genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6740409--6740504	31	3.1	30	79	10	106	18	14	15	51	1.77
6740473--6740524	18	2.9	19	83	13	58	21	15	11	51	1.74
6740434--6740504	6	11.7	6	82	8	81	18	15	15	50	1.78
6753038--6753188	67	2.3	67	77	14	159	32	15	31	21	1.94
6759301--6759341	19	2.2	19	100	0	82	53	14	4	26	1.61
6759311--6759352	11	4.1	11	76	17	54	50	16	2	30	1.58
6768198--6768251	28	1.9	28	100	0	108	22	29	20	27	1.98
6770287--6770390	53	2.0	53	88	0	154	35	19	25	19	1.95
6776774--6776819	17	2.7	18	76	10	51	39	19	19	21	1.93
6783063--6783106	19	2.3	19	88	7	63	31	15	4	47	1.66
6784025--6784055	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
6788049--6788378	40	8.3	40	94	1	502	24	20	27	26	1.99
6787996--6788378	80	4.8	80	89	2	504	25	20	27	26	1.99
6787996--6788378	120	3.2	120	87	2	504	25	20	27	26	1.99
6798271--6798494	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
6798232--6798494	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
6798232--6798494	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
6803598--6803653	21	2.6	21	82	2	67	25	28	30	16	1.96
6809187--6809220	8	4.1	8	96	3	59	14	0	23	61	1.33
6809684--6809781	43	2.3	43	78	1	108	26	18	21	33	1.96
6809701--6809788	43	2.1	42	84	2	113	26	18	21	34	1.96
6822786--6822865	27	3.0	26	78	7	97	37	25	8	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6822875--6822963	27	3.3	27	88	0	133	31	22	8	37	1.85
6822951--6823053	27	3.8	27	85	0	98	41	20	6	31	1.78
6822875--6822992	54	2.2	54	81	3	130	33	21	9	35	1.85
6822984--6823056	27	2.7	26	87	6	101	41	24	5	28	1.77
6823039--6823261	27	8.3	27	87	0	302	34	18	20	26	1.96
6823014--6823262	81	3.1	81	83	3	297	34	19	19	26	1.96
6823666--6823761	31	3.1	31	80	4	115	18	15	15	50	1.79
6823730--6823781	18	2.9	19	83	13	58	21	15	11	51	1.74
6823666--6823761	6	15.7	6	78	12	88	18	15	15	50	1.79
6836339--6836489	67	2.2	68	77	14	161	33	15	30	21	1.94
6842602--6842642	19	2.2	19	100	0	82	53	14	4	26	1.61
6842612--6842653	11	4.1	11	76	17	54	50	16	2	30	1.58
6851580--6851640	28	2.2	28	96	0	113	21	29	21	27	1.98
6853566--6853772	53	3.8	53	73	4	173	38	17	24	19	1.93
6866444--6866487	19	2.3	19	88	7	63	31	15	4	47	1.66
6885257--6885462	40	5.2	40	91	1	299	23	21	26	28	1.99
6897845--6897872	13	2.2	13	100	0	56	28	21	0	50	1.49
6900251--6900568	47	6.7	46	72	16	210	24	31	18	26	1.97
6902463--6902599	57	2.4	58	86	3	188	34	18	18	29	1.94
6903482--6903506	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
6909665--6909723	30	2.0	30	82	0	73	30	15	27	27	1.96
6912887--6913016	66	1.9	69	83	10	169	34	15	29	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6916128--6916169	22	1.9	22	85	0	57	45	26	0	28	1.54
6916895--6916932	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
6922759--6922795	11	3.5	11	88	3	58	27	0	0	72	0.84
6925215--6925252	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
6926505--6926625	44	2.8	43	76	6	120	32	26	19	22	1.97
6927382--6927408	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
6929607--6929652	24	1.9	23	83	16	58	39	13	10	36	1.79
6932594--6933013	210	2.0	210	100	0	840	32	15	20	31	1.94
6937291--6937320	10	3.0	10	95	0	51	63	10	0	26	1.26
6944661--6944754	40	2.3	40	80	7	102	24	13	28	32	1.94
6949078--6949119	14	2.9	15	82	7	50	52	7	0	40	1.29
6949076--6949124	15	3.3	15	80	5	64	51	8	0	40	1.32
6950321--6950370	25	2.0	25	100	0	100	36	16	8	40	1.77
6953403--6953594	55	3.5	54	79	9	212	34	17	24	23	1.96
6953409--6953606	108	1.8	110	87	4	303	34	16	24	23	1.95
6955437--6955698	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
6959821--6960037	108	2.0	108	92	0	362	24	23	18	32	1.97
6963553--6963775	39	5.7	40	83	8	239	24	26	21	26	2.00
6963553--6963775	79	2.8	79	82	9	235	24	26	21	26	2.00
6967096--6967304	46	4.5	46	73	8	149	24	30	17	27	1.97
6967039--6967304	94	2.9	92	77	10	267	24	29	18	28	1.98
6971706--6972074	91	4.0	91	97	0	684	41	11	16	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6971838--6972075	46	5.2	45	60	13	110	42	10	15	31	1.81
6974016--6974179	40	4.1	40	88	4	242	25	28	23	22	1.99
6975363--6975422	30	2.0	29	93	3	102	16	36	10	35	1.82
6978680--6978729	24	2.1	24	85	7	66	66	2	0	32	1.03
6983124--6983197	32	2.3	32	83	4	87	32	22	21	22	1.98
6992750--6992811	31	2.0	31	81	9	74	20	17	0	61	1.35
6994563--6994609	21	2.2	21	92	0	85	27	21	14	36	1.93
6994941--6995119	66	2.7	66	82	6	195	30	27	13	28	1.95
6998028--6998057	14	2.1	14	93	0	51	56	13	0	30	1.37
7002137--7002165	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
7005482--7005653	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
7005475--7005650	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
7005524--7005662	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
7008822--7008923	48	2.1	49	90	3	163	41	9	13	35	1.78
7023115--7023161	20	2.3	20	89	7	69	23	42	19	14	1.88
7027801--7027860	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
7030076--7030100	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
7033420--7033444	12	2.1	12	100	0	50	68	16	0	16	1.22
7034974--7035012	17	2.3	18	82	13	55	51	7	0	41	1.31
7042535--7042574	19	2.0	20	90	9	64	15	15	5	65	1.44
7061775--7061839	32	2.0	32	93	0	112	43	12	9	35	1.74
7065173--7065232	30	2.0	30	96	0	111	61	10	3	25	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7065770--7065808	11	3.5	11	89	0	51	76	5	0	17	0.96
7071119--7071175	30	1.9	30	85	0	78	40	8	22	28	1.84
7080016--7080177	52	3.1	52	97	0	299	28	28	15	27	1.96
7087134--7087173	18	2.2	18	86	0	53	65	27	2	5	1.27
7088295--7088326	15	2.1	15	94	0	55	75	0	21	3	0.95
7095515--7095557	21	2.0	21	86	8	61	62	2	4	30	1.28
7100971--7100999	14	2.0	15	93	6	51	27	6	10	55	1.59
7101115--7101237	50	2.4	51	87	5	187	35	15	21	26	1.94
7101219--7101367	31	4.8	31	87	3	183	28	18	26	26	1.98
7101392--7101557	47	3.7	46	81	7	153	29	15	25	29	1.96
7101443--7101602	42	3.7	43	80	8	148	31	14	26	28	1.95
7101486--7101600	42	2.7	43	87	4	162	31	14	26	27	1.95
7104151--7104371	46	4.8	46	97	0	397	30	28	20	20	1.97
7108749--7108786	19	2.0	19	94	0	67	21	36	18	23	1.95
7117450--7117555	40	2.7	40	89	4	144	27	30	21	20	1.98
7117469--7117555	40	2.2	40	95	0	156	27	29	21	20	1.98
7120049--7120088	21	2.0	20	90	5	62	15	40	27	17	1.89
7121231--7121262	16	2.0	16	100	0	64	37	6	31	25	1.81
7125130--7125313	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
7127123--7127228	56	1.9	56	92	0	176	32	24	15	28	1.95
7131724--7131892	40	4.2	40	85	1	205	23	21	30	24	1.99
7131724--7131928	79	2.6	80	78	6	204	24	21	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7142181--7142244	29	2.2	29	85	0	83	51	3	14	31	1.57
7142298--7142497	59	3.4	58	88	6	307	52	7	5	35	1.53
7142832--7142902	36	2.0	36	97	0	133	25	29	30	14	1.94
7143474--7143519	24	1.9	24	86	0	65	30	4	13	52	1.59
7146513--7146563	18	2.8	18	78	0	57	62	0	1	35	1.06
7147325--7147358	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
7147482--7147544	31	2.1	31	85	8	85	58	6	7	26	1.50
7148790--7148833	23	1.9	23	81	9	54	38	2	2	56	1.24
7149889--7149982	41	2.3	41	76	12	95	54	19	13	12	1.71
7151875--7151943	34	2.0	34	100	0	138	28	17	14	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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