Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  67  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22992752--22993007
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3.3
79
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9
224
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21
27
24
1.99
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79
2.3
81
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236
24
22
27
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2.00
23000741--23000924
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4.6
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9
216
24
22
27
25
2.00
23000793--23000957
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
23018446--23018478
16
2.1
16
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6
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23030114--23030194
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3.4
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10
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4
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32
1.79
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12.1
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29
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23030098--23030675
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143
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2
986
32
8
29
29
1.87
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2.8
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0
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2.0
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2.0
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100
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21
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10
15
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2.4
29
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10
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1.67
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14
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2.0
21
100
0
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10
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62
10
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21
2.0
21
82
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53
2
2
41
1.26
23122289--23122579
146
2.0
145
81
6
336
42
8
7
40
1.64
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23125358--23125465
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2.9
37
97
0
207
24
31
19
25
1.98
23125616--23125747
48
2.7
48
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2
219
29
28
7
34
1.85
23125716--23125841
47
2.7
47
93
0
216
26
28
11
33
1.92
23130136--23130355
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4.6
47
78
10
239
29
26
17
26
1.98
23130136--23130362
95
2.3
97
82
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273
29
26
18
25
1.98
23134361--23134413
25
2.1
26
85
3
72
56
1
15
26
1.49
23136157--23136234
33
2.4
33
80
6
88
23
21
15
39
1.91
23137352--23137399
26
1.9
25
83
8
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37
18
12
31
1.88
23139518--23139715
55
3.7
53
78
8
202
36
17
24
21
1.94
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28
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23
1.99
23150751--23150933
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27
27
20
24
1.99
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2.0
50
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28
24
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1.97
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2.0
150
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119
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0
1840
26
29
19
24
1.98
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48
10.0
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35
5
26
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1.80
23162094--23162585
102
5.0
96
89
4
689
35
5
26
32
1.80
23162094--23162585
150
3.3
148
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5
714
35
5
26
32
1.80
23162731--23162839
37
2.9
37
91
0
164
22
18
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1.97
23167333--23167392
27
2.2
28
81
3
77
28
25
16
30
1.97
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21
1.9
21
100
0
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40
22
5
32
1.76
23178820--23178859
21
1.9
21
100
0
80
20
5
30
45
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23184673--23184823
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2.6
57
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0
140
23
21
17
37
1.94
23184934--23185036
54
1.9
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2
143
27
21
10
40
1.86
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12
2.1
12
100
0
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16
16
24
1.86
23196260--23196429
40
4.3
40
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0
207
23
21
28
26
1.99
23196207--23196431
80
2.8
79
82
3
245
24
20
28
26
1.99
23196285--23196464
79
2.3
80
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213
25
20
28
25
1.99
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21
2.5
21
84
0
70
22
35
20
20
1.96
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2.3
102
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1
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14
26
30
1.95
23206097--23206320
51
4.4
51
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2
254
29
13
27
29
1.94
23206093--23206362
102
2.6
100
80
6
303
29
14
26
29
1.95
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13
2.2
13
100
0
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0
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1.29
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25
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32
21
21
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1.97
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25
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25
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34
19
25
21
1.96
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17
2.4
18
84
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16
0
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1.47
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13
38
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2.0
40
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22
28
1.95
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29
5.4
29
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3
199
37
12
25
24
1.91
23219556--23219741
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58
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214
38
12
25
23
1.91
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87
2.0
87
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239
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13
25
23
1.92
23219575--23219831
29
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29
77
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166
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13
26
22
1.91
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58
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38
14
26
21
1.91
23222405--23222653
50
4.9
50
75
7
191
24
28
20
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23229684--23229816
50
2.7
50
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4
162
21
29
21
27
1.99
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29
13.4
29
73
11
187
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14
25
22
1.92
23235570--23235811
87
2.8
85
87
4
306
38
14
26
21
1.91
23235473--23235840
116
3.2
115
83
5
391
37
14
25
22
1.92
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29
11.1
29
76
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248
37
15
25
21
1.93
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46
2.0
46
95
0
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25
13
30
1.94
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2.1
37
88
4
115
25
30
18
25
1.98
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47
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47
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1
538
29
29
8
32
1.87
23243427--23243776
143
2.5
141
90
0
547
29
29
8
32
1.87
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30
2.2
30
76
7
73
39
7
15
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1.75
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19
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0
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1.18
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1.9
23
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65
0
2
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2.3
22
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62
0
2
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1.07
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16
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0
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3
0
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1.03
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30
2.0
30
86
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84
65
3
0
31
1.09
23259591--23259669
30
3.0
25
76
16
63
64
3
0
31
1.11
23260207--23260273
9
7.4
9
80
12
84
41
22
8
26
1.83
23260206--23260273
27
2.5
27
88
4
102
42
22
8
26
1.82
23260281--23260341
17
3.4
17
70
12
59
50
14
3
31
1.59
23260272--23260346
37
2.0
37
100
0
150
45
16
5
33
1.69
23260272--23260363
37
2.5
37
91
7
134
46
15
5
32
1.68
23260522--23260551
8
3.8
8
100
0
60
20
0
40
40
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23268713--23268763
25
2.0
26
92
3
86
39
17
5
37
1.74
23270488--23270626
40
3.5
38
75
14
129
23
28
23
24
1.99
23272545--23272697
47
3.3
47
95
0
270
28
29
8
33
1.87
23274487--23274713
114
2.0
114
98
0
436
30
26
3
38
1.73
23275419--23275484
7
9.4
7
86
0
96
42
39
3
15
1.62
23278853--23278965
27
4.1
28
87
6
144
17
23
22
36
1.95
23278853--23278965
55
2.1
54
90
5
174
17
23
22
36
1.95
23289717--23289901
92
2.0
92
97
0
352
27
19
9
43
1.82
23294695--23295077
40
9.6
40
91
2
538
24
20
28
27
1.99
23297148--23297194
21
2.1
21
84
11
58
48
2
2
46
1.25
23297148--23297193
23
2.0
23
84
16
60
50
2
2
45
1.26
23299948--23300037
28
3.2
28
77
13
96
32
23
21
23
1.98
23300143--23300234
28
3.3
28
90
0
139
33
6
25
34
1.82
23305319--23305421
52
2.0
52
96
0
188
29
36
10
23
1.88
23306812--23306850
19
2.1
19
85
0
51
71
7
5
15
1.26
23307314--23307379
28
2.3
28
89
7
98
33
24
21
21
1.97
23307482--23307546
28
2.3
28
91
0
103
32
7
27
32
1.85
23314135--23314194
22
2.7
24
73
19
58
61
3
0
35
1.12
23317526--23317550
13
1.9
13
100
0
50
80
12
8
0
0.92
23317570--23317606
6
6.3
6
87
6
58
67
2
0
29
1.04
23317571--23317606
11
3.2
11
92
4
54
66
2
0
30
1.06
23326254--23326292
16
2.4
16
95
0
69
46
5
5
43
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23327951--23328043
39
2.4
40
80
5
109
27
26
20
24
1.99
23328001--23328105
53
2.0
53
100
0
210
33
26
17
22
1.96
23328053--23328171
40
3.0
40
92
0
193
27
28
22
21
1.99
23327974--23328145
93
1.9
92
91
1
281
29
27
20
22
1.98
23328059--23328210
40
3.8
39
82
11
168
25
30
23
21
1.99
23335440--23335482
21
2.0
23
90
9
72
51
20
9
18
1.74
23344637--23344774
40
3.5
40
87
3
181
25
26
22
25
2.00
23344778--23345135
178
2.0
178
100
0
716
37
19
8
34
1.82
23355930--23355977
20
2.4
20
71
0
51
20
27
18
33
1.96
23363665--23363694
10
3.0
10
100
0
60
60
0
20
20
1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235