genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24728062--24728269	40	5.2	40	90	0	292	25	21	27	25	1.99
24728009--24728269	80	3.3	80	83	1	292	25	21	27	25	1.99
24736013--24736220	40	5.2	40	91	0	301	25	21	27	25	1.99
24735960--24736220	80	3.3	80	84	2	303	25	21	27	26	1.99
24743960--24744129	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
24743982--24744164	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
24751821--24752083	40	6.6	40	86	3	307	24	20	28	26	1.99
24751860--24752118	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
24757638--24757671	17	2.0	17	88	0	50	20	5	29	44	1.75
24761716--24761877	42	3.8	42	78	4	182	27	22	16	33	1.96
24761720--24761877	85	1.9	84	87	1	235	27	22	16	33	1.95
24763500--24763559	23	2.5	23	86	5	84	35	5	16	43	1.70
24768047--24768310	40	6.7	40	89	5	369	25	21	27	25	1.99
24768047--24768343	120	2.5	118	82	9	347	25	21	27	25	1.99
24773023--24773083	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24775925--24775974	26	1.9	26	95	0	91	38	10	12	40	1.76
24776580--24776787	67	3.2	66	75	12	187	22	29	16	31	1.95
24777163--24777223	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24778539--24778625	30	2.9	31	83	6	99	41	26	12	19	1.87
24778730--24778937	54	3.9	54	87	1	274	23	21	16	38	1.93
24782063--24782089	14	1.9	14	100	0	54	22	0	29	48	1.51
24782145--24782300	7	22.0	7	75	5	80	21	3	35	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24782603--24782649	21	2.2	21	85	7	60	21	4	29	44	1.71
24783252--24783366	7	14.8	8	75	15	75	60	4	1	33	1.27
24783278--24783349	20	3.3	20	79	16	65	63	2	2	30	1.22
24783298--24783348	20	2.4	21	84	12	68	66	3	1	27	1.20
24789049--24789120	35	2.1	35	82	10	85	38	0	2	58	1.13
24790415--24790544	47	2.8	46	79	5	136	20	28	25	26	1.99
24799190--24799331	40	3.6	40	84	3	180	27	28	20	23	1.99
24806458--24806540	43	2.0	42	87	4	114	24	28	16	28	1.96
24808749--24808954	40	5.2	40	91	2	317	28	26	21	23	1.99
24810371--24810398	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
24812914--24813225	47	6.7	45	77	9	306	21	29	21	27	1.98
24812863--24813225	94	3.9	94	83	6	452	21	28	20	28	1.98
24812865--24813225	141	2.6	140	77	12	355	21	28	20	29	1.98
24813550--24813607	30	1.9	30	89	0	89	31	24	12	32	1.91
24814882--24814949	26	2.6	26	95	4	120	14	29	27	27	1.95
24818331--24818564	48	4.9	48	94	0	387	33	7	28	30	1.84
24818705--24818807	37	2.8	37	88	2	145	23	16	32	28	1.96
24822654--24822867	46	4.6	47	80	8	156	23	29	17	28	1.97
24822709--24822915	46	4.4	47	78	11	194	22	28	19	29	1.98
24827802--24827937	40	3.4	40	80	5	150	27	25	15	32	1.95
24828344--24828409	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
24830375--24830426	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24830442--24830501	31	2.0	31	86	3	86	20	25	20	35	1.96
24833586--24833738	42	3.6	42	85	4	193	32	12	23	32	1.92
24836847--24836893	19	2.5	19	100	0	94	27	27	25	19	1.99
24838337--24838400	31	2.1	31	100	0	128	15	20	34	29	1.94
24839411--24839442	13	2.4	14	85	15	50	28	6	0	65	1.16
24840944--24841076	39	3.4	39	92	4	223	19	20	28	31	1.97
24841144--24841279	39	3.4	39	87	3	121	20	24	26	28	1.99
24841171--24841295	39	3.2	39	90	3	171	17	22	28	31	1.97
24852395--24852479	30	2.8	29	75	3	80	41	24	14	20	1.89
24852594--24852731	52	2.7	53	87	4	192	23	23	14	38	1.92
24861743--24861848	27	3.9	27	80	8	117	29	25	11	33	1.91
24862085--24862225	75	1.9	76	88	4	214	29	20	15	34	1.94
24861889--24862229	27	12.9	27	76	6	241	26	21	16	36	1.94
24862942--24862981	14	2.9	14	89	10	57	42	10	17	30	1.82
24863636--24863741	27	3.9	27	80	8	117	29	25	11	33	1.91
24863978--24864118	75	1.9	76	88	4	214	29	20	15	34	1.94
24863782--24864122	27	12.9	27	76	6	241	26	21	16	36	1.94
24864835--24864874	14	2.9	14	89	10	57	42	10	17	30	1.82
24871495--24871575	24	3.3	24	89	1	117	46	2	12	38	1.55
24872030--24872084	20	2.8	20	88	0	74	20	34	27	18	1.95
24876864--24877024	51	3.2	51	94	0	268	29	23	13	33	1.93
24892060--24892123	31	2.0	32	96	3	121	31	4	25	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24893604--24893656	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
24898736--24898890	24	6.4	24	80	11	158	25	23	18	32	1.97
24898736--24898915	72	2.5	72	81	9	204	25	23	18	32	1.97
24899060--24899123	19	3.3	19	71	4	56	28	7	25	39	1.83
24900283--24900315	16	2.0	17	94	5	59	42	0	24	33	1.55
24901263--24901298	18	2.0	19	89	10	58	36	13	27	22	1.92
24903153--24903196	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
24905764--24905801	20	1.9	20	94	0	67	15	5	36	42	1.70
24913569--24913634	18	3.7	18	74	11	64	34	18	25	21	1.96
24913976--24914035	26	2.3	26	88	2	84	21	21	18	38	1.94
24914029--24914156	27	4.7	27	85	0	166	37	14	14	33	1.87
24917938--24918159	27	8.2	28	79	9	196	26	22	13	37	1.91
24917932--24918159	54	4.2	54	83	4	255	27	21	14	36	1.92
24917932--24918159	81	2.8	80	77	9	223	27	21	14	36	1.92
24921549--24921590	19	2.2	19	91	0	66	54	2	11	30	1.49
24937966--24938059	40	2.3	40	90	3	145	24	22	26	26	2.00
24945080--24945290	80	2.7	80	78	5	196	39	21	10	28	1.86
24945072--24945302	27	8.7	27	72	7	141	39	21	10	29	1.86
24945293--24945749	27	17.0	27	89	0	556	37	18	20	24	1.94
24946090--24946570	245	2.0	245	96	0	892	20	21	22	34	1.96
24946593--24946667	27	2.8	27	86	6	91	17	24	21	37	1.94
24946807--24947053	6	40.8	6	73	15	197	20	15	13	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24946782--24947053	30	9.4	30	79	11	298	20	15	13	50	1.78
24946782--24947053	85	3.2	85	93	0	463	20	15	13	50	1.78
24948634--24949069	27	16.2	27	83	4	477	27	20	9	42	1.83
24949074--24949269	54	3.6	54	85	2	259	35	18	19	26	1.95
24949074--24949269	27	7.3	27	86	0	230	35	18	19	26	1.95
24949468--24949550	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
24949861--24949934	27	2.8	27	81	6	80	17	22	21	37	1.94
24950075--24950236	6	26.8	6	77	13	163	19	17	14	49	1.80
24950050--24950236	85	2.2	85	93	0	329	19	18	13	47	1.82
24950050--24950236	30	6.4	30	81	9	224	19	18	13	47	1.82
24959389--24959749	46	7.7	46	78	12	303	24	29	18	28	1.98
24959389--24959750	138	2.6	138	96	1	652	24	29	18	28	1.98
24959343--24959749	92	4.3	91	75	14	287	24	29	17	28	1.97
24960064--24960089	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
24961590--24961694	40	2.7	40	92	1	167	23	21	26	27	1.99
24970365--24970422	29	2.0	30	83	10	75	29	3	5	62	1.33
24970807--24971018	106	2.0	106	81	2	246	38	8	11	41	1.71
24980488--24980568	34	2.4	34	81	2	101	27	22	22	28	1.99
24981956--24981988	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
24984938--24985159	48	4.6	48	86	0	255	26	17	27	29	1.98
24987449--24987494	17	2.8	16	80	6	56	36	34	6	21	1.80
24987615--24987670	29	1.9	29	96	0	103	37	16	12	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24988815--24988945	46	2.8	47	81	9	176	34	19	16	29	1.94
24992298--24992329	16	2.0	16	93	0	55	18	21	25	34	1.96
24994085--24994307	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
24994085--24994307	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
24994085--24994340	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
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25004977--25005020	14	3.2	14	74	6	54	34	6	9	50	1.61
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25010650--25011054	46	8.6	46	72	12	225	25	28	18	27	1.98
25022930--25022989	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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