genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13066118--13066202	36	2.4	36	80	11	95	57	1	0	41	1.06
13066878--13066918	21	2.0	21	100	0	82	26	4	24	43	1.74
13073943--13073992	21	2.4	21	79	0	55	46	18	16	20	1.85
13076299--13076427	61	2.1	61	85	2	170	21	23	25	29	1.99
13080156--13080234	41	1.9	41	100	0	158	32	5	10	51	1.57
13090753--13090786	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
13091672--13091728	29	2.0	29	89	0	87	31	33	12	22	1.91
13096808--13097069	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
13106761--13106836	40	1.9	39	81	7	91	44	22	17	15	1.86
13107516--13107560	21	2.1	21	87	0	63	28	0	35	35	1.58
13108241--13108283	22	2.0	22	85	0	59	41	11	0	46	1.40
13109091--13109146	27	2.0	28	82	3	69	19	41	16	23	1.90
13110673--13110729	22	2.5	22	83	8	62	43	0	0	56	0.99
13111319--13111452	64	2.1	64	92	0	223	39	11	2	45	1.56
13111332--13111466	64	2.1	64	87	4	193	41	9	2	45	1.52
13111500--13111570	24	3.0	24	93	0	124	29	21	7	42	1.79
13111910--13112048	9	15.7	9	79	5	140	48	15	1	34	1.53
13111912--13112048	35	3.9	35	80	5	150	48	14	1	35	1.53
13111910--13112048	53	2.6	52	81	4	145	48	15	1	34	1.53
13111912--13112012	44	2.3	44	98	0	193	49	13	1	34	1.54
13111912--13112039	44	2.9	44	88	4	170	49	14	1	35	1.53
13113915--13113939	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13117257--13117285	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
13117715--13117796	21	3.9	20	85	6	92	30	20	47	1	1.58
13117714--13117796	42	2.0	42	88	4	123	30	20	48	1	1.57
13118198--13118290	43	2.2	43	84	0	123	31	29	12	26	1.93
13128404--13128446	14	2.9	14	83	13	50	27	0	6	65	1.18
13129203--13129231	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
13131486--13131528	19	2.3	18	76	11	50	46	2	0	51	1.13
13132422--13132465	2	22.0	2	95	0	79	2	50	0	47	1.13
13132422--13132470	10	4.9	10	94	0	62	6	48	0	44	1.27
13139097--13139129	2	16.5	2	93	0	57	0	3	48	48	1.17
13143628--13143673	20	2.3	20	100	0	92	36	17	10	34	1.85
13145732--13145839	26	4.2	26	90	0	171	33	6	23	37	1.80
13147324--13147376	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
13147624--13147909	137	2.1	136	92	1	475	24	17	25	32	1.97
13151976--13152011	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
13156871--13156915	6	7.5	6	94	0	72	80	4	0	15	0.87
13161107--13161167	3	20.3	3	77	15	56	68	0	3	27	1.05
13161107--13161191	38	2.1	42	82	8	106	67	1	2	29	1.11
13165260--13165867	304	2.0	304	96	0	1117	36	18	5	39	1.74
13165880--13166085	18	11.4	18	83	1	225	34	13	13	38	1.84
13165875--13166085	54	3.9	54	88	1	280	34	13	12	38	1.83
13167485--13167514	15	2.1	14	93	6	51	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13168049--13168105	23	2.4	24	88	5	89	38	19	5	36	1.74
13178273--13178298	3	8.7	3	100	0	52	34	34	30	0	1.58
13179964--13180034	31	2.3	31	79	11	76	42	2	5	49	1.41
13184571--13184620	25	2.0	25	88	0	73	38	4	0	58	1.17
13186184--13186223	20	1.9	21	85	10	55	45	20	5	30	1.72
13189080--13189213	26	5.2	26	96	0	241	31	6	25	36	1.82
13190699--13190751	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
13200682--13200752	35	2.0	35	89	5	108	29	23	9	36	1.87
13203402--13203433	9	3.6	9	95	0	55	40	0	3	56	1.15
13204779--13204829	19	2.7	18	74	20	50	50	5	15	27	1.67
13218126--13218236	2	62.0	2	67	21	59	0	47	0	52	1.00
13218128--13218225	25	3.7	27	70	20	80	0	48	0	51	1.00
13218130--13218265	39	3.5	39	75	9	125	1	47	0	51	1.09
13218125--13218263	35	3.9	35	73	19	101	1	46	0	52	1.09
13218138--13218254	51	2.2	54	83	8	143	1	47	0	51	1.11
13222331--13222404	33	2.2	33	90	0	103	44	10	9	35	1.72
13222343--13222415	33	2.2	33	100	0	146	36	12	10	39	1.78
13224999--13225045	22	2.1	22	100	0	94	23	17	12	46	1.82
13225332--13225361	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
13225923--13226048	41	3.0	42	79	6	139	25	15	26	32	1.96
13230550--13230623	34	2.1	35	95	5	141	31	8	8	52	1.60
13237973--13237998	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13240045--13240104	30	2.0	30	93	0	102	25	1	16	56	1.49
13242150--13242223	18	4.1	18	87	0	103	31	22	13	32	1.93
13242150--13242244	36	2.6	37	91	3	147	29	23	14	32	1.94
13248499--13248581	31	2.7	31	81	3	89	49	7	19	24	1.73
13249169--13249217	23	2.2	21	82	13	55	73	0	16	10	1.09
13251757--13251781	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
13253971--13254004	10	3.4	10	92	8	52	67	0	0	32	0.91
13256061--13256343	18	15.3	18	70	11	142	37	15	11	35	1.84
13256048--13256343	36	8.0	36	72	11	197	38	15	11	35	1.83
13256141--13256343	54	3.8	54	75	6	187	38	14	10	35	1.82
13256250--13256297	10	5.2	10	71	19	50	37	12	10	39	1.77
13256507--13256644	51	2.7	51	82	1	143	39	20	21	18	1.92
13257068--13257142	38	2.0	38	97	0	141	17	46	12	24	1.81
13266028--13266144	58	2.0	59	98	1	227	23	26	25	23	2.00
13268223--13268321	51	1.9	51	97	0	189	39	13	26	21	1.90
13268746--13268839	47	2.0	47	95	0	170	37	13	27	21	1.91
13269272--13269363	46	2.0	46	97	0	175	27	23	16	32	1.96
13269972--13270602	131	4.8	131	96	0	1118	27	16	25	30	1.97
13270529--13270682	80	1.9	80	91	0	254	26	12	25	34	1.93
13270606--13271012	132	3.1	132	95	0	706	27	16	24	31	1.96
13270395--13270814	212	2.0	211	95	0	750	27	15	25	32	1.95
13270606--13271014	44	9.3	44	71	6	281	27	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13270606--13271014	88	4.7	89	73	5	330	27	16	24	31	1.96
13280152--13280201	22	2.2	24	82	7	59	66	4	2	28	1.21
13280151--13280201	23	2.3	23	82	3	59	64	3	1	29	1.22
13281936--13281968	17	1.9	17	93	0	57	15	0	0	84	0.61
13281876--13282108	122	1.9	125	95	3	427	20	12	2	65	1.37
13282059--13282100	20	2.1	20	86	0	57	14	4	0	80	0.86
13282195--13282223	10	2.9	10	100	0	58	82	0	10	6	0.83
13287933--13287962	6	5.0	6	100	0	60	66	16	0	16	1.25
13299953--13299986	6	5.3	6	89	10	50	82	2	0	14	0.79
13301448--13301555	4	27.0	4	66	14	53	25	9	1	63	1.34
13301742--13301800	3	19.7	3	86	6	84	28	3	1	66	1.18
13308557--13308616	29	2.1	29	84	3	77	48	15	5	31	1.66
13311217--13311277	29	2.1	30	87	3	88	44	13	6	36	1.69
13311674--13311707	16	2.2	15	89	5	50	73	0	14	11	1.10
13314702--13314829	27	4.7	27	87	0	166	34	21	21	23	1.97
13320784--13320814	9	3.4	9	95	0	53	22	22	41	12	1.88
13321154--13321222	27	2.6	27	83	0	93	28	20	21	28	1.98
13321370--13321453	27	3.2	26	77	1	87	23	21	17	36	1.94
13325786--13325820	13	2.7	13	90	0	61	48	2	0	48	1.16
13327074--13327142	21	2.8	26	75	20	94	39	21	13	26	1.90
13328953--13329008	15	3.5	15	78	7	58	69	0	3	26	1.04
13329670--13329777	15	7.2	15	67	15	62	44	7	22	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13329663--13329777	30	3.8	30	91	0	185	45	6	22	25	1.77
13334355--13334568	30	7.1	30	97	0	392	42	6	24	26	1.78
13356545--13356628	19	4.7	18	73	18	61	34	1	3	60	1.21
13358900--13358938	18	2.1	18	85	9	51	10	17	2	69	1.28
13360887--13360964	39	2.0	39	97	0	147	32	16	15	35	1.90
13362523--13362555	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
13365112--13365173	31	2.0	31	100	0	124	25	25	12	35	1.92
13370947--13370988	21	2.0	21	86	9	59	23	21	23	30	1.99
13374579--13374612	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
13380366--13380429	26	2.5	26	92	0	110	31	29	12	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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