genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24378267--24378352	28	3.0	28	86	3	118	30	29	12	27	1.93
24378410--24378456	18	2.6	18	83	6	60	19	36	21	23	1.95
24378568--24378607	16	2.5	16	91	0	62	10	25	20	45	1.81
24378562--24378614	24	2.3	23	84	12	72	9	22	18	49	1.76
24378579--24378613	16	2.2	16	89	0	52	11	22	14	51	1.74
24379182--24379242	30	2.0	30	96	0	113	55	9	24	9	1.63
24382527--24382705	41	4.3	41	90	5	272	36	25	20	17	1.95
24382527--24382705	84	2.2	82	89	6	272	36	25	20	17	1.95
24383159--24383941	392	2.0	392	98	0	1503	40	20	8	30	1.81
24387037--24387312	135	2.0	136	99	0	545	32	26	19	21	1.97
24389684--24389831	48	3.1	48	82	7	194	25	28	17	29	1.97
24402832--24402947	46	2.6	46	86	6	159	25	28	17	29	1.97
24402825--24402947	43	2.8	43	85	6	158	24	27	19	28	1.99
24404383--24404429	10	4.4	10	82	15	58	51	27	4	17	1.64
24404387--24404429	23	1.9	22	90	4	68	51	27	4	16	1.64
24407524--24407576	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
24415789--24415818	8	3.8	8	95	0	51	6	23	26	43	1.78
24422935--24422987	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
24428827--24428853	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
24438241--24438294	24	2.4	22	85	11	81	25	24	16	33	1.96
24453971--24454030	12	5.0	12	71	15	52	38	31	13	16	1.87
24453942--24454041	24	4.2	24	85	0	119	37	32	13	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24463844--24463873	12	2.4	13	94	5	53	50	26	3	20	1.64
24483415--24483493	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
24485827--24485912	43	2.0	43	93	0	145	18	19	32	29	1.96
24496240--24496379	40	3.5	39	74	13	124	25	21	27	26	1.99
24497910--24498150	125	1.9	125	95	1	439	29	24	22	23	1.99
24504246--24504429	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
24504246--24504426	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
24512604--24512670	34	2.0	34	87	0	98	41	8	28	20	1.83
24526651--24526822	93	1.8	93	96	0	317	27	29	20	21	1.98
24526644--24526819	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98
24529945--24529983	21	1.9	21	89	5	62	53	10	0	35	1.35
24531252--24531323	31	2.3	31	90	4	110	47	16	2	33	1.61
24533624--24533685	19	3.2	20	75	20	62	56	1	0	41	1.09
24533662--24533715	20	2.7	20	85	8	65	64	1	1	31	1.14
24534944--24534974	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67
24535654--24535695	20	2.0	20	86	9	57	40	11	19	28	1.87
24536515--24536576	30	2.1	30	93	0	106	51	3	1	43	1.27
24536951--24536990	18	2.2	19	86	4	55	65	5	0	30	1.14
24538815--24538867	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
24538970--24539131	45	3.5	46	77	11	129	25	19	30	23	1.98
24538911--24539218	48	6.6	46	72	15	156	27	19	29	23	1.98
24539096--24539220	48	2.6	50	84	3	157	27	20	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24540452--24540488	17	2.1	19	85	10	51	16	27	37	18	1.92
24549490--24549523	17	2.1	17	88	5	52	52	0	14	32	1.42
24549777--24549830	28	1.9	28	100	0	108	27	0	24	48	1.52
24560371--24560420	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
24567916--24567963	24	2.0	24	95	0	87	43	4	27	25	1.72
24578265--24578460	40	4.9	40	84	2	250	25	28	22	23	2.00
24578253--24578460	80	2.6	79	88	4	285	25	27	23	23	2.00
24588758--24588787	9	3.3	9	100	0	60	53	20	0	26	1.46
24590677--24590753	31	2.5	31	95	0	145	27	25	18	28	1.98
24590780--24590867	42	2.1	42	89	0	131	37	18	13	30	1.89
24591884--24591935	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
24591980--24592093	27	4.1	27	73	14	88	35	7	15	41	1.75
24592044--24592140	27	3.6	26	79	8	97	25	6	22	45	1.76
24592172--24592258	27	3.3	27	81	10	99	42	8	19	29	1.80
24597697--24597723	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
24616257--24616285	15	1.9	15	100	0	58	82	0	0	17	0.66
24623633--24623684	27	1.9	27	88	0	77	25	23	17	34	1.96
24623843--24623907	28	2.3	27	81	2	76	26	20	24	29	1.99
24625014--24625043	12	2.5	12	94	0	51	30	20	0	50	1.49
24626795--24627114	90	3.6	90	86	2	437	27	5	11	55	1.59
24629463--24629678	49	4.4	49	79	5	206	26	18	28	25	1.98
24631686--24631733	20	2.4	20	100	0	96	20	39	31	8	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24633663--24633749	16	5.5	16	70	20	67	33	13	0	52	1.41
24633678--24633761	12	6.8	12	69	22	57	33	15	0	51	1.44
24633663--24633761	28	3.3	28	77	15	108	33	14	0	52	1.42
24633642--24633759	5	21.6	5	70	22	51	31	16	0	52	1.44
24633750--24633884	66	2.0	66	80	12	152	30	13	3	52	1.57
24634241--24634314	11	6.8	10	72	15	58	22	16	2	58	1.51
24634250--24634303	28	1.9	28	88	7	83	25	12	3	57	1.52
24634241--24634314	5	13.6	5	78	10	58	22	16	2	58	1.51
24634284--24634319	17	2.2	16	90	5	54	27	13	2	55	1.52
24634241--24634666	22	18.6	22	68	22	109	24	12	0	61	1.35
24634301--24634639	23	14.3	26	66	26	129	24	12	0	62	1.30
24634301--24634468	48	3.5	46	81	9	194	24	12	0	63	1.29
24634453--24634666	43	4.8	46	81	8	239	25	12	0	62	1.30
24634426--24634727	24	13.0	24	69	21	114	24	12	0	63	1.29
24634638--24634692	26	2.1	27	93	3	94	23	9	0	67	1.19
24634457--24634689	90	2.6	88	82	8	274	25	11	0	63	1.28
24634453--24634713	90	2.9	89	80	8	255	24	12	0	62	1.29
24639396--24639460	29	2.2	30	91	2	105	44	0	1	53	1.09
24639396--24639470	29	2.6	29	85	8	82	44	1	1	53	1.17
24643875--24644000	66	1.9	66	95	0	225	36	14	15	34	1.87
24644817--24644884	30	2.3	30	82	10	77	41	8	4	45	1.55
24654093--24654234	46	3.1	46	98	1	277	30	14	9	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24655298--24655342	12	3.8	12	85	5	56	55	0	6	37	1.26
24655302--24655343	18	2.3	18	87	0	57	54	0	7	38	1.28
24656235--24656278	22	2.0	23	86	13	65	13	15	13	56	1.67
24657018--24657545	45	11.7	45	70	10	229	28	22	17	31	1.96
24657012--24657586	44	12.8	45	71	9	300	28	21	17	31	1.96
24657096--24657545	133	3.3	130	75	9	393	29	21	17	31	1.96
24657397--24657591	89	2.2	87	86	1	264	29	20	17	32	1.96
24659268--24659423	42	3.7	43	80	8	131	32	24	15	27	1.95
24659352--24659438	44	2.0	44	88	2	131	31	25	17	26	1.97
24664885--24665002	24	5.0	24	73	15	102	32	16	22	27	1.96
24664886--24665013	23	5.5	22	77	10	96	32	17	22	27	1.97
24664885--24665021	46	2.9	46	82	10	154	31	18	22	27	1.97
24665117--24665195	38	2.1	38	97	0	149	44	16	8	30	1.78
24665188--24665252	20	3.2	20	63	16	53	44	12	1	41	1.51
24665178--24665257	40	2.0	40	97	0	151	46	12	3	37	1.60
24668962--24669284	47	6.7	47	87	4	432	32	8	30	29	1.86
24668962--24669284	98	3.4	96	90	3	472	32	8	30	29	1.86
24669403--24669481	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
24679286--24679331	15	3.1	15	84	6	58	56	0	6	36	1.25
24679636--24679753	59	2.0	59	100	0	236	35	23	18	22	1.96
24680203--24680240	7	5.4	7	100	0	76	86	0	0	13	0.56
24684106--24684170	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24685238--24685270	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
24690656--24690680	10	2.5	10	100	0	50	56	12	8	24	1.62
24691720--24691807	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
24691913--24691977	28	2.3	28	89	0	94	32	9	27	30	1.88
24696292--24696345	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
24699356--24699445	42	2.1	42	87	0	126	27	22	21	28	1.99
24701575--24701665	44	2.1	44	82	0	110	42	10	14	31	1.80
24720390--24720490	51	2.0	50	98	0	184	31	18	24	23	1.97
24722886--24722939	20	2.7	20	91	0	90	25	38	24	11	1.88
24726274--24726373	50	2.0	50	100	0	200	62	4	14	20	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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