22	2.0	22	90	4	70	63	2	0	34	1.07
67857595--67857692	25	3.9	25	66	22	55	62	1	2	34	1.14
67857667--67857711	19	2.4	19	80	0	54	66	2	0	31	1.04
67857787--67857895	51	2.1	51	86	3	148	12	53	2	31	1.53
67859140--67859234	41	2.3	41	88	0	136	33	16	17	31	1.93
67861020--67861343	162	2.0	161	93	0	549	33	7	21	37	1.81
67868417--67868530	28	4.0	28	81	8	140	28	18	25	28	1.98
67868417--67868524	58	1.9	56	84	7	146	27	19	25	27	1.99
67868634--67868695	26	2.4	26	77	0	70	38	25	20	14	1.91
67868883--67868940	27	2.1	27	83	0	71	20	15	24	39	1.91
67868891--67869195	27	11.3	27	83	0	295	18	17	20	43	1.88
67872233--67872323	33	2.7	34	81	8	107	42	12	5	39	1.65
67879397--67879619	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
67879397--67879619	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
67881725--67882163	235	1.9	235	92	0	743	34	22	12	30	1.92
67883371--67883468	28	3.5	28	87	0	115	31	12	24	31	1.92
67884194--67884440	23	10.5	23	75	10	203	26	14	17	41	1.88
67884194--67884497	71	4.3	71	87	2	423	26	13	18	41	1.88
67885690--67885798	41	2.6	41	83	1	137	34	12	19	33	1.90
67888778--67888822	22	2.1	22	83	4	56	48	2	0	48	1.13
67889186--67889317	46	2.9	46	89	0	201	53	9	0	36	1.40
67889216--67889292	21	3.5	21	66	13	55	54	11	0	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67891784--67891915	50	2.6	50	77	4	140	28	22	25	23	2.00
67903675--67903713	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
67904102--67904127	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
67934026--67934068	6	7.2	6	79	10	52	79	2	18	0	0.85
67934026--67934060	19	1.9	19	88	11	56	80	2	17	0	0.84
67936073--67936211	44	3.2	44	66	15	124	25	25	23	25	2.00
67936097--67936240	43	3.3	43	66	12	105	27	22	24	25	2.00
67936069--67936240	88	2.0	88	89	2	265	26	23	23	26	2.00
67936222--67936501	132	2.1	132	88	0	425	31	17	23	26	1.97
67937858--67937934	3	25.7	3	75	15	52	25	5	3	64	1.31
67938244--67938314	22	3.2	22	74	21	76	19	4	7	69	1.29
67938253--67938320	4	17.0	4	80	8	68	20	2	5	70	1.21
67938426--67938739	111	2.9	110	89	2	472	30	14	18	35	1.92
67941752--67941778	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
67942197--67942226	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
67942262--67942286	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
67962441--67962501	6	10.5	6	87	3	54	73	0	21	4	1.01
67962441--67962501	12	5.2	12	80	7	63	73	0	21	4	1.01
67962441--67962513	18	4.2	17	79	10	69	72	0	21	5	1.04
67962439--67962512	17	4.4	16	80	13	69	71	0	22	5	1.06
67962467--67962504	6	6.3	6	93	0	58	68	0	21	10	1.19
67971326--67971384	30	2.0	30	93	0	100	22	28	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67972621--67972661	23	1.9	21	85	14	57	73	0	9	17	1.09
67986439--67986573	45	3.0	45	86	1	182	22	22	20	34	1.97
67988975--67989028	27	2.1	25	86	6	72	42	1	3	51	1.30
67989011--67989060	20	2.7	19	80	20	61	42	2	2	54	1.23
67989039--67989155	62	1.9	59	86	8	164	40	5	5	49	1.47
67990673--67990740	34	2.0	34	100	0	136	29	8	26	35	1.87
67991499--67991530	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
67992325--67992744	51	8.3	51	90	0	662	28	24	16	31	1.96
67992325--67992744	102	4.1	102	96	0	734	28	24	16	31	1.96
67999772--67999813	20	2.2	20	87	12	61	47	26	16	9	1.77
68003395--68003450	22	2.4	22	79	11	58	41	0	3	55	1.17
68003370--68003438	27	2.6	27	77	13	70	47	0	4	47	1.21
68006271--68006301	15	2.1	15	93	0	53	70	0	0	29	0.87
68006510--68006538	12	2.3	13	88	11	51	55	0	0	44	0.99
68014156--68014216	3	20.7	3	79	3	61	29	1	3	65	1.18
68014156--68014216	18	3.4	18	81	2	70	29	1	3	65	1.18
68014223--68014286	28	2.2	28	83	2	74	37	4	3	54	1.37
68015861--68015912	21	2.4	21	80	3	59	21	34	19	25	1.96
68019677--68019720	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
68019765--68019858	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
68023426--68023464	20	2.0	20	94	0	69	20	35	23	20	1.96
68034000--68034040	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68035663--68035687	12	2.1	12	100	0	50	8	8	32	52	1.60
68037833--68037867	17	2.1	17	100	0	70	37	17	5	40	1.73
68045601--68045650	24	2.1	24	96	0	91	32	12	22	34	1.90
68047369--68047402	14	2.4	14	90	5	50	67	0	17	14	1.23
68048673--68048787	25	4.7	24	80	10	117	62	0	1	35	1.06
68048735--68048788	23	2.4	23	84	6	67	61	0	3	35	1.14
68048681--68048815	38	3.6	37	71	22	104	61	0	2	35	1.11
68049195--68049222	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
68049376--68049425	19	2.5	21	84	9	70	36	2	0	62	1.07
68049496--68049534	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
68049670--68049701	15	2.0	17	88	11	50	31	3	9	56	1.47
68049794--68049850	27	2.1	28	90	3	89	43	7	7	42	1.58
68050351--68050388	11	3.5	11	85	7	51	44	0	55	0	0.99
68051251--68051291	10	4.0	10	87	3	55	34	0	19	46	1.50
68054756--68054783	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
68063856--68063910	3	18.3	3	77	7	58	61	3	0	34	1.13
68064078--68064210	63	2.1	65	84	9	175	63	6	6	24	1.42
68064174--68064210	19	1.9	20	84	15	51	72	0	2	24	0.97
68069066--68069151	40	2.1	42	85	10	115	30	4	4	60	1.37
68069136--68069174	19	2.1	19	90	0	60	23	0	2	74	0.94
68072452--68072715	132	2.0	131	83	3	334	36	19	16	27	1.93
68073010--68073044	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68073043--68073091	3	16.0	3	95	4	89	65	0	0	34	0.93
68073064--68073234	72	2.4	72	98	2	326	59	3	10	26	1.46
68074736--68074797	26	2.3	27	91	2	99	17	24	0	58	1.39
68080382--68080513	65	2.0	65	100	0	264	24	24	19	31	1.98
68080676--68080716	21	1.9	22	85	5	57	39	4	12	43	1.63
68085438--68085491	3	18.0	3	79	7	56	31	3	1	62	1.23
68085549--68085602	18	3.1	17	82	12	56	35	3	1	59	1.26
68086194--68086248	17	3.2	18	87	7	87	30	10	9	49	1.69
68088227--68088270	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
68088293--68088356	26	2.6	24	85	11	85	59	1	4	34	1.28
68088343--68088398	14	4.0	14	75	13	53	62	1	0	35	1.06
68088290--68088422	64	2.0	66	83	8	166	58	2	3	36	1.26
68088351--68088454	26	4.1	23	73	21	84	56	3	2	36	1.32
68088318--68088398	42	2.0	39	88	7	117	60	2	0	37	1.10
68089062--68089548	131	3.7	130	79	6	443	36	18	19	25	1.94
68093934--68094419	130	3.7	130	78	5	405	27	17	19	35	1.94
68095417--68095474	21	3.0	20	78	14	68	58	3	3	34	1.32
68095415--68095492	39	2.0	41	82	10	99	57	5	3	33	1.39
68096001--68096061	28	2.2	28	82	8	72	21	19	1	57	1.49
68096248--68096284	9	4.1	9	90	10	58	86	0	2	10	0.67
68097515--68097758	131	1.9	130	86	2	355	26	17	18	37	1.93
68101480--68101574	44	2.1	44	96	1	172	53	10	5	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68103641--68103767	42	3.0	42	81	6	152	29	26	13	30	1.94
68103820--68104030	31	6.8	31	91	0	296	26	26	19	28	1.99
68107636--68107699	32	2.0	32	100	0	128	18	50	18	12	1.78
68110160--68110545	132	2.9	132	81	6	390	26	19	18	34	1.95
68111794--68111831	13	2.9	13	80	11	51	36	0	0	63	0.95
68115693--68115722	10	3.1	10	95	4	53	40	0	26	33	1.57
68122590--68122663	37	2.0	37	97	0	139	16	25	27	31	1.96
68128445--68128486	18	2.3	19	88	12	61	66	4	2	26	1.23
68137015--68137065	15	3.5	15	74	15	52	62	0	0	37	0.95
68137004--68137067	29	2.2	29	85	0	83	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235