genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67130752--67130913	43	3.8	42	80	3	144	24	18	23	33	1.97
67141280--67141419	44	3.3	43	83	7	176	22	17	25	34	1.96
67141561--67141614	26	2.1	26	96	0	99	42	3	9	44	1.54
67150437--67150461	12	2.1	12	100	0	50	0	52	0	48	1.00
67155610--67155659	22	2.3	22	96	0	91	34	30	12	24	1.91
67170257--67170302	24	1.9	24	82	8	58	23	17	13	45	1.83
67171155--67171421	47	5.7	46	74	12	181	30	19	28	22	1.98
67171201--67171422	93	2.4	94	79	9	213	30	18	28	22	1.97
67171162--67171422	140	1.9	141	80	5	314	30	19	28	22	1.98
67177926--67178103	47	3.8	47	79	6	157	32	25	19	22	1.97
67185710--67185751	21	2.0	21	85	0	57	21	16	40	21	1.91
67187418--67187532	46	2.5	46	81	9	119	34	30	15	19	1.93
67193384--67193413	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
67197272--67197332	30	2.0	30	100	0	122	19	22	9	47	1.79
67197943--67198017	11	6.9	11	73	8	73	69	0	5	25	1.09
67197871--67198017	22	6.5	22	66	14	77	65	4	3	25	1.28
67198129--67198169	21	2.0	21	100	0	82	24	4	7	63	1.40
67204630--67204963	40	8.4	40	92	2	523	25	28	22	23	1.99
67219096--67219164	31	2.2	31	86	0	102	31	7	13	47	1.69
67231047--67231208	81	2.0	81	100	0	324	28	6	17	48	1.71
67231915--67231960	17	2.7	18	77	12	53	34	0	10	54	1.36
67242370--67242428	28	2.1	28	96	0	109	32	22	11	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67247301--67247354	26	2.1	26	86	6	74	18	44	24	12	1.85
67250299--67250562	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
67253999--67254036	16	2.5	15	84	12	51	39	18	2	39	1.65
67255350--67255396	24	2.0	24	91	8	78	40	25	4	29	1.75
67261482--67261704	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
67261482--67261704	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
67269459--67269720	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
67279748--67279873	29	4.5	28	87	4	164	32	26	12	27	1.93
67279748--67279873	57	2.2	56	85	4	164	32	26	12	27	1.93
67283871--67284063	40	4.8	40	82	3	212	24	26	23	25	2.00
67298403--67298548	40	3.7	40	88	0	211	31	26	18	23	1.97
67300382--67300559	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67300383--67300538	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67300379--67300559	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67308445--67308622	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67308446--67308601	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67308442--67308622	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67315716--67315805	39	2.3	39	86	0	135	31	21	15	32	1.94
67315733--67315817	39	2.2	39	82	2	98	29	24	17	28	1.97
67324460--67324492	17	2.0	17	88	5	50	30	9	21	39	1.84
67325565--67325654	29	3.1	30	82	6	114	25	27	14	32	1.95
67325542--67325654	58	2.0	57	82	5	138	25	30	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67325876--67325921	24	2.0	23	95	4	83	6	17	23	52	1.68
67327086--67327146	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
67339758--67339879	42	2.9	42	89	4	185	30	25	16	27	1.97
67342475--67342577	40	2.6	40	83	6	127	25	13	24	36	1.92
67347455--67347487	17	1.9	17	100	0	66	36	15	18	30	1.91
67351501--67351633	31	4.3	31	91	0	203	26	21	26	26	1.99
67351737--67351868	42	3.0	43	81	8	115	31	14	25	29	1.95
67351659--67351828	47	3.6	48	86	6	195	28	15	27	29	1.96
67355213--67355304	43	2.1	42	84	11	116	26	29	20	23	1.99
67361545--67361581	15	2.4	16	91	8	60	56	8	2	32	1.43
67362529--67362697	84	2.0	84	97	0	320	40	20	11	26	1.87
67374711--67374802	43	2.1	42	84	11	116	26	29	20	23	1.99
67377021--67377082	23	2.5	26	79	17	85	41	0	16	41	1.48
67377033--67377088	23	2.4	23	96	0	103	41	0	14	44	1.45
67377862--67377944	40	2.1	40	83	0	103	26	13	22	37	1.91
67393663--67393701	21	1.9	20	84	5	51	12	33	28	25	1.93
67412107--67412276	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
67425554--67425586	16	2.0	17	94	5	59	42	6	18	33	1.75
67428154--67428415	47	5.6	47	82	9	338	29	29	8	32	1.86
67428159--67428415	141	1.8	141	89	3	410	29	29	8	32	1.86
67441297--67441474	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67441298--67441453	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67441294--67441474	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67449371--67449548	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67449372--67449527	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67449368--67449548	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67451600--67451640	20	2.0	20	85	4	55	46	12	9	31	1.74
67452421--67452582	43	3.8	42	75	8	141	32	25	14	27	1.95
67452420--67452577	86	1.8	85	82	6	203	32	26	13	26	1.94
67455042--67455112	29	2.4	30	75	15	69	29	22	1	46	1.60
67455048--67455112	28	2.3	29	81	7	71	29	23	1	46	1.61
67459285--67459360	30	2.5	30	100	0	152	35	10	22	31	1.88
67459686--67459846	46	3.5	44	78	13	146	29	18	29	23	1.97
67459970--67460027	28	2.1	28	96	0	107	39	12	6	41	1.69
67461018--67461058	22	1.9	22	95	5	75	9	39	29	21	1.86
67462200--67462253	20	2.7	20	82	0	72	55	5	1	37	1.34
67462271--67462313	19	2.2	19	87	4	59	37	2	2	58	1.24
67477710--67477773	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
67477967--67478061	24	4.0	24	89	6	140	28	22	21	28	1.99
67477988--67478060	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
67478119--67478175	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
67478111--67478177	20	3.3	20	95	0	125	32	19	11	35	1.88
67478111--67478166	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
67478214--67478261	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67485719--67485775	26	2.2	26	80	3	60	26	19	17	36	1.94
67488511--67488775	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
67488478--67488775	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
67488707--67488784	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
67496461--67496725	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
67496428--67496725	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
67496657--67496734	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
67509712--67509768	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
67510174--67510334	42	3.7	43	79	12	179	27	19	24	27	1.98
67510174--67510334	44	3.8	41	80	9	171	27	19	24	27	1.98
67518392--67518451	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
67518419--67518560	67	2.1	67	84	7	178	30	21	28	19	1.97
67518490--67518541	27	2.0	26	84	3	68	36	19	26	17	1.94
67519107--67519160	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
67521042--67521102	30	2.0	30	93	0	104	26	27	14	31	1.95
67522483--67522583	47	2.1	48	81	5	116	34	19	23	21	1.96
67536398--67536575	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67536399--67536554	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67536395--67536575	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67536480--67536586	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
67541154--67541430	48	5.8	48	81	3	263	31	17	24	26	1.97
67541148--67541462	96	3.3	96	78	5	253	31	16	23	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67546366--67546466	43	2.3	43	84	3	114	34	25	14	24	1.94
67553706--67553734	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
67556562--67556627	27	2.4	27	84	0	78	42	15	16	25	1.87
67556813--67556865	26	2.0	26	82	7	63	20	20	16	41	1.90
67557006--67557071	33	2.0	33	87	0	96	27	22	25	24	2.00
67559823--67559925	43	2.4	42	84	9	120	28	13	23	34	1.93
67569158--67569211	23	2.3	23	100	0	108	53	18	0	27	1.45
67573088--67573228	25	5.6	26	73	5	87	34	26	17	21	1.96
67578515--67578664	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
67578487--67578664	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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