genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27546350--27546423	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
27547167--27547196	16	1.9	15	93	6	51	30	23	13	33	1.93
27547229--27547298	25	2.8	26	93	4	117	22	31	22	22	1.98
27547229--27547311	25	3.4	24	83	8	96	26	27	22	22	1.99
27547446--27547533	42	2.1	42	86	0	122	31	12	18	37	1.88
27549852--27550277	27	15.7	27	77	8	204	38	20	8	32	1.84
27549972--27550302	54	6.1	54	75	10	262	39	21	8	30	1.83
27549986--27550192	80	2.6	81	86	3	267	41	21	8	28	1.82
27549972--27550304	27	12.3	27	79	5	235	39	21	9	30	1.84
27551202--27551271	25	2.8	25	86	0	86	27	25	21	25	1.99
27552412--27552464	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
27553719--27553809	24	3.8	24	95	0	164	21	36	4	37	1.74
27562139--27562230	42	2.2	42	84	0	121	27	14	21	36	1.92
27566159--27566336	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27566180--27566335	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27587863--27587978	46	2.5	47	85	5	155	22	31	18	28	1.97
27595014--27595166	37	4.1	37	94	1	236	26	32	18	22	1.97
27595285--27595715	47	8.7	47	91	5	592	30	29	8	32	1.86
27595525--27595698	57	3.1	57	99	0	339	33	28	6	31	1.83
27595478--27595698	114	2.0	109	90	8	353	33	28	7	31	1.84
27606788--27606959	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
27606780--27606955	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27626455--27626525	26	2.6	28	80	6	74	43	23	9	22	1.83
27626473--27626539	26	2.6	24	75	15	62	37	25	11	25	1.90
27630903--27630978	37	2.1	37	82	9	93	44	1	2	51	1.23
27634111--27634146	15	2.3	15	90	4	54	75	19	0	5	1.00
27650496--27650720	40	5.6	40	87	6	312	23	23	28	24	1.99
27650496--27650720	83	2.8	81	88	6	332	23	23	28	24	1.99
27657948--27658074	39	3.3	39	86	0	164	29	25	22	22	1.99
27662818--27662967	75	2.0	75	100	0	300	28	13	28	30	1.94
27667364--27667479	43	2.7	42	79	12	146	23	18	25	32	1.97
27688679--27688901	46	4.8	46	82	7	265	23	20	27	28	1.99
27688685--27688901	92	2.3	93	88	2	303	23	19	28	29	1.98
27696312--27696486	46	3.8	45	77	15	187	21	20	28	29	1.98
27696309--27696479	93	1.8	93	91	2	281	21	21	28	28	1.98
27715071--27715373	40	7.6	40	89	2	387	26	28	20	24	1.99
27715305--27715382	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
27728540--27728738	98	2.0	98	98	0	380	34	12	16	36	1.87
27728864--27729191	164	2.0	164	95	1	595	21	26	21	31	1.98
27730909--27731104	50	3.9	49	79	2	194	26	18	27	27	1.98
27730916--27731103	99	1.9	101	82	2	236	26	18	27	28	1.98
27735797--27735832	18	2.0	18	100	0	72	38	0	22	38	1.54
27740247--27740281	18	1.9	18	88	11	54	31	17	8	42	1.79
27742349--27742423	24	3.1	24	84	1	87	34	30	10	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27748484--27748630	40	3.7	40	86	0	186	46	26	13	13	1.81
27752481--27752634	42	3.6	42	73	11	143	29	24	19	26	1.98
27752490--27752683	85	2.3	85	88	0	280	28	23	20	27	1.99
27755065--27755184	42	2.7	46	79	7	131	31	27	16	24	1.96
27755065--27755228	90	1.8	89	81	5	204	32	26	15	25	1.96
27760418--27760869	149	3.0	149	94	0	787	34	9	20	35	1.85
27767006--27767129	66	1.9	66	80	9	146	70	4	7	18	1.27
27770828--27770862	17	2.1	17	94	0	61	20	17	11	51	1.75
27771256--27771303	24	2.0	24	88	8	71	41	14	8	35	1.76
27771491--27771536	20	2.3	20	84	0	56	50	13	23	13	1.76
27784151--27784328	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27784152--27784307	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27784148--27784328	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27784233--27784339	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
27787901--27787992	29	3.2	29	90	0	148	28	32	14	25	1.94
27788203--27788241	8	4.9	8	80	0	51	17	23	15	43	1.87
27788203--27788245	16	2.7	16	88	0	59	16	20	13	48	1.80
27792640--27792674	16	2.2	16	89	0	52	11	11	17	60	1.59
27796829--27796924	29	3.3	29	85	1	122	31	33	11	23	1.90
27798528--27798642	47	2.4	47	91	0	185	26	27	9	36	1.87
27807626--27807989	48	7.6	47	72	11	283	27	18	27	26	1.98
27807612--27807992	96	4.0	95	86	1	530	27	18	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27827266--27827630	48	7.6	48	84	2	389	26	19	30	24	1.98
27844140--27844246	52	2.1	52	92	0	178	29	29	20	19	1.97
27845263--27845758	42	11.8	42	87	0	688	32	24	19	23	1.97
27855292--27855323	16	2.0	16	93	0	55	15	25	15	43	1.86
27859641--27859734	28	3.3	28	80	5	118	28	32	13	24	1.94
27860223--27860261	20	1.9	21	84	5	53	30	23	10	35	1.88
27861721--27862102	42	9.1	42	88	0	505	32	23	18	24	1.97
27868951--27869135	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
27868952--27869135	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
27869004--27869168	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
27895208--27895268	28	2.2	28	82	2	70	22	27	26	22	1.99
27895392--27895441	26	1.9	26	83	0	64	44	20	18	18	1.88
27895441--27895516	27	2.8	26	80	5	80	34	19	22	23	1.97
27895655--27895830	27	6.6	25	79	11	163	26	21	17	35	1.95
27895685--27895831	54	2.7	54	86	3	199	24	21	17	36	1.94
27895657--27895828	81	2.1	81	84	3	229	26	20	17	35	1.95
27901353--27901441	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
27901353--27901432	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
27901364--27901441	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
27910053--27910408	132	2.7	131	81	3	351	28	18	18	35	1.94
27918218--27918243	13	2.0	13	100	0	52	53	0	30	15	1.42
27921214--27921477	85	3.1	85	98	0	510	39	8	25	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27923168--27923517	47	7.4	47	95	1	610	32	8	30	29	1.87
27933413--27933678	44	6.2	44	82	7	339	30	15	27	26	1.96
27935637--27935704	33	2.1	33	100	0	136	42	11	0	45	1.40
27936707--27937084	129	2.9	131	80	5	376	26	19	18	34	1.95
27936754--27937163	129	3.2	129	79	8	324	26	20	19	34	1.96
27943044--27943728	356	1.9	356	94	0	1217	31	26	13	28	1.94
27960812--27961073	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
27975215--27975366	27	5.6	27	92	3	232	26	13	28	30	1.94
27975215--27975366	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
27981477--27981510	17	2.0	17	100	0	68	35	0	17	47	1.48
27987160--27987447	47	6.1	47	93	1	468	28	29	9	32	1.88
27987160--27987447	96	3.0	94	92	2	468	28	29	9	32	1.88
27987160--27987447	143	2.0	141	92	1	477	28	29	9	32	1.88
27991115--27991551	40	10.9	40	93	0	739	24	27	22	25	2.00
27991128--27991630	40	12.6	40	89	2	656	24	27	22	25	2.00
27991934--27992012	29	2.7	29	84	5	97	27	31	16	24	1.96
27991994--27992096	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
27993950--27994028	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
27994147--27994857	47	15.1	47	94	0	1125	29	29	8	32	1.87
27998766--27999027	47	5.7	44	73	12	179	25	30	18	25	1.98
27998763--27999030	94	2.9	94	82	2	310	25	30	18	25	1.98
28004523--28004833	47	6.7	46	78	9	238	29	16	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28004524--28004738	46	4.6	45	78	12	197	30	16	29	23	1.96
28004528--28004832	140	2.2	140	82	6	350	29	16	29	24	1.96
28007602--28007718	27	4.3	27	80	1	135	32	17	13	35	1.89
28007709--28007841	27	4.9	27	80	7	124	40	18	19	21	1.91
28007709--28007841	54	2.4	54	81	5	142	40	18	19	21	1.91
28008181--28008238	18	3.2	18	71	9	55	27	18	12	41	1.86
28008229--28008298	34	2.1	34	88	0	104	35	22	17	24	1.95
28012493--28012532	22	1.9	20	85	10	53	7	5	17	70	1.30
28013165--28013259	40	2.4	40	81	0	118	29	13	28	28	1.94
28015474--28015728	55	4.8	54	75	12	226	36	17	24	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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