genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9785957--9786136	62	2.9	62	81	8	206	41	14	4	40	1.66
9786012--9786123	31	3.6	30	68	14	84	41	13	5	40	1.67
9786367--9786413	24	1.9	25	82	4	60	46	2	6	44	1.40
9789320--9789358	19	2.1	19	85	4	53	53	25	2	17	1.56
9792002--9792041	20	2.0	20	100	0	80	20	40	20	20	1.92
9793583--9793637	26	2.1	27	93	3	94	27	21	14	36	1.93
9815838--9815931	45	2.1	45	97	0	179	26	14	19	39	1.90
9826559--9826600	14	3.0	14	100	0	84	35	28	14	21	1.92
9828007--9828059	25	2.1	25	100	0	106	35	16	18	28	1.93
9830199--9830299	30	3.2	30	65	26	73	23	16	15	43	1.87
9830182--9830312	65	2.0	65	96	0	244	25	15	16	42	1.87
9831407--9831538	49	2.7	50	82	5	162	21	25	21	31	1.98
9832364--9832414	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
9835758--9835810	21	2.6	21	90	3	81	26	18	41	13	1.87
9837507--9837731	40	5.7	39	86	4	281	25	28	23	22	1.99
9837507--9837731	79	2.8	78	83	4	281	25	28	23	22	1.99
9839821--9839861	21	2.0	21	85	9	57	68	0	9	21	1.18
9839827--9839873	15	3.1	15	84	6	51	70	2	4	23	1.16
9843418--9843456	18	2.1	19	90	4	62	10	2	15	71	1.23
9853102--9853133	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
9860200--9860244	22	2.0	22	83	8	56	15	4	51	28	1.63
9870040--9870076	19	2.0	18	89	5	56	56	13	8	21	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9871570--9871682	42	2.6	44	79	8	126	25	16	25	31	1.97
9871519--9871690	43	4.0	43	71	13	147	24	15	27	32	1.95
9876509--9876647	54	2.6	54	100	0	278	30	25	18	24	1.98
9878757--9878869	55	2.1	55	94	0	199	33	23	15	27	1.95
9879588--9879623	10	3.6	10	84	0	54	36	19	25	19	1.95
9879588--9879631	20	2.2	20	91	0	70	36	15	27	20	1.93
9879588--9879631	10	4.4	10	82	0	52	36	15	27	20	1.93
9881729--9881795	14	4.7	13	77	18	62	2	22	2	71	1.13
9881760--9881795	13	2.6	14	91	4	56	2	19	2	75	1.06
9884608--9884638	14	2.2	14	94	0	53	38	12	9	38	1.77
9884781--9884827	20	2.3	21	88	3	69	4	21	4	70	1.22
9884797--9884857	24	2.4	25	81	15	72	3	18	6	72	1.21
9884799--9884868	36	1.9	36	83	11	90	4	18	5	71	1.23
9886428--9886456	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
9887599--9887760	41	3.8	44	78	10	174	25	13	29	31	1.94
9892473--9892673	53	3.7	53	73	7	172	37	17	23	20	1.94
9895480--9895621	43	3.3	43	83	3	160	26	20	28	24	1.99
9895514--9895715	43	4.9	41	75	6	158	26	19	29	24	1.98
9913078--9913104	10	2.7	10	100	0	54	25	11	0	62	1.28
9919643--9919681	14	3.0	13	85	7	53	20	2	0	76	0.90
9923406--9923492	30	2.9	30	85	0	129	29	33	26	10	1.90
9924708--9924737	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9932204--9932306	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
9934727--9934758	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
9939274--9939536	27	9.7	27	78	3	224	40	23	7	28	1.82
9939518--9939794	27	10.3	27	87	1	376	35	19	20	24	1.96
9939383--9939779	54	7.4	52	81	9	229	37	20	15	26	1.92
9940202--9940321	6	19.3	6	66	19	50	20	15	13	50	1.78
9940202--9940312	31	3.5	31	86	3	143	19	16	13	50	1.78
9940309--9940342	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
9942271--9942504	27	8.7	27	76	3	193	39	23	8	28	1.84
9942271--9942504	81	2.9	81	80	2	256	39	23	8	28	1.84
9942488--9942737	27	9.3	27	88	0	356	35	19	20	24	1.96
9942434--9942737	81	3.8	82	85	5	352	35	19	19	25	1.95
9942488--9942737	81	3.1	81	92	1	394	35	19	20	24	1.96
9943145--9943255	31	3.5	31	92	1	168	18	16	14	50	1.78
9943145--9943255	6	17.8	6	73	17	84	18	16	14	50	1.78
9945086--9945257	93	1.8	92	82	7	222	23	29	20	26	1.99
9951624--9951920	43	6.9	43	93	0	477	14	24	32	28	1.94
9952235--9952344	45	2.5	45	86	5	145	24	22	25	27	2.00
9964999--9965169	43	4.0	43	75	11	170	31	27	17	23	1.97
9965533--9965566	16	2.1	17	88	5	52	50	26	0	23	1.50
9969513--9969734	46	4.8	46	75	15	217	31	28	18	22	1.97
9969513--9969737	93	2.4	93	96	0	423	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9977772--9977803	16	2.0	16	100	0	64	43	37	0	18	1.51
9978701--9978835	50	2.7	49	77	5	135	28	25	18	27	1.98
9981640--9981723	41	2.0	41	100	0	168	30	21	14	33	1.93
9985035--9985266	49	4.7	49	82	3	275	27	28	19	25	1.99
9985033--9985266	99	2.3	100	83	2	301	27	28	19	24	1.98
9989072--9989158	44	2.0	44	81	4	104	37	12	25	24	1.90
9989307--9989439	54	2.4	57	79	10	152	37	19	21	21	1.94
9989304--9989707	55	7.6	54	75	10	330	36	17	24	22	1.95
9989295--9989695	210	1.9	210	90	0	642	36	16	23	23	1.94
10004497--10004679	40	4.6	40	87	5	221	25	27	21	25	1.99
10018139--10018163	11	2.3	11	100	0	50	36	8	24	32	1.84
10036022--10036101	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
10036073--10036248	43	4.1	43	91	1	266	11	23	33	30	1.91
10056784--10056816	15	2.1	17	88	11	52	36	0	24	39	1.56
10061939--10061971	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
10071574--10071804	48	4.9	48	76	13	235	27	19	25	27	1.99
10072834--10072892	31	1.9	31	96	0	109	42	25	11	20	1.86
10074471--10074734	93	2.8	93	94	0	474	29	29	19	21	1.98
10074466--10074731	46	5.7	46	76	15	278	29	29	19	21	1.98
10085725--10085853	38	3.4	38	89	4	188	21	21	24	31	1.98
10089251--10089375	29	4.3	29	88	1	189	29	32	14	23	1.94
10096382--10096407	13	2.0	13	100	0	52	53	7	30	7	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10097692--10097924	49	4.7	49	80	2	259	26	16	26	30	1.97
10101102--10101364	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
10101102--10101364	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
10101296--10101373	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
10109052--10109314	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
10109052--10109314	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
10109246--10109323	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
10111801--10111878	38	2.1	38	97	0	147	34	7	11	46	1.69
10115898--10115937	20	2.0	20	90	0	62	30	10	17	42	1.82
10116961--10117120	86	1.9	85	88	3	241	25	18	26	30	1.98
10116961--10117120	43	3.7	43	83	5	198	25	18	26	30	1.98
10124596--10124708	43	2.7	43	81	9	124	25	17	26	30	1.98
10126092--10126204	43	2.7	43	82	9	133	24	17	27	30	1.97
10128530--10128583	21	2.5	22	84	3	74	20	35	29	14	1.93
10134182--10134260	27	2.9	27	81	5	97	22	25	18	32	1.97
10141625--10141707	27	3.0	26	77	16	69	19	25	20	34	1.96
10143946--10144002	30	1.9	30	88	0	87	22	28	28	21	1.99
10146362--10146405	23	1.9	23	86	9	63	27	27	13	31	1.94
10146551--10146593	20	2.2	20	86	0	59	30	2	18	48	1.60
10148338--10148362	12	2.1	12	100	0	50	16	32	0	52	1.44
10149446--10149513	19	3.8	18	70	20	61	36	4	0	58	1.18
10149868--10149912	19	2.4	19	96	0	81	37	17	17	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10153377--10153526	20	7.5	20	88	0	210	38	27	22	11	1.88
10157740--10157834	40	2.4	40	85	7	122	28	31	15	24	1.96
10159985--10160036	25	2.1	25	88	0	77	38	7	13	40	1.73
10163970--10164231	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
10167138--10167224	43	2.0	42	80	12	97	26	33	20	19	1.97
10166972--10167461	250	2.0	249	93	1	838	27	31	20	19	1.97
10168358--10168540	62	3.0	62	100	0	366	29	23	16	30	1.96
10170939--10170980	22	1.9	22	85	9	59	30	35	0	33	1.58
10185088--10185265	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
10185089--10185244	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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