genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873964--873990	10	2.7	10	100	0	54	0	7	0	92	0.38
875569--875813	132	1.9	132	85	1	348	30	19	17	33	1.94
875600--875858	132	2.0	132	83	4	326	29	20	17	32	1.95
875598--875893	132	2.2	132	78	8	309	28	20	17	32	1.96
876906--877072	85	2.0	85	82	0	208	40	19	11	28	1.87
888434--888472	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
890025--890171	40	3.7	40	74	7	154	31	14	22	31	1.94
897181--897220	17	2.4	17	95	4	73	47	5	0	47	1.24
899432--899468	14	2.6	14	86	0	56	67	5	0	27	1.12
900650--900692	6	7.0	6	92	5	68	51	0	0	48	1.00
908168--908200	15	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
918822--918880	17	3.4	17	77	13	59	35	0	5	59	1.20
925270--925317	25	1.9	25	87	8	71	27	18	22	31	1.97
937841--937883	18	2.4	18	92	0	68	51	0	4	44	1.22
937836--937878	18	2.5	17	78	10	52	51	0	2	46	1.13
937969--938007	14	2.8	14	96	0	69	38	20	2	38	1.66
940903--940962	29	2.1	29	96	0	111	46	20	6	26	1.75
942575--942717	46	3.0	46	77	8	133	32	29	13	23	1.94
945012--945071	10	6.0	10	84	11	70	66	1	8	23	1.28
945624--945663	21	2.0	20	90	5	62	17	27	40	15	1.89
948881--948920	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
949944--950037	41	2.2	42	80	10	111	26	15	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954505--954541	18	2.0	19	89	5	58	72	0	0	27	0.84
959219--959251	15	2.1	16	88	5	50	57	9	0	33	1.30
959852--959904	27	2.0	27	85	3	72	43	13	5	37	1.67
961703--961727	13	1.9	13	100	0	50	24	4	0	72	1.02
968306--968344	11	3.6	11	79	6	53	12	2	2	82	0.89
969845--969920	16	5.1	15	72	17	52	63	2	2	31	1.22
989207--989266	30	2.0	30	100	0	120	46	13	20	20	1.83
993945--993999	29	1.9	29	92	3	94	56	10	12	20	1.66
998760--998784	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
1001209--1001247	16	2.3	18	86	8	55	51	15	7	25	1.70
1002245--1002301	28	2.0	30	86	6	82	35	0	1	63	1.05
1002246--1002310	28	2.3	28	81	7	69	32	1	3	63	1.19
1004897--1004949	25	2.1	25	100	0	106	49	5	7	37	1.55
1007999--1008036	19	2.0	20	84	5	51	47	15	10	26	1.78
1011690--1011862	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
1011687--1011857	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
1019277--1019452	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
1019274--1019445	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
1031880--1031919	21	1.9	21	94	0	71	20	10	12	57	1.63
1032245--1032293	19	2.7	18	84	9	55	42	2	4	51	1.32
1032276--1032314	20	1.9	21	89	5	62	41	5	2	51	1.38
1036135--1036172	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1036958--1036987	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
1044433--1044470	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
1054048--1054125	24	3.2	24	87	3	104	21	26	17	33	1.96
1062511--1062572	21	3.0	21	68	0	52	43	17	22	16	1.87
1062486--1062661	42	4.2	42	73	2	147	46	14	21	18	1.84
1070094--1070133	21	1.9	21	94	0	71	12	32	0	55	1.38
1071180--1071244	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
1071180--1071230	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
1071182--1071242	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
1071276--1071347	25	2.9	25	85	0	99	27	23	20	27	1.99
1071278--1071360	25	3.4	25	79	14	84	30	20	21	27	1.98
1071566--1071643	31	2.5	31	87	6	106	26	19	25	28	1.99
1073013--1073070	6	10.2	5	79	20	53	75	5	1	17	1.06
1073013--1073070	12	5.0	11	82	12	71	75	5	1	17	1.06
1073016--1073070	18	3.1	16	82	17	65	76	5	1	16	1.06
1078632--1078786	41	3.6	43	81	11	176	30	27	17	24	1.97
1084359--1084399	20	2.0	21	90	4	66	0	24	0	75	0.80
1085992--1086168	27	7.0	24	67	14	90	58	3	6	31	1.41
1093264--1093332	2	34.5	2	100	0	138	0	0	49	50	1.00
1099638--1099687	24	2.0	25	85	11	68	46	0	0	54	1.00
1106111--1106194	32	2.6	32	84	5	107	22	14	20	42	1.88
1108020--1108062	20	2.2	20	86	0	59	53	11	6	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1110526--1110582	24	2.5	22	78	13	62	75	3	17	3	1.09
1110550--1110588	18	2.0	20	90	9	64	74	0	25	0	0.82
1112731--1112768	15	2.5	15	83	12	51	52	0	0	47	1.00
1112729--1112766	17	2.1	19	85	9	53	55	0	0	44	0.99
1114042--1114081	20	2.0	21	85	5	55	35	0	5	60	1.19
1117289--1117368	39	2.1	39	92	0	133	33	15	13	37	1.86
1118140--1118253	58	1.9	59	80	5	133	26	15	14	42	1.86
1119868--1119901	17	2.1	17	88	5	52	52	5	11	29	1.61
1119854--1119956	51	2.0	51	90	0	161	46	3	17	32	1.66
1126778--1126817	21	2.0	20	90	5	62	62	0	0	37	0.95
1127817--1127854	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
1149695--1149758	29	2.2	30	91	8	105	17	25	29	28	1.97
1149744--1149786	17	2.5	17	84	3	59	16	11	32	39	1.84
1152851--1152890	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
1152931--1152989	30	2.0	30	86	0	82	32	1	10	55	1.43
1153520--1153595	29	2.6	29	82	12	84	40	3	7	47	1.51
1172424--1172463	13	3.1	13	92	0	62	17	30	35	17	1.93
1180956--1181077	55	2.2	54	78	7	122	27	31	23	17	1.97
1183072--1183181	54	2.0	54	98	0	211	32	10	7	50	1.63
1185223--1185385	46	3.5	46	76	15	174	28	28	19	22	1.98
1187673--1187728	28	2.0	28	82	10	69	62	0	8	28	1.25
1187835--1187886	19	3.2	15	78	21	52	51	3	7	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1188257--1188368	19	5.8	19	83	9	138	34	16	12	35	1.87
1188271--1188368	36	2.6	37	83	9	126	33	17	12	36	1.87
1188310--1188349	17	2.6	15	82	17	55	32	15	12	40	1.84
1188282--1188378	19	5.3	19	85	7	85	35	15	13	36	1.87
1189184--1189291	44	2.4	44	89	3	153	26	25	16	30	1.97
1189222--1189546	44	7.4	44	73	12	247	28	25	16	28	1.97
1189271--1189546	132	2.1	132	93	0	471	28	26	16	28	1.97
1197249--1197314	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
1197266--1197360	19	5.0	19	92	7	158	35	15	10	37	1.82
1197288--1197344	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
1197266--1197357	36	2.4	37	92	7	150	35	15	10	38	1.82
1202019--1202188	93	1.8	93	89	2	270	28	28	20	22	1.98
1202012--1202187	46	3.8	45	78	11	178	29	28	19	21	1.98
1204060--1204205	73	2.0	73	95	0	265	45	13	15	26	1.82
1204397--1204506	31	3.5	31	94	0	193	26	26	17	30	1.97
1204530--1204621	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
1204756--1204891	26	5.3	26	91	3	208	27	22	20	28	1.99
1204941--1205027	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
1208122--1208200	31	2.5	31	97	0	149	25	26	18	29	1.98
1208224--1208315	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
1208448--1208583	26	5.3	26	91	3	208	27	23	21	27	1.99
1208633--1208699	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1209400--1209476	27	2.9	27	77	11	77	23	20	18	37	1.94
1209681--1209772	27	3.4	27	87	0	130	41	8	23	26	1.83
1209761--1209882	55	2.2	54	78	7	129	31	9	22	37	1.85
1209796--1209868	28	2.6	28	91	2	112	30	8	19	42	1.80
1209523--1209882	27	13.2	27	74	9	122	31	8	21	37	1.85
1209870--1209963	27	3.5	27	82	0	116	43	11	21	23	1.85
1229590--1229638	15	3.4	14	83	8	53	28	2	0	69	1.00
1231776--1231814	19	2.1	19	100	0	78	38	20	20	20	1.94
1231795--1231947	46	3.3	46	88	0	225	41	13	24	19	1.88
1235201--1235260	6	9.8	6	74	16	52	18	1	3	76	1.00

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