genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76243674--76243740	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
76243709--76243748	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
76247348--76247381	3	11.0	3	87	6	50	35	2	0	61	1.11
76247348--76247379	16	2.0	16	93	0	55	37	3	0	59	1.13
76251813--76251849	3	12.7	3	94	5	67	70	0	29	0	0.88
76253141--76253449	45	6.9	45	84	4	345	30	18	21	29	1.97
76253702--76254096	45	8.7	45	72	10	250	31	18	21	27	1.97
76253702--76254202	228	2.2	228	88	2	720	32	18	20	27	1.96
76255759--76255792	3	11.0	3	93	6	59	35	0	0	64	0.94
76260979--76261019	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
76264828--76264877	25	2.0	25	84	0	64	18	22	18	42	1.90
76264857--76265070	25	8.7	24	74	10	166	19	23	21	35	1.95
76264857--76265070	74	2.9	73	78	9	209	19	23	21	35	1.95
76264857--76265070	49	4.4	47	80	9	189	19	23	21	35	1.95
76276760--76276820	20	3.0	20	68	13	54	52	6	3	37	1.44
76285532--76285592	9	6.8	9	94	0	86	45	24	6	22	1.76
76285531--76285598	9	7.6	9	91	0	73	48	22	5	23	1.72
76296012--76296069	30	2.0	29	86	6	82	24	39	18	17	1.92
76312841--76312985	71	2.0	71	94	0	254	24	15	24	36	1.93
76313411--76313440	2	15.0	2	92	0	51	0	3	50	46	1.18
76315569--76315594	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
76317419--76317484	29	2.2	28	82	12	71	62	3	0	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76317393--76317492	50	2.0	51	86	9	145	61	3	1	35	1.18
76317506--76317730	96	2.4	97	79	8	248	36	9	16	37	1.82
76328910--76329377	231	2.0	230	95	0	855	35	4	22	38	1.73
76331243--76331294	25	2.1	25	85	3	70	21	25	19	34	1.96
76337936--76337972	7	5.3	7	90	0	56	24	0	18	56	1.41
76338578--76338621	18	2.4	18	84	0	52	18	25	9	47	1.77
76341987--76342231	126	1.9	126	92	1	411	28	19	15	36	1.92
76342282--76342560	97	2.9	97	95	2	492	40	19	1	38	1.62
76352616--76352868	125	2.0	125	99	0	497	36	14	15	33	1.88
76353869--76353915	21	2.2	21	100	0	94	40	4	0	55	1.19
76361399--76361448	25	2.0	25	92	0	82	36	22	24	18	1.95
76361628--76361661	14	2.4	14	90	5	50	50	8	0	41	1.34
76363379--76363406	13	2.2	13	100	0	56	21	0	28	50	1.49
76363646--76363689	20	2.1	21	83	4	54	65	6	4	22	1.35
76363707--76363747	21	2.0	21	85	0	55	73	4	0	21	1.02
76363849--76363887	19	2.0	20	85	5	53	58	7	10	23	1.56
76364395--76364437	18	2.5	17	79	20	54	34	2	0	62	1.08
76364487--76364515	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
76366014--76366076	31	2.0	31	81	6	74	39	7	12	39	1.73
76372580--76372604	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
76372390--76372776	111	3.6	110	87	7	503	37	14	15	31	1.88
76372768--76373167	110	3.6	111	81	9	451	37	14	12	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76384489--76384523	16	2.2	16	89	0	52	28	8	0	62	1.24
76384549--76384645	49	2.0	49	93	0	167	23	6	6	63	1.40
76384561--76384664	49	2.1	49	83	7	129	23	6	4	65	1.36
76384942--76384978	15	2.5	15	90	0	56	59	10	16	13	1.61
76385318--76385394	24	3.3	23	85	5	77	28	14	25	31	1.95
76385331--76385392	24	2.6	24	97	0	115	24	12	29	33	1.92
76387745--76387825	40	2.0	40	85	7	110	23	22	25	28	1.99
76392412--76392462	25	2.1	25	85	3	68	31	0	13	54	1.39
76402128--76402346	47	4.6	47	92	3	350	32	8	29	29	1.86
76402128--76402350	96	2.4	96	90	3	355	32	8	29	29	1.86
76404582--76404669	46	1.9	46	92	0	149	23	5	20	50	1.70
76406263--76406287	13	1.9	13	100	0	50	0	0	28	72	0.86
76406544--76406573	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
76407764--76407965	102	2.0	102	98	0	386	17	29	19	32	1.95
76409442--76409486	18	2.4	18	82	10	56	62	2	0	35	1.08
76410567--76410591	13	1.9	13	100	0	50	0	0	28	72	0.86
76411107--76411131	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
76418467--76418507	11	3.6	12	77	12	50	46	0	29	24	1.53
76427080--76427290	66	3.4	64	69	21	203	41	2	6	49	1.42
76427167--76427218	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
76427295--76427336	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
76427289--76427327	15	2.7	15	88	7	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76427060--76427338	120	2.3	120	93	5	476	42	2	5	50	1.36
76427439--76427473	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
76427271--76427579	157	2.0	156	96	0	564	47	5	2	44	1.40
76427708--76427759	16	3.2	16	83	0	68	36	30	3	28	1.75
76436439--76436747	145	2.1	145	99	0	609	33	14	16	35	1.90
76436740--76436939	110	1.9	106	85	8	280	33	15	14	37	1.87
76438186--76438743	111	5.1	108	85	9	718	38	13	15	32	1.86
76438216--76438742	215	2.4	216	86	7	717	38	13	16	31	1.87
76438753--76439067	105	3.0	102	82	13	353	32	16	13	37	1.88
76439059--76439083	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
76440793--76440845	26	2.0	26	100	0	106	28	11	11	49	1.73
76447437--76447505	31	2.2	31	89	0	111	17	20	37	24	1.93
76452186--76452246	31	2.0	31	93	6	106	57	0	1	40	1.08
76452261--76452322	17	3.4	17	71	16	61	62	0	3	33	1.11
76452202--76452325	40	3.2	40	94	4	209	62	0	3	33	1.11
76452263--76452329	19	3.6	18	73	13	64	62	0	2	34	1.10
76452801--76452856	22	2.5	23	78	16	64	66	8	0	25	1.21
76455104--76455150	19	2.4	21	79	17	64	31	2	4	61	1.27
76455943--76456095	60	2.5	61	78	7	177	10	24	16	48	1.77
76457889--76457935	19	2.5	20	86	6	62	42	10	21	25	1.85
76459789--76459926	73	1.9	74	92	3	235	37	18	16	26	1.92
76460634--76460996	124	2.9	124	87	1	532	30	15	21	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76464404--76464441	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
76465373--76465507	51	2.6	51	84	2	173	42	0	25	31	1.60
76465783--76465840	25	2.3	26	81	3	73	51	0	8	39	1.33
76465796--76465866	26	2.7	27	81	10	69	54	0	5	39	1.24
76465815--76465855	19	2.2	18	86	4	55	53	0	2	43	1.13
76465908--76465988	25	3.3	25	77	16	89	61	0	7	30	1.23
76465906--76466003	49	2.0	48	88	7	144	59	0	7	33	1.25
76465924--76466005	35	2.4	34	80	13	87	59	0	6	34	1.22
76466710--76466742	14	2.2	16	89	10	52	33	6	9	51	1.58
76467735--76467759	13	1.9	13	100	0	50	40	44	0	16	1.47
76467763--76467833	23	3.2	23	66	22	60	46	33	2	16	1.62
76467743--76467853	44	2.5	44	88	1	170	42	35	2	19	1.66
76467775--76467840	19	2.9	25	70	25	81	45	34	3	16	1.63
76468452--76468527	23	3.3	23	66	3	73	27	10	15	46	1.79
76468430--76468537	45	2.4	45	98	0	207	30	11	15	42	1.82
76468430--76468504	22	3.4	22	66	3	60	32	12	14	41	1.83
76471103--76471237	17	7.4	17	65	14	72	32	4	14	48	1.64
76471098--76471280	37	4.9	37	96	0	330	32	5	15	46	1.68
76471283--76471352	8	8.2	9	87	6	85	31	8	21	38	1.83
76471288--76471354	17	4.0	16	78	14	73	28	7	22	41	1.80
76472510--76472555	21	2.1	22	84	4	58	58	13	4	23	1.52
76475363--76475424	32	2.0	29	84	9	79	46	4	1	46	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76476487--76476554	29	2.3	29	84	2	82	60	2	7	29	1.39
76478218--76478256	21	1.9	21	89	5	62	71	2	10	15	1.23
76478242--76478282	18	2.4	17	87	4	55	63	2	2	31	1.20
76478321--76478365	21	2.2	21	88	4	65	53	8	2	35	1.45
76479013--76479069	21	2.5	23	91	8	91	49	0	8	42	1.34
76480419--76480487	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
76480419--76480487	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
76480468--76480558	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
76480610--76480926	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
76480860--76480901	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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